VDR_RAT_116_422

Vitamin D3 receptor [Nuclear hormone receptor family. NR1 subfamily]

ActiveICM:

L C E

Composition of the binding pockets

Protein chains monomer[show domain annotation]
 • A1 (VDR_RAT):R: Hinge (142:144,147,150)
R: Ligand-binding (223,226,227,229,230,232,233,264,267,268,270,271,274,275,282,284,291,295,296,298:301,305,306,309,313,389,393,396,397,400,410,414,418)
R: Vitamin D3 binding (223,226,227,229,230,232,233)
R: Vitamin D3 binding (267,268,270,271,274)
142:144,147,150,223,226,227,229,230,232,233,264,267,268,270,271,274,275,282,284,291,295,296,298:301,305,306,309,313,389,393,396,397,400,410,414,418

Full PDB list

2zl9,2zla,2zlc,2zmh,2zmi,2zmj,2zxm,2zxn,3afr,3vjs,3vjt,3vrt,3vru,3vrv,3vrw,3vt3,3vt4,3vt5,3vt6,3vt7,3vt8,3vt9,3vtb,3vtc,3vtd,3w0h,3w5p,3w5q,3w5r,3w5t,3wt5,3wt6,3wt7,3wtq,4ynk,5awj,5awk,5b5b (redundant pocketome entry)

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ligand
A1
T
1
4
2
Y
1
4
3
D
1
4
4
Y
1
4
7
F
1
5
0
L
2
2
3
L
2
2
6
A
2
2
7
L
2
2
9
V
2
3
0
Y
2
3
2
S
2
3
3
I
2
6
4
I
2
6
7
M
2
6
8
R
2
7
0
S
2
7
1
S
2
7
4
F
2
7
5
W
2
8
2
C
2
8
4
Y
2
9
1
D
2
9
5
V
2
9
6
K
2
9
8
A
2
9
9
G
3
0
0
H
3
0
1
L
3
0
5
I
3
0
6
L
3
0
9
Q
3
1
3
L
3
8
9
H
3
9
3
Q
3
9
6
Y
3
9
7
L
4
0
0
L
4
1
0
V
4
1
4
F
4
1
8
[1]3w5q.a 3kl 27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3afr.a icj 34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3w5t.a lhp 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3w5r.a loa 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3w0h.a w12 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3vt8.a yi3 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3vrt.a ys2 27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3vru.a ys3 29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3vrv.a ysd 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5awk.a yse 29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5awj.a ysl 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3vt9.a yi4 35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2zxm.a jb1 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2zl9.a vda 34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3vrw.a ys5 35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2zmh.a nya 37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ynk.a yw2 37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3w5p.a 4oa 27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3vt4.a 5yi 33 . . . . . . . . . . . . . . . L . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3wt5.a ya1 34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3vtb.a tka 38 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2zmi.a tt2 38 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2zmj.a mi4 39 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2zlc.a vdx 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3vtc.a tk3 39 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5b5b.a akx 42 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3vjs.a 10s 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2zxn.a jc1 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2zla.a vdb 34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3wt7.a ya2 35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3vt5.a yi2 33 . . . . . . . . . . . . . . . L . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3vt3.a vdx 30 . . . . . . . . . . . . . . . L . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3vtd.a tkd 39 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3vjt.a 10r 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3vt6.a 5yi 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3wtq.a ys9 34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)
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