VDR_HUMAN_119_426

Vitamin D3 receptor [Nuclear hormone receptor family. NR1 subfamily]

ActiveICM:

L C E

Composition of the binding pockets

Protein chains monomer[show domain annotation]
 • A1 (VDR_HUMAN):R: Hinge (142:144,147,150)
R: Ligand-binding (227,230,231,233,234,236,237,240,268,271,272,274,275,278,286,288,295,300,303,305,309,313,397,401,404,414,418,422)
R: Vitamin D3 binding (227,230,231,233,234,236,237)
R: Vitamin D3 binding (271,272,274,275,278)
142:144,147,150,227,230,231,233,234,236,237,240,268,271,272,274,275,278,286,288,295,300,303,305,309,313,397,401,404,414,418,422

Full PDB list

1db1,1ie8,1ie9,1rjk,1rk3,1rkg,1rkh,1s0z,1s19,1txi,2ham,2har,2has,2hb7,2hb8,2o4j,2o4r,2zfx,3a2h,3a2i,3a2j,3a3z,3a40,3a78,3aun,3auq,3aur,3ax8,3az1,3az2,3az3,3b0t,3cs4,3cs6,3kpz,3m7r,3ogt,3p8x,3tkc,3vhw,3w0a,3w0c,3w0g,3w0i,3w0j,3w0y,3wgp,3wwr,3x31,3x36,4g2i,4ite,4itf,5gt4 (redundant pocketome entry)

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ligand
A1
T
1
4
2
Y
1
4
3
D
1
4
4
Y
1
4
7
F
1
5
0
L
2
2
7
L
2
3
0
A
2
3
1
L
2
3
3
V
2
3
4
Y
2
3
6
S
2
3
7
K
2
4
0
I
2
6
8
I
2
7
1
M
2
7
2
R
2
7
4
S
2
7
5
S
2
7
8
W
2
8
6
C
2
8
8
Y
2
9
5
V
3
0
0
A
3
0
3
H
3
0
5
L
3
0
9
L
3
1
3
H
3
9
7
Y
4
0
1
L
4
0
4
L
4
1
4
V
4
1
8
F
4
2
2
[1]2ham.a c33 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2has.a c3o 34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3az1.a ds2 32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1s0z.a eb1 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3ax8.a eim 32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1ie8.a kh1 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1s19.a mc9 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3b0t.a mcz 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2hb8.a mvd 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3w0i.a o11 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2hb7.a o1c 34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3w0j.a t08 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1txi.a tx5 29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1rkh.a vd2 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1rjk.a vdz 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3w0g.a w07 29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2zfx.a yr3 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3aun.a yr4 34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kpz.a zne 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3p8x.a zyd 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3az2.a ds3 35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1rkg.a vd1 25 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3cs4.a cov 32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4g2i.a 0vq 34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3a3z.x 2mv 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3x31.a 41v 29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3ogt.a fmv 32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2o4j.a vd4 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5gt4.a 2kb 36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3az3.a ds6 36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2har.a occ 35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3wwr.a 3aj 37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ite.a tey 37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4itf.a tfy 37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3a2h.a tej 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3w0c.a 6ds 40 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3w0a.a ds5 40 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3vhw.a vhw 41 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3w0y.a ds4 42 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3cs6.a 0co 32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3a40.x 23r 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3x36.a 41w 29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3aur.a ca9 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2o4r.a vd5 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3wgp.a ed9 35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3a2i.a tej 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . F . . . . . . . .
[1]1ie9.a vdx 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3a2j.a tej 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . F . . F . . . . .
[1]3a78.a 3ev 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3m7r.a vdx 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Q . . . . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)
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