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TRYB1_HUMAN_31_275

Tryptase alpha/beta-1 [Peptidase S1 family. Tryptase subfamily]

Composition of the binding site

Protein chains homodimer [domain annotation]
A1 (TRYB1_HUMAN):D: Peptidase S1 (50, 58, 59, 74:82, 85, 86, 107, 114:118, 192, 196, 204, 218:224, 242:248, 253, 255, 256)50, 58, 59, 74:82, 85, 86, 107, 114:118, 192, 196, 204, 218:224, 242:248, 253, 255, 256
A2 (TRYB1_HUMAN):D: Peptidase S1 (50, 58, 59, 74:79, 81, 82, 85, 86, 107, 114:118, 192, 196, 204, 218:224, 242:248, 253:257)50, 58, 59, 74:79, 81, 82, 85, 86, 107, 114:118, 192, 196, 204, 218:224, 242:248, 253:257

Full PDB list

1a0l, 1lto, 2bm2, 2f9n, 2f9o, 2f9p, 2fpz, 2fs8, 2fs9, 2fww, 2fxr, 2gdd, 2za5, 2zeb, 2zec, 3v7t, 4a6l, 4mpu, 4mpv, 4mpw, 4mpx, 4mqa, 5f03 (redundant Pocketome entry)

Pocket contact map

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PDB.ch
   
ligand
A1 A2
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[1]1a0l.a apa15 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1a0l.d apa,apa30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . .
[1]2bm2.b pm2,pm260 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2f9o.b none . . . . . . . . . T . . I I . T . . . . . . K . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . I I . T . . . . . . K . . . . . . . . . . . .
[1]2fpz.a 27010 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2fs9.c c4a,c4a76 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . .
[1]2fww.c c1r11 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2fxr.b c3a,c3a82 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . .
[1]2gdd.b 5am,5am84 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . .
[1]2za5.a 2ff,2ff62 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2zeb.a 11m,11m58 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2zec.b 11n,11n52 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3v7t.a 0gx,0gx60 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4a6l.b p43,p4360 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4mpu.a pg4,x2a77 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4mpu.b pg4,pg4,x2a90 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4mpv.b 2a462 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4mpw.b 2aj,pge,pge77 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4mpx.b 2av,pge,pge77 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4mqa.b pg4,x0068 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5f03.b 5ta31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]2f9n.a aceLLar7,aceLLar760 . . . . . . . . . T . . I I . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . I I . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]2f9p.a aceLLar7,aceLLar759 . . . . . . . . . T . . I I . T . . . . . . K . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . I I . T . . . . . . K . . . . . . . . . . . .
[3]1lto.a none . . . . L . . . . T . . I I . T . . . . . . K . . . . . . D . . . . . . . . . L . . . . T . . . I I . T . . . . . . K . . . . . . D . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Site contact map

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A1 A2
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[1]1a0l.a . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . * . . . . . . .
[1]1a0l.d . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . * * . . . . . .
[1]2bm2.b . . . . . . . . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . * * . . . . . .
[1]2f9o.b . . . . . . . . . . . . T . . * I I . T . . . . . . K . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . * I I . T . . . . . . K . . * . . . . * . . . . . . .
[1]2fpz.a . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . * . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . * . . . . * . . . . . . . . . . * . . * . . . . * . . . . . . .
[1]2fs9.c . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . .
[1]2fww.c . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . .
[1]2fxr.b . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . * . . * . . . . . * . . . . . .
[1]2gdd.b . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . .
[1]2za5.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . .
[1]2zeb.a . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . * . . . . . . .
[1]2zec.b . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . * * . . . . . .
[1]3v7t.a . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . * * . . . . . .
[1]4a6l.b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . * . . . . . .
[1]4mpu.a . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4mpu.b . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . . * . . . . . .
[1]4mpv.b . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . * * . . . . . .
[1]4mpw.b . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . * * . . . . . .
[1]4mpx.b . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . * * . . . . . .
[1]4mqa.b . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . . * . . . . . .
[1]5f03.b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * . . . . . * . . . . . .
[2]2f9n.a . . . . . . . . . . . . T . . . I I . T . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . T . . . I I . T . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . .
[2]2f9p.a . . . . . . . * . . . . T . . . I I . T . . . . . . K . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . T . . . I I . T . . . . . . K . . * . . . . . . . . . . . .
[3]1lto.a . . . . . L . * . . . . T . . * I I . T . . . . . . K . . * . . * D * . . . . . . . . . . L . . . * . T . . * I I . T . . . . . . K . . . . . * D * . . . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Pocket-ligand steric compatibility

Ligands (x) vs pockets (y) colored by number of steric clashes

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pocketligand
≥10
9
8
7
6
5
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3
2
1
0
1a0l.a:apa
1a0l.d:apa
2bm2.b:pm2
2f9o.b is apo
2fpz.a:270
2fs9.c:c4a
2fww.c:c1r
2fxr.b:c3a
2gdd.b:5am
2za5.a:2ff
2zeb.a:11m
2zec.b:11n
3v7t.a:0gx
4a6l.b:p43
4mpu.a:pg4,x2a
4mpu.b:pg4,x2a
4mpv.b:2a4
4mpw.b:2aj,pge
4mpx.b:2av,pge
4mqa.b:pg4,x00
5f03.b:5ta
2f9n.a:aceLLar7
2f9p.a:aceLLar7
1lto.a is apo
[1] 1a0l.a
1.0
1.8 0.7 - 0.2 1.3 0.7 1.8 2.6 5.9 0.3 0.2 0.4 8.2 0.3 0.5 0.1 0.3 0.5 0.2 3.5 1.5 1.5 -
[1] 1a0l.d 0.5
1.8
0.7 - 0.1 1.1 0.6 1.7 2.4 5.9 0.3 0.2 0.3 8.1 0.4 0.4 0.1 0.4 0.5 0.2 3.8 1.7 1.5 -
[1] 2bm2.b 1.0 1.5
0
- 0.2 1.3 0.8 1.7 1.8 6.8 0.2 0.1 0.4 8.8 2.2 1.9 0 2.1 0.8 0 4.3 2.3 2.3 -
[1] 2f9o.b 0.9 2.3 1.9
-
0.1 4.5 0.8 5.2 3.5 6.9 1.4 0.5 1.3 8.5 1.7 1.7 0.8 2.4 3.3 1.0 3.4 4.7 4.7 -
[1] 2fpz.a 1.0 2.1 1.7 -
0
3.2 0.8 3.2 2.2 7.4 1.6 1.4 1.5 9.7 0.6 1.7 0.8 1.7 1.8 2.1 4.1 1.8 1.5 -
[1] 2fs9.c 0.7 2.1 1.0 - 0.3
1.3
0.8 1.5 1.3 5.1 1.7 1.7 1.3 7.6 0.6 1.0 1.0 0.8 1.1 1.6 3.4 2.0 1.4 -
[1] 2fww.c 0.9 2.0 1.9 - 0.1 2.0
0.6
2.3 2.2 6.1 1.3 1.3 1.5 8.3 0.8 0.9 1.0 1.6 2.1 1.4 3.2 1.7 1.8 -
[1] 2fxr.b 0.7 1.7 0.7 - 0.1 1.3 0.9
1.4
1.5 5.4 1.1 1.2 1.1 7.4 0.5 0.6 0.8 0.7 0.9 1.0 3.0 1.8 1.6 -
[1] 2gdd.b 0.7 1.9 0.9 - 0.3 1.4 0.9 1.6
1.4
5.1 1.4 1.3 1.2 7.7 0.5 1.0 1.0 0.8 1.2 1.3 3.3 1.8 1.6 -
[1] 2za5.a 0.9 2.0 0.7 - 0.2 2.1 0.7 2.0 2.0
0
0 0 0.2 0.1 0.1 0.3 0.1 0.4 0.6 0 0 2.2 2.0 -
[1] 2zeb.a 0.8 1.9 0.6 - 0.2 1.4 0.8 1.8 2.1 6.8
0.1
0 0.2 9.0 0.1 0 0.1 0.2 0.3 0.1 4.3 1.7 1.4 -
[1] 2zec.b 0.9 1.7 0.6 - 0.2 1.6 1.0 1.5 1.9 6.6 0.2
0
0 8.6 0.3 0.2 0.1 0.3 0.6 0.1 4.3 1.7 1.8 -
[1] 3v7t.a 0.7 1.6 0.2 - 0.2 1.6 1.0 1.8 2.6 6.7 0.3 0.2
0
9.4 0.1 0.1 0.1 0.1 0.6 0.2 4.3 1.6 1.5 -
[1] 4a6l.b 1.3 2.1 0.4 - 0.2 2.7 0.7 2.8 2.5 0.1 0.1 0.1 0.3
0
0.1 0.1 0.1 0.4 0.5 0.3 0.2 1.9 1.9 -
[1] 4mpu.a 0.8 1.8 0.4 - 0.2 1.5 0.8 1.5 1.5 4.9 1.1 1.2 1.3 6.7
0
0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 3.0 1.7 1.6 -
[1] 4mpu.b 0.7 2.0 0.6 - 0.2 1.6 0.8 1.8 1.6 5.0 0.7 0.7 0.8 7.2 0
0
0.1 0.1 0.5 0 3.5 2.0 2.0 -
[1] 4mpv.b 0.6 1.1 0.5 - 0.2 1.5 0.4 1.4 1.2 7.6 0.4 0.5 0.6 9.1 0 0.2
0
0.2 0.4 0 4.3 1.6 1.6 -
[1] 4mpw.b 0.6 1.8 0 - 0.2 1.6 0.9 1.5 1.5 7.1 0.6 0.6 1.1 9.3 0.1 0 0.1
0
0 0.2 4.5 2.2 2.0 -
[1] 4mpx.b 0.6 1.6 0 - 0.1 1.2 0.8 1.4 1.3 5.8 0.5 0.5 0.5 8.2 0.1 0.1 0 0.1
0.1
0.2 3.5 2.1 2.2 -
[1] 4mqa.b 0.8 1.7 0.6 - 0.2 1.6 0.9 1.7 1.6 4.6 0.3 0.2 0.6 7.1 0.4 0.3 0.2 0.5 0.7
0
3.0 2.2 1.8 -
[1] 5f03.b 1.0 1.9 0.4 - 0.2 1.7 0.7 1.9 1.6 0.6 1.0 1.0 1.3 0.6 0.4 0.8 0.6 0.4 1.0 1.1
0
2.0 1.8 -
[2] 2f9n.a 0.5 2.5 7.8 - 0.2 3.0 0.4 3.0 3.2 8.1 7.5 6.6 7.7 8.8 3.9 3.9 3.3 5.1 5.5 5.0 4.2
1.2
2.1 -
[2] 2f9p.a 0.4 2.7 5.3 - 0.1 3.1 0.5 3.1 3.1 3.6 3.4 2.9 3.5 4.6 1.6 1.3 1.2 2.6 2.9 2.3 4.0 1.6
1.3
-
[3] 1lto.a 6.9 14 19 - 5.3 12 6.3 15 13 21 19 18 20 21 17 18 18 18 19 17 9.8 19 18
-
[Pocket-ligand steric clashes matrix]

Pocket clash dissimilarity (3 clusters)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by ligand clash profile difference

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥1.
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
.0
1a0l.a
1a0l.d
2bm2.b
2f9o.b
2fpz.a
2fs9.c
2fww.c
2fxr.b
2gdd.b
2za5.a
2zeb.a
2zec.b
3v7t.a
4a6l.b
4mpu.a
4mpu.b
4mpv.b
4mpw.b
4mpx.b
4mqa.b
5f03.b
2f9n.a
2f9p.a
1lto.a
[1] 1a0l.a
0
.03 .09 .13 .10 .09 .10 .08 .09 .13 .05 .04 .06 .14 .10 .10 .06 .07 .08 .09 .15 .32 .25 .38
[1] 1a0l.d .03
0
.09 .13 .10 .09 .10 .09 .09 .13 .05 .05 .06 .15 .10 .09 .05 .07 .07 .08 .15 .32 .25 .37
[1] 2bm2.b .09 .09
0
.17 .12 .11 .13 .10 .11 .17 .06 .06 .06 .17 .10 .09 .07 .05 .07 .09 .18 .36 .30 .41
[1] 2f9o.b .13 .13 .17
0
.16 .14 .13 .14 .14 .20 .13 .14 .16 .21 .15 .14 .13 .14 .13 .14 .21 .27 .24 .40
[1] 2fpz.a .10 .10 .12 .16
0
.07 .08 .08 .08 .16 .08 .10 .10 .17 .08 .09 .07 .08 .08 .10 .16 .32 .29 .42
[1] 2fs9.c .09 .09 .11 .14 .07
0
.06 .03 .02 .12 .08 .08 .10 .12 .04 .05 .07 .06 .06 .06 .10 .27 .24 .43
[1] 2fww.c .10 .10 .13 .13 .08 .06
0
.05 .05 .15 .10 .11 .13 .14 .07 .05 .08 .09 .08 .06 .13 .29 .24 .45
[1] 2fxr.b .08 .09 .10 .14 .08 .03 .05
0
.03 .12 .07 .07 .08 .11 .03 .04 .06 .05 .05 .05 .10 .28 .24 .42
[1] 2gdd.b .09 .09 .11 .14 .08 .02 .05 .03
0
.12 .08 .08 .10 .12 .04 .05 .07 .07 .07 .05 .11 .28 .25 .43
[1] 2za5.a .13 .13 .17 .20 .16 .12 .15 .12 .12
0
.12 .13 .15 .03 .13 .12 .14 .15 .14 .12 .03 .21 .14 .42
[1] 2zeb.a .05 .05 .06 .13 .08 .08 .10 .07 .08 .12
0
.03 .04 .14 .07 .06 .04 .04 .05 .06 .15 .32 .25 .38
[1] 2zec.b .04 .05 .06 .14 .10 .08 .11 .07 .08 .13 .03
0
.04 .14 .08 .07 .05 .05 .06 .07 .15 .33 .26 .37
[1] 3v7t.a .06 .06 .06 .16 .10 .10 .13 .08 .10 .15 .04 .04
0
.16 .09 .08 .05 .05 .06 .08 .17 .35 .28 .37
[1] 4a6l.b .14 .15 .17 .21 .17 .12 .14 .11 .12 .03 .14 .14 .16
0
.13 .12 .15 .15 .14 .12 .03 .19 .15 .43
[1] 4mpu.a .10 .10 .10 .15 .08 .04 .07 .03 .04 .13 .07 .08 .09 .13
0
.04 .07 .06 .06 .05 .12 .29 .25 .43
[1] 4mpu.b .10 .09 .09 .14 .09 .05 .05 .04 .05 .12 .06 .07 .08 .12 .04
0
.05 .05 .05 .02 .11 .30 .25 .43
[1] 4mpv.b .06 .05 .07 .13 .07 .07 .08 .06 .07 .14 .04 .05 .05 .15 .07 .05
0
.02 .04 .06 .15 .32 .27 .39
[1] 4mpw.b .07 .07 .05 .14 .08 .06 .09 .05 .07 .15 .04 .05 .05 .15 .06 .05 .02
0
.04 .05 .14 .33 .27 .40
[1] 4mpx.b .08 .07 .07 .13 .08 .06 .08 .05 .07 .14 .05 .06 .06 .14 .06 .05 .04 .04
0
.05 .14 .32 .26 .40
[1] 4mqa.b .09 .08 .09 .14 .10 .06 .06 .05 .05 .12 .06 .07 .08 .12 .05 .02 .06 .05 .05
0
.13 .30 .24 .41
[1] 5f03.b .15 .15 .18 .21 .16 .10 .13 .10 .11 .03 .15 .15 .17 .03 .12 .11 .15 .14 .14 .13
0
.19 .15 .43
[2] 2f9n.a .32 .32 .36 .27 .32 .27 .29 .28 .28 .21 .32 .33 .35 .19 .29 .30 .32 .33 .32 .30 .19
0
.09 .51
[2] 2f9p.a .25 .25 .30 .24 .29 .24 .24 .24 .25 .14 .25 .26 .28 .15 .25 .25 .27 .27 .26 .24 .15 .09
0
.47
[3] 1lto.a .38 .37 .41 .40 .42 .43 .45 .42 .43 .42 .38 .37 .37 .43 .43 .43 .39 .40 .40 .41 .43 .51 .47
0
[Pocket clash dissimilarity matrix]

Site backbone RMSD (median 0.9 Å)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by RMSD of site residue backbone atoms

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥10 Å
9 Å
8 Å
7 Å
6 Å
5 Å
4 Å
3 Å
2 Å
1 Å
0 Å
1a0l.a
1a0l.d
2bm2.b
2f9o.b
2fpz.a
2fs9.c
2fww.c
2fxr.b
2gdd.b
2za5.a
2zeb.a
2zec.b
3v7t.a
4a6l.b
4mpu.a
4mpu.b
4mpv.b
4mpw.b
4mpx.b
4mqa.b
5f03.b
2f9n.a
2f9p.a
1lto.a
[1] 1a0l.a
0
0.3 0.6 0.8 0.5 0.5 0.6 0.4 0.5 0.4 0.4 0.4 0.6 0.4 0.6 0.4 0.4 0.4 0.4 0.5 0.4 1.9 1.9 1.5
[1] 1a0l.d 0.3
0
0.5 0.9 0.5 0.5 0.6 0.4 0.5 0.4 0.4 0.4 0.6 0.4 0.6 0.5 0.4 0.4 0.4 0.5 0.4 1.9 1.9 1.5
[1] 2bm2.b 0.6 0.5
0
1.3 0.7 0.6 0.9 0.6 0.6 0.6 0.5 0.5 0.3 0.5 0.5 0.7 0.6 0.4 0.4 0.6 0.6 2.0 2.0 1.6
[1] 2f9o.b 0.8 0.9 1.3
0
0.9 1.0 0.8 1.0 1.0 0.9 1.0 0.9 1.2 0.9 1.2 0.8 0.9 1.0 1.0 0.8 1.0 1.8 1.8 1.6
[1] 2fpz.a 0.5 0.5 0.7 0.9
0
0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.4 0.5 0.7 0.4 0.5 0.4 0.3 0.4 0.4 0.4 0.3 1.8 1.8 1.6
[1] 2fs9.c 0.5 0.5 0.6 1.0 0.3
0
0.4 0.2 0.2 0.4 0.4 0.5 0.6 0.4 0.4 0.5 0.3 0.4 0.4 0.5 0.3 1.9 1.8 1.7
[1] 2fww.c 0.6 0.6 0.9 0.8 0.4 0.4
0
0.5 0.3 0.5 0.5 0.6 0.8 0.5 0.7 0.4 0.5 0.6 0.6 0.5 0.5 1.8 1.8 1.7
[1] 2fxr.b 0.4 0.4 0.6 1.0 0.3 0.2 0.5
0
0.2 0.3 0.4 0.4 0.5 0.3 0.5 0.4 0.3 0.3 0.4 0.4 0.3 1.9 1.9 1.6
[1] 2gdd.b 0.5 0.5 0.6 1.0 0.3 0.2 0.3 0.2
0
0.3 0.4 0.5 0.6 0.4 0.5 0.4 0.3 0.4 0.4 0.4 0.3 1.8 1.8 1.7
[1] 2za5.a 0.4 0.4 0.6 0.9 0.3 0.4 0.5 0.3 0.3
0
0.2 0.3 0.5 0.2 0.4 0.4 0.3 0.3 0.4 0.4 0.3 1.8 1.8 1.6
[1] 2zeb.a 0.4 0.4 0.5 1.0 0.4 0.4 0.5 0.4 0.4 0.2
0
0.4 0.5 0.3 0.4 0.5 0.4 0.4 0.5 0.4 0.4 1.8 1.8 1.6
[1] 2zec.b 0.4 0.4 0.5 0.9 0.5 0.5 0.6 0.4 0.5 0.3 0.4
0
0.5 0.3 0.6 0.4 0.4 0.3 0.4 0.3 0.4 1.9 1.9 1.5
[1] 3v7t.a 0.6 0.6 0.3 1.2 0.7 0.6 0.8 0.5 0.6 0.5 0.5 0.5
0
0.4 0.5 0.7 0.6 0.5 0.5 0.6 0.6 2.0 2.0 1.6
[1] 4a6l.b 0.4 0.4 0.5 0.9 0.4 0.4 0.5 0.3 0.4 0.2 0.3 0.3 0.4
0
0.4 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 1.9 1.9 1.6
[1] 4mpu.a 0.6 0.6 0.5 1.2 0.5 0.4 0.7 0.5 0.5 0.4 0.4 0.6 0.5 0.4
0
0.7 0.5 0.5 0.5 0.6 0.4 1.9 1.9 1.8
[1] 4mpu.b 0.4 0.5 0.7 0.8 0.4 0.5 0.4 0.4 0.4 0.4 0.5 0.4 0.7 0.4 0.7
0
0.2 0.3 0.4 0.2 0.3 1.8 1.8 1.6
[1] 4mpv.b 0.4 0.4 0.6 0.9 0.3 0.3 0.5 0.3 0.3 0.3 0.4 0.4 0.6 0.3 0.5 0.2
0
0.3 0.3 0.3 0.2 1.8 1.8 1.6
[1] 4mpw.b 0.4 0.4 0.4 1.0 0.4 0.4 0.6 0.3 0.4 0.3 0.4 0.3 0.5 0.3 0.5 0.3 0.3
0
0.2 0.3 0.3 1.9 1.9 1.6
[1] 4mpx.b 0.4 0.4 0.4 1.0 0.4 0.4 0.6 0.4 0.4 0.4 0.5 0.4 0.5 0.3 0.5 0.4 0.3 0.2
0
0.4 0.3 1.9 1.9 1.5
[1] 4mqa.b 0.5 0.5 0.6 0.8 0.4 0.5 0.5 0.4 0.4 0.4 0.4 0.3 0.6 0.3 0.6 0.2 0.3 0.3 0.4
0
0.4 1.9 1.8 1.6
[1] 5f03.b 0.4 0.4 0.6 1.0 0.3 0.3 0.5 0.3 0.3 0.3 0.4 0.4 0.6 0.2 0.4 0.3 0.2 0.3 0.3 0.4
0
1.9 1.8 1.6
[2] 2f9n.a 1.9 1.9 2.0 1.8 1.8 1.9 1.8 1.9 1.8 1.8 1.8 1.9 2.0 1.9 1.9 1.8 1.8 1.9 1.9 1.9 1.9
0
0.3 2.3
[2] 2f9p.a 1.9 1.9 2.0 1.8 1.8 1.8 1.8 1.9 1.8 1.8 1.8 1.9 2.0 1.9 1.9 1.8 1.8 1.9 1.9 1.8 1.8 0.3
0
2.3
[3] 1lto.a 1.5 1.5 1.6 1.6 1.6 1.7 1.7 1.6 1.7 1.6 1.6 1.5 1.6 1.6 1.8 1.6 1.6 1.6 1.5 1.6 1.6 2.3 2.3
0
[Binding site backbone RMSD matrix]

Site full-atom RMSD (median 0.5 Å)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by RMSD of all site residue atoms

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥10 Å
9 Å
8 Å
7 Å
6 Å
5 Å
4 Å
3 Å
2 Å
1 Å
0 Å
1a0l.a
1a0l.d
2bm2.b
2f9o.b
2fpz.a
2fs9.c
2fww.c
2fxr.b
2gdd.b
2za5.a
2zeb.a
2zec.b
3v7t.a
4a6l.b
4mpu.a
4mpu.b
4mpv.b
4mpw.b
4mpx.b
4mqa.b
5f03.b
2f9n.a
2f9p.a
1lto.a
[1] 1a0l.a
0
0.4 0.9 1.0 0.8 0.9 0.9 0.8 0.9 1.0 0.7 0.8 0.9 1.1 0.9 0.8 0.7 0.7 0.7 0.8 1.2 2.3 2.2 2.1
[1] 1a0l.d 0.4
0
0.9 1.1 0.9 0.9 0.9 0.8 0.9 1.0 0.7 0.8 0.9 1.1 0.9 0.8 0.7 0.7 0.7 0.8 1.2 2.3 2.2 2.1
[1] 2bm2.b 0.9 0.9
0
1.3 1.1 1.0 1.2 0.9 1.0 1.2 0.9 0.9 0.9 1.1 0.9 1.0 0.9 0.8 0.8 1.0 1.2 2.4 2.4 2.2
[1] 2f9o.b 1.0 1.1 1.3
0
1.0 1.1 1.0 1.1 1.1 1.2 1.1 1.0 1.4 1.3 1.3 0.9 1.0 1.1 1.1 0.9 1.4 2.5 2.3 2.1
[1] 2fpz.a 0.8 0.9 1.1 1.0
0
0.6 0.7 0.6 0.6 1.0 0.8 0.9 1.0 1.1 0.8 0.7 0.6 0.6 0.6 0.7 1.0 2.2 2.2 2.2
[1] 2fs9.c 0.9 0.9 1.0 1.1 0.6
0
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[1] 2fxr.b 0.8 0.8 0.9 1.1 0.6 0.4 0.5
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