If you see this message after the page is completely loaded, then JavaScript is not supported or disabled in your browser. Please consider enabling JavaScript for this site.

PRTB_STRGR_115_299_pep

Streptogrisin-B [Peptidase S1 family]

Composition of the binding site

Protein chains monomer
A1 (PRTB_STRGR):127, 128, 147, 148, 173, 232:234, 250:255, 269:274, 282, 283127, 128, 147, 148, 173, 232:234, 250:255, 269:274, 282, 283

Full PDB list

1cso, 1ct0, 1ct2, 1ct4, 1ds2, 1sgd, 1sge, 1sgn, 1sgp, 1sgq, 1sgr, 1sgy, 2gkv, 2nu0, 2nu1, 2nu2, 2nu3, 2nu4, 2qa9, 2qaa, 2sgd, 2sge, 2sgf, 2sgp, 2sgq, 3sgb, 3sgq, 4sgb (redundant Pocketome entry)

Pocket contact map

[download in TSV format]
   
PDB.ch
   
ligand
A1
C
1
2
8
H
1
4
7
V
2
3
2
N
2
3
3
Y
2
3
4
A
2
5
0
E
2
5
1
P
2
5
2
G
2
5
3
D
2
5
4
S
2
5
5
T
2
6
9
S
2
7
0
G
2
7
1
G
2
7
2
S
2
7
3
G
2
7
4
F
2
8
3
[1]1cso.e PACTI33 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1ct0.e PACTS31 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1ct2.e PACTTE41 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1ct4.e PACTV32 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1ds2.e PACT1lu33 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1sgd.e PACTDE42 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1sge.e PACTEE43 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1sgn.e PACTNE42 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1sgp.e PACTAE39 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1sgq.e PACTGE38 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1sgy.e PACTY37 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2gkv.e ACTLE35 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2nu0.e PACTW39 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2nu1.e PACTH35 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2nu2.e PACTR36 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2nu3.e PACTK34 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2qa9.e DAIY34 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2qaa.a Y13 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2sgd.e k,PACTD34 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2sge.e k,PACTE35 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2sgf.e PACTFE45 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2sgp.e PACTP32 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2sgq.e PACTQ34 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3sgb.e PACTLE42 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4sgb.e ACPLN34 . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Site contact map

[download in TSV format]
   
PDB.ch
A1
R
1
2
7
C
1
2
8
H
1
4
7
C
1
4
8
F
1
7
3
V
2
3
2
N
2
3
3
Y
2
3
4
A
2
5
0
E
2
5
1
P
2
5
2
G
2
5
3
D
2
5
4
S
2
5
5
T
2
6
9
S
2
7
0
G
2
7
1
G
2
7
2
S
2
7
3
G
2
7
4
T
2
8
2
F
2
8
3
[1]1cso.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1ct0.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1ct2.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1ct4.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1ds2.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1sgd.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1sge.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1sgn.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1sgp.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1sgq.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1sgy.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2gkv.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2nu0.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2nu1.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2nu2.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2nu3.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2qa9.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2qaa.a . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . .
[1]2sgd.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2sge.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2sgf.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2sgp.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2sgq.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3sgb.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4sgb.e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Pocket-ligand steric compatibility

Ligands (x) vs pockets (y) colored by number of steric clashes

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketligand
≥10
9
8
7
6
5
4
3
2
1
0
1cso.e:PACTI
1ct0.e:PACTS
1ct2.e:PACTTE
1ct4.e:PACTV
1ds2.e:PACT1lu
1sgd.e:PACTDE
1sge.e:PACTEE
1sgn.e:PACTNE
1sgp.e:PACTAE
1sgq.e:PACTGE
1sgy.e:PACTY
2gkv.e:ACTLE
2nu0.e:PACTW
2nu1.e:PACTH
2nu2.e:PACTR
2nu3.e:PACTK
2qa9.e:DAIY
2qaa.a:Y
2sgd.e:PACTD,k
2sge.e:PACTE,k
2sgf.e:PACTFE
2sgp.e:PACTP
2sgq.e:PACTQ
3sgb.e:PACTLE
4sgb.e:ACPLN
[1] 1cso.e
0.1
0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.4 0.4 0.2 0.2 0.1 0.3 0.2 0.1 0.1
[1] 1ct0.e 0
0.2
0.1 0.1 0.1 0.1 0 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.4 0.4 0.1 0.2 0.1 0.3 0.1 0.1 0.1
[1] 1ct2.e 0 0.1
0.2
0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.4 0.4 0.1 0.2 0.2 0.3 0.1 0.2 0.1
[1] 1ct4.e 0 0.1 0.1
0.1
0 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.4 0.4 0.2 0.1 0.1 0.3 0.1 0.1 0.1
[1] 1ds2.e 0 0.2 0.2 0.2
0.2
0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.3 0.2 0.2 0.2 0.4 0.4 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1
[1] 1sgd.e 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1
0.2
0.1 0.2 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.4 0.4 0.2 0.2 0.2 0.3 0.1 0.1 0.1
[1] 1sge.e 0 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
0.2
0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4 0.4 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1
[1] 1sgn.e 0 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1
0.1
0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.4 0.4 0.2 0.2 0.2 0.3 0.1 0.2 0.1
[1] 1sgp.e 0 0.2 0.1 0.1 0 0.1 0.1 0.1
0.2
0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.4 0.4 0.2 0.2 0.1 0.3 0.1 0.1 0.1
[1] 1sgq.e 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2
0.2
0.2 0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.4 0.4 0.3 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.1
[1] 1sgy.e 0 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2
0.2
0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4 0.4 0.2 0.3 0.2 0.3 0.2 0.2 0.1
[1] 2gkv.e 0 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
0.1
0.2 0.1 0.1 0.1 0.4 0.4 0.3 0.3 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1
[1] 2nu0.e 0 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1
0.2
0.1 0.1 0.1 0.4 0.4 0.2 0.2 0.1 0.3 0.1 0.1 0.2
[1] 2nu1.e 0 0.2 0.1 0 0 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1
0.2
0.2 0.2 0.4 0.4 0.2 0.1 0.1 0.3 0.2 0.1 0.1
[1] 2nu2.e 0 0.1 0.1 0 0 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0
0.1
0.2 0.4 0.4 0.2 0.2 0.1 0.3 0.1 0.1 0.1
[1] 2nu3.e 0 0.1 0.1 0 0 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0 0.1
0.2
0.4 0.4 0.2 0.2 0.1 0.3 0.1 0.1 0.1
[1] 2qa9.e 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3
0.4
0.5 0.4 0.5 0.2 0.9 0.3 0.2 0.2
[1] 2qaa.a 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4
0.6
0.4 0.5 0.2 0.7 0.2 0.2 0.2
[1] 2sgd.e 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.4 0.4
0.2
0.3 0.2 0.3 0.1 0.1 0.1
[1] 2sge.e 0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.1 0.3 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4 0.4 0.2
0.3
0.1 0.3 0.2 0.2 0.2
[1] 2sgf.e 0 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.4 0.4 0.2 0.2
0.2
0.2 0.1 0.2 0.1
[1] 2sgp.e 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.3 0.4 0.2 0.2 0.1
0.2
0.2 0.1 0.1
[1] 2sgq.e 0 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4 0.4 0.2 0.2 0.2 0.3
0.2
0.2 0.1
[1] 3sgb.e 0 0.2 0.1 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.1 0.3 0.2 0.2 0.2 0.4 0.4 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2
0.2
0.1
[1] 4sgb.e 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.3 0.1 0.1 0.1 0.4 0.4 0.3 0.3 0.1 0.2 0.1 0.1
0
[Pocket-ligand steric clashes matrix]

Pocket clash dissimilarity (1 cluster)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by ligand clash profile difference

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥1.
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
.0
1cso.e
1ct0.e
1ct2.e
1ct4.e
1ds2.e
1sgd.e
1sge.e
1sgn.e
1sgp.e
1sgq.e
1sgy.e
2gkv.e
2nu0.e
2nu1.e
2nu2.e
2nu3.e
2qa9.e
2qaa.a
2sgd.e
2sge.e
2sgf.e
2sgp.e
2sgq.e
3sgb.e
4sgb.e
[1] 1cso.e
0
0 0 0 .01 0 0 0 0 0 0 .01 0 0 0 0 .02 .04 0 0 0 0 0 .01 .02
[1] 1ct0.e 0
0
0 0 .01 0 0 0 0 0 0 .01 0 0 0 0 .02 .04 0 0 0 0 0 .01 .02
[1] 1ct2.e 0 0
0
0 .01 0 0 0 0 0 0 .01 0 0 0 0 .02 .04 0 0 0 0 0 .01 .02
[1] 1ct4.e 0 0 0
0
.01 0 0 0 0 0 0 .01 0 0 0 0 .02 .04 0 0 0 0 0 .01 .02
[1] 1ds2.e .01 .01 .01 .01
0
.01 0 .01 .01 .01 .01 .01 0 .01 .01 .01 .03 .04 .01 0 0 0 .01 0 .01
[1] 1sgd.e 0 0 0 0 .01
0
0 0 0 0 0 .01 0 0 0 0 .02 .04 0 0 0 0 0 .01 .02
[1] 1sge.e 0 0 0 0 0 0
0
0 0 0 0 0 .01 0 .01 .01 .03 .03 .01 .01 0 0 0 0 .01
[1] 1sgn.e 0 0 0 0 .01 0 0
0
0 0 0 .01 0 0 0 0 .02 .04 0 0 0 0 0 .01 .02
[1] 1sgp.e 0 0 0 0 .01 0 0 0
0
0 0 .01 0 0 0 0 .02 .04 0 0 0 0 0 .01 .02
[1] 1sgq.e 0 0 0 0 .01 0 0 0 0
0
0 .01 0 0 0 0 .02 .04 0 0 0 0 0 .01 .02
[1] 1sgy.e 0 0 0 0 .01 0 0 0 0 0
0
.01 0 0 0 0 .02 .04 0 0 0 0 0 .01 .02
[1] 2gkv.e .01 .01 .01 .01 .01 .01 0 .01 .01 .01 .01
0
.01 .01 0 0 .03 .03 0 .01 0 0 .01 .01 .02
[1] 2nu0.e 0 0 0 0 0 0 .01 0 0 0 0 .01
0
0 .01 .01 .03 .04 .01 0 .01 .01 0 0 .01
[1] 2nu1.e 0 0 0 0 .01 0 0 0 0 0 0 .01 0
0
0 0 .02 .04 0 0 0 0 0 .01 .02
[1] 2nu2.e 0 0 0 0 .01 0 .01 0 0 0 0 0 .01 0
0
0 .03 .03 0 .01 .01 .01 0 .01 .02
[1] 2nu3.e 0 0 0 0 .01 0 .01 0 0 0 0 0 .01 0 0
0
.03 .03 0 .01 .01 .01 0 .01 .02
[1] 2qa9.e .02 .02 .02 .02 .03 .02 .03 .02 .02 .02 .02 .03 .03 .02 .03 .03
0
.02 .03 .03 .03 .03 .02 .03 .03
[1] 2qaa.a .04 .04 .04 .04 .04 .04 .03 .04 .04 .04 .04 .03 .04 .04 .03 .03 .02
0
.03 .04 .03 .03 .04 .04 .04
[1] 2sgd.e 0 0 0 0 .01 0 .01 0 0 0 0 0 .01 0 0 0 .03 .03
0
.01 .01 .01 0 .01 .02
[1] 2sge.e 0 0 0 0 0 0 .01 0 0 0 0 .01 0 0 .01 .01 .03 .04 .01
0
.01 .01 0 0 .01
[1] 2sgf.e 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 .01 0 .01 .01 .03 .03 .01 .01
0
0 0 0 .01
[1] 2sgp.e 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 .01 0 .01 .01 .03 .03 .01 .01 0
0
0 0 .01
[1] 2sgq.e 0 0 0 0 .01 0 0 0 0 0 0 .01 0 0 0 0 .02 .04 0 0 0 0
0
.01 .02
[1] 3sgb.e .01 .01 .01 .01 0 .01 0 .01 .01 .01 .01 .01 0 .01 .01 .01 .03 .04 .01 0 0 0 .01
0
.01
[1] 4sgb.e .02 .02 .02 .02 .01 .02 .01 .02 .02 .02 .02 .02 .01 .02 .02 .02 .03 .04 .02 .01 .01 .01 .02 .01
0
[Pocket clash dissimilarity matrix]

Site backbone RMSD (median 0.3 Å)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by RMSD of site residue backbone atoms

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥10 Å
9 Å
8 Å
7 Å
6 Å
5 Å
4 Å
3 Å
2 Å
1 Å
0 Å
1cso.e
1ct0.e
1ct2.e
1ct4.e
1ds2.e
1sgd.e
1sge.e
1sgn.e
1sgp.e
1sgq.e
1sgy.e
2gkv.e
2nu0.e
2nu1.e
2nu2.e
2nu3.e
2qa9.e
2qaa.a
2sgd.e
2sge.e
2sgf.e
2sgp.e
2sgq.e
3sgb.e
4sgb.e
[1] 1cso.e
0
0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.2 0.3
[1] 1ct0.e 0.1
0
0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.3 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.3
[1] 1ct2.e 0.1 0.1
0
0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.3
[1] 1ct4.e 0.1 0.1 0.1
0
0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.3 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.3
[1] 1ds2.e 0.1 0.1 0.1 0.1
0
0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 0.3
[1] 1sgd.e 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2
0
0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.2 0.3
[1] 1sge.e 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1
0
0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 0.3
[1] 1sgn.e 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1
0
0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.2 0.3
[1] 1sgp.e 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1
0
0.1 0.1 0.3 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.2 0.3
[1] 1sgq.e 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1
0
0.1 0.3 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.2 0.3
[1] 1sgy.e 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1
0
0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.3
[1] 2gkv.e 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.2
0
0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 0.3 0.2 0.2 0.3
[1] 2nu0.e 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2
0
0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.2 0.3
[1] 2nu1.e 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1
0
0.1 0.1 0.3 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.3
[1] 2nu2.e 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.3 0.1 0.1
0
0.1 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.4
[1] 2nu3.e 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.3 0.1 0.1 0.1
0
0.3 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4
[1] 2qa9.e 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3
0
0.2 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3
[1] 2qaa.a 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
0
0.3 0.3 0.2 0.3 0.2 0.2 0.3
[1] 2sgd.e 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3
0
0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.4
[1] 2sge.e 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.3 0.2 0.1 0.2 0.1 0.3 0.3 0.2
0
0.2 0.2 0.2 0.2 0.4
[1] 2sgf.e 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
0
0.2 0.1 0.1 0.3
[1] 2sgp.e 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2
0
0.2 0.3 0.4
[1] 2sgq.e 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2
0
0.2 0.3
[1] 3sgb.e 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.2 0.1 0.3 0.2
0
0.3
[1] 4sgb.e 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.4 0.3 0.3 0.4 0.4 0.3 0.4 0.3 0.3
0
[Binding site backbone RMSD matrix]

Site full-atom RMSD (median 0.2 Å)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by RMSD of all site residue atoms

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥10 Å
9 Å
8 Å
7 Å
6 Å
5 Å
4 Å
3 Å
2 Å
1 Å
0 Å
1cso.e
1ct0.e
1ct2.e
1ct4.e
1ds2.e
1sgd.e
1sge.e
1sgn.e
1sgp.e
1sgq.e
1sgy.e
2gkv.e
2nu0.e
2nu1.e
2nu2.e
2nu3.e
2qa9.e
2qaa.a
2sgd.e
2sge.e
2sgf.e
2sgp.e
2sgq.e
3sgb.e
4sgb.e
[1] 1cso.e
0
0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.4 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.1 0.1 0.2 0.4 0.3 0.3 0.5 0.4 0.2 0.6 0.2 0.7 0.8
[1] 1ct0.e 0.1
0
0.1 0.1 0.1 0.1 0.4 0.1 0.1 0.1 0.1 0.3 0.1 0.1 0.1 0.4 0.3 0.3 0.4 0.4 0.1 0.6 0.1 0.7 0.8
[1] 1ct2.e 0.1 0.1
0
0.1 0.1 0.1 0.4 0.1 0.1 0.1 0.1 0.3 0.1 0.1 0.1 0.4 0.3 0.2 0.5 0.4 0.1 0.6 0.1 0.7 0.8
[1] 1ct4.e 0.1 0.1 0.1
0
0.1 0.1 0.4 0.1 0.1 0.1 0.1 0.3 0.1 0.1 0.1 0.4 0.3 0.3 0.4 0.4 0.1 0.6 0.1 0.7 0.8
[1] 1ds2.e 0.1 0.1 0.1 0.1
0
0.2 0.4 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.4 0.3 0.2 0.5 0.4 0.1 0.6 0.1 0.7 0.8
[1] 1sgd.e 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2
0
0.4 0.1 0.1 0.1 0.1 0.3 0.1 0.1 0.2 0.4 0.3 0.3 0.5 0.4 0.1 0.6 0.2 0.7 0.8
[1] 1sge.e 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4
0
0.4 0.4 0.4 0.4 0.5 0.4 0.4 0.4 0.2 0.5 0.5 0.6 0.2 0.4 0.5 0.4 0.5 0.7
[1] 1sgn.e 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.4
0
0.1 0.1 0.1 0.3 0.1 0.1 0.1 0.4 0.3 0.3 0.5 0.4 0.1 0.6 0.1 0.7 0.8
[1] 1sgp.e 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.4 0.1
0
0.1 0.1 0.3 0.1 0.1 0.1 0.4 0.3 0.3 0.4 0.4 0.1 0.6 0.1 0.7 0.8
[1] 1sgq.e 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.4 0.1 0.1
0
0.1 0.3 0.1 0.1 0.1 0.4 0.3 0.3 0.4 0.4 0.1 0.6 0.1 0.7 0.8
[1] 1sgy.e 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.4 0.1 0.1 0.1
0
0.3 0.1 0.1 0.2 0.4 0.3 0.3 0.5 0.4 0.1 0.6 0.1 0.7 0.8
[1] 2gkv.e 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.5 0.3 0.3 0.3 0.3
0
0.3 0.3 0.3 0.5 0.3 0.2 0.5 0.5 0.2 0.7 0.3 0.7 0.8
[1] 2nu0.e 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.4 0.1 0.1 0.1 0.1 0.3
0
0.1 0.1 0.4 0.3 0.3 0.4 0.4 0.1 0.6 0.1 0.7 0.8
[1] 2nu1.e 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.4 0.1 0.1 0.1 0.1 0.3 0.1
0
0.1 0.4 0.3 0.2 0.4 0.4 0.1 0.6 0.1 0.7 0.8
[1] 2nu2.e 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.4 0.1 0.1 0.1 0.2 0.3 0.1 0.1
0
0.4 0.3 0.2 0.4 0.4 0.2 0.6 0.1 0.7 0.8
[1] 2nu3.e 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.2 0.4 0.4 0.4 0.4 0.5 0.4 0.4 0.4
0
0.5 0.5 0.6 0.2 0.4 0.4 0.4 0.6 0.7
[1] 2qa9.e 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.5 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.5
0
0.2 0.5 0.5 0.3 0.7 0.3 0.7 0.8
[1] 2qaa.a 0.3 0.3 0.2 0.3 0.2 0.3 0.5 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.2 0.2 0.5 0.2
0
0.5 0.5 0.2 0.7 0.3 0.7 0.8
[1] 2sgd.e 0.5 0.4 0.5 0.4 0.5 0.5 0.6 0.5 0.4 0.4 0.5 0.5 0.4 0.4 0.4 0.6 0.5 0.5
0
0.6 0.5 0.5 0.4 0.8 0.9
[1] 2sge.e 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.2 0.4 0.4 0.4 0.4 0.5 0.4 0.4 0.4 0.2 0.5 0.5 0.6
0
0.4 0.5 0.4 0.6 0.7
[1] 2sgf.e 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.4 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.4 0.3 0.2 0.5 0.4
0
0.6 0.1 0.7 0.8
[1] 2sgp.e 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.5 0.6 0.6 0.6 0.6 0.7 0.6 0.6 0.6 0.4 0.7 0.7 0.5 0.5 0.6
0
0.6 0.7 0.8
[1] 2sgq.e 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.4 0.1 0.1 0.1 0.1 0.3 0.1 0.1 0.1 0.4 0.3 0.3 0.4 0.4 0.1 0.6
0
0.7 0.8
[1] 3sgb.e 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.5 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.6 0.7 0.7 0.8 0.6 0.7 0.7 0.7
0
0.4
[1] 4sgb.e 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.7 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.7 0.8 0.8 0.9 0.7 0.8 0.8 0.8 0.4
0
[Binding site full-atom RMSD matrix]







[show 3D visualization]

[ENTRY 2D visualization]

L C X E | Background Color: | Anaglyph Stereo:

loading...