PRLA_LYSEN_200_397

Alpha-lytic protease [Peptidase S1 family]

ActiveICM:

L C E

Composition of the binding pockets

Protein chains homodimer
 • A1 (PRLA_LYSEN):214:216,235,258,320:324,337:342,357:363,379214:216,235,258,320:324,337:342,357:363,379
 • A2 (PRLA_LYSEN):288,291,352,396,397288,291,352,396,397

Full PDB list

1boq,1gba,1gbb,1gbc,1gbd,1gbe,1gbf,1gbh,1gbi,1gbj,1gbk,1gbl,1gbm,1p01,1p02,1p03,1p04,1p05,1p06,1p09,1p10,1p11,1p12,1qq4,1qrw,1qrx,1ssx,1tal,2alp,2h5c,2h5d,2lpr,2ull,3lpr,3m7t,3m7u,3pro,3qgj,3urc,3urd,3ure,4pro,5lpr,6lpr,7lpr,8lpr,9lpr (redundant pocketome entry)

Contact map

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ligand
A1 A2
S
2
1
4
L
2
1
5
C
2
1
6
H
2
3
5
F
2
5
8
A
3
2
0
N
3
2
1
Y
3
2
2
A
3
2
3
E
3
2
4
M
3
3
7
G
3
3
8
R
3
3
9
G
3
4
0
D
3
4
1
S
3
4
2
M
3
5
7
S
3
5
8
G
3
5
9
G
3
6
0
N
3
6
1
V
3
6
2
Q
3
6
3
L
3
7
9
R
2
8
8
T
2
9
1
Q
3
5
2
T
3
9
6
G
3
9
7
[1]3pro.a aes 12 . . . . . . . . . . . . . . . * A . . . . . . . - - - - -
[1]1p11.e bocAAPpva,bocAAPpva.lacA 74 . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]1p12.e bocAAPpva.lacA 42 . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]1gba.a none . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . . . . . . .
[1]1gbb.a AAPb2a 23 . . . . . . . . . . A . . . . * . . . A . . . . . . . . .
[1]1gbc.a AAPble 26 . . . . . . . . . . A . . . . * . . . A . . . . . . . . .
[1]1gbd.a AAPb2f 29 . . . . . . . . . . A . . . . * . . . A . . . . . . . . .
[1]1gbe.a none . . . . . . . . . . A . . . . . . . . L . . . . . . . . .
[1]1gbf.a AAPb2a 23 . . . . . . . . . . A . . . . * . . . L . . . . . . . . .
[1]1gbh.a AAPble 26 . . . . . . . . . . A . . . . * . . . L . . . . . . . . .
[1]1gbi.a AAPb2f 28 . . . . . . . . . . A . . . . * . . . L . . . . . . . . .
[1]1gbj.a none . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1gbk.a AAPb2a 23 . . . . . . . . . . A . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]1gbl.a AAPble 26 . . . . . . . . . . A . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]1gbm.a AAPb2f 29 . . . . . . . . . . A . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]1p01.a 0eg 27 . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]1p02.a AAPb2a 23 . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]1p03.a AAPb2v 25 . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]1p04.a AAPb2i 26 . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]1p05.a AAPbno 26 . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]1p06.a AAPb2f 28 . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]1p09.a none . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
[1]1p10.a AAPb2v 25 . . . . . . . . . . . . . . . * A . . . . . . . . . . . .
[1]1qq4.a none . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1tal.a tam 8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2h5d.a msuAAPb2v 33 . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]2lpr.a AAPb2v 25 . . . . . . . . . . A . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]3lpr.a AAPbno 26 . . . . . . . . . . A . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]3m7t.a none . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3m7u.a LQPI 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3qgj.c aceAAP2a1 25 . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . - - - - -
[1]5lpr.a AAPb2a 23 . . . . . . . . . . . . . . . * A . . . . . . . . . . . .
[1]6lpr.a AAPbno 26 . . . . . . . . . . . . . . . * A . . . . . . . . . . . .
[1]7lpr.a AAPble 26 . . . . . . . . . . . . . . . * A . . . . . . . . . . . .
[1]8lpr.a AAPb2f 29 . . . . . . . . . . . . . . . * A . . . . . . . . . . . .
[1]9lpr.a AAPble 26 . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)
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