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PNMT_HUMAN_1_282

Phenylethanolamine N-methyltransferase [Class I-like SAM-binding methyltransferase superfamily. NNMT/PNMT/TEMT family]

Composition of the binding site

Protein chains monomer [domain annotation]
A1 (PNMT_HUMAN):R: S-adenosyl-L-methionine binding (79, 80)
R: S-adenosyl-L-methionine binding (158, 159)
27, 30, 35, 39, 40, 44, 45, 47, 53, 54, 57, 58, 81, 83, 85, 86, 101:103, 106, 126, 157, 160, 181:183, 186, 187, 216, 219, 222, 231, 258, 267, 269, 272
27, 30, 35, 39, 40, 44, 45, 47, 53, 54, 57, 58, 79:81, 83, 85, 86, 101:103, 106, 126, 157:160, 181:183, 186, 187, 216, 219, 222, 231, 258, 267, 269, 272

Full PDB list

1hnn, 1n7i, 1n7j, 1yz3, 2an3, 2an4, 2an5, 2g70, 2g71, 2g72, 2g8n, 2obf, 2ony, 2onz, 2opb, 3hca, 3hcb, 3hcc, 3hcd, 3hce, 3hcf, 3kpj, 3kpu, 3kpv, 3kpw, 3kpy, 3kqm, 3kqo, 3kqp, 3kqq, 3kqs, 3kqt, 3kqv, 3kqw, 3kqy, 3kr0, 3kr1, 3kr2, 4dm3, 4mik, 4mq4 (redundant Pocketome entry)

Pocket contact map

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PDB.ch
   
ligand
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[1]1hnn.a sah,skf40 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1n7i.a ly1,sah39 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1n7j.a idi,sah37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1yz3.b sah,ska38 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2an3.a ctl,sah38 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2an4.a otr,sah37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2an5.b sah,ttl38 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2g70.b hnt,sam42 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2g71.a fts,sah48 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2g72.a f21,sam48 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2g8n.b f83,sah49 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2obf.b f83,sah49 . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2ony.a sah,tmj47 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2onz.a sah,tmj47 . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2opb.a f21,sah47 . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3hcb.a lt2,sah38 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3hcc.a lt3,sah42 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3hcd.a lnr,sah38 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3hcf.b lt5,sah40 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kpj.a sah26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kpu.a es1,sah37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kpv.a ade,sah36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kpw.a 1sq,sah37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kpy.a es2,sah37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kqm.a es3,sah32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kqo.a es4,sah36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kqp.a es5,sah37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kqq.a es6,sah36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kqs.a ax7,sah36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kqt.a es7,sah37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kqv.a fan,sah35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kqw.a es9,sah36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kqy.b es0,sah37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kr0.a 172,sah37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kr1.a sah,vgd37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kr2.a et2,sah37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4dm3.a rco,sah34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4mik.a jil36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4mq4.b 2d535 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Site contact map

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[1]1hnn.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . .
[1]1n7i.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1n7j.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . .
[1]1yz3.b . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2an3.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2an4.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . .
[1]2an5.b . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2g70.b . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2g71.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . .
[1]2g72.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . .
[1]2g8n.b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . .
[1]2obf.b . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . .
[1]2ony.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2onz.a . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2opb.a . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . .
[1]3hcb.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3hcc.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3hcd.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3hcf.b . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kpj.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kpu.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kpv.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kpw.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kpy.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kqm.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . .
[1]3kqo.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kqp.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kqq.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kqs.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kqt.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kqv.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kqw.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kqy.b . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kr0.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kr1.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3kr2.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4dm3.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4mik.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4mq4.b . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Pocket-ligand steric compatibility

Ligands (x) vs pockets (y) colored by number of steric clashes

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketligand
≥10
9
8
7
6
5
4
3
2
1
0
1hnn.a:sah,skf
1n7i.a:ly1,sah
1n7j.a:idi,sah
1yz3.b:sah,ska
2an3.a:ctl,sah
2an4.a:otr,sah
2an5.b:sah,ttl
2g70.b:hnt,sam
2g71.a:fts,sah
2g72.a:f21,sam
2g8n.b:f83,sah
2obf.b:f83,sah
2ony.a:sah,tmj
2onz.a:sah,tmj
2opb.a:f21,sah
3hcb.a:lt2,sah
3hcc.a:lt3,sah
3hcd.a:lnr,sah
3hcf.b:lt5,sah
3kpj.a:sah
3kpu.a:es1,sah
3kpv.a:ade,sah
3kpw.a:1sq,sah
3kpy.a:es2,sah
3kqm.a:es3,sah
3kqo.a:es4,sah
3kqp.a:es5,sah
3kqq.a:es6,sah
3kqs.a:ax7,sah
3kqt.a:es7,sah
3kqv.a:fan,sah
3kqw.a:es9,sah
3kqy.b:es0,sah
3kr0.a:172,sah
3kr1.a:sah,vgd
3kr2.a:et2,sah
4dm3.a:rco,sah
4mik.a:jil
4mq4.b:2d5
[1] 1hnn.a
0.2
0.5 0.1 0.1 0.1 0.3 0.1 0.4 1.1 1.9 2.1 2.0 1.8 1.7 2.1 0.3 0.4 0.3 0.4 0.1 0.5 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.4 0.4 0.2 0.2 0.1 0.4 0.3 0.2 0.6 0.3 0.1 0.6 0.2
[1] 1n7i.a 0.4
0.2
0.3 0.3 0.2 0.2 0.4 0.5 0.9 1.9 2.1 2.2 1.7 1.7 2.3 0.2 0.4 0.2 0.4 0.2 0.4 0.3 0.3 0.2 0.2 0.4 0.5 0.4 0.4 0.4 0.3 0.5 0.6 0.3 0.7 0.3 0.3 0.5 0.1
[1] 1n7j.a 0.3 0.4
0.1
0.1 0.2 0.1 0.2 0.4 0.7 1.7 1.5 1.6 1.5 1.3 1.7 0.1 0.2 0.3 0.5 0.1 0.5 0.2 0.1 0.2 0.2 0 0.4 0.2 0.2 0.3 0.2 0.5 0.4 0.4 1.1 0.4 0.2 0.5 0.2
[1] 1yz3.b 0.3 0.5 0
0.1
0.1 0.1 0.3 0.2 1.2 1.9 1.9 1.9 2.2 2.1 2.0 0.2 0.2 0.2 0.4 0.1 0.5 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.3 0.1 0.1 0.1 0.2 0.3 0.1 0.5 0.2 0.2 0.4 0.1
[1] 2an3.a 0.3 0.4 0.1 0.2
0
0.1 0 0.2 1.2 1.9 1.8 2.0 1.7 1.6 2.3 0.3 0 0.2 0.3 0 0.5 0.1 0.1 0.1 0 0.1 0 0.2 0 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.4 0 0 0.6 0.2
[1] 2an4.a 0.5 0.3 0.2 0.3 0.1
0.1
0.1 0.3 1.2 1.9 1.9 1.9 1.6 1.6 2.3 0.2 0.1 0.2 0.3 0 0.7 0.2 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0 0.4 0.6 0.1 0.7 0.4 0 0.6 0.1
[1] 2an5.b 0.2 0.4 0.1 0.2 0.1 0.1
0.1
0.2 1.0 2.0 1.6 1.4 1.9 1.8 2.0 0.3 0 0.2 0.3 0 0.5 0.2 0 0.2 0.1 0.2 0 0.2 0.1 0.2 0.1 0.3 0.2 0.1 0.5 0.2 0.1 0.6 0.1
[1] 2g70.b 0.3 0.4 0 0.2 0.2 0.3 0.3
0.1
0.8 1.8 2.1 2.1 1.8 2.0 2.0 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.6 0.2 0.1 0.1 0.3 0.3 0.5 0.4 0.2 0.3 0.1 0.1 0.7 0.1 0.6 0.2 0.1 0.1 0
[1] 2g71.a 0.1 0.4 0 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2
0.1
1.3 1.2 1.2 1.2 1.2 1.6 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.5 0.1 0 0.1 0 0 0.2 0.1 0.2 0 0.1 0.4 0.2 0.2 0.7 0.1 0.1 0.2 0.1
[1] 2g72.a 0.3 0.4 0.1 0.2 0.3 0.2 0.2 0.3 0.3
0.1
0.1 0.2 0.3 0.1 0.2 0.3 0.2 0.2 0.4 0.1 0.5 0.3 0.1 0.1 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.1 0.4 0.2 0.2 0.6 0.3 0.2 0.2 0.1
[1] 2g8n.b 0.2 0.4 0 0.1 0.1 0.2 0.3 0.3 0.3 0.1
0.1
0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.1 0.5 0.3 0.1 0.1 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0 0.2 0.3 0.2 0.3 0.7 0.1 0.2 0.2 0.1
[1] 2obf.b 0.2 0.4 0 0.1 0.1 0.3 0.2 0.2 0.3 0.2 0.1
0.1
0.1 0.1 0.2 0.3 0.3 0.2 0.5 0.2 0.7 0.4 0.1 0.2 0.5 0.5 0.6 0.4 0.1 0 0.2 0.4 0.3 0.3 0.8 0.1 0.2 0.1 0.1
[1] 2ony.a 0.2 0.4 0 0.1 0.1 0.2 0.1 0.3 0.5 0.2 0.1 0.1
0.1
0.1 0.2 0.3 0.3 0.2 0.3 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.3 0.2 0.4 0.2 0.1 0 0.1 0.2 0.2 0.2 0.4 0.1 0.2 0.4 0.2
[1] 2onz.a 0.2 0.3 0 0.2 0.1 0.2 0.2 0.3 0.7 0.1 0.1 0.2 0.1
0
0.4 0.3 0.3 0.3 0.4 0.1 0.3 0.2 0.1 0.2 0.5 0.3 0.4 0.3 0.1 0 0.2 0.4 0.2 0.2 0.5 0.2 0.2 0.4 0.2
[1] 2opb.a 0.3 0.6 0.1 0.2 0.1 0.3 0.3 0.4 0.2 0.1 0.3 0.3 0.1 0.1
0.2
0.3 0.4 0.2 0.3 0.1 0.6 0.2 0.1 0.2 0.3 0.3 0.5 0.3 0.3 0.2 0.2 0.5 0.3 0.3 0.9 0.5 0.2 0.1 0.2
[1] 3hcb.a 0.2 0.3 0 0.1 0 0.1 0.1 0.2 0.8 1.8 1.5 1.5 1.5 1.6 2.0
0.2
0 0.1 0.2 0 0.3 0.1 0 0.2 0 0 0 0 0.1 0 0.1 0.3 0.2 0.1 0.4 0.1 0.1 0.4 0.2
[1] 3hcc.a 0.3 0.3 0 0 0 0.1 0.1 0.1 0.7 1.5 1.6 1.6 1.4 1.4 2.1 0.1
0
0.1 0.1 0 0.3 0 0.1 0.2 0 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0 0.1 0.4 0.2
[1] 3hcd.a 0.4 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.5 1.1 1.7 2.0 2.0 1.7 1.5 2.1 0.2 0.1
0.1
0.2 0.1 0.7 0.3 0.2 0.1 0.2 0.3 0.3 0.5 0.2 0.2 0.1 0.2 0.5 0 0.5 0.1 0.2 0.6 0.3
[1] 3hcf.b 0.1 0.4 0 0 0 0.1 0.2 0.1 0.9 1.9 1.9 2.1 1.6 1.5 2.3 0.1 0.1 0
0
0 0.6 0 0 0.1 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0 0.2 0.2 0.1 0.4 0.1 0.1 0.5 0
[1] 3kpj.a 0.4 0.3 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.4 0.8 1.9 1.7 1.5 1.7 1.5 2.0 0.3 0 0.1 0.1
0
0.6 0.2 0.1 0.1 0 0.1 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.5 0.1 0.5 0.1 0.2 0.6 0.2
[1] 3kpu.a 0.4 0.3 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.3 0.8 1.9 1.3 1.2 1.3 1.2 1.7 0.1 0.2 0.3 0.1 0.1
0
0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.3 0.5 0.1
[1] 3kpv.a 0.4 0.3 0.2 0.3 0.1 0.3 0.2 0.3 0.8 1.6 1.2 1.3 1.4 1.3 2.0 0.2 0.2 0.3 0.3 0.1 0.4
0
0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.1 0.4 0.1
[1] 3kpw.a 0.3 0.4 0 0.1 0.1 0.1 0.1 0.3 0.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.4 2.1 0.2 0.2 0.1 0.3 0 0.4 0.2
0
0.1 0.1 0.2 0.1 0.3 0.1 0.2 0 0.1 0.3 0.1 0.2 0 0 0.4 0.1
[1] 3kpy.a 0.4 0.4 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.8 1.5 1.6 1.5 1.5 1.5 2.1 0.2 0.1 0.1 0.3 0 0.4 0.2 0
0.1
0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0 0.1 0.2 0.1 0.3 0.1 0.1 0.4 0.1
[1] 3kqm.a 0.5 0.6 0.1 0.2 0 0.3 0.4 0.4 1.1 1.9 1.4 1.4 1.7 1.7 2.4 0.5 0.4 0.4 0.4 0.1 0.9 0.2 0.6 0.5
0
0.1 0.2 0.4 0.2 0.3 0.3 0.4 0.8 0.3 0.9 0.4 0.3 1.0 0.5
[1] 3kqo.a 0.4 0.5 0 0.2 0.2 0.1 0.1 0.1 0.5 1.7 1.4 1.4 1.6 1.4 1.9 0.3 0.3 0.1 0.3 0.1 0.5 0.1 0.1 0.3 0.1
0.1
0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.2 0 0.1 0.2 0.1
[1] 3kqp.a 0.2 0.4 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.3 0.7 1.7 1.2 1.1 1.6 1.1 2.0 0.2 0.3 0.3 0.2 0 0.2 0.2 0 0.1 0.1 0.1
0
0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.4 0.1 0.2 0.1 0.2 0.5 0.2
[1] 3kqq.a 0.2 0.6 0 0.3 0 0.2 0.2 0.3 0.9 1.5 1.4 1.3 1.4 1.4 2.0 0.2 0.3 0.2 0.4 0 0.3 0.1 0.3 0.1 0 0.1 0
0.1
0.2 0.2 0.1 0.3 0.2 0.1 0.5 0.2 0.3 0.7 0.3
[1] 3kqs.a 0.3 0.3 0 0.1 0.1 0.3 0.1 0.1 1.0 1.8 1.6 1.7 1.5 1.5 1.8 0.4 0.2 0.2 0.2 0.1 0.6 0.1 0.1 0.1 0.5 0.3 0.4 0.3
0.1
0.1 0.2 0.3 0.3 0.3 0.4 0.1 0.1 0.1 0.2
[1] 3kqt.a 0.3 0.4 0 0.1 0.1 0.4 0.2 0.2 0.9 1.7 1.7 1.8 1.7 1.7 2.1 0.3 0.3 0.3 0.3 0.1 0.4 0.1 0.2 0.3 0.4 0.3 0.4 0.3 0.2
0
0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.2 0.2 0.2 0.4
[1] 3kqv.a 0.2 0.4 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.7 1.4 1.5 1.5 1.7 1.6 2.0 0.3 0.1 0.1 0.2 0 0.2 0.1 0 0.1 0.1 0.1 0 0.1 0.1 0.2
0.1
0.1 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 0.6 0.1
[1] 3kqw.a 0.3 0.5 0 0.1 0.1 0.1 0.1 0.3 1.1 1.8 1.9 1.7 2.1 2.0 2.3 0.3 0.3 0.1 0.2 0.1 0.5 0.3 0.1 0.3 0.1 0.1 0 0.3 0.3 0.2 0.1
0.2
0.6 0.1 0.5 0.1 0.2 0.4 0.2
[1] 3kqy.b 0.4 0.4 0.1 0.2 0.1 0.3 0.1 0.1 0.7 1.8 1.4 1.4 1.8 1.9 1.9 0.2 0.3 0.2 0.4 0.1 0.5 0.2 0.1 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.1 0.2 0.3
0.2
0.3 0.6 0.1 0.1 0.3 0.1
[1] 3kr0.a 0.2 0.4 0.1 0.1 0.1 0 0.1 0.3 0.7 1.7 1.8 1.6 1.5 1.3 2.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.4 0.3 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.5 0.1 0.1 0.1 0.2 0.4
0
0.5 0.1 0.2 0.6 0.4
[1] 3kr1.a 0.3 0.4 0 0 0.1 0.2 0.3 0.1 0.7 1.3 1.4 1.4 1.3 1.4 2.0 0.4 0.3 0.2 0.2 0.1 0.3 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.4 0.1 0 0.1 0.1 0.2 0.2
0.3
0 0.1 0.5 0.2
[1] 3kr2.a 0.2 0.4 0 0.2 0.1 0.3 0.2 0.2 0.9 1.8 1.6 1.6 1.5 1.6 2.0 0.3 0.3 0.2 0.2 0.1 0.5 0.2 0.1 0.1 0.4 0.3 0.3 0.3 0.1 0.1 0.2 0.2 0.3 0.3 0.4
0.1
0.1 0.4 0.2
[1] 4dm3.a 0.3 0.4 0.1 0.2 0.2 0.3 0.1 0.3 0.7 1.6 1.6 1.5 1.5 1.5 2.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0 0.4 0.2 0 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1 0.3 0.2 0.3 0.1
0
0.5 0.1
[1] 4mik.a 0.2 0.4 0 0.1 0.1 0 0.1 0.1 0.4 1.8 1.4 1.4 1.6 1.7 1.8 0.1 0 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0 0.2 0 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0 0.2 0 0.3 0 0.1
0.4
0.2
[1] 4mq4.b 0.2 0.3 0 0 0 0 0.1 0.1 0.4 1.3 1.4 1.4 1.2 1.3 1.6 0 0.1 0.1 0.1 0 0.1 0 0 0.1 0 0 0.1 0.1 0.1 0 0.1 0 0.1 0 0.2 0 0.1 0.3
0
[Pocket-ligand steric clashes matrix]

Pocket clash dissimilarity (1 cluster)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by ligand clash profile difference

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥1.
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
.0
1hnn.a
1n7i.a
1n7j.a
1yz3.b
2an3.a
2an4.a
2an5.b
2g70.b
2g71.a
2g72.a
2g8n.b
2obf.b
2ony.a
2onz.a
2opb.a
3hcb.a
3hcc.a
3hcd.a
3hcf.b
3kpj.a
3kpu.a
3kpv.a
3kpw.a
3kpy.a
3kqm.a
3kqo.a
3kqp.a
3kqq.a
3kqs.a
3kqt.a
3kqv.a
3kqw.a
3kqy.b
3kr0.a
3kr1.a
3kr2.a
4dm3.a
4mik.a
4mq4.b
[1] 1hnn.a
0
.03 .04 .03 .03 .03 .03 .04 .05 .07 .07 .08 .08 .08 .07 .03 .04 .03 .03 .04 .05 .04 .04 .04 .04 .04 .04 .05 .06 .04 .04 .04 .03 .04 .04 .03 .04 .04 .04
[1] 1n7i.a .03
0
.05 .02 .02 .03 .03 .03 .05 .08 .08 .09 .08 .08 .09 .03 .03 .01 .04 .02 .04 .03 .03 .04 .05 .03 .03 .05 .05 .04 .04 .02 .03 .03 .03 .04 .04 .04 .04
[1] 1n7j.a .04 .05
0
.06 .05 .04 .05 .06 .05 .08 .08 .08 .08 .09 .08 .05 .05 .05 .04 .06 .05 .05 .04 .05 .06 .06 .06 .06 .06 .06 .05 .05 .04 .05 .05 .05 .05 .05 .05
[1] 1yz3.b .03 .02 .06
0
.03 .04 .02 .04 .05 .08 .08 .09 .07 .09 .08 .04 .03 .03 .03 .03 .05 .04 .03 .03 .05 .04 .04 .04 .04 .03 .03 .03 .03 .03 .03 .03 .04 .03 .04
[1] 2an3.a .03 .02 .05 .03
0
.03 .02 .05 .04 .08 .08 .09 .07 .08 .09 .02 .02 .02 .03 .02 .03 .03 .03 .03 .05 .03 .03 .04 .05 .04 .03 .03 .03 .03 .03 .03 .03 .03 .03
[1] 2an4.a .03 .03 .04 .04 .03
0
.03 .04 .04 .08 .08 .08 .08 .09 .08 .03 .03 .01 .04 .03 .05 .04 .04 .04 .03 .04 .03 .04 .06 .05 .03 .02 .03 .03 .04 .04 .04 .04 .04
[1] 2an5.b .03 .03 .05 .02 .02 .03
0
.05 .04 .07 .08 .08 .06 .08 .08 .02 .02 .03 .02 .02 .04 .02 .02 .02 .04 .03 .03 .02 .05 .04 .02 .03 .03 .02 .03 .02 .03 .02 .02
[1] 2g70.b .04 .03 .06 .04 .05 .04 .05
0
.06 .08 .08 .08 .09 .09 .08 .06 .06 .04 .04 .05 .07 .06 .04 .05 .05 .04 .05 .06 .04 .03 .05 .03 .04 .04 .04 .04 .05 .05 .06
[1] 2g71.a .05 .05 .05 .05 .04 .04 .04 .06
0
.04 .04 .05 .05 .07 .05 .04 .04 .05 .04 .04 .04 .05 .03 .04 .05 .03 .05 .04 .05 .05 .03 .04 .03 .03 .04 .04 .04 .04 .03
[1] 2g72.a .07 .08 .08 .08 .08 .08 .07 .08 .04
0
.01 .01 .02 .03 .01 .08 .07 .08 .07 .07 .08 .08 .06 .07 .08 .06 .08 .08 .08 .07 .07 .07 .06 .07 .07 .08 .07 .07 .07
[1] 2g8n.b .07 .08 .08 .08 .08 .08 .08 .08 .04 .01
0
.01 .02 .03 .01 .07 .08 .08 .08 .08 .08 .09 .07 .08 .09 .06 .08 .08 .07 .08 .07 .07 .06 .07 .07 .07 .08 .07 .07
[1] 2obf.b .08 .09 .08 .09 .09 .08 .08 .08 .05 .01 .01
0
.03 .02 .01 .08 .08 .08 .08 .08 .09 .09 .07 .08 .09 .07 .09 .09 .07 .08 .08 .08 .07 .08 .07 .07 .08 .08 .07
[1] 2ony.a .08 .08 .08 .07 .07 .08 .06 .09 .05 .02 .02 .03
0
.02 .03 .06 .06 .07 .06 .06 .06 .07 .06 .06 .08 .07 .07 .07 .08 .08 .06 .07 .06 .06 .06 .06 .06 .05 .05
[1] 2onz.a .08 .08 .09 .09 .08 .09 .08 .09 .07 .03 .03 .02 .02
0
.03 .07 .08 .08 .08 .08 .08 .08 .07 .08 .10 .08 .09 .09 .08 .09 .08 .08 .07 .08 .07 .07 .08 .07 .07
[1] 2opb.a .07 .09 .08 .08 .09 .08 .08 .08 .05 .01 .01 .01 .03 .03
0
.08 .08 .08 .08 .08 .08 .08 .07 .08 .08 .07 .08 .08 .08 .07 .07 .08 .07 .08 .07 .08 .07 .07 .07
[1] 3hcb.a .03 .03 .05 .04 .02 .03 .02 .06 .04 .08 .07 .08 .06 .07 .08
0
.02 .03 .03 .03 .04 .02 .03 .02 .05 .03 .04 .03 .05 .05 .02 .03 .03 .02 .03 .02 .03 .02 .02
[1] 3hcc.a .04 .03 .05 .03 .02 .03 .02 .06 .04 .07 .08 .08 .06 .08 .08 .02
0
.03 .03 .02 .02 .01 .01 .01 .04 .02 .02 .03 .05 .04 .01 .03 .03 .02 .02 .02 .01 .01 .02
[1] 3hcd.a .03 .01 .05 .03 .02 .01 .03 .04 .05 .08 .08 .08 .07 .08 .08 .03 .03
0
.03 .02 .04 .03 .03 .03 .04 .04 .03 .04 .05 .04 .03 .01 .03 .02 .03 .03 .04 .03 .04
[1] 3hcf.b .03 .04 .04 .03 .03 .04 .02 .04 .04 .07 .08 .08 .06 .08 .08 .03 .03 .03
0
.03 .04 .04 .02 .03 .05 .04 .04 .03 .04 .04 .02 .03 .02 .02 .03 .02 .03 .02 .03
[1] 3kpj.a .04 .02 .06 .03 .02 .03 .02 .05 .04 .07 .08 .08 .06 .08 .08 .03 .02 .02 .03
0
.03 .02 .02 .02 .03 .03 .02 .03 .06 .05 .02 .02 .03 .01 .03 .03 .02 .02 .03
[1] 3kpu.a .05 .04 .05 .05 .03 .05 .04 .07 .04 .08 .08 .09 .06 .08 .08 .04 .02 .04 .04 .03
0
.02 .03 .02 .05 .03 .02 .04 .05 .05 .02 .04 .04 .04 .03 .04 .02 .03 .02
[1] 3kpv.a .04 .03 .05 .04 .03 .04 .02 .06 .05 .08 .09 .09 .07 .08 .08 .02 .01 .03 .04 .02 .02
0
.02 .02 .05 .02 .02 .04 .05 .04 .02 .04 .04 .03 .03 .03 .01 .02 .02
[1] 3kpw.a .04 .03 .04 .03 .03 .04 .02 .04 .03 .06 .07 .07 .06 .07 .07 .03 .01 .03 .02 .02 .03 .02
0
.01 .04 .01 .02 .03 .03 .02 .01 .02 .02 .02 .01 .02 .01 .01 .01
[1] 3kpy.a .04 .04 .05 .03 .03 .04 .02 .05 .04 .07 .08 .08 .06 .08 .08 .02 .01 .03 .03 .02 .02 .02 .01
0
.04 .01 .01 .02 .04 .03 .01 .03 .03 .03 .02 .02 0 .01 .01
[1] 3kqm.a .04 .05 .06 .05 .05 .03 .04 .05 .05 .08 .09 .09 .08 .10 .08 .05 .04 .04 .05 .03 .05 .05 .04 .04
0
.05 .03 .03 .07 .06 .04 .03 .04 .04 .05 .05 .04 .04 .04
[1] 3kqo.a .04 .03 .06 .04 .03 .04 .03 .04 .03 .06 .06 .07 .07 .08 .07 .03 .02 .04 .04 .03 .03 .02 .01 .01 .05
0
.02 .03 .03 .03 .01 .02 .03 .03 .01 .02 .02 .02 .02
[1] 3kqp.a .04 .03 .06 .04 .03 .03 .03 .05 .05 .08 .08 .09 .07 .09 .08 .04 .02 .03 .04 .02 .02 .02 .02 .01 .03 .02
0
.03 .05 .04 .01 .02 .04 .02 .02 .03 .01 .02 .02
[1] 3kqq.a .05 .05 .06 .04 .04 .04 .02 .06 .04 .08 .08 .09 .07 .09 .08 .03 .03 .04 .03 .03 .04 .04 .03 .02 .03 .03 .03
0
.06 .05 .02 .03 .03 .03 .03 .04 .02 .03 .03
[1] 3kqs.a .06 .05 .06 .04 .05 .06 .05 .04 .05 .08 .07 .07 .08 .08 .08 .05 .05 .05 .04 .06 .05 .05 .03 .04 .07 .03 .05 .06
0
.02 .04 .05 .03 .05 .03 .03 .05 .04 .04
[1] 3kqt.a .04 .04 .06 .03 .04 .05 .04 .03 .05 .07 .08 .08 .08 .09 .07 .05 .04 .04 .04 .05 .05 .04 .02 .03 .06 .03 .04 .05 .02
0
.03 .04 .03 .04 .02 .03 .04 .03 .04
[1] 3kqv.a .04 .04 .05 .03 .03 .03 .02 .05 .03 .07 .07 .08 .06 .08 .07 .02 .01 .03 .02 .02 .02 .02 .01 .01 .04 .01 .01 .02 .04 .03
0
.02 .02 .02 .01 .02 .01 .01 .01
[1] 3kqw.a .04 .02 .05 .03 .03 .02 .03 .03 .04 .07 .07 .08 .07 .08 .08 .03 .03 .01 .03 .02 .04 .04 .02 .03 .03 .02 .02 .03 .05 .04 .02
0
.02 .02 .02 .03 .03 .03 .03
[1] 3kqy.b .03 .03 .04 .03 .03 .03 .03 .04 .03 .06 .06 .07 .06 .07 .07 .03 .03 .03 .02 .03 .04 .04 .02 .03 .04 .03 .04 .03 .03 .03 .02 .02
0
.02 .02 .02 .03 .02 .03
[1] 3kr0.a .04 .03 .05 .03 .03 .03 .02 .04 .03 .07 .07 .08 .06 .08 .08 .02 .02 .02 .02 .01 .04 .03 .02 .03 .04 .03 .02 .03 .05 .04 .02 .02 .02
0
.03 .02 .03 .02 .02
[1] 3kr1.a .04 .03 .05 .03 .03 .04 .03 .04 .04 .07 .07 .07 .06 .07 .07 .03 .02 .03 .03 .03 .03 .03 .01 .02 .05 .01 .02 .03 .03 .02 .01 .02 .02 .03
0
.02 .02 .01 .02
[1] 3kr2.a .03 .04 .05 .03 .03 .04 .02 .04 .04 .08 .07 .07 .06 .07 .08 .02 .02 .03 .02 .03 .04 .03 .02 .02 .05 .02 .03 .04 .03 .03 .02 .03 .02 .02 .02
0
.02 .02 .02
[1] 4dm3.a .04 .04 .05 .04 .03 .04 .03 .05 .04 .07 .08 .08 .06 .08 .07 .03 .01 .04 .03 .02 .02 .01 .01 0 .04 .02 .01 .02 .05 .04 .01 .03 .03 .03 .02 .02
0
.01 .02
[1] 4mik.a .04 .04 .05 .03 .03 .04 .02 .05 .04 .07 .07 .08 .05 .07 .07 .02 .01 .03 .02 .02 .03 .02 .01 .01 .04 .02 .02 .03 .04 .03 .01 .03 .02 .02 .01 .02 .01
0
.01
[1] 4mq4.b .04 .04 .05 .04 .03 .04 .02 .06 .03 .07 .07 .07 .05 .07 .07 .02 .02 .04 .03 .03 .02 .02 .01 .01 .04 .02 .02 .03 .04 .04 .01 .03 .03 .02 .02 .02 .02 .01
0
[Pocket clash dissimilarity matrix]

Site backbone RMSD (median 0.4 Å)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by RMSD of site residue backbone atoms

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥10 Å
9 Å
8 Å
7 Å
6 Å
5 Å
4 Å
3 Å
2 Å
1 Å
0 Å
1hnn.a
1n7i.a
1n7j.a
1yz3.b
2an3.a
2an4.a
2an5.b
2g70.b
2g71.a
2g72.a
2g8n.b
2obf.b
2ony.a
2onz.a
2opb.a
3hcb.a
3hcc.a
3hcd.a
3hcf.b
3kpj.a
3kpu.a
3kpv.a
3kpw.a
3kpy.a
3kqm.a
3kqo.a
3kqp.a
3kqq.a
3kqs.a
3kqt.a
3kqv.a
3kqw.a
3kqy.b
3kr0.a
3kr1.a
3kr2.a
4dm3.a
4mik.a
4mq4.b
[1] 1hnn.a
0
0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3
[1] 1n7i.a 0.2
0
0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.4 0.4 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3
[1] 1n7j.a 0.2 0.2
0
0.3 0.3 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3
[1] 1yz3.b 0.3 0.3 0.3
0
0.3 0.3 0.2 0.2 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3
[1] 2an3.a 0.3 0.3 0.3 0.3
0
0.1 0.2 0.2 0.3 0.4 0.4 0.4 0.3 0.4 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
[1] 2an4.a 0.3 0.3 0.2 0.3 0.1
0
0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.4 0.3 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
[1] 2an5.b 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2
0
0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
[1] 2g70.b 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
0
0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.2 0.3 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.3 0.3 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3
[1] 2g71.a 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3
0
0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
[1] 2g72.a 0.3 0.4 0.3 0.4 0.4 0.3 0.3 0.3 0.2
0
0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.4 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3
[1] 2g8n.b 0.3 0.4 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2
0
0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.4 0.4 0.4 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4
[1] 2obf.b 0.3 0.4 0.3 0.3 0.4 0.4 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2
0
0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.4 0.4 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4
[1] 2ony.a 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3
0
0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3
[1] 2onz.a 0.3 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2
0
0.3 0.3 0.4 0.4 0.4 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3
[1] 2opb.a 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3
0
0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3
[1] 3hcb.a 0.2 0.3 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3
0
0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2
[1] 3hcc.a 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.4 0.4 0.4 0.3 0.4 0.3 0.2
0
0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
[1] 3hcd.a 0.2 0.3 0.2 0.3 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.3 0.4 0.4 0.3 0.4 0.3 0.2 0.2
0
0.2 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
[1] 3hcf.b 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.4 0.4 0.4 0.3 0.4 0.3 0.3 0.2 0.2
0
0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3
[1] 3kpj.a 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.4 0.4 0.3 0.4 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2
0
0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
[1] 3kpu.a 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.3 0.3 0.2
0
0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
[1] 3kpv.a 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2
0
0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2
[1] 3kpw.a 0.2 0.3 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.1 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2
0
0.1 0.2 0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2
[1] 3kpy.a 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.1 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.1 0.1
0
0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2
[1] 3kqm.a 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.4 0.3 0.4 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
0
0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
[1] 3kqo.a 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2
0
0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2
[1] 3kqp.a 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.4 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2
0
0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2
[1] 3kqq.a 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2
0
0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2
[1] 3kqs.a 0.2 0.3 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
0
0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2
[1] 3kqt.a 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1
0
0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2
[1] 3kqv.a 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2
0
0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1
[1] 3kqw.a 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
0
0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2
[1] 3kqy.b 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
0
0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
[1] 3kr0.a 0.2 0.3 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
0
0.1 0.1 0.2 0.2 0.2
[1] 3kr1.a 0.2 0.3 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1
0
0.1 0.1 0.1 0.2
[1] 3kr2.a 0.2 0.3 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1
0
0.2 0.2 0.2
[1] 4dm3.a 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.1 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2
0
0.1 0.2
[1] 4mik.a 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1
0
0.1
[1] 4mq4.b 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.4 0.4 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1
0
[Binding site backbone RMSD matrix]

Site full-atom RMSD (median 0.2 Å)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by RMSD of all site residue atoms

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥10 Å
9 Å
8 Å
7 Å
6 Å
5 Å
4 Å
3 Å
2 Å
1 Å
0 Å
1hnn.a
1n7i.a
1n7j.a
1yz3.b
2an3.a
2an4.a
2an5.b
2g70.b
2g71.a
2g72.a
2g8n.b
2obf.b
2ony.a
2onz.a
2opb.a
3hcb.a
3hcc.a
3hcd.a
3hcf.b
3kpj.a
3kpu.a
3kpv.a
3kpw.a
3kpy.a
3kqm.a
3kqo.a
3kqp.a
3kqq.a
3kqs.a
3kqt.a
3kqv.a
3kqw.a
3kqy.b
3kr0.a
3kr1.a
3kr2.a
4dm3.a
4mik.a
4mq4.b
[1] 1hnn.a
0
0.4 0.3 0.6 0.6 0.5 0.6 0.5 0.5 0.8 0.8 0.6 0.6 0.6 0.6 0.5 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.5 0.5 0.5 0.5 0.8 0.8
[1] 1n7i.a 0.4
0
0.3 0.6 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.8 0.8 0.6 0.6 0.6 0.5 0.6 0.5 0.5 0.6 0.5 0.6 0.6 0.5 0.5 0.6 0.6 0.6 0.6 0.5 0.5 0.5 0.5 0.6 0.5 0.5 0.5 0.5 0.8 0.8
[1] 1n7j.a 0.3 0.3
0
0.6 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.7 0.8 0.6 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.6 0.5 0.5 0.6 0.5 0.5 0.5 0.5 0.6 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.6 0.5 0.5 0.5 0.5 0.8 0.8
[1] 1yz3.b 0.6 0.6 0.6
0
0.4 0.4 0.3 0.4 0.4 0.7 0.7 0.4 0.4 0.5 0.4 0.4 0.4 0.3 0.3 0.4 0.5 0.4 0.4 0.4 0.5 0.4 0.4 0.4 0.3 0.4 0.4 0.4 0.3 0.4 0.4 0.4 0.5 0.8 0.8
[1] 2an3.a 0.6 0.5 0.5 0.4
0
0.2 0.2 0.4 0.3 0.6 0.7 0.5 0.4 0.5 0.4 0.4 0.3 0.3 0.4 0.3 0.4 0.4 0.3 0.3 0.4 0.4 0.4 0.4 0.3 0.4 0.3 0.4 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.7 0.7
[1] 2an4.a 0.5 0.5 0.5 0.4 0.2
0
0.3 0.4 0.3 0.6 0.7 0.5 0.4 0.4 0.4 0.4 0.3 0.2 0.4 0.3 0.4 0.4 0.3 0.3 0.4 0.4 0.4 0.4 0.3 0.4 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.7 0.7
[1] 2an5.b 0.6 0.5 0.5 0.3 0.2 0.3
0
0.4 0.3 0.6 0.7 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.4 0.4 0.3 0.4 0.4 0.4 0.4 0.3 0.4 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.7 0.7
[1] 2g70.b 0.5 0.5 0.5 0.4 0.4 0.4 0.4
0
0.4 0.7 0.7 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.4 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.4 0.5 0.5 0.5 0.4 0.5 0.5 0.5 0.5 0.8 0.8
[1] 2g71.a 0.5 0.5 0.5 0.4 0.3 0.3 0.3 0.4
0
0.6 0.6 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.7 0.7
[1] 2g72.a 0.8 0.8 0.7 0.7 0.6 0.6 0.6 0.7 0.6
0
0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.6 0.7 0.7 0.7 0.7 0.6 0.6 0.7 0.7 0.7 0.6 0.6 0.7 0.7 0.9 0.9
[1] 2g8n.b 0.8 0.8 0.8 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.6 0.3
0
0.3 0.3 0.4 0.3 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.8 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.6 0.7 0.7 0.7 0.7 0.9 1.0
[1] 2obf.b 0.6 0.6 0.6 0.4 0.5 0.5 0.4 0.5 0.4 0.4 0.3
0
0.4 0.4 0.5 0.4 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.4 0.5 0.5 0.5 0.4 0.8 0.8
[1] 2ony.a 0.6 0.6 0.5 0.4 0.4 0.4 0.4 0.5 0.3 0.3 0.3 0.4
0
0.2 0.3 0.3 0.4 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.4 0.7 0.8
[1] 2onz.a 0.6 0.6 0.5 0.5 0.5 0.4 0.4 0.5 0.3 0.3 0.4 0.4 0.2
0
0.3 0.4 0.4 0.4 0.5 0.4 0.4 0.3 0.3 0.3 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.3 0.4 0.4 0.3 0.3 0.3 0.4 0.8 0.8
[1] 2opb.a 0.6 0.5 0.5 0.4 0.4 0.4 0.4 0.5 0.3 0.3 0.3 0.5 0.3 0.3
0
0.4 0.4 0.3 0.4 0.3 0.4 0.4 0.3 0.3 0.4 0.3 0.4 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.4 0.8 0.8
[1] 3hcb.a 0.5 0.6 0.5 0.4 0.4 0.4 0.4 0.5 0.3 0.7 0.7 0.4 0.3 0.4 0.4
0
0.4 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.2 0.7 0.7
[1] 3hcc.a 0.6 0.5 0.5 0.4 0.3 0.3 0.3 0.5 0.3 0.7 0.7 0.5 0.4 0.4 0.4 0.4
0
0.3 0.4 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.4 0.3 0.4 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.7 0.7
[1] 3hcd.a 0.6 0.5 0.5 0.3 0.3 0.2 0.3 0.5 0.3 0.7 0.7 0.5 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3
0
0.3 0.2 0.4 0.3 0.2 0.2 0.4 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.4 0.7 0.7
[1] 3hcf.b 0.6 0.6 0.6 0.3 0.4 0.4 0.3 0.4 0.4 0.7 0.7 0.5 0.4 0.5 0.4 0.4 0.4 0.3
0
0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.3 0.3 0.4 0.4 0.5 0.8 0.8
[1] 3kpj.a 0.6 0.5 0.5 0.4 0.3 0.3 0.3 0.5 0.3 0.7 0.7 0.5 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.2 0.4
0
0.3 0.3 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.7 0.7
[1] 3kpu.a 0.6 0.6 0.5 0.5 0.4 0.4 0.4 0.5 0.3 0.7 0.7 0.5 0.3 0.4 0.4 0.3 0.4 0.4 0.4 0.3
0
0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.4 0.7 0.8
[1] 3kpv.a 0.6 0.6 0.6 0.4 0.4 0.4 0.4 0.5 0.3 0.7 0.7 0.5 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3
0
0.2 0.1 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.3 0.3 0.7 0.7
[1] 3kpw.a 0.6 0.5 0.5 0.4 0.3 0.3 0.4 0.5 0.3 0.7 0.7 0.5 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.4 0.2 0.3 0.2
0
0.1 0.3 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.1 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.7 0.7
[1] 3kpy.a 0.6 0.5 0.5 0.4 0.3 0.3 0.3 0.5 0.3 0.6 0.7 0.5 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.4 0.2 0.3 0.1 0.1
0
0.3 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.1 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.7 0.7
[1] 3kqm.a 0.6 0.6 0.5 0.5 0.4 0.4 0.4 0.5 0.4 0.7 0.8 0.5 0.4 0.4 0.4 0.4 0.3 0.4 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3
0
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[1] 3kqo.a 0.6 0.6 0.5 0.4 0.4 0.4 0.4 0.5 0.3 0.7 0.7 0.5 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3
0
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[1] 3kqp.a 0.6 0.6 0.6 0.4 0.4 0.4 0.4 0.5 0.3 0.7 0.7 0.5 0.3 0.4 0.4 0.3 0.4 0.3 0.4 0.3 0.2 0.3 0.2 0.2 0.3 0.2
0
0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.4 0.2 0.2 0.3 0.3 0.7 0.8
[1] 3kqq.a 0.6 0.6 0.5 0.4 0.4 0.4 0.4 0.5 0.3 0.7 0.7 0.5 0.4 0.4 0.4 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3
0
0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.4 0.7 0.8
[1] 3kqs.a 0.6 0.5 0.5 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.6 0.7 0.5 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.2 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3
0
0.2 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.4 0.7 0.8
[1] 3kqt.a 0.6 0.5 0.5 0.4 0.4 0.4 0.4 0.5 0.4 0.6 0.7 0.5 0.3 0.4 0.3 0.4 0.4 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.2
0
0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.4 0.7 0.8
[1] 3kqv.a 0.6 0.5 0.5 0.4 0.3 0.3 0.3 0.5 0.3 0.7 0.7 0.5 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.4 0.2 0.3 0.2 0.1 0.1 0.3 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3
0
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[1] 3kqw.a 0.6 0.5 0.5 0.4 0.4 0.3 0.4 0.5 0.3 0.7 0.7 0.5 0.3 0.4 0.3 0.3 0.4 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2
0
0.4 0.2 0.3 0.2 0.4 0.7 0.8
[1] 3kqy.b 0.6 0.6 0.6 0.3 0.4 0.4 0.3 0.4 0.4 0.7 0.6 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.4 0.4 0.3 0.3 0.3 0.4
0
0.3 0.3 0.3 0.4 0.7 0.8
[1] 3kr0.a 0.5 0.5 0.5 0.4 0.3 0.3 0.3 0.5 0.3 0.6 0.7 0.5 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.2 0.2 0.3
0
0.2 0.2 0.3 0.7 0.7
[1] 3kr1.a 0.5 0.5 0.5 0.4 0.3 0.3 0.3 0.5 0.3 0.6 0.7 0.5 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.4 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.2
0
0.2 0.3 0.7 0.7
[1] 3kr2.a 0.5 0.5 0.5 0.4 0.3 0.3 0.3 0.5 0.3 0.7 0.7 0.5 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.4 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2
0
0.3 0.7 0.7
[1] 4dm3.a 0.5 0.5 0.5 0.5 0.3 0.3 0.3 0.5 0.3 0.7 0.7 0.4 0.4 0.4 0.4 0.2 0.3 0.4 0.5 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.4 0.4 0.4 0.3 0.4 0.4 0.3 0.3 0.3
0
0.7 0.7
[1] 4mik.a 0.8 0.8 0.8 0.8 0.7 0.7 0.7 0.8 0.7 0.9 0.9 0.8 0.7 0.8 0.8 0.7 0.7 0.7 0.8 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.8 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7
0
0.2
[1] 4mq4.b 0.8 0.8 0.8 0.8 0.7 0.7 0.7 0.8 0.7 0.9 1.0 0.8 0.8 0.8 0.8 0.7 0.7 0.7 0.8 0.7 0.8 0.7 0.7 0.7 0.8 0.7 0.8 0.8 0.8 0.8 0.7 0.8 0.8 0.7 0.7 0.7 0.7 0.2
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[Binding site full-atom RMSD matrix]







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L C X E | Background Color: | Anaglyph Stereo:

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