PDPK1_HUMAN_53_359_ATPsite

3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1 [Protein kinase superfamily. AGC Ser/Thr protein kinase family. PDPK1 subfamily]

ActiveICM:

L C E

Composition of the binding pockets

Protein chains monomer[show domain annotation]
 • A1 (PDPK1_HUMAN):D: Protein kinase (88:96,109,111,113,125,126,130,134,135,137,142,143,159:166,169,170,173,196,203,207,209,210,212,221:227)
R: PIF-pocket (113,125,126,130,134,135,137,142,143)
88:96,109,111,113,125,126,130,134,135,137,142,143,159:166,169,170,173,196,203,207,209,210,212,221:227

Full PDB list

1h1w,1oky,1okz,1uu3,1uu7,1uu8,1uu9,1uvr,1z5m,2biy,2pe0,2pe1,2pe2,2r7b,2xch,2xck,3h9o,3hrc,3hrf,3ion,3iop,3nax,3nay,3nun,3nus,3nuu,3nuy,3orx,3orz,3otu,3pwy,3qc4,3qcq,3qcs,3qcx,3qcy,3qd0,3qd3,3qd4,3rcj,3rwp,3rwq,3sc1,4a06,4a07,4aw0,4aw1,4ct1,4ct2,4rqk,4rqv,4rrv,4xx9,5ack,5hkm,5hng,5ho7,5ho8,5lvl,5lvm,5lvn,5lvo,5lvp (redundant pocketome entry)

Contact map

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ligand
A1
L
8
8
G
8
9
E
9
0
G
9
1
S
9
2
F
9
3
S
9
4
T
9
5
V
9
6
A
1
0
9
K
1
1
1
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1
1
3
P
1
2
5
Y
1
2
6
E
1
3
0
M
1
3
4
S
1
3
5
L
1
3
7
F
1
4
2
V
1
4
3
L
1
5
9
S
1
6
0
Y
1
6
1
A
1
6
2
K
1
6
3
N
1
6
4
G
1
6
5
E
1
6
6
K
1
6
9
Y
1
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0
K
1
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3
L
1
9
6
H
2
0
3
K
2
0
7
E
2
0
9
N
2
1
0
L
2
1
2
I
2
2
1
T
2
2
2
D
2
2
3
F
2
2
4
G
2
2
5
T
2
2
6
A
2
2
7
[1]2pe0.a 39z 18 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4aw1.a atp,mn,na 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ct1.a atp 31 . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3qcy.a 3q3 32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3qd0.a 3q4 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3qd3.a 3q5 32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3qd4.a 3q6 32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3rwq.a 3rw 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3h9o.a 9bd 27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3rwp.a abq 34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1uu9.a bi3 29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2xch.a ckg 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3nay.a mp6 32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5ack.a atp,na,na 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2r7b.a 253 25 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1z5m.a li8 35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1uvr.a bi8 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3qcx.a 3q2 24 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4a07.a atp,mg 32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4aw0.a atp,mg,mg 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1uu3.a ly4 35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3qcs.a 3q1 23 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2pe2.a 464 37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5hkm.a 61y 23 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3ion.a 8h1 36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3orz.d bi4 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3rcj.a 3rc 21 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2pe1.a 517 21 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1uu7.a bi2 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2xck.a mh4 39 . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3qcq.a 3q0 20 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5ho8.a 63e 20 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1uu8.a bi1 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3sc1.a 3s1 19 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3pwy.a syp 18 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3nun.a jmz 17 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3orx.c none . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5hng.a 62o 16 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5ho7.a 63l 14 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1okz.a ucn 36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5lvl.a 537 17 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3nuu.a joz 11 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3nus.a jnz 10 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3nuy.a jpz 11 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1oky.a stu 35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3iop.a 8i1 36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]3qc4.a mp7 38 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ct2.a atp,na 32 . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5lvm.a ade 10 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5lvn.a adn 19 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5lvp.d atp 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)
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