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MP2K1_HUMAN_61_390

Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 [Protein kinase superfamily. STE Ser/Thr protein kinase family. MAP kinase kinase subfamily]

Composition of the binding site

Protein chains monomer [domain annotation]
A1 (MP2K1_HUMAN):D: Protein kinase (74:80, 82, 95, 97, 99, 101, 111, 115, 118, 126:129, 139, 141, 143:147, 149, 150, 152, 153, 157, 188:190, 192, 194, 195, 197, 207:213, 215, 216, 219:227, 230, 234)
R: Inhibitor binding (77, 78)
R: Inhibitor binding (144:146)
R: Inhibitor binding (208:212)
74:80, 82, 95, 97, 99, 101, 111, 115, 118, 126:129, 139, 141, 143:147, 149, 150, 152, 153, 157, 188:190, 192, 194, 195, 197, 207:213, 215, 216, 219:227, 230, 234
Metals (Me):Mg/Na

Full PDB list

1s9j, 2p55, 2y4i, 3dv3, 3dy7, 3e8n, 3eqb, 3eqc, 3eqd, 3eqf, 3eqg, 3eqh, 3eqi, 3mbl, 3orn, 3os3, 3pp1, 3sls, 3v01, 3v04, 3vvh, 3w8q, 3wig, 3zls, 3zlw, 3zlx, 3zly, 3zm4, 4an2, 4an3, 4an9, 4anb, 4ark, 4lmn, 4mne, 4u7z, 4u80, 4u81, 5bx0, 5eym, 5hze (redundant Pocketome entry)

Pocket contact map

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PDB.ch
   
ligand
A1 Me
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7
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2
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2
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[1]1s9j.a atp,bbm58 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - . Mg
[1]2p55.a atp,mra56 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - . Mg
[1]2y4i.c atp,mg32 . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3dv3.a atp,mek60 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . Mg
[1]3dy7.a 1cx,atp55 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . Mg
[1]3e8n.a atp,vra62 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3eqb.a atp,lug57 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - . Mg
[1]3eqc.a 3bm,ags57 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - . Mg
[1]3eqd.a ags31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3eqf.a ksa,mg36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3eqg.a 4bm,adp53 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3eqh.a 5bm,adp53 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3eqi.a adp27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3mbl.a adp,lsg52 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3orn.a 3or,anp63 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3os3.a 3os,atp62 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3pp1.a atp,izg59 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3sls.a 77d,anp62 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - - . Mg
[1]3v01.a 3v0,atp58 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - . Mg
[1]3v04.a atp,v0456 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - . Mg
[1]3vvh.c 4bm,atp57 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3wig.a anp,chu64 . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3zls.a 92p13 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na
[1]3zlw.a mt816 . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - .
[1]3zlx.a 5ez19 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - .
[1]3zly.a na,yso13 . . . . - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - .
[1]3zm4.a 22t18 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - .
[1]4an2.a acp,eui61 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . E . Mg
[1]4an3.a 5y0,atp57 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . E . Mg
[1]4an9.a 2p7,acp55 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . E . Mg
[1]4anb.a acp,yqy57 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . E . Mg
[1]4ark.a adp,m3k53 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4lmn.a anp,eui61 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4mne.d 573,acp58 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4mne.h 573,acp,R69 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4u7z.a 3ew,anp58 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4u80.a 3ex,anp58 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - . Mg
[1]4u81.a 3ey,anp58 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - . Mg
[1]5bx0.a 4w514 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5eym.a 5u534 . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - -
[2]5hze.a e6227 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . * . . . . . . . . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Site contact map

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PDB.ch
A1 Me
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7
4
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2
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5
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2
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2
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[1]1s9j.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . - - - . . . . . . Mg
[1]2p55.a . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . * . . . - - - . . . . . . Mg
[1]2y4i.c . . . . - - - . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . * . . . . . . . . . . . .
[1]3dv3.a . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . * . . - - - . . . . . Mg
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[1]3eqb.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . - - - . . . . . . Mg
[1]3eqc.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . - - - . . . . . . Mg
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[1]3eqf.a . . . * * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . * . * . . . . . . . . . .
[1]3eqg.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3eqh.a . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . * . . . . . . Mg
[1]3eqi.a . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3mbl.a . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . * . . . . . * . * . . . * . . . . . . Mg
[1]3orn.a . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * * * * . . . . . . Mg
[1]3os3.a . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . * . . . * * . . . . . . . Mg
[1]3pp1.a . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . * . . . . . * . . . . . . Mg
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[1]3vvh.c . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . * * * . * . . . . . . Mg
[1]3wig.a . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . * * * * . . . . . . Mg
[1]3zls.a . . . * * * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . * . . . . . Na
[1]3zlw.a . . . A * * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . - - - . . . . . .
[1]3zlx.a . . . * * * . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . * . . . - - - . . . . . .
[1]3zly.a . . . . - * . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . * . . . - - - . . . . . .
[1]3zm4.a . . . * * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . * . . . - - - - . . . . .
[1]4an2.a . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . * . * . . E * * . . . . . Mg
[1]4an3.a . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . E - - . . . . . Mg
[1]4an9.a . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . E - . . . . . . Mg
[1]4anb.a . . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . E * . . . . . . Mg
[1]4ark.a . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . * . . . . . . . . Mg
[1]4lmn.a . . . * * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . * . . . . . . . . Mg
[1]4mne.d . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . . Mg
[1]4mne.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . * . . . . . * . * . . . . . . . . . . Mg
[1]4u7z.a . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . * . . . . . * . . . . . - . . . . . . Mg
[1]4u80.a . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . * . . . - - - . . . . . . Mg
[1]4u81.a . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . * . . . - - - . . . . . . Mg
[1]5bx0.a . . . * * * . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . * . . . . . . * . . . . .
[1]5eym.a . . * * - - - . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . * * * - - - - - - . . . .
[2]5hze.a . * . . * * . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . - . . . . . . * * * . . . . * . . . . . . * . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Pocket-ligand steric compatibility

Ligands (x) vs pockets (y) colored by number of steric clashes

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketligand
≥10
9
8
7
6
5
4
3
2
1
0
1s9j.a:atp,bbm
2p55.a:atp,mra
2y4i.c:atp,mg
3dv3.a:atp,mek
3dy7.a:1cx,atp
3e8n.a:atp,vra
3eqb.a:atp,lug
3eqc.a:3bm,ags
3eqd.a:ags
3eqf.a:ksa,mg
3eqg.a:4bm,adp
3eqh.a:5bm,adp
3eqi.a:adp
3mbl.a:adp,lsg
3orn.a:3or,anp
3os3.a:3os,atp
3pp1.a:atp,izg
3sls.a:77d,anp
3v01.a:3v0,atp
3v04.a:atp,v04
3vvh.c:4bm,atp
3wig.a:anp,chu
3zls.a:92p
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4mne.h:573,R,acp
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[1] 1s9j.a
0.1
0.1 0.3 0 0.3 1.2 0.5 0.3 0.6 2.4 0.1 0.5 0.5 0.2 0.3 0.3 0.2 3.0 0.1 0.3 0.2 0.5 0.5 0.2 0.4 0.5 0.6 0.3 0.1 0.9 0.4 0.2 0.6 0.2 0.5 0.2 0.2 0.3 0.4 1.1 2.9
[1] 2p55.a 0.4
0.3
0.2 0.2 0.3 1.1 0.7 1.0 0.5 2.3 0.5 0.2 0.5 0.1 0.5 0.5 0.2 4.2 0.6 0.3 0.7 0.5 0.6 0.1 0.3 0.3 0.4 0.1 0.6 0.6 0.6 0.2 0.3 0.2 0.4 0.3 0.5 0.5 0.4 0.9 2.6
[1] 2y4i.c 1.4 0.6
0
0.7 0.8 0.8 1.3 1.1 0.4 1.9 0.8 0.9 0.3 1.3 1.0 1.1 0.8 3.7 1.3 0.7 0.9 1.4 0.5 0.1 0.2 0.1 0.3 0.9 1.1 0.8 0.8 0.9 1.0 0.8 0.9 1.4 1.0 0.9 0.7 0.5 1.8
[1] 3dv3.a 0.2 0.3 0.1
0.1
0.3 1.1 0.7 1.0 0.2 2.5 0.3 0.4 0.2 0.1 0.4 0.2 0.1 3.9 0.7 0.3 0.5 0.3 0.6 0 0.2 0.2 0.4 0.3 0.6 1.2 0.4 0.1 0.2 0.2 0.9 0.6 0.3 0.3 0.5 1.0 2.5
[1] 3dy7.a 0.5 0.1 0.2 0.1
0.2
0.6 0.5 1.1 0.2 2.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.4 0.2 0.1 4.2 0.3 0.2 0.5 0.3 0.8 0.1 0.3 0.6 0.3 0.3 0.6 1.0 0.4 0.1 0.6 0.2 0.6 0.6 0.3 0.3 0.2 0.8 2.6
[1] 3e8n.a 0.7 0.2 0.3 0 0.2
0.1
0.9 1.1 0.1 2.9 0.6 0.3 0.2 0.2 0.2 0.4 0 3.4 1.4 0.5 0.5 0.2 0.6 0.1 0.5 0.3 0.6 0.1 0.5 0.9 0.3 0.1 0.2 0.6 0.6 0.3 0.4 0.2 0.2 1.0 2.1
[1] 3eqb.a 0.3 0.3 0.4 0.2 0.2 0.9
0.4
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[1] 3eqc.a 0.7 0.6 0.2 0.4 0.6 1.4 0.7
0.2
0.1 1.9 0 0.2 0.2 0.3 0.3 0.4 0.6 4.1 0.3 0.6 0.2 0.3 0.3 0.1 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.6 0.3 0.3 0.6 0.3 0.4 0.8 0.7 0.8 0.1 0.8 2.8
[1] 3eqd.a 1.1 0.5 0.2 0.5 0.7 1.6 1.7 1.3
0.1
1.9 0.2 0.2 0.1 0.4 0.5 0.6 0.5 4.0 1.6 0.7 0.6 0.8 0.3 0 0.1 0.3 0.2 0.9 1.2 1.3 0.6 0.5 0.6 0.9 1.7 1.2 1.1 0.8 0.1 0.7 1.7
[1] 3eqf.a 5.1 2.6 1.0 3.1 2.8 3.5 4.9 5.9 1.1
0.2
3.5 1.5 0.5 3.9 3.5 3.2 3.2 7.0 4.8 3.9 5.9 2.4 0.1 0.2 0 0.1 0 3.4 3.8 2.7 3.3 2.1 2.5 4.4 3.9 3.5 3.4 2.9 0 0.5 0.5
[1] 3eqg.a 0.8 0.4 0.2 0.6 0.5 1.5 0.8 0.3 0 2.0
0
0.3 0.1 0.4 0.6 0.6 0.7 4.0 0.6 0.6 0.2 0.3 0.4 0.2 0.4 0.5 0.5 0.4 0.4 0.4 0.4 0.3 0.5 0.6 1.1 1.1 0.6 0.6 0.1 1.0 2.0
[1] 3eqh.a 1.2 0.6 0.2 0.9 0.8 1.6 1.1 0.5 0 1.4 0.3
0
0.1 1.1 0.6 0.5 0.7 4.4 1.2 0.7 0.3 0.5 0.1 0.2 0 0.1 0 0.2 0.7 0.6 0.4 0.3 0.5 1.4 3.4 1.2 1.1 0.9 0.1 0.5 1.3
[1] 3eqi.a 0.9 0.4 0.2 0.6 0.6 1.5 1.1 0.4 0 1.5 0.5 0.2
0
0.6 0.6 0.5 0.3 3.8 1.3 0.7 0.7 0.7 0.1 0 0.1 0.2 0.1 0.7 0.7 0.9 0.7 0.4 0.6 1.2 1.4 1.2 1.1 1.0 0.1 0.8 1.8
[1] 3mbl.a 0.4 0.4 0.2 0.3 0.6 1.2 0.9 1.0 0.4 2.9 0.2 0.5 0.5
0.2
0.4 0.2 0.3 3.3 1.2 0.7 0.5 0.6 0.8 0.3 0.6 0.7 0.6 0.4 0.4 1.2 0.6 0.2 0.6 0.5 2.8 0.7 0.8 0.6 0.5 0.9 2.5
[1] 3orn.a 0.6 0.4 0.4 0.3 0.6 1.3 0.9 1.0 0.6 2.1 0.5 0.6 0.2 0.3
0
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[1] 3os3.a 0.4 0.4 0.2 0.2 0.3 0.6 0.8 0.5 0.1 2.6 0.2 0.4 0.2 0.3 0.4
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[1] 3pp1.a 0.5 0.1 0 0.1 0.2 0.5 0.8 1.0 0.5 1.9 0.3 0.2 0.5 0.2 0.4 0.2
0
3.2 1.0 0.2 0.5 0.6 0.5 0.2 0.2 0.3 0.5 0.5 0.5 0.9 0.1 0 0.7 0 3.1 0.1 0.2 0.3 0.4 0.7 2.6
[1] 3sls.a 1.6 1.3 0.4 1.2 1.7 1.9 2.3 2.4 2.0 2.4 0.9 0.5 0.4 0.9 2.2 1.6 1.2
0.1
1.9 1.8 2.9 2.0 0.6 0.1 0.3 0.6 0.4 1.3 1.8 2.5 1.6 0.4 1.3 2.3 2.4 2.2 1.7 1.7 0.2 0.8 2.8
[1] 3v01.a 0.2 0.4 0 0.1 0.4 1.3 0.5 0.1 0.5 2.3 0.1 0.3 0.4 0.2 0.4 0.3 0.3 3.8
0.2
0.1 0.1 0.5 0.5 0.1 0.4 0.5 0.4 0.4 0.2 0.8 0.5 0.5 0.6 0.1 0.1 0.2 0.3 0.5 0.6 0.9 2.9
[1] 3v04.a 0.6 0.3 0.1 0.4 0.2 1.2 0.8 1.3 0.5 2.3 0.3 0.4 0.4 0.4 0.6 0.8 0.5 4.2 0.9
0.2
0.4 0.8 0.5 0.1 0.4 0.5 0.4 0.3 0.6 0.9 0.4 0.2 0.5 0.2 0.5 0.3 0.3 0.3 0.5 0.9 3.1
[1] 3vvh.c 0.8 0.7 0.3 0.5 0.7 1.2 0.8 0.5 0.5 2.5 0.3 0.6 0.3 0.7 0.2 0.4 0.4 4.5 0.6 0.8
0.1
1.1 0.5 0 0.4 0.5 0.5 2.2 0.5 1.3 0.6 1.5 2.8 0.9 9.6 1.2 1.0 1.0 0.2 1.0 2.4
[1] 3wig.a 0.4 0.3 0.1 0.3 0.5 1.3 0.5 0.1 0.2 2.1 0.1 0.4 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 4.0 0.3 0.5 0
0
0.4 0 0.1 0.4 0.2 2.0 0.3 0.9 0.5 0.8 2.4 0.3 8.9 0.6 0.6 0.6 0.3 0.7 2.3
[1] 3zls.a 7.8 6.5 4.2 6.7 6.3 8.1 8.2 8.3 5.6 1.7 6.2 2.3 2.3 5.7 6.6 6.5 7.2 9.9 8.3 6.2 8.2 5.8
0
0.2 0.2 0.2 0 9.1 8.2 5.3 6.8 3.6 8.9 7.2 11 6.5 6.5 5.9 0.1 1.1 0.8
[1] 3zlw.a 6.7 5.1 3.0 5.4 5.2 5.8 7.0 7.4 4.2 2.2 6.8 2.7 2.5 6.1 5.5 5.5 5.8 7.5 7.3 5.4 7.1 4.2 0.2
0
0.6 0.2 0.7 5.1 6.4 3.4 4.3 3.2 4.3 6.9 7.7 6.2 6.5 5.9 0.1 1.1 1.6
[1] 3zlx.a 6.3 4.6 1.3 4.3 4.2 5.2 5.3 6.1 2.0 0.8 4.2 1.1 0.2 4.7 5.0 5.1 4.5 5.8 6.1 4.3 5.6 2.8 0 0.2
0
0 0 4.0 5.7 2.6 2.8 1.7 3.6 5.7 7.2 4.3 4.7 4.4 0.1 0.6 1.0
[1] 3zly.a 2.7 1.6 0.2 1.8 1.8 2.4 2.6 2.4 0.1 0.9 1.6 0.7 0.1 1.7 1.6 1.8 1.6 4.0 3.0 2.0 2.2 0.9 0 0.2 0.1
0.2
0 2.5 2.4 2.6 1.8 1.5 2.1 1.9 2.3 2.4 2.1 1.9 0 1.0 1.1
[1] 3zm4.a 8.1 6.0 2.6 5.9 5.7 7.1 6.4 7.7 3.1 1.7 6.1 2.4 1.1 6.0 6.4 5.6 5.4 8.8 7.8 5.7 7.0 3.7 0 0.2 0.1 0.2
0
6.7 7.4 5.1 6.0 2.9 5.8 7.1 7.1 6.3 6.3 6.3 0 0.7 0.5
[1] 4an2.a 2.0 0.7 0.3 0.9 1.2 2.7 2.6 3.4 1.3 2.0 0.5 0.6 0.4 1.1 1.5 1.4 1.2 4.8 2.8 1.2 2.1 1.4 0.6 0 0.1 0.2 0.3
0.1
2.1 1.2 0.2 0.4 0.5 2.2 7.1 1.3 1.1 1.5 0.2 0.8 2.5
[1] 4an3.a 0.1 0.4 0.2 0.1 0.1 0.8 0.5 0 0.2 2.6 0 0.3 0.2 0.1 0.1 0.1 0 3.8 0.2 0.6 0.2 0.1 0.3 0 0.2 0.4 0.4 0.5
0.1
1.0 0.5 0.1 0.4 0.2 0.4 0.3 0.6 0.5 0.2 0.8 2.6
[1] 4an9.a 0.4 0.5 0.2 0.2 0.5 1.4 1.0 0.5 0.2 2.1 0 0.4 0.2 0.4 0.5 0.3 0.4 3.9 0.7 0.9 0.3 0.4 0.6 0.1 0.3 0.4 0.5 0.4 0.4
0.4
0.3 0.2 0.4 0.6 1.2 0.4 0.9 0.8 0.1 0.9 2.2
[1] 4anb.a 2.3 1.4 0.3 1.2 1.1 2.5 2.5 3.7 1.9 2.2 1.0 0.5 0.2 1.2 1.8 1.9 1.3 4.8 2.6 1.3 2.0 1.5 0.5 0.1 0.2 0.2 0.4 0.4 2.2 2.0
0.2
0.6 0.6 2.1 3.3 1.2 1.4 1.3 0.1 1.0 2.4
[1] 4ark.a 0.6 0.3 0.1 0.3 0.3 1.3 0.6 0.7 0.2 1.8 0.4 0.5 0.4 0 0.7 0.4 0.3 4.3 0.7 0.4 0.5 0.7 0.4 0 0.2 0.2 0.2 0.1 0.8 0.2 0.1
0
0.1 0.6 3.1 0.6 0.3 0.4 0.1 0.7 2.3
[1] 4lmn.a 1.8 1.2 0.2 0.9 1.2 2.3 1.2 1.7 0.9 1.9 0.5 0.5 0.6 0.3 1.3 1.4 1.2 4.7 2.4 1.1 1.3 1.3 0.5 0 0.3 0.1 0.3 0.1 1.5 1.4 0.4 0.1
0
1.6 4.1 1.0 0.8 1.0 0.2 0.6 2.2
[1] 4mne.d 0.5 0.4 0.2 0.3 0.4 1.1 0.7 0.3 0.4 2.4 0.5 0.6 0.4 0.2 0.4 0.5 0.3 4.0 0.5 0.4 0.3 0.3 0.4 0.1 0.1 0.4 0.2 0.5 0.3 1.0 0.5 0.5 0.5
0.1
0.3 0.5 0.6 0.4 0.1 0.8 2.5
[1] 4mne.h 0.3 0.4 0.1 0.2 0.7 1.6 0.6 0.7 0.4 2.5 0.4 0.6 0.3 0.3 0.2 0.2 0.4 3.9 0.4 0.4 0.1 0.2 0.6 0.1 0.1 0.5 0.2 0.8 0.4 0.9 0.6 0.5 0.7 0.1
0.1
0.6 0.8 0.7 0.5 1.0 2.4
[1] 4u7z.a 0.7 0.3 0.4 0.2 0.5 1.0 0.8 1.2 0.5 2.3 0.7 0.5 0.5 0.3 0.4 0.4 0.3 3.4 1.0 0.4 0.7 0.4 0.6 0 0.4 0.3 0.6 0.4 0.9 1.1 0.6 0.1 0.7 0.4 0.9
0.3
0.5 0.4 0.6 1.0 3.1
[1] 4u80.a 0.7 0.3 0.2 0.3 0.5 1.1 1.1 1.2 0.5 2.3 1.0 0.6 0.5 0.4 0.4 0.5 0.3 3.8 1.1 0.3 0.5 0.5 0.9 0.3 0.2 0.3 0.2 0.3 0.9 1.0 0.4 0.4 0.3 0.2 0.4 0.4
0.3
0.5 0.6 0.9 3.0
[1] 4u81.a 0.4 0.1 0 0.2 0.2 1.3 1.0 0.9 0.5 2.2 0.4 0.4 0.4 0.6 0.5 0.5 0.6 4.1 0.9 0.2 0.6 0.6 0.5 0.1 0.3 0.3 0.4 0.1 0.5 0.7 0.3 0.2 0.3 0.3 0.4 0.4 0.4
0.3
0.4 0.8 2.7
[1] 5bx0.a 8.4 7.1 4.3 6.9 6.5 6.0 7.4 7.6 3.7 1.6 6.6 3.6 2.3 7.6 7.5 7.2 7.1 11 7.9 6.9 7.0 4.7 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 7.4 7.4 4.2 5.8 3.0 6.6 8.1 9.3 7.4 7.3 6.8
0
1.1 1.4
[1] 5eym.a 4.5 3.5 2.4 3.9 3.1 4.4 3.8 3.7 2.8 1.6 3.5 3.9 2.6 4.0 4.3 4.1 3.6 7.2 3.7 3.3 3.9 3.7 0.1 0 0.3 0 0.6 3.5 4.1 3.0 3.3 3.5 3.4 4.4 4.6 4.6 4.1 4.0 0.1
0
0.6
[2] 5hze.a 11 10 0.9 11 11 11 11 12 2.5 0.7 11 8.3 0.8 10 11 12 11 12 12 12 11 10 0.1 0.1 0 0 0 11 11 9.8 11 8.6 9.9 13 12 11 12 11 0.1 2.3
0.6
[Pocket-ligand steric clashes matrix]

Pocket clash dissimilarity (2 clusters)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by ligand clash profile difference

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥1.
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
.0
1s9j.a
2p55.a
2y4i.c
3dv3.a
3dy7.a
3e8n.a
3eqb.a
3eqc.a
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3eqg.a
3eqh.a
3eqi.a
3mbl.a
3orn.a
3os3.a
3pp1.a
3sls.a
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3vvh.c
3wig.a
3zls.a
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3zly.a
3zm4.a
4an2.a
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4lmn.a
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4mne.h
4u7z.a
4u80.a
4u81.a
5bx0.a
5eym.a
5hze.a
[1] 1s9j.a
0
.06 .09 .06 .05 .08 .02 .05 .10 .17 .06 .12 .08 .08 .20 .12 .11 .12 .03 .06 .20 .18 .27 .19 .17 .11 .21 .20 .04 .07 .16 .10 .11 .05 .06 .05 .06 .05 .24 .12 .30
[1] 2p55.a .06
0
.11 .05 .03 .09 .05 .05 .08 .15 .06 .11 .08 .09 .20 .14 .09 .13 .04 .04 .20 .18 .26 .17 .15 .11 .20 .17 .05 .09 .14 .08 .09 .07 .05 .05 .05 .03 .20 .12 .26
[1] 2y4i.c .09 .11
0
.11 .11 .10 .09 .10 .10 .16 .10 .14 .09 .12 .23 .15 .13 .14 .09 .10 .25 .22 .25 .19 .16 .09 .18 .21 .09 .10 .16 .15 .15 .09 .09 .10 .11 .09 .21 .13 .28
[1] 3dv3.a .06 .05 .11
0
.05 .08 .05 .08 .08 .15 .08 .12 .09 .09 .17 .12 .09 .12 .05 .05 .20 .18 .25 .17 .14 .12 .19 .18 .06 .08 .12 .09 .08 .07 .06 .04 .04 .04 .20 .13 .27
[1] 3dy7.a .05 .03 .11 .05
0
.08 .04 .05 .08 .16 .06 .11 .09 .09 .20 .13 .09 .13 .05 .04 .21 .19 .27 .18 .15 .13 .21 .18 .06 .09 .13 .10 .10 .05 .05 .06 .06 .04 .20 .12 .27
[1] 3e8n.a .08 .09 .10 .08 .08
0
.07 .09 .11 .19 .10 .12 .08 .12 .20 .13 .12 .14 .08 .09 .24 .21 .23 .17 .15 .08 .18 .21 .07 .10 .14 .13 .15 .07 .08 .08 .10 .08 .21 .14 .26
[1] 3eqb.a .02 .05 .09 .05 .04 .07
0
.05 .08 .16 .06 .11 .07 .09 .19 .13 .09 .13 .03 .05 .20 .17 .27 .18 .15 .10 .21 .20 .04 .08 .15 .10 .12 .04 .06 .06 .06 .05 .22 .11 .29
[1] 3eqc.a .05 .05 .10 .08 .05 .09 .05
0
.08 .17 .01 .09 .06 .11 .21 .14 .12 .15 .04 .07 .18 .17 .28 .18 .15 .10 .21 .19 .04 .07 .15 .09 .12 .04 .04 .09 .08 .05 .21 .11 .27
[1] 3eqd.a .10 .08 .10 .08 .08 .11 .08 .08
0
.12 .08 .12 .04 .12 .21 .16 .12 .14 .10 .08 .24 .21 .22 .13 .11 .09 .18 .16 .07 .09 .12 .13 .13 .09 .09 .09 .08 .07 .15 .14 .23
[1] 3eqf.a .17 .15 .16 .15 .16 .19 .16 .17 .12
0
.16 .19 .14 .19 .30 .24 .19 .18 .17 .15 .32 .30 .16 .10 .09 .15 .10 .19 .17 .17 .15 .20 .17 .18 .16 .16 .16 .15 .13 .14 .24
[1] 3eqg.a .06 .06 .10 .08 .06 .10 .06 .01 .08 .16
0
.09 .06 .11 .22 .14 .13 .16 .04 .07 .19 .17 .28 .18 .15 .10 .21 .20 .05 .07 .15 .09 .12 .05 .05 .10 .08 .05 .21 .11 .27
[1] 3eqh.a .12 .11 .14 .12 .11 .12 .11 .09 .12 .19 .09
0
.09 .09 .18 .16 .09 .20 .10 .11 .17 .17 .29 .20 .17 .12 .24 .18 .10 .11 .16 .14 .16 .10 .09 .14 .13 .10 .22 .15 .29
[1] 3eqi.a .08 .08 .09 .09 .09 .08 .07 .06 .04 .14 .06 .09
0
.12 .20 .15 .13 .15 .07 .09 .22 .19 .23 .13 .12 .05 .18 .18 .06 .07 .14 .11 .15 .07 .08 .09 .10 .08 .17 .13 .24
[1] 3mbl.a .08 .09 .12 .09 .09 .12 .09 .11 .12 .19 .11 .09 .12
0
.17 .12 .06 .15 .08 .09 .18 .15 .28 .20 .18 .14 .22 .18 .09 .12 .16 .13 .14 .10 .09 .08 .10 .08 .24 .16 .30
[1] 3orn.a .20 .20 .23 .17 .20 .20 .19 .21 .21 .30 .22 .18 .20 .17
0
.14 .18 .28 .21 .20 .11 .07 .38 .29 .27 .22 .32 .27 .20 .22 .23 .17 .19 .20 .20 .20 .21 .19 .33 .27 .40
[1] 3os3.a .12 .14 .15 .12 .13 .13 .13 .14 .16 .24 .14 .16 .15 .12 .14
0
.13 .20 .14 .14 .18 .15 .32 .25 .22 .17 .26 .24 .13 .14 .19 .11 .16 .12 .13 .12 .15 .13 .28 .20 .34
[1] 3pp1.a .11 .09 .13 .09 .09 .12 .09 .12 .12 .19 .13 .09 .13 .06 .18 .13
0
.16 .10 .10 .19 .18 .28 .21 .18 .14 .22 .18 .11 .14 .16 .14 .14 .12 .11 .09 .09 .08 .23 .17 .30
[1] 3sls.a .12 .13 .14 .12 .13 .14 .13 .15 .14 .18 .16 .20 .15 .15 .28 .20 .16
0
.14 .13 .30 .28 .26 .19 .18 .17 .19 .22 .13 .17 .17 .19 .19 .15 .14 .11 .14 .13 .25 .22 .30
[1] 3v01.a .03 .04 .09 .05 .05 .08 .03 .04 .10 .17 .04 .10 .07 .08 .21 .14 .10 .14
0
.04 .19 .17 .27 .19 .15 .10 .21 .19 .04 .07 .15 .09 .11 .04 .04 .06 .06 .04 .22 .11 .28
[1] 3v04.a .06 .04 .10 .05 .04 .09 .05 .07 .08 .15 .07 .11 .09 .09 .20 .14 .10 .13 .04
0
.22 .20 .26 .17 .13 .11 .19 .16 .06 .08 .12 .09 .10 .07 .05 .06 .05 .03 .20 .12 .26
[1] 3vvh.c .20 .20 .25 .20 .21 .24 .20 .18 .24 .32 .19 .17 .22 .18 .11 .18 .19 .30 .19 .22
0
.07 .43 .34 .31 .25 .37 .30 .20 .21 .28 .17 .20 .19 .19 .23 .22 .20 .36 .26 .42
[1] 3wig.a .18 .18 .22 .18 .19 .21 .17 .17 .21 .30 .17 .17 .19 .15 .07 .15 .18 .28 .17 .20 .07
0
.40 .32 .30 .23 .35 .28 .17 .20 .27 .15 .18 .18 .17 .20 .20 .19 .34 .24 .41
[1] 3zls.a .27 .26 .25 .25 .27 .23 .27 .28 .22 .16 .28 .29 .23 .28 .38 .32 .28 .26 .27 .26 .43 .40
0
.14 .15 .20 .12 .21 .26 .26 .22 .31 .29 .29 .27 .25 .26 .26 .15 .25 .31
[1] 3zlw.a .19 .17 .19 .17 .18 .17 .18 .18 .13 .10 .18 .20 .13 .20 .29 .25 .21 .19 .19 .17 .34 .32 .14
0
.09 .14 .11 .20 .17 .18 .15 .22 .20 .19 .18 .17 .18 .17 .14 .15 .27
[1] 3zlx.a .17 .15 .16 .14 .15 .15 .15 .15 .11 .09 .15 .17 .12 .18 .27 .22 .18 .18 .15 .13 .31 .30 .15 .09
0
.10 .09 .17 .15 .14 .12 .18 .18 .16 .15 .15 .14 .13 .10 .18 .22
[1] 3zly.a .11 .11 .09 .12 .13 .08 .10 .10 .09 .15 .10 .12 .05 .14 .22 .17 .14 .17 .10 .11 .25 .23 .20 .14 .10
0
.14 .21 .09 .10 .16 .14 .17 .10 .10 .11 .12 .10 .17 .16 .24
[1] 3zm4.a .21 .20 .18 .19 .21 .18 .21 .21 .18 .10 .21 .24 .18 .22 .32 .26 .22 .19 .21 .19 .37 .35 .12 .11 .09 .14
0
.24 .20 .21 .18 .24 .22 .22 .20 .19 .19 .19 .14 .20 .27
[1] 4an2.a .20 .17 .21 .18 .18 .21 .20 .19 .16 .19 .20 .18 .18 .18 .27 .24 .18 .22 .19 .16 .30 .28 .21 .20 .17 .21 .24
0
.18 .17 .11 .22 .21 .19 .18 .18 .18 .16 .20 .24 .28
[1] 4an3.a .04 .05 .09 .06 .06 .07 .04 .04 .07 .17 .05 .10 .06 .09 .20 .13 .11 .13 .04 .06 .20 .17 .26 .17 .15 .09 .20 .18
0
.06 .14 .10 .12 .05 .05 .06 .07 .05 .20 .11 .27
[1] 4an9.a .07 .09 .10 .08 .09 .10 .08 .07 .09 .17 .07 .11 .07 .12 .22 .14 .14 .17 .07 .08 .21 .20 .26 .18 .14 .10 .21 .17 .06
0
.12 .09 .13 .06 .06 .10 .09 .07 .20 .13 .25
[1] 4anb.a .16 .14 .16 .12 .13 .14 .15 .15 .12 .15 .15 .16 .14 .16 .23 .19 .16 .17 .15 .12 .28 .27 .22 .15 .12 .16 .18 .11 .14 .12
0
.16 .16 .12 .14 .14 .13 .13 .16 .19 .24
[1] 4ark.a .10 .08 .15 .09 .10 .13 .10 .09 .13 .20 .09 .14 .11 .13 .17 .11 .14 .19 .09 .09 .17 .15 .31 .22 .18 .14 .24 .22 .10 .09 .16
0
.07 .09 .08 .11 .11 .09 .25 .16 .30
[1] 4lmn.a .11 .09 .15 .08 .10 .15 .12 .12 .13 .17 .12 .16 .15 .14 .19 .16 .14 .19 .11 .10 .20 .18 .29 .20 .18 .17 .22 .21 .12 .13 .16 .07
0
.12 .10 .10 .10 .10 .23 .14 .31
[1] 4mne.d .05 .07 .09 .07 .05 .07 .04 .04 .09 .18 .05 .10 .07 .10 .20 .12 .12 .15 .04 .07 .19 .18 .29 .19 .16 .10 .22 .19 .05 .06 .12 .09 .12
0
.04 .08 .08 .06 .21 .12 .28
[1] 4mne.h .06 .05 .09 .06 .05 .08 .06 .04 .09 .16 .05 .09 .08 .09 .20 .13 .11 .14 .04 .05 .19 .17 .27 .18 .15 .10 .20 .18 .05 .06 .14 .08 .10 .04
0
.07 .06 .03 .21 .12 .27
[1] 4u7z.a .05 .05 .10 .04 .06 .08 .06 .09 .09 .16 .10 .14 .09 .08 .20 .12 .09 .11 .06 .06 .23 .20 .25 .17 .15 .11 .19 .18 .06 .10 .14 .11 .10 .08 .07
0
.05 .05 .22 .15 .27
[1] 4u80.a .06 .05 .11 .04 .06 .10 .06 .08 .08 .16 .08 .13 .10 .10 .21 .15 .09 .14 .06 .05 .22 .20 .26 .18 .14 .12 .19 .18 .07 .09 .13 .11 .10 .08 .06 .05
0
.03 .20 .13 .26
[1] 4u81.a .05 .03 .09 .04 .04 .08 .05 .05 .07 .15 .05 .10 .08 .08 .19 .13 .08 .13 .04 .03 .20 .19 .26 .17 .13 .10 .19 .16 .05 .07 .13 .09 .10 .06 .03 .05 .03
0
.20 .11 .25
[1] 5bx0.a .24 .20 .21 .20 .20 .21 .22 .21 .15 .13 .21 .22 .17 .24 .33 .28 .23 .25 .22 .20 .36 .34 .15 .14 .10 .17 .14 .20 .20 .20 .16 .25 .23 .21 .21 .22 .20 .20
0
.21 .23
[1] 5eym.a .12 .12 .13 .13 .12 .14 .11 .11 .14 .14 .11 .15 .13 .16 .27 .20 .17 .22 .11 .12 .26 .24 .25 .15 .18 .16 .20 .24 .11 .13 .19 .16 .14 .12 .12 .15 .13 .11 .21
0
.31
[2] 5hze.a .30 .26 .28 .27 .27 .26 .29 .27 .23 .24 .27 .29 .24 .30 .40 .34 .30 .30 .28 .26 .42 .41 .31 .27 .22 .24 .27 .28 .27 .25 .24 .30 .31 .28 .27 .27 .26 .25 .23 .31
0
[Pocket clash dissimilarity matrix]

Site backbone RMSD (median 2.2 Å)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by RMSD of site residue backbone atoms

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥10 Å
9 Å
8 Å
7 Å
6 Å
5 Å
4 Å
3 Å
2 Å
1 Å
0 Å
1s9j.a
2p55.a
2y4i.c
3dv3.a
3dy7.a
3e8n.a
3eqb.a
3eqc.a
3eqd.a
3eqf.a
3eqg.a
3eqh.a
3eqi.a
3mbl.a
3orn.a
3os3.a
3pp1.a
3sls.a
3v01.a
3v04.a
3vvh.c
3wig.a
3zls.a
3zlw.a
3zlx.a
3zly.a
3zm4.a
4an2.a
4an3.a
4an9.a
4anb.a
4ark.a
4lmn.a
4mne.d
4mne.h
4u7z.a
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4u81.a
5bx0.a
5eym.a
5hze.a
[1] 1s9j.a
0
0.7 1.1 0.8 0.8 0.8 0.7 1.6 1.9 2.0 1.7 1.7 1.8 0.8 0.9 1.0 0.9 1.4 0.4 0.6 0.8 0.7 2.0 2.0 1.9 1.8 1.9 1.8 1.6 1.6 1.7 1.0 1.3 1.1 1.0 0.8 0.7 0.7 2.0 1.8 2.1
[1] 2p55.a 0.7
0
0.9 0.5 0.3 0.6 0.5 1.7 1.9 1.9 1.7 1.7 1.8 0.5 0.9 0.8 0.6 1.4 0.6 0.5 0.8 0.8 2.0 2.0 1.9 1.8 1.9 1.8 1.7 1.8 1.8 0.7 1.0 1.0 0.9 0.5 0.4 0.4 2.0 1.8 2.1
[1] 2y4i.c 1.1 0.9
0
1.0 0.9 1.1 1.0 1.9 2.1 2.1 2.1 2.0 2.1 1.0 1.8 1.5 1.0 1.8 0.9 0.9 1.8 1.8 2.1 2.0 2.0 1.9 1.9 2.2 2.0 2.0 2.1 1.4 1.6 1.3 1.3 1.0 0.9 0.9 2.2 1.9 2.4
[1] 3dv3.a 0.8 0.5 1.0
0
0.6 0.7 0.5 1.7 2.0 2.1 1.8 1.8 2.0 0.6 1.0 0.7 0.6 1.3 0.7 0.6 1.1 1.0 2.0 2.1 2.0 1.9 2.0 1.9 1.8 1.9 1.8 0.6 1.0 1.0 0.9 0.4 0.4 0.5 2.1 1.9 2.4
[1] 3dy7.a 0.8 0.3 0.9 0.6
0
0.6 0.6 1.5 1.8 1.9 1.6 1.7 1.8 0.5 1.0 0.8 0.6 1.3 0.6 0.5 1.0 1.0 1.9 1.9 1.8 1.7 1.8 1.8 1.8 1.7 1.7 0.7 1.1 0.9 0.7 0.6 0.4 0.4 1.9 1.8 2.1
[1] 3e8n.a 0.8 0.6 1.1 0.7 0.6
0
0.6 1.5 1.8 1.9 1.6 1.6 1.8 0.8 1.4 1.1 0.8 1.4 0.7 0.7 1.5 1.4 1.9 1.9 1.8 1.7 1.8 1.6 1.5 1.5 1.6 1.2 1.7 1.1 1.1 0.7 0.6 0.6 2.0 1.7 2.1
[1] 3eqb.a 0.7 0.5 1.0 0.5 0.6 0.6
0
1.6 1.9 2.0 1.7 1.7 1.9 0.6 0.9 0.8 0.7 1.3 0.6 0.6 0.9 0.8 2.0 2.1 2.0 1.9 1.9 1.8 1.6 1.7 1.7 0.8 1.1 1.0 0.9 0.5 0.5 0.5 2.1 1.9 2.2
[1] 3eqc.a 1.6 1.7 1.9 1.7 1.5 1.5 1.6
0
0.7 1.1 0.5 0.5 0.7 1.8 1.4 1.8 1.7 2.1 1.6 1.6 1.4 1.4 1.2 1.1 1.1 0.7 1.2 1.1 0.7 0.9 1.0 2.0 2.3 1.5 1.6 1.7 1.6 1.6 1.2 1.1 1.2
[1] 3eqd.a 1.9 1.9 2.1 2.0 1.8 1.8 1.9 0.7
0
0.7 1.0 1.1 0.4 2.3 2.6 2.6 2.2 2.6 1.8 1.8 2.7 2.6 1.2 0.7 0.6 0.4 0.7 1.4 1.3 1.3 1.3 2.8 3.0 2.0 2.0 2.1 1.9 1.8 1.0 1.0 1.1
[1] 3eqf.a 2.0 1.9 2.1 2.1 1.9 1.9 2.0 1.1 0.7
0
1.2 1.2 0.8 2.4 2.7 2.7 2.2 2.7 2.0 1.9 2.8 2.7 1.3 0.7 0.8 0.8 0.7 1.5 1.5 1.5 1.4 2.9 3.1 2.0 2.1 2.2 1.9 1.8 1.0 1.0 1.3
[1] 3eqg.a 1.7 1.7 2.1 1.8 1.6 1.6 1.7 0.5 1.0 1.2
0
0.7 0.9 2.1 2.3 2.3 2.1 2.4 1.6 1.6 2.4 2.4 1.4 1.2 1.1 0.9 1.2 1.2 0.9 1.1 1.1 2.6 3.0 1.7 1.8 1.9 1.7 1.6 1.4 1.2 1.5
[1] 3eqh.a 1.7 1.7 2.0 1.8 1.7 1.6 1.7 0.5 1.1 1.2 0.7
0
1.0 2.0 2.1 2.2 1.9 2.3 1.6 1.6 2.3 2.2 1.3 1.1 1.0 0.8 1.1 1.2 0.9 1.1 1.1 2.5 2.8 1.7 1.8 1.9 1.7 1.6 1.5 1.1 1.6
[1] 3eqi.a 1.8 1.8 2.1 2.0 1.8 1.8 1.9 0.7 0.4 0.8 0.9 1.0
0
2.3 2.5 2.6 2.2 2.6 1.8 1.8 2.6 2.6 1.3 0.8 0.8 0.4 0.9 1.4 1.3 1.2 1.3 2.8 3.0 1.9 2.0 2.1 1.9 1.8 1.1 1.0 1.1
[1] 3mbl.a 0.8 0.5 1.0 0.6 0.5 0.8 0.6 1.8 2.3 2.4 2.1 2.0 2.3
0
1.5 1.0 0.5 1.5 0.7 0.7 1.5 1.4 2.3 2.1 2.1 2.0 1.9 2.1 1.8 1.9 2.1 1.0 1.4 1.4 1.3 0.6 0.6 0.7 2.4 1.9 2.6
[1] 3orn.a 0.9 0.9 1.8 1.0 1.0 1.4 0.9 1.4 2.6 2.7 2.3 2.1 2.5 1.5
0
1.1 1.5 1.4 0.9 0.9 0.5 0.3 2.4 1.8 1.7 1.6 1.7 2.2 2.0 2.0 2.2 1.5 1.8 1.8 1.8 1.3 0.8 0.8 2.7 1.6 2.9
[1] 3os3.a 1.0 0.8 1.5 0.7 0.8 1.1 0.8 1.8 2.6 2.7 2.3 2.2 2.6 1.0 1.1
0
1.1 1.3 0.9 0.9 1.1 1.1 2.5 2.2 2.1 2.0 2.0 2.2 2.0 2.0 2.2 1.1 1.6 1.6 1.6 0.9 0.8 0.9 2.7 2.0 2.9
[1] 3pp1.a 0.9 0.6 1.0 0.6 0.6 0.8 0.7 1.7 2.2 2.2 2.1 1.9 2.2 0.5 1.5 1.1
0
1.5 0.8 0.8 1.5 1.5 2.2 2.0 2.0 1.9 1.9 2.0 1.8 1.9 2.0 1.1 1.5 1.3 1.2 0.6 0.5 0.7 2.3 1.7 2.5
[1] 3sls.a 1.4 1.4 1.8 1.3 1.3 1.4 1.3 2.1 2.6 2.7 2.4 2.3 2.6 1.5 1.4 1.3 1.5
0
1.4 1.4 1.4 1.4 2.7 2.4 2.4 2.3 2.3 2.4 2.0 2.1 2.4 1.6 1.9 1.6 1.6 1.3 1.4 1.4 2.8 2.3 2.8
[1] 3v01.a 0.4 0.6 0.9 0.7 0.6 0.7 0.6 1.6 1.8 2.0 1.6 1.6 1.8 0.7 0.9 0.9 0.8 1.4
0
0.5 0.8 0.7 2.0 2.0 1.9 1.8 1.9 1.8 1.6 1.6 1.7 0.9 1.2 0.9 0.9 0.7 0.5 0.5 2.0 1.8 2.1
[1] 3v04.a 0.6 0.5 0.9 0.6 0.5 0.7 0.6 1.6 1.8 1.9 1.6 1.6 1.8 0.7 0.9 0.9 0.8 1.4 0.5
0
0.8 0.8 2.0 1.9 1.9 1.8 1.8 1.8 1.6 1.7 1.7 0.8 1.1 0.9 0.8 0.6 0.5 0.4 1.9 1.8 2.0
[1] 3vvh.c 0.8 0.8 1.8 1.1 1.0 1.5 0.9 1.4 2.7 2.8 2.4 2.3 2.6 1.5 0.5 1.1 1.5 1.4 0.8 0.8
0
0.4 2.6 1.9 1.8 1.7 1.9 2.4 2.1 2.1 2.4 1.4 1.6 1.9 1.9 1.4 0.8 0.8 2.8 1.7 2.9
[1] 3wig.a 0.7 0.8 1.8 1.0 1.0 1.4 0.8 1.4 2.6 2.7 2.4 2.2 2.6 1.4 0.3 1.1 1.5 1.4 0.7 0.8 0.4
0
2.4 1.7 1.6 1.6 1.6 2.2 2.0 2.0 2.2 1.5 1.8 1.8 1.8 1.3 0.8 0.8 2.6 1.6 2.9
[1] 3zls.a 2.0 2.0 2.1 2.0 1.9 1.9 2.0 1.2 1.2 1.3 1.4 1.3 1.3 2.3 2.4 2.5 2.2 2.7 2.0 2.0 2.6 2.4
0
0.9 0.9 0.8 0.6 1.5 1.4 1.6 1.5 2.7 2.9 2.2 2.2 2.1 2.0 1.9 1.1 1.1 1.7
[1] 3zlw.a 2.0 2.0 2.0 2.1 1.9 1.9 2.1 1.1 0.7 0.7 1.2 1.1 0.8 2.1 1.8 2.2 2.0 2.4 2.0 1.9 1.9 1.7 0.9
0
0.5 0.6 0.5 1.3 1.4 1.4 1.2 2.4 2.5 2.0 2.1 2.1 2.0 1.9 0.6 0.8 1.2
[1] 3zlx.a 1.9 1.9 2.0 2.0 1.8 1.8 2.0 1.1 0.6 0.8 1.1 1.0 0.8 2.1 1.7 2.1 2.0 2.4 1.9 1.9 1.8 1.6 0.9 0.5
0
0.5 0.5 1.2 1.3 1.3 1.1 2.3 2.5 1.9 2.0 2.0 1.9 1.9 0.7 0.9 1.2
[1] 3zly.a 1.8 1.8 1.9 1.9 1.7 1.7 1.9 0.7 0.4 0.8 0.9 0.8 0.4 2.0 1.6 2.0 1.9 2.3 1.8 1.8 1.7 1.6 0.8 0.6 0.5
0
0.5 1.2 1.1 1.2 1.1 2.2 2.5 1.8 1.9 1.9 1.9 1.8 0.7 1.1 1.1
[1] 3zm4.a 1.9 1.9 1.9 2.0 1.8 1.8 1.9 1.2 0.7 0.7 1.2 1.1 0.9 1.9 1.7 2.0 1.9 2.3 1.9 1.8 1.9 1.6 0.6 0.5 0.5 0.5
0
1.2 1.4 1.4 1.1 2.1 2.3 1.9 1.9 1.9 1.9 1.8 0.7 1.0 1.3
[1] 4an2.a 1.8 1.8 2.2 1.9 1.8 1.6 1.8 1.1 1.4 1.5 1.2 1.2 1.4 2.1 2.2 2.2 2.0 2.4 1.8 1.8 2.4 2.2 1.5 1.3 1.2 1.2 1.2
0
0.7 0.9 0.5 2.6 2.9 2.0 2.0 1.9 1.8 1.7 1.6 1.2 1.8
[1] 4an3.a 1.6 1.7 2.0 1.8 1.8 1.5 1.6 0.7 1.3 1.5 0.9 0.9 1.3 1.8 2.0 2.0 1.8 2.0 1.6 1.6 2.1 2.0 1.4 1.4 1.3 1.1 1.4 0.7
0
0.5 0.7 2.2 2.6 1.6 1.6 1.8 1.6 1.6 1.6 1.3 1.6
[1] 4an9.a 1.6 1.8 2.0 1.9 1.7 1.5 1.7 0.9 1.3 1.5 1.1 1.1 1.2 1.9 2.0 2.0 1.9 2.1 1.6 1.7 2.1 2.0 1.6 1.4 1.3 1.2 1.4 0.9 0.5
0
0.9 2.3 2.7 1.7 1.8 1.8 1.7 1.7 1.6 1.3 1.6
[1] 4anb.a 1.7 1.8 2.1 1.8 1.7 1.6 1.7 1.0 1.3 1.4 1.1 1.1 1.3 2.1 2.2 2.2 2.0 2.4 1.7 1.7 2.4 2.2 1.5 1.2 1.1 1.1 1.1 0.5 0.7 0.9
0
2.6 2.9 1.8 1.9 1.9 1.7 1.6 1.5 1.2 1.7
[1] 4ark.a 1.0 0.7 1.4 0.6 0.7 1.2 0.8 2.0 2.8 2.9 2.6 2.5 2.8 1.0 1.5 1.1 1.1 1.6 0.9 0.8 1.4 1.5 2.7 2.4 2.3 2.2 2.1 2.6 2.2 2.3 2.6
0
1.1 1.8 1.8 0.9 0.7 0.8 2.8 2.0 3.0
[1] 4lmn.a 1.3 1.0 1.6 1.0 1.1 1.7 1.1 2.3 3.0 3.1 3.0 2.8 3.0 1.4 1.8 1.6 1.5 1.9 1.2 1.1 1.6 1.8 2.9 2.5 2.5 2.5 2.3 2.9 2.6 2.7 2.9 1.1
0
2.1 2.1 1.4 1.1 1.1 3.1 2.0 3.3
[1] 4mne.d 1.1 1.0 1.3 1.0 0.9 1.1 1.0 1.5 2.0 2.0 1.7 1.7 1.9 1.4 1.8 1.6 1.3 1.6 0.9 0.9 1.9 1.8 2.2 2.0 1.9 1.8 1.9 2.0 1.6 1.7 1.8 1.8 2.1
0
0.4 1.1 0.9 0.9 2.2 1.8 2.1
[1] 4mne.h 1.0 0.9 1.3 0.9 0.7 1.1 0.9 1.6 2.0 2.1 1.8 1.8 2.0 1.3 1.8 1.6 1.2 1.6 0.9 0.8 1.9 1.8 2.2 2.1 2.0 1.9 1.9 2.0 1.6 1.8 1.9 1.8 2.1 0.4
0
1.1 0.8 0.8 2.2 1.9 2.2
[1] 4u7z.a 0.8 0.5 1.0 0.4 0.6 0.7 0.5 1.7 2.1 2.2 1.9 1.9 2.1 0.6 1.3 0.9 0.6 1.3 0.7 0.6 1.4 1.3 2.1 2.1 2.0 1.9 1.9 1.9 1.8 1.8 1.9 0.9 1.4 1.1 1.1
0
0.4 0.5 2.2 1.9 2.4
[1] 4u80.a 0.7 0.4 0.9 0.4 0.4 0.6 0.5 1.6 1.9 1.9 1.7 1.7 1.9 0.6 0.8 0.8 0.5 1.4 0.5 0.5 0.8 0.8 2.0 2.0 1.9 1.9 1.9 1.8 1.6 1.7 1.7 0.7 1.1 0.9 0.8 0.4
0
0.3 2.0 1.8 2.1
[1] 4u81.a 0.7 0.4 0.9 0.5 0.4 0.6 0.5 1.6 1.8 1.8 1.6 1.6 1.8 0.7 0.8 0.9 0.7 1.4 0.5 0.4 0.8 0.8 1.9 1.9 1.9 1.8 1.8 1.7 1.6 1.7 1.6 0.8 1.1 0.9 0.8 0.5 0.3
0
1.9 1.8 2.0
[1] 5bx0.a 2.0 2.0 2.2 2.1 1.9 2.0 2.1 1.2 1.0 1.0 1.4 1.5 1.1 2.4 2.7 2.7 2.3 2.8 2.0 1.9 2.8 2.6 1.1 0.6 0.7 0.7 0.7 1.6 1.6 1.6 1.5 2.8 3.1 2.2 2.2 2.2 2.0 1.9
0
0.9 1.4
[1] 5eym.a 1.8 1.8 1.9 1.9 1.8 1.7 1.9 1.1 1.0 1.0 1.2 1.1 1.0 1.9 1.6 2.0 1.7 2.3 1.8 1.8 1.7 1.6 1.1 0.8 0.9 1.1 1.0 1.2 1.3 1.3 1.2 2.0 2.0 1.8 1.9 1.9 1.8 1.8 0.9
0
1.3
[2] 5hze.a 2.1 2.1 2.4 2.4 2.1 2.1 2.2 1.2 1.1 1.3 1.5 1.6 1.1 2.6 2.9 2.9 2.5 2.8 2.1 2.0 2.9 2.9 1.7 1.2 1.2 1.1 1.3 1.8 1.6 1.6 1.7 3.0 3.3 2.1 2.2 2.4 2.1 2.0 1.4 1.3
0
[Binding site backbone RMSD matrix]

Site full-atom RMSD (median 1.6 Å)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by RMSD of all site residue atoms

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥10 Å
9 Å
8 Å
7 Å
6 Å
5 Å
4 Å
3 Å
2 Å
1 Å
0 Å
1s9j.a
2p55.a
2y4i.c
3dv3.a
3dy7.a
3e8n.a
3eqb.a
3eqc.a
3eqd.a
3eqf.a
3eqg.a
3eqh.a
3eqi.a
3mbl.a
3orn.a
3os3.a
3pp1.a
3sls.a
3v01.a
3v04.a
3vvh.c
3wig.a
3zls.a
3zlw.a
3zlx.a
3zly.a
3zm4.a
4an2.a
4an3.a
4an9.a
4anb.a
4ark.a
4lmn.a
4mne.d
4mne.h
4u7z.a
4u80.a
4u81.a
5bx0.a
5eym.a
5hze.a
[1] 1s9j.a
0
0.6 1.4 0.9 0.9 0.8 0.7 2.5 2.6 2.8 2.5 2.5 2.7 1.0 1.4 1.2 1.0 1.6 0.4 0.6 1.4 1.3 2.8 2.8 2.8 2.6 2.8 2.6 2.5 2.5 2.6 1.1 1.4 1.3 1.2 0.9 0.8 0.8 2.8 2.1 3.2
[1] 2p55.a 0.6
0
1.4 0.8 0.7 0.7 0.6 2.5 2.7 2.8 2.5 2.6 2.7 0.9 1.5 1.1 0.9 1.6 0.6 0.5 1.4 1.4 2.9 2.8 2.8 2.7 2.8 2.7 2.6 2.6 2.7 1.0 1.2 1.3 1.2 0.8 0.7 0.6 2.8 2.0 3.3
[1] 2y4i.c 1.4 1.4
0
1.5 1.3 1.4 1.4 2.5 2.8 2.8 2.6 2.6 2.7 1.5 2.2 1.8 1.4 1.9 1.4 1.4 2.2 2.1 2.7 2.7 2.7 2.6 2.5 2.8 2.7 2.7 2.8 1.7 2.0 1.6 1.5 1.4 1.3 1.3 2.7 2.0 3.2
[1] 3dv3.a 0.9 0.8 1.5
0
0.9 1.0 0.8 2.4 2.7 2.8 2.5 2.5 2.7 0.8 1.6 1.0 0.8 1.4 0.8 0.8 1.6 1.5 2.7 2.7 2.7 2.6 2.8 2.6 2.6 2.5 2.6 1.0 1.4 1.2 1.1 0.8 0.8 0.6 2.8 2.1 3.3
[1] 3dy7.a 0.9 0.7 1.3 0.9
0
1.0 0.8 2.4 2.6 2.8 2.5 2.5 2.6 0.9 1.7 1.1 0.9 1.5 0.9 0.8 1.7 1.6 2.7 2.6 2.6 2.5 2.7 2.6 2.7 2.6 2.7 1.1 1.5 1.2 1.1 1.0 0.7 0.8 2.7 2.0 3.2
[1] 3e8n.a 0.8 0.7 1.4 1.0 1.0
0
0.8 2.3 2.6 2.7 2.4 2.5 2.6 1.1 1.9 1.4 1.0 1.6 0.8 0.8 2.0 1.9 2.7 2.6 2.6 2.5 2.6 2.5 2.4 2.4 2.5 1.5 1.8 1.4 1.3 0.9 0.8 0.8 2.7 2.0 3.2
[1] 3eqb.a 0.7 0.6 1.4 0.8 0.8 0.8
0
2.5 2.7 2.8 2.5 2.6 2.7 1.0 1.4 1.1 1.0 1.5 0.6 0.7 1.4 1.4 2.9 2.8 2.8 2.7 2.8 2.6 2.5 2.5 2.6 1.1 1.3 1.2 1.2 0.8 0.7 0.8 2.9 2.1 3.3
[1] 3eqc.a 2.5 2.5 2.5 2.4 2.4 2.3 2.5
0
0.8 1.2 0.7 0.7 0.9 2.6 2.2 2.5 2.5 2.7 2.4 2.4 2.3 2.2 1.5 1.1 1.2 0.8 1.3 1.5 1.1 1.3 1.3 2.6 2.9 2.2 2.3 2.5 2.4 2.4 1.4 1.4 2.0
[1] 3eqd.a 2.6 2.7 2.8 2.7 2.6 2.6 2.7 0.8
0
0.8 1.2 1.7 0.6 3.2 3.6 3.6 3.0 3.0 2.6 2.6 3.6 3.5 1.9 0.8 0.8 0.7 1.0 1.8 1.6 1.7 1.7 3.6 3.8 2.7 2.7 2.8 2.6 2.5 1.2 1.2 2.0
[1] 3eqf.a 2.8 2.8 2.8 2.8 2.8 2.7 2.8 1.2 0.8
0
1.4 1.8 1.0 3.3 3.7 3.7 3.1 3.1 2.8 2.7 3.8 3.6 1.9 0.9 1.0 0.9 1.0 1.9 1.7 1.8 1.8 3.8 3.9 2.8 2.8 2.9 2.7 2.6 1.2 1.2 2.1
[1] 3eqg.a 2.5 2.5 2.6 2.5 2.5 2.4 2.5 0.7 1.2 1.4
0
1.5 1.1 3.0 3.3 3.3 2.9 2.8 2.4 2.4 3.4 3.3 2.0 1.2 1.3 1.1 1.5 1.6 1.2 1.4 1.4 3.4 3.5 2.4 2.5 2.6 2.4 2.3 1.6 1.5 2.2
[1] 3eqh.a 2.5 2.6 2.6 2.5 2.5 2.5 2.6 0.7 1.7 1.8 1.5
0
1.7 2.7 2.9 2.9 2.6 2.8 2.5 2.5 3.0 2.9 1.9 1.1 1.2 0.9 1.3 1.8 1.3 1.5 1.7 3.2 3.5 2.7 2.7 2.6 2.5 2.4 1.6 1.3 2.3
[1] 3eqi.a 2.7 2.7 2.7 2.7 2.6 2.6 2.7 0.9 0.6 1.0 1.1 1.7
0
3.2 3.6 3.6 3.0 3.0 2.6 2.6 3.7 3.5 2.0 0.9 1.1 0.7 1.3 1.9 1.6 1.7 1.7 3.6 3.8 2.7 2.7 2.8 2.6 2.5 1.4 1.3 2.0
[1] 3mbl.a 1.0 0.9 1.5 0.8 0.9 1.1 1.0 2.6 3.2 3.3 3.0 2.7 3.2
0
2.2 1.5 0.7 1.6 1.0 1.0 2.1 2.1 3.0 2.9 2.9 2.8 2.7 2.9 2.6 2.7 3.0 1.7 2.1 2.1 2.0 1.0 1.0 1.0 3.0 2.0 3.6
[1] 3orn.a 1.4 1.5 2.2 1.6 1.7 1.9 1.4 2.2 3.6 3.7 3.3 2.9 3.6 2.2
0
1.7 2.1 1.6 1.4 1.4 0.8 0.5 3.3 2.4 2.5 2.4 2.5 3.1 2.7 2.7 3.1 2.4 2.6 2.7 2.6 2.0 1.4 1.4 3.1 1.9 3.9
[1] 3os3.a 1.2 1.1 1.8 1.0 1.1 1.4 1.1 2.5 3.6 3.7 3.3 2.9 3.6 1.5 1.7
0
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