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FAK1_HUMAN_409_687

Focal adhesion kinase 1 [Protein kinase superfamily. Tyr protein kinase family. FAK subfamily]

Composition of the binding site

Protein chains monomer [domain annotation]
A1 (FAK1_HUMAN):D: Protein kinase (426, 428:434, 436, 438, 452, 454, 467, 468, 470:472, 474, 475, 478, 483, 484, 486, 499:506, 513, 514, 530, 534, 537, 542:553, 562:571, 604, 607, 608, 611)426, 428:434, 436, 438, 452, 454, 467, 468, 470:472, 474, 475, 478, 483, 484, 486, 499:506, 513, 514, 530, 534, 537, 542:553, 562:571, 604, 607, 608, 611

Full PDB list

1mp8, 2etm, 2ijm, 2j0j, 2j0k, 2j0l, 2j0m, 2jkk, 2jkm, 2jko, 2jkq, 3bz3, 3pxk, 4brx, 4c7t, 4d4r, 4d4s, 4d4v, 4d4y, 4d55, 4d58, 4d5h, 4d5k, 4ebv, 4ebw, 4gu6, 4gu9, 4i4e, 4i4f, 4k8a, 4k9y, 4kab, 4kao, 4q9s (redundant Pocketome entry)

Pocket contact map

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PDB.ch
   
ligand
A1
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0
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[1]2etm.b 7py28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . .
[1]2ijm.a atp31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - . . . .
[1]2ijm.b adp27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - . . . .
[1]2j0l.a anp,mg32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j0m.a 4st35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - . . . .
[1]2jkm.a bii37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . .
[1]2jko.a bij35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - . . . .
[1]2jkq.a vg840 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - . . . .
[1]3bz3.a yam35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3pxk.b pxk15 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - . . . .
[1]4brx.a kgw32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4c7t.a 5ri30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4d4v.b kb821 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - - . . . .
[1]4d58.b bi933 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4d5h.b none . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4gu6.a 10n31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4gu9.b 4gu17 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4i4e.a 1bq33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - - . . . .
[1]4k8a.b k8a12 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4k9y.a k9y36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4kab.b 4ka9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4kao.b kao32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - - . . . .
[2]4ebv.a 0o724 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - . . . .
[2]4ebw.a 0pf26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - . . . .
[2]4i4f.a 1br29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - . . . .
[3]4d5h.a 9rm19 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - - . . . .
[3]4q9s.a 30g15 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - - - . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Site contact map

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[1]2etm.b . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * * . . . . . . . . * * . * . - - . . . .
[1]2ijm.a . * . . . . . . . . . * . . . * . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . * . . * * . . . . . * * . * . . . - - - . . . .
[1]2ijm.b . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . * . . * . . . - - - . . . .
[1]2j0l.a . . . . . . . . . . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . * . . * * . . . . . * . . * . . . . . . . . . .
[1]2j0m.a . . . . * . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * * . . . . . * . * * . . - - - - . . . .
[1]2jkm.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . * . . . . . . . * . . * * . . . . . * . . * * * . . - - . . . .
[1]2jko.a . . . . . * . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * * . . . . . . . * * * * - - - - . . . .
[1]2jkq.a . . . . . . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * * . . . . . . . * * * * * - - - . . . .
[1]3bz3.a . . . . . * . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * * . . . . . . . * * * * . * . - . . . .
[1]3pxk.b . * . . * . . . * . . * . . . * . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . * . . * * . . . . . * * * * . . - - - - . . . .
[1]4brx.a . . . . . . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . * . . * * . . . . . . . * * * * * * . . . . . .
[1]4c7t.a . . . . . . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * * . . . . . . . * * * * * * . . . . . .
[1]4d4v.b . . . . . . . . . . . * . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * * . . . . . * . * * . - - - - - . . . .
[1]4d58.b . . . . . . . . . . . * * . . * . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . * . . * * . . . . . * * * * . . * . . * . . . .
[1]4d5h.b . . . . . . . . . . . * * . . * . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . * . . * * . . . . . * * * * . * * * . * . . . .
[1]4gu6.a . . . . . . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . * . . * * . . . . . . . * * * * . . * . . . . .
[1]4gu9.b . * . . . . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * * . * . . . . . * * * . * . . . . . . .
[1]4i4e.a . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . * . . * * . . . . . * . * * - - - - - - . . . .
[1]4k8a.b . * . . . . . . . . . * . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * * . . . . . * . * * . . * * . - . . . .
[1]4k9y.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . * . . * * . . . . . . . . .
[1]4kab.b . * . . . . . . . . . * . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * * . . . . . * . * * . . * . . . . . . .
[1]4kao.b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . * . . * * . . . . . . . . * * - - - - - . . . .
[2]4ebv.a . . . * . * . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . * . * . . . . * * * * - - - - . . . .
[2]4ebw.a . . . * . * . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . * . . . . . . * * * * - - - - . . . .
[2]4i4f.a . . . * * * . . . . . . . . . * . . * . . . . * . . . . . . * . . . . . . . . . . . . * . . . . . . * * * * * - - - . . . .
[3]4d5h.a . * . * . * . . . . . * . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * * . . . . . . . * . - - - - - - . . . .
[3]4q9s.a . * . * . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . * . . * . . . . . . . . * - - - - - - - . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Pocket-ligand steric compatibility

Ligands (x) vs pockets (y) colored by number of steric clashes

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketligand
≥10
9
8
7
6
5
4
3
2
1
0
2etm.b:7py
2ijm.a:atp
2ijm.b:adp
2j0l.a:anp,mg
2j0m.a:4st
2jkm.a:bii
2jko.a:bij
2jkq.a:vg8
3bz3.a:yam
3pxk.b:pxk
4brx.a:kgw
4c7t.a:5ri
4d4v.b:kb8
4d58.b:bi9
4d5h.b is apo
4gu6.a:10n
4gu9.b:4gu
4i4e.a:1bq
4k8a.b:k8a
4k9y.a:k9y
4kab.b:4ka
4kao.b:kao
4ebv.a:0o7
4ebw.a:0pf
4i4f.a:1br
4d5h.a:9rm
4q9s.a:30g
[1] 2etm.b
0.1
1.6 0.3 2.9 1.1 0.4 0 0.4 0.2 0.1 0.2 0.2 0 0.1 - 0.2 0 0.1 0.1 8.3 0 9.2 11 12 13 0.1 0.1
[1] 2ijm.a 0.7
0.2
0 0.6 2.1 2.1 1.1 1.0 0.9 0 0.7 1.4 0.2 0.3 - 0.7 0.5 0.5 0.6 9.7 0.2 10 12 12 13 0.5 0.6
[1] 2ijm.b 0.7 0.7
0
0.5 1.5 1.4 0.8 1.3 0.7 0 0.3 1.1 0.1 0.2 - 0.5 0.4 0.5 0.5 8.7 0.2 9.1 11 11 13 0.4 0.7
[1] 2j0l.a 0.2 1.2 0.4
0.1
1.5 0.6 0.3 0.7 0.4 0 0.2 0.5 0 0 - 0.5 0 1.5 0.2 7.5 0.1 8.1 12 12 13 0 0.3
[1] 2j0m.a 1.1 1.0 1.0 0.5
0
0.5 0.9 0.8 0.7 0.1 0.2 0.2 0 0.3 - 0.6 0.4 0.8 0.7 11 0.5 9.9 12 12 13 0.3 0.8
[1] 2jkm.a 0.1 1.0 0.7 0.3 0.7
0.1
0.4 0.9 0.2 0 0 0.3 0.1 0.3 - 0.5 0.3 0.3 0.2 8.4 0 10 12 12 13 0.3 0.1
[1] 2jko.a 0.3 4.2 3.3 3.2 4.7 2.3
0
0.3 0.3 0.1 0.4 0.8 0.1 0.2 - 0.4 0.5 0.5 0 12 0 12 12 11 14 0.1 0
[1] 2jkq.a 0.5 4.5 2.1 3.3 3.4 1.9 0.3
0.1
0.4 0.1 0 0.2 0 0.1 - 0.2 0.5 0.6 0.1 13 0.1 12 11 11 13 0 0.2
[1] 3bz3.a 0.5 4.1 2.0 4.4 3.9 1.8 0.2 0.5
0
0 0.1 0.2 0.1 0.6 - 0.1 0.6 0.4 0.1 14 0 12 11 11 13 0.3 0.3
[1] 3pxk.b 2.2 3.7 2.2 2.2 3.7 2.5 1.4 2.3 2.9
0
1.5 2.4 1.4 0.9 - 2.6 1.8 1.3 1.0 12 0.5 12 11 11 13 1.5 0.9
[1] 4brx.a 0.2 4.5 2.1 4.2 3.3 1.6 0.2 0.4 0 0
0
0.4 0.1 0.3 - 0.1 0.1 0.3 0.1 14 0 13 12 12 13 0.2 0.1
[1] 4c7t.a 0.4 4.2 1.9 3.8 3.6 1.5 0.2 0.1 0.1 0 0
0
0.1 0.2 - 0.1 0.3 0.1 0.1 14 0 13 12 12 13 0 0.1
[1] 4d4v.b 0.6 2.1 0.9 1.2 1.6 2.4 0.9 1.6 1.6 0 1.1 1.4
0
0.4 - 1.0 0.6 0.1 0.3 9.0 0.1 9.3 11 11 13 0.2 0.3
[1] 4d58.b 1.1 5.0 2.7 5.9 2.0 2.7 0.5 1.2 1.5 0.1 1.0 1.5 0.4
0
- 0.9 0.5 0.8 0.4 11 0.3 10 11 11 13 0.4 0.3
[1] 4d5h.b 1.3 5.2 2.7 7.6 2.3 3.0 1.0 1.8 2.2 0.1 1.3 2.1 0.6 0.6
-
1.5 0.7 0.7 0.7 10 0.4 10 11 11 13 0.6 0.6
[1] 4gu6.a 0.3 4.1 1.5 4.6 2.7 1.1 0.2 0.9 0.2 0 0.1 0.5 0.1 0.4 -
0
0.4 0.4 0.1 14 0.1 12 12 12 13 0.3 0.5
[1] 4gu9.b 0.1 1.2 0.3 3.1 0.1 0.6 0.4 0.4 0.2 0 0.5 0.8 0.2 0.2 - 0.3
0
0.6 0.1 8.0 0 7.4 11 11 12 0.1 0.1
[1] 4i4e.a 0 1.4 0.6 0.3 0.8 0.7 0.4 0.9 0.1 0 0.2 1.0 0.1 0.4 - 0.2 0.3
0.2
0.1 7.9 0 7.2 11 11 12 0.1 0.1
[1] 4k8a.b 0.3 1.5 0.7 2.8 1.1 0.9 0.3 0.7 0.3 0 0.5 0.9 0.1 0.1 - 0.4 0 0.5
0
8.5 0 9.1 12 12 13 0 0
[1] 4k9y.a 0.1 5.6 3.5 5.7 3.7 3.5 3.5 3.9 4.4 3.4 3.6 3.9 0.6 3.1 - 4.1 0.2 0.7 0.2
0
0.1 0.1 7.2 7.4 8.7 0.4 0.2
[1] 4kab.b 0.3 1.7 0.4 3.3 1.4 1.7 0.2 1.0 0.4 0 0.7 1.4 0.3 0.1 - 0.5 0 0.6 0.1 8.4
0
8.5 11 12 12 0.1 0.1
[1] 4kao.b 0.1 5.5 3.0 5.0 3.7 3.4 3.0 4.1 4.9 3.6 3.9 4.1 0.3 3.5 - 4.9 0.1 0.2 0 0.2 0
0
7.5 7.9 9.1 0.1 0.1
[2] 4ebv.a 8.3 13 12 13 16 12 10 12 12 9.0 10 11 9.6 10 - 12 7.2 6.4 4.9 8.1 3.3 7.7
0
0 0.8 9.8 5.5
[2] 4ebw.a 8.1 13 12 12 16 12 9.8 12 12 9.5 11 11 9.7 10 - 12 7.6 6.3 5.5 9.2 3.3 8.1 0.1
0
1.1 9.7 5.8
[2] 4i4f.a 7.7 14 12 13 17 14 11 12 12 9.3 13 12 10 11 - 13 7.7 5.9 4.9 7.5 2.7 7.8 0.6 0.6
0
9.8 5.5
[3] 4d5h.a 1.0 4.4 2.3 2.9 1.9 3.9 1.4 3.5 1.9 0.1 2.7 3.4 0.7 1.1 - 1.9 0.6 0.5 0.2 6.8 0.1 6.1 7.8 8.7 10
0.1
0.1
[3] 4q9s.a 0.9 1.8 1.5 0.4 1.8 1.5 0.5 1.1 1.0 0 1.5 2.2 0.7 0.8 - 0.8 0.4 0.2 0 5.1 0 4.6 6.9 6.5 9.3 0.1
0
[Pocket-ligand steric clashes matrix]

Pocket clash dissimilarity (3 clusters)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by ligand clash profile difference

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥1.
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
.0
2etm.b
2ijm.a
2ijm.b
2j0l.a
2j0m.a
2jkm.a
2jko.a
2jkq.a
3bz3.a
3pxk.b
4brx.a
4c7t.a
4d4v.b
4d58.b
4d5h.b
4gu6.a
4gu9.b
4i4e.a
4k8a.b
4k9y.a
4kab.b
4kao.b
4ebv.a
4ebw.a
4i4f.a
4d5h.a
4q9s.a
[1] 2etm.b
0
.15 .13 .14 .18 .12 .23 .21 .23 .30 .22 .22 .21 .22 .24 .25 .11 .13 .10 .14 .13 .13 .40 .39 .36 .36 .30
[1] 2ijm.a .15
0
.09 .12 .14 .13 .23 .23 .23 .20 .24 .23 .13 .20 .23 .25 .13 .12 .13 .16 .11 .17 .41 .39 .46 .28 .29
[1] 2ijm.b .13 .09
0
.13 .13 .13 .24 .24 .24 .21 .22 .22 .14 .21 .24 .25 .14 .10 .12 .15 .13 .17 .39 .37 .43 .30 .29
[1] 2j0l.a .14 .12 .13
0
.12 .11 .23 .23 .25 .24 .24 .24 .17 .26 .29 .25 .16 .10 .12 .14 .14 .13 .38 .39 .43 .32 .28
[1] 2j0m.a .18 .14 .13 .12
0
.15 .22 .22 .23 .24 .22 .22 .16 .27 .30 .24 .17 .12 .15 .16 .17 .17 .35 .35 .42 .28 .26
[1] 2jkm.a .12 .13 .13 .11 .15
0
.19 .21 .21 .25 .19 .20 .18 .26 .28 .22 .17 .10 .15 .12 .17 .10 .33 .33 .36 .34 .27
[1] 2jko.a .23 .23 .24 .23 .22 .19
0
.09 .09 .31 .11 .10 .23 .33 .33 .14 .20 .21 .22 .22 .23 .19 .31 .31 .37 .33 .24
[1] 2jkq.a .21 .23 .24 .23 .22 .21 .09
0
.10 .36 .09 .08 .25 .31 .32 .10 .19 .23 .21 .22 .22 .18 .35 .34 .38 .40 .27
[1] 3bz3.a .23 .23 .24 .25 .23 .21 .09 .10
0
.35 .05 .05 .27 .33 .32 .12 .22 .23 .20 .23 .25 .22 .32 .33 .39 .39 .29
[1] 3pxk.b .30 .20 .21 .24 .24 .25 .31 .36 .35
0
.34 .35 .13 .18 .21 .35 .25 .22 .26 .26 .21 .27 .47 .46 .51 .23 .32
[1] 4brx.a .22 .24 .22 .24 .22 .19 .11 .09 .05 .34
0
.03 .26 .32 .31 .09 .22 .23 .21 .22 .23 .20 .32 .33 .39 .40 .29
[1] 4c7t.a .22 .23 .22 .24 .22 .20 .10 .08 .05 .35 .03
0
.26 .32 .32 .10 .20 .23 .20 .22 .23 .20 .34 .34 .39 .40 .29
[1] 4d4v.b .21 .13 .14 .17 .16 .18 .23 .25 .27 .13 .26 .26
0
.13 .15 .26 .17 .15 .17 .15 .15 .18 .43 .41 .49 .21 .26
[1] 4d58.b .22 .20 .21 .26 .27 .26 .33 .31 .33 .18 .32 .32 .13
0
.06 .32 .21 .25 .22 .24 .19 .27 .52 .50 .48 .31 .38
[1] 4d5h.b .24 .23 .24 .29 .30 .28 .33 .32 .32 .21 .31 .32 .15 .06
0
.32 .23 .28 .23 .26 .21 .29 .52 .50 .49 .32 .40
[1] 4gu6.a .25 .25 .25 .25 .24 .22 .14 .10 .12 .35 .09 .10 .26 .32 .32
0
.25 .25 .26 .23 .26 .20 .36 .36 .43 .40 .31
[1] 4gu9.b .11 .13 .14 .16 .17 .17 .20 .19 .22 .25 .22 .20 .17 .21 .23 .25
0
.14 .09 .14 .07 .16 .41 .41 .42 .32 .27
[1] 4i4e.a .13 .12 .10 .10 .12 .10 .21 .23 .23 .22 .23 .23 .15 .25 .28 .25 .14
0
.12 .12 .14 .12 .39 .39 .43 .30 .23
[1] 4k8a.b .10 .13 .12 .12 .15 .15 .22 .21 .20 .26 .21 .20 .17 .22 .23 .26 .09 .12
0
.15 .10 .17 .41 .40 .41 .32 .27
[1] 4k9y.a .14 .16 .15 .14 .16 .12 .22 .22 .23 .26 .22 .22 .15 .24 .26 .23 .14 .12 .15
0
.18 .06 .40 .41 .45 .31 .22
[1] 4kab.b .13 .11 .13 .14 .17 .17 .23 .22 .25 .21 .23 .23 .15 .19 .21 .26 .07 .14 .10 .18
0
.18 .43 .41 .43 .30 .28
[1] 4kao.b .13 .17 .17 .13 .17 .10 .19 .18 .22 .27 .20 .20 .18 .27 .29 .20 .16 .12 .17 .06 .18
0
.38 .39 .43 .32 .24
[2] 4ebv.a .40 .41 .39 .38 .35 .33 .31 .35 .32 .47 .32 .34 .43 .52 .52 .36 .41 .39 .41 .40 .43 .38
0
.04 .10 .50 .47
[2] 4ebw.a .39 .39 .37 .39 .35 .33 .31 .34 .33 .46 .33 .34 .41 .50 .50 .36 .41 .39 .40 .41 .41 .39 .04
0
.10 .50 .47
[2] 4i4f.a .36 .46 .43 .43 .42 .36 .37 .38 .39 .51 .39 .39 .49 .48 .49 .43 .42 .43 .41 .45 .43 .43 .10 .10
0
.56 .53
[3] 4d5h.a .36 .28 .30 .32 .28 .34 .33 .40 .39 .23 .40 .40 .21 .31 .32 .40 .32 .30 .32 .31 .30 .32 .50 .50 .56
0
.20
[3] 4q9s.a .30 .29 .29 .28 .26 .27 .24 .27 .29 .32 .29 .29 .26 .38 .40 .31 .27 .23 .27 .22 .28 .24 .47 .47 .53 .20
0
[Pocket clash dissimilarity matrix]

Site backbone RMSD (median 2.2 Å)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by RMSD of site residue backbone atoms

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥10 Å
9 Å
8 Å
7 Å
6 Å
5 Å
4 Å
3 Å
2 Å
1 Å
0 Å
2etm.b
2ijm.a
2ijm.b
2j0l.a
2j0m.a
2jkm.a
2jko.a
2jkq.a
3bz3.a
3pxk.b
4brx.a
4c7t.a
4d4v.b
4d58.b
4d5h.b
4gu6.a
4gu9.b
4i4e.a
4k8a.b
4k9y.a
4kab.b
4kao.b
4ebv.a
4ebw.a
4i4f.a
4d5h.a
4q9s.a
[1] 2etm.b
0
1.1 1.1 2.4 1.4 1.7 1.2 1.3 1.3 1.5 1.4 1.3 1.4 1.6 1.7 1.6 0.8 0.8 0.7 2.3 0.9 1.3 3.6 3.6 4.1 1.5 1.2
[1] 2ijm.a 1.1
0
1.0 1.8 2.0 1.8 1.3 1.8 1.7 1.3 1.9 1.8 1.1 1.3 1.3 2.1 0.7 0.8 0.8 2.3 0.6 1.4 3.8 3.8 4.3 0.8 1.2
[1] 2ijm.b 1.1 1.0
0
1.4 1.8 1.5 1.4 1.8 1.7 1.3 1.9 1.9 1.2 1.6 1.6 2.1 1.0 0.8 1.1 2.5 1.0 1.5 3.9 3.9 4.5 1.0 1.2
[1] 2j0l.a 2.4 1.8 1.4
0
1.5 2.6 1.5 1.9 3.2 1.3 4.3 4.4 1.4 5.0 5.1 4.3 4.2 0.7 3.2 4.2 4.2 1.3 3.9 3.9 4.9 1.4 1.2
[1] 2j0m.a 1.4 2.0 1.8 1.5
0
1.1 2.2 1.7 1.7 1.6 1.6 1.7 1.9 2.0 2.1 1.4 1.8 1.8 1.7 2.7 1.8 1.9 4.0 4.1 4.0 2.1 2.1
[1] 2jkm.a 1.7 1.8 1.5 2.6 1.1
0
1.6 1.7 2.0 1.7 2.0 2.0 1.7 2.3 2.4 2.1 2.0 1.2 1.9 2.4 2.0 1.6 3.8 3.8 4.5 1.8 1.6
[1] 2jko.a 1.2 1.3 1.4 1.5 2.2 1.6
0
1.1 0.9 2.0 1.2 1.1 1.6 1.8 1.7 1.7 1.1 0.5 1.1 1.9 1.2 1.2 3.2 3.2 3.4 1.4 0.7
[1] 2jkq.a 1.3 1.8 1.8 1.9 1.7 1.7 1.1
0
0.4 2.0 0.3 0.3 1.7 1.9 1.9 0.9 1.6 1.2 1.5 2.2 1.7 1.4 3.1 3.2 3.7 1.9 1.5
[1] 3bz3.a 1.3 1.7 1.7 3.2 1.7 2.0 0.9 0.4
0
2.0 0.6 0.5 1.7 2.0 2.1 1.0 1.6 1.0 1.6 2.6 1.8 1.4 3.2 3.2 3.7 1.8 1.3
[1] 3pxk.b 1.5 1.3 1.3 1.3 1.6 1.7 2.0 2.0 2.0
0
2.1 2.0 1.5 1.6 1.7 2.0 1.4 1.6 1.4 3.0 1.2 1.8 3.9 4.0 4.0 0.8 1.8
[1] 4brx.a 1.4 1.9 1.9 4.3 1.6 2.0 1.2 0.3 0.6 2.1
0
0.4 1.8 2.4 2.4 0.9 2.1 1.3 1.8 3.2 2.2 1.5 3.2 3.2 3.7 2.0 1.6
[1] 4c7t.a 1.3 1.8 1.9 4.4 1.7 2.0 1.1 0.3 0.5 2.0 0.4
0
1.8 2.4 2.5 1.0 2.0 1.2 1.7 3.2 2.2 1.4 3.2 3.2 3.7 2.0 1.5
[1] 4d4v.b 1.4 1.1 1.2 1.4 1.9 1.7 1.6 1.7 1.7 1.5 1.8 1.8
0
0.3 0.2 1.9 1.3 1.4 1.4 2.3 1.2 1.7 3.4 3.5 3.5 1.4 1.8
[1] 4d58.b 1.6 1.3 1.6 5.0 2.0 2.3 1.8 1.9 2.0 1.6 2.4 2.4 0.3
0
0.3 2.3 2.1 1.5 1.8 3.3 2.0 1.8 3.8 3.8 4.2 1.4 1.9
[1] 4d5h.b 1.7 1.3 1.6 5.1 2.1 2.4 1.7 1.9 2.1 1.7 2.4 2.5 0.2 0.3
0
2.4 2.2 1.5 1.9 3.3 2.1 1.8 3.8 3.8 4.1 1.4 1.8
[1] 4gu6.a 1.6 2.1 2.1 4.3 1.4 2.1 1.7 0.9 1.0 2.0 0.9 1.0 1.9 2.3 2.4
0
2.2 1.8 2.0 3.1 2.3 1.8 3.4 3.4 3.8 2.2 2.1
[1] 4gu9.b 0.8 0.7 1.0 4.2 1.8 2.0 1.1 1.6 1.6 1.4 2.1 2.0 1.3 2.1 2.2 2.2
0
0.5 0.3 2.6 0.3 1.2 3.7 3.7 4.2 1.2 0.9
[1] 4i4e.a 0.8 0.8 0.8 0.7 1.8 1.2 0.5 1.2 1.0 1.6 1.3 1.2 1.4 1.5 1.5 1.8 0.5
0
0.5 1.5 0.7 1.0 2.8 2.8 2.9 1.4 0.7
[1] 4k8a.b 0.7 0.8 1.1 3.2 1.7 1.9 1.1 1.5 1.6 1.4 1.8 1.7 1.4 1.8 1.9 2.0 0.3 0.5
0
2.4 0.5 1.2 3.7 3.7 4.2 1.3 0.9
[1] 4k9y.a 2.3 2.3 2.5 4.2 2.7 2.4 1.9 2.2 2.6 3.0 3.2 3.2 2.3 3.3 3.3 3.1 2.6 1.5 2.4
0
2.8 1.3 3.7 3.7 4.5 2.6 1.7
[1] 4kab.b 0.9 0.6 1.0 4.2 1.8 2.0 1.2 1.7 1.8 1.2 2.2 2.2 1.2 2.0 2.1 2.3 0.3 0.7 0.5 2.8
0
1.4 3.8 3.8 4.3 1.0 1.0
[1] 4kao.b 1.3 1.4 1.5 1.3 1.9 1.6 1.2 1.4 1.4 1.8 1.5 1.4 1.7 1.8 1.8 1.8 1.2 1.0 1.2 1.3 1.4
0
2.8 2.8 2.9 1.6 1.1
[2] 4ebv.a 3.6 3.8 3.9 3.9 4.0 3.8 3.2 3.1 3.2 3.9 3.2 3.2 3.4 3.8 3.8 3.4 3.7 2.8 3.7 3.7 3.8 2.8
0
0.3 0.7 3.0 2.8
[2] 4ebw.a 3.6 3.8 3.9 3.9 4.1 3.8 3.2 3.2 3.2 4.0 3.2 3.2 3.5 3.8 3.8 3.4 3.7 2.8 3.7 3.7 3.8 2.8 0.3
0
0.8 3.0 2.8
[2] 4i4f.a 4.1 4.3 4.5 4.9 4.0 4.5 3.4 3.7 3.7 4.0 3.7 3.7 3.5 4.2 4.1 3.8 4.2 2.9 4.2 4.5 4.3 2.9 0.7 0.8
0
3.1 3.0
[3] 4d5h.a 1.5 0.8 1.0 1.4 2.1 1.8 1.4 1.9 1.8 0.8 2.0 2.0 1.4 1.4 1.4 2.2 1.2 1.4 1.3 2.6 1.0 1.6 3.0 3.0 3.1
0
1.4
[3] 4q9s.a 1.2 1.2 1.2 1.2 2.1 1.6 0.7 1.5 1.3 1.8 1.6 1.5 1.8 1.9 1.8 2.1 0.9 0.7 0.9 1.7 1.0 1.1 2.8 2.8 3.0 1.4
0
[Binding site backbone RMSD matrix]

Site full-atom RMSD (median 1.8 Å)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by RMSD of all site residue atoms

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥10 Å
9 Å
8 Å
7 Å
6 Å
5 Å
4 Å
3 Å
2 Å
1 Å
0 Å
2etm.b
2ijm.a
2ijm.b
2j0l.a
2j0m.a
2jkm.a
2jko.a
2jkq.a
3bz3.a
3pxk.b
4brx.a
4c7t.a
4d4v.b
4d58.b
4d5h.b
4gu6.a
4gu9.b
4i4e.a
4k8a.b
4k9y.a
4kab.b
4kao.b
4ebv.a
4ebw.a
4i4f.a
4d5h.a
4q9s.a
[1] 2etm.b
0
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