DPOLL_HUMAN_327_575

DNA polymerase lambda [DNA polymerase type-X family]

ActiveICM:

L C E

Composition of the binding pockets

Protein chains monomer[show domain annotation]
 • A1 (DPOLL_HUMAN):R: DNA binding (345:348)
R: Involved in primer binding (420,425:427,429)
R: DNA binding (466,467,472,474,488,490,505)
339,341:344,372,386,416,417,462:465,506:510,513,514,517,518,521,528,529
274,277,339,341:348,372,386,416,417,420,425:427,429,462:467,472,474,488,490,505:510,513,514,517,518,521,528,529
Metals (Me):Ca/Mg/Mn/Na

Full PDB list

1rzt,1xsl,1xsn,1xsp,2bcq,2bcr,2bcs,2bcu,2bcv,2gws,2pfn,2pfo,2pfp,2pfq,3c5f,3c5g,3hw8,3hwt,3hx0,3mda,3mdc,3mgh,3mgi,3pml,3pmn,3pnc,3upq,3uq0,3uq2,4fo6,4k4g,4k4h,4k4i,4x5v,4xa5,4xq8,4xrh,4xus,5ca7,5cb1,5chg,5cj7,5cp2,5cr0,5cwr,5ddm,5ddy,5dkw,5iii,5iij,5iik,5iil,5iim,5iin,5iio (redundant pocketome entry)

Contact map

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ligand
A1 Me
W
2
7
4
L
2
7
7
S
3
3
9
I
3
4
1
W
3
4
2
G
3
4
3
A
3
4
4
G
3
4
5
T
3
4
6
K
3
4
7
T
3
4
8
Q
3
7
2
R
3
8
6
G
4
1
6
S
4
1
7
R
4
2
0
C
4
2
5
G
4
2
6
D
4
2
7
D
4
2
9
V
4
6
2
S
4
6
3
Q
4
6
4
E
4
6
5
E
4
6
6
N
4
6
7
K
4
7
2
L
4
7
4
R
4
8
8
D
4
9
0
Y
5
0
5
F
5
0
6
T
5
0
7
G
5
0
8
S
5
0
9
A
5
1
0
N
5
1
3
R
5
1
4
R
5
1
7
A
5
1
8
K
5
2
1
S
5
2
8
E
5
2
9
[1]4k4h.e 1rz,ca,ca,CAGTAC,G 170 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]4k4h.i 1rz,AGTAC,ca,ca,ca 133 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]4k4h.m 1rz,A,ca,CAGTAC 168 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]4k4i.e 1ry,ca,ca,CAGTAC,G 171 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]4k4i.i 1ry,AGTAC,ca,ca 133 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]4k4i.m 1ry,A,ca,CAGTAC 169 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]3mdc.a CAGTAC,G,gtf,mg 172 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3pml.a 1gc,CAGTAC,mg,na,T 172 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K G . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3pml.b 1gc,CAGTAC,mg 151 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K G . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]2pfp.a CAGTAC,dcp,G,na 170 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]5iii.a CAGTAdoc,dtp 148 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4xq8.a dtp 30 - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]5iij.a 8og,CAGTAdoc,dct 168 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4fo6.a CAGTAC,f2a,mn 151 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K G . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3upq.a CAGTAC,mn,T,zan 171 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K G . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[1]5iim.a A,CAGTAA,dup 170 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na
[1]4x5v.a A,CAGTAC8og 163 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na
[1]2bcv.a A,CAGTAo2c,na,ttp 170 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4xa5.a 8dg,A,CAGTAdoc 171 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]5ca7.a dgt 31 - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4xus.a A,CAGTA-doc,ttp 168 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]2pfn.a A,CAGTAC,dup,na 169 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4xrh.a ttp 29 - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1rzt.a A,GTGCG 123 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1rzt.i CA,GTGCG,na 143 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3pmn.a 1gc,CAGTAG,mn 154 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K G . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]2pfq.a CAGTACC,dcp,G,mn,ppv 198 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[1]5dkw.a CAGTAC,dtp 149 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]5dkw.b C,CAGTAC,dtp 168 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]5iin.a A,CAGTAC,dup 168 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]5iik.a A,CAGTACT 160 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na
[1]3c5g.a A,CAGTA2dt,d3t,na,na 170 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . . . Mg
[1]3c5g.b A-C,CAGTA2dt,d3t,na 188 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . . . Mg
[1]2pfo.a A,CAGTAC,dup,mn 169 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1xsl.i A,GTGCGC,na 143 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1xsl.m A,GTGCGC 142 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3pnc.a 1gc,CAGTAG,na 154 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K G . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4k4g.a 1s0,ca,ca,CAGTAC,G 171 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]4k4g.e 1s0,ca,ca,ca,CAGTAC,G 172 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]4k4g.i 1s0,AGTAC,C,ca 151 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]4k4g.m 1s0,A,CAGTAC 168 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]5iil.a A,CAGTAAT 162 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na
[1]3hwt.a A,CAGTA2dt,d3t 168 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1xsp.a CAGTACG,ppv 150 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na
[1]5cr0.a CAGTAC,GTACTG 243 - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5iio.m CAGTAC,CTG,na 181 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5iio.e CAGTAC,CT,na 159 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5iio.i CAGTAC,CTG 180 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5cwr.a ca,CAGTAC,dcp,G 170 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]5cwr.b ca,CAGTAC,dcp,G-C 189 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]2bcr.a C,CAGTACG,ppv 169 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]5ddy.a dcp 28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]5ddy.c dcp,mn 29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]2bcu.a CAGTTCG,ppv,T 169 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na
[1]2gws.e A,GTGCGG 145 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3c5f.a C,CAGTAC,na 139 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
[1]3c5f.b C,CAGTAC 138 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
[1]3hw8.a A,CAGTAT,d3t,na 169 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3hx0.a A,CAGTAT,d3t 168 . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . Mg
[1]3hx0.k A,AGTAT,d3t,na 153 . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . Mg
[1]3mda.a CAGTACcar,G,ppv 170 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3mgh.a CAGTAC,na 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K G . - - . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3mgi.a A,CAGTAT,d3t 168 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K G . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3uq0.a CAGTACA 141 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K G . - - . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3uq2.a CAGTACA,ppv 150 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K G . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]5cb1.b none - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)
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