DPOLB_HUMAN_142_335

DNA polymerase beta [DNA polymerase type-X family]

ActiveICM:

L C E

Composition of the binding pockets

Protein chains monomer[show domain annotation]
 • A1 (DPOLB_HUMAN):R: DNA binding (183,188:190,192)
33,36,37,40,149,179,180,236,254,256,258,271:276,279,280,283,284,287,292:295
33,36,37,40,149,179,180,183,188:190,192,236,254,256,258,271:276,279,280,283,284,287,292:295
Metals (Me):Ca/Cr/Mg/Mn/Na

Full PDB list

1bpb,1bpe,1bpy,1huo,1huz,1mq2,1mq3,1zjn,2bpf,2fmq,2i9g,2iso,2isp,2pxi,3c2l,3c2m,3gdx,3jpn,3jpo,3jpp,3jpq,3jpr,3jps,3jpt,3lk9,3mby,3rh4,3rh5,3rje,3rjf,3rjh,3rji,3tfr,3tfs,4do9,4dob,4f5n,4f5q,4gxk,4kld,4kle,4klq,4m2y,4m47,4m9h,4mf2,4mfc,4mff,4nlk,4nxz,4ny8,4o5c,4o5e,4o5k,4o9m,4p2h,4pgq,4pha,4phd,4phe,4ppx,4rpx,4rq3,4rq4,4rt2,4rt3,4uaw,4uaz,4ymm,4ymn,4ymo,4yn4,5bol,5bom,5bpc,5db6,5eoz,8ico,8icu,9ica (redundant pocketome entry); 1bpx,1bpz,1jn3,1nom,1rpl,1tv9,1tva,1zjm,1zqa,1zqb,1zqc,1zqd,1zqf,1zqg,1zqh,1zqi,1zqj,1zqk,1zql,1zqm,1zqn,1zqo,1zqp,1zqq,1zqs,1zqt,1zqu,1zqv,1zqw,1zqx,1zqy,1zqz,2bpc,2fmp,2fms,2p66,2van,3c2k,3isb,3isc,3isd,3k75,3lqc,3ogu,3rh6,3rjg,3rjj,3rjk,3uxn,3uxo,3uxp,3v72,3v7j,3v7k,3v7l,4doa,4doc,4f5o,4f5p,4f5r,4gxi,4gxj,4jwm,4jwn,4klf,4klg,4klh,4kli,4klj,4kll,4klm,4klo,4kls,4klt,4klu,4lvs,4m9g,4m9j,4m9l,4m9n,4mf8,4mfa,4nln,4nlz,4nm1,4nm2,4pgx,4pgy,4ph5,4php,4r63,4r64,4r65,4r66,4rpy,4rpz,4rq0,4rq1,4rq2,4rq5,4rq6,4rq7,4rq8,4tup,4tuq,4tur,4tus,4uay,4ub1,4ub2,4ub3,4ub4,4ub5,4ubb,4ubc,4z6c,4z6d,4z6e,4z6f,5db7,5db8,5db9,5dba,5dbb,5dbc,5j0o,5j0p,5j0q,5j0r,5j0s,5j0t,5j0u,5j0v,5j0w,5j0x,5j0y,5j29,5j2a,5j2b,5j2c,5j2d,5j2e,5j2f,5j2g,5j2h,5j2i,5j2j,5j2k,7ice,7icf,7icg,7ich,7ici,7icj,7ick,7icl,7icm,7icn,7ico,7icp,7icq,7icr,7ics,7ict,7icu,7icv,8ica,8icb,8icc,8ice,8icf,8icg,8ich,8ici,8icj,8ick,8icl,8icm,8icn,8icp,8icq,8icr,8ics,8ict,8icv,8icw,8icx,8icy,8icz,9icb,9icc,9ice,9icf,9icg,9ich,9ici,9icj,9ick,9icl,9icm,9icn,9ico,9icp,9icq,9icr,9ics,9ict,9icu,9icv,9icw,9icx,9icy (unprocessed)

Contact map

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PDB.ch
   
ligand
A1 Me
I
3
3
Y
3
6
N
3
7
R
4
0
R
1
4
9
G
1
7
9
S
1
8
0
R
1
8
3
S
1
8
8
G
1
8
9
D
1
9
0
D
1
9
2
M
2
3
6
R
2
5
4
D
2
5
6
R
2
5
8
Y
2
7
1
F
2
7
2
T
2
7
3
G
2
7
4
S
2
7
5
D
2
7
6
N
2
7
9
K
2
8
0
R
2
8
3
A
2
8
4
L
2
8
7
T
2
9
2
I
2
9
3
N
2
9
4
E
2
9
5
[1]3gdx.a 4bd,A 52 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]4rt2.a A,n6t 50 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]3lk9.a A,tff 54 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[2]4ppx.a sdh 24 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K Na
[2]2i9g.a bpi,G 43 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na
[2]4o9m.a A,CC 59 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na
[1]4rt3.a A,c6t 50 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]3tfr.a C,f3a,TG 93 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]3tfs.a C,fha,TG 92 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]3jpp.a C,g1m,na 52 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]3jpn.a C,g2c 52 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3jpr.a C,g2m 52 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]3jpq.a C,gbr 51 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]3jpt.a C,gfc 52 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]2iso.a C,gff 52 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]3jps.a C,doc,gfm 70 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]2isp.a C,ggh 50 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]1huo.a A,tte 50 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Cr
[1]2pxi.a C,gfh 51 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]3jpo.a C,g1c 51 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]5eoz.a 0kx,A,gfl 72 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]4ymn.a 0kx,7bg 58 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]5bol.a 1gc,4u3G,C 92 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]4ymm.a 7bg 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]4mfc.a 0kx,6og 51 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4nlk.a 0kx,A,bgm 72 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4o5k.a 0kx,A,fmg 73 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1mq3.a 8og,dcp 51 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4kld.a C,dcp,GG 91 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]3rh5.a dcp,G,mn 51 . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . Mn
[1]4rq3.a 8ogG,C,dtp 94 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[2]1bpe.a dtp 30 - - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5bpc.a f2a,mn 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn,Na
[1]3rjh.a 6cf,A,G 73 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]3rjf.a 8ogT,A,f2a 94 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[2]8icu.a A,dad 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn,Na
[1]1bpy.a dct,G 49 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]3c2l.a C,f2a 49 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn,Na
[2]9ica.a stp 13 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[2]4o5c.a fmg 24 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na
[2]5bom.a 4u3 20 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na
[2]1mq2.a 8og,A 45 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na
[2]4mf2.a 6og 23 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na
[1]4uaz.a 8dg,A,ppv 62 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]3rje.a 8og 23 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na
[2]4m2y.a bgm 23 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na
[1]4m47.a xg4 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[2]8ico.a azt 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn,Na
[1]3rh4.a ctp,ddg,G,mn 73 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn,Na
[2]4pgq.a 1fz,G 51 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]3mby.a 8dg,A 53 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]1zjn.a C,dgt 50 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]2fmq.a A,dup 49 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[2]4m9h.a A,ttp 34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K Na
[2]4phe.a T,xg4 51 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]1huz.a A,mdn,T 50 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Cr
[2]1bpb.a none - - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4do9.a C,doc,gfh 69 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]4dob.a C,doc,grc 69 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]4ymo.a 0kx,7bg,A 79 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn,Na
[2]4yn4.a 1fz,7bg,A 80 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn,Na
[1]4phd.a 0kx,A 49 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn,Na
[1]4rpx.a 8ogG,C,dcp 92 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca,Na
[1]4kle.a dcp,G,ppv 59 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4rq4.a 8ogG,A,dtp,ppv 105 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]4klq.a dtp,G,ppv 61 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn,Na
[1]4f5q.a 6cf,G 52 . . . - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . . . . . Mn,Na
[1]3rji.a 6cf,8og,A 74 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg,Na
[1]4gxk.a f2a,na 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . . . . . Mn,Na
[1]2bpf.a dct,GG 71 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3c2m.a f2a,G,na 53 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn,Na
[2]4p2h.a 1fz,A,fmg 74 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn,Na
[2]5db6.a A,G 43 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na
[1]4nxz.a 1fz,6og,A 73 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn,Na

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)
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