DPO4_SULSO_1_347

DNA polymerase IV [DNA polymerase type-Y family]

ActiveICM:

L C E

Composition of the binding pockets

Protein chains monomer[show domain annotation]
 • A1 (DPO4_SULSO):D: UmuC (7:12,32:37,40:42,44,45,48,51,57,58,60,76,78,102:106,152,159,181,184:187)
189,190,221,240,246:250,275,289,293,295,331,332,336
7:12,32:37,40:42,44,45,48,51,57,58,60,76,78,102:106,152,159,181,184:187,189,190,221,240,246:250,275,289,293,295,331,332,336
Metals (Me):Ca/Mg

Full PDB list

1jx4,1jxl,1n48,1s0m,1s0n,1s0o,1s97,1s9f,2agp,2agq,2asd,2asj,2asl,2atl,2bq3,2bqr,2bqu,2c22,2c28,2c2d,2c2e,2c2r,2ia6,2ibk,2imw,2j6s,2j6u,2jef,2jeg,2r8g,2r8i,2rdj,2v4q,2v4r,2v9w,2va3,2w8k,2w8l,2w9a,2w9b,2xca,3gij,3gil,3gim,3khg,3khh,3khl,3pvx,3pw2,3pw5,3raq,3rax,3rb0,3rb3,3rb4,3rb6,3rbd,3rbe,3t5h,3t5j,3t5k,3t5l,3v6h,4fbt,4fbu,4gc6,4gc7,4juz,4jv0,4jv2,4qw9,4qwa,4qwb,4qwd,4qwe,4rua,4ruc,4rzr,4tqr,4tqs (redundant pocketome entry); 1n56,1ryr,1rys,1s10,2ago,2au0,2br0,2j6t,2jei,2jej,2r8h,2rdi,2uvr,2uvu,2uvv,2uvw,2va2,2w9c,2xc9,2xcp,3fds,3gii,3gik,3khr,3m9m,3m9n,3m9o,3pr4,3pr5,3pw0,3pw4,3pw7,3qz7,3qz8,3v6j,4g3i,4jv1,4qw8,4qwc,5edw (unprocessed)

Contact map

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PDB.ch
   
ligand
A1 Me
D
7
F
8
D
9
Y
1
0
F
1
1
Y
1
2
V
3
2
F
3
3
S
3
4
G
3
5
R
3
6
F
3
7
S
4
0
G
4
1
A
4
2
A
4
4
T
4
5
Y
4
8
R
5
1
A
5
7
G
5
8
P
6
0
M
7
6
K
7
8
A
1
0
2
S
1
0
3
I
1
0
4
D
1
0
5
E
1
0
6
K
1
5
2
K
1
5
9
A
1
8
1
P
1
8
4
G
1
8
5
I
1
8
6
G
1
8
7
I
1
8
9
T
1
9
0
K
2
2
1
R
2
4
0
G
2
4
6
R
2
4
7
I
2
4
8
V
2
4
9
T
2
5
0
K
2
7
5
V
2
8
9
L
2
9
3
I
2
9
5
R
3
3
1
R
3
3
2
R
3
3
6
[1]4qw9.a 0g4,GG,TC 111 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]4qwd.a 3tt,GG,TC 110 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]4gc6.a 0oh,CC,TGG 125 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]4gc7.a 0oj,CC,GG 108 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]4qwe.a ftd,GG,TC 107 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]4qwa.a 0g8,GG,TC 106 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]4ruc.a AC,dtp,mf7 94 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]4rua.a C,ca,dtp,Tmf7 94 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]1s0m.a bap,dtp,T,TA 114 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca,Mg
[1]2ia6.a A,atp,bap,G 96 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]3t5k.a CC,dtp,Thn0 121 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]4jv0.a CC,dtp,kag 94 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]3t5l.a CC,dgt,hn0 102 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]4juz.a CC,CkagG,dgt 136 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]2v4q.a CC,Cm1gG,dgt 135 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]2w8k.a Cdoc,Cn2gG,dgt 142 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1jx4.a adi,TA,TTA 126 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]1s9f.a ddy,GTA,TA 127 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]2w9a.a Cdoc,Co2g,dgt 111 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]4tqs.a dcp,GA,TT-doc 129 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[3]4tqr.a doc,mg,TCAC,ttp 124 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]2r8i.a C,dtp,Tp 94 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]2v9w.a dct,Gdft,TG 111 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]2va3.a A,Adft,ca,dgt 94 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]3t5h.a C,Chn1,dgt 102 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]2r8g.a Cp,dgt,T 95 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]4rzr.a 2jvGA,TC 121 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]2asd.a 8ogC,Addg,dcp 112 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[2]2c2e.a 8ogG,dcp,TCC 131 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]1s0n.a CG,CGACG,dcp 162 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]2atl.a Addg,dcp,GC 111 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]3v6h.a dcp,efgGA,Tdoc 134 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]2j6s.a CC,dtp,T6og 111 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[2]2c2d.a ca,ca,dtp,dtp,G,TC 123 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]2agq.a dtp,Tdoc,TG 110 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca,Mg
[1]2bqr.a C,dtp,Tgne 93 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[2]2c2r.a 8ogG,dct,TCdoc 129 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]2imw.p CC,dds,GG 108 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]2bqu.a C,dad,Tgne 92 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]1s97.a dct,GT,TG 110 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]1jxl.a CG,dg3,mg,T 92 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca,Mg
[1]4qwb.a GGA,Tdoc,yyy 127 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]2bq3.a CA,Tgne 84 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]3gij.a C8ogC,dgt,G2da 134 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]3gil.a C8og,dgt,G2dt 114 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]3rax.a Cmg1,dgt,G2dt 114 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]2j6u.a C6og,CT,dgt 112 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]3gim.a C8og,dgt,Gddg 116 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]2xca.a C8ogG,dgt,doc 113 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]2c22.a C,C8og,dgt 92 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[2]2asl.a 8ogC,AGdoc 103 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]2c28.a C,C8ogG,G 101 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]3rb0.a Cmg1,dgt,Gddg 115 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]3rb3.a Cmg1C,dgt,G 114 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]3khl.a ACG,Addg,ttp 133 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[2]2asj.a T,TAddg 82 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]3rb4.a Cme6,dgt,Gddg 113 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[2]4fbu.a dg8GA,GTC 143 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]4fbt.a C,Cdg8,dgt,gtp 130 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]3khg.a CG,dgt,G2da 97 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]3rb6.a Cme6,dgt,G2da 112 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]3rbe.a Cme6,dgt,G2dt 111 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]3rbd.a Cme6,dgt,Gdoc 110 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]2rdj.a AT,TA,tmp 103 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[4]3khh.a AC,ca,dgt,doc 87 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]2agp.a dgt,mg,Tdoc,TG 112 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]3pw2.a C,Tpvx,ttp 115 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]1s0o.a AG,C,ttp 91 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]3pw5.a C,ttp,Tx 114 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]3pvx.a C,Tpvx 83 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[2]1n48.a AG,atp,CTA 131 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]2jeg.a Cbzg,Cdoc,dgt 116 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]2ibk.a AT,ca,T 62 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]2v4r.a C,Cm1gG,dgt 116 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]2w8l.a Cdoc,Cn2g,dgt 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]2w9b.a o2gG,TCdoc 89 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4jv2.a C,dtp,Thn1 95 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)
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