DPO1_THEAQ_292_832

DNA polymerase I, thermostable [DNA polymerase type-A family]

ActiveICM:

L C E

Composition of the binding pockets

Protein chains monomer[show domain annotation]
 • A1 (DPO1_THEAQ):R: Polymerase (483,485,486,488,489,507,515,516,519,520,537,540:545,568:571,573,575:578,580,582,583,585:588,610:615,639,657,659:661,663,664,667,668,670:674,677,678,681,728,739,742,743,746,747,750,754,783:785,820)483,485,486,488,489,507,515,516,519,520,537,540:545,568:571,573,575:578,580,582,583,585:588,610:615,639,657,659:661,663,664,667,668,670:674,677,678,681,728,739,742,743,746,747,750,754,783:785,820
Metals (Me):Ca/Mg/Mn

Full PDB list

1bgx,1jxe,1ktq,1qss,1qsy,1qtm,1taq,1tau,2ktq,3ktq,3lwl,3lwm,3m8r,3m8s,3ojs,3oju,3po4,3po5,3py8,3rr7,3rr8,3rrg,3rrh,3rtv,3sv3,3sv4,3syz,3sz2,3t3f,4bwj,4bwm,4c8k,4c8l,4c8m,4c8n,4c8o,4cch,4df4,4df8,4dfj,4dfk,4dfm,4dfp,4dle,4dlg,4elt,4elu,4elv,4ktq,4n56,4n5s,4xiu,5ktq (redundant pocketome entry)

Contact map

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PDB.ch
   
ligand
A1 Me
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[1]3sv3.a 5si,bmnGGCGCCGTGGT,mg 285 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]4c8k.a bmr,GGCGCCGTGGTC,mg 281 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4dfm.a 0l6,AGCGCGCCGTGGT,mg 304 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4elv.a 0r7,0r8,GGGCGCCGTGGT 316 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ca
[1]4df8.a 0l4,mg,TGGCGCCGTGGT 286 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]3syz.a AAAbmnGGCGCCGTGGTC,mg 332 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[3]4c8l.a AGbmnGCGCCGTGGT,lho 293 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]4cch.a lhoGGCGCCGTGGTC 271 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4elu.a 0r6,GCGCGCCGTGGT,mg 287 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3t3f.a 3drGGCGCCGTGGT,mg,n5p 273 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3oju.a AAGGCGCCGTGGT,mg,ssj 312 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4dfj.a 0kl,AAGGCGCCGTGGT,mg,mg 307 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[3]5ktq.a dcp 28 . . . . . - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3rtv.a dcp,GCGCGCCGTGGTC,mg 296 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1qsy.a dds,mg,TTGCGCCGTGGTC 296 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]2ktq.a dct,GGGCGCCGTGGT 275 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1qss.a CCGCGCCGTGGT,dg3,mg 276 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3m8s.a AAGGCGCCGTGGT,hxb,mg 302 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]3m8r.a AGGCGCCGTGGT,hxz,mg 282 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4dfp.a 0l7,CGGCGCCGTGGT,mg 286 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4elt.a 0r5,AAGGCGCCGTGGT,mg 310 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]3sz2.a GCGCGCCGTGGTC 267 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1qtm.a AAGCGCCGTGGTC,mg,ttp 297 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[5]1taq.a none . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C C C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3ojs.a AGGCGCCGTGGTC,mg,xjs 339 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[6]1bgx.t TSDY-QF-YS-YYGYWYFD 156 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[3]4c8m.a bmn,ClhoGCGCCGTGGC 271 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]3lwl.a A3drTGCGCCGTGGT,dds,mg 279 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3ktq.a AGGGCGCCGTGGT,dct,mg 297 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]3rr8.a A3drCGCGCCGTGGTC,dg3 297 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]3rrh.a A3drAGCGCCGTGGTC,mg,ttp 298 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[3]1tau.a ATCG,GCGATCCG 243 . . . . . - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]3rr7.a AA3drGGCGCCGTGGT 282 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[3]4c8n.a pge,TGbmnGCGCCGTGGT 282 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]3lwm.a dds,mg,TGCGCCGTGGT 254 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3py8.a dct,GGGCGCCGTGGTC,mg 298 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . . . . . Mn
[2]3rrg.a 3drCGCGCCGTGGT,dg3 267 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]3sv4.a AATGGCGCCGTGGTC,mg 311 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[3]1ktq.a none . . . . . - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[3]4c8o.a CbmnGCGCCGTGGC,lho 271 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]3po4.a dds,mg,TGCGCCGTGGTC 273 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . . . . .
[1]4bwj.a AGGGCGCCGTGGTC,dct,mg 319 . . . . . . R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . . . . . Mg
[1]4df4.a 0l3,mg,TGGCGCCGTGGTC 308 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]3po5.a 3drTGCGCCGTGGT,dds,mg 268 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . . . . .
[4]4bwm.a dct,doc,GGGCGCCG,mg,mg 222 . . . . . . R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . . . . .
[1]4dfk.a 0l5,AGGCGCCGTGGT,mg,mg 291 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4dle.a dct,GGGCGCCGTGGT,mg 279 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[1]4dlg.a AGGGCGCCGTGGTC,dct,mg 319 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]4n56.a AAGGGCGCCGTGGT 293 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - . . . . . . . . - - - - - . . . . . . . . . . . .
[1]4n5s.a dct,GGGCGCCGTGGTC,mg 298 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[2]4xiu.a GGGCGCCGTGGT 251 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)
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