DPO1_BACCA_292_877

DNA polymerase I [DNA polymerase type-A family]

ActiveICM:

L C E

Composition of the binding pockets

Protein chains monomer[show domain annotation]
 • A1 (DPO1_BACCA):D: 3'-5' exonuclease (431:434)
R: Polymerase (527,529:533,550:552,555:558,575,579,580,583,586:588,591,594,611:614,616,618:621,623,625:630,654:659,683,703,704,707,708,711,712,714:718,721,724,725,772,787,790,791,794,798,829:832)
431:434,527,529:533,550:552,555:558,575,579,580,583,586:588,591,594,611:614,616,618:621,623,625:630,654:659,683,703,704,707,708,711,712,714:718,721,724,725,772,787,790,791,794,798,829:832
Metals (Me):Mg/Mn/Zn

Full PDB list

1l3s,1l3t,1l3u,1l3v,1l5u,1lv5,1njw,1njx,1njy,1njz,1nke,1u45,1u47,1u48,1u49,1u4b,1ua0,1ua1,1xc9,1xwl,2bdp,2hhq,2hhs,2hht,2hhu,2hhv,2hhw,2hhx,2hvh,2hvi,2hw3,2xo7,2xy5,2xy6,2xy7,2y1i,2y1j,3bdp,3ez5,3hp6,3hpo,3ht3,3pv8,3px0,3px4,3px6,3tan,3thv,3ti0,4b9l,4b9m,4b9n,4b9s,4b9t,4b9u,4b9v,4bdp,4dqi,4dqp,4dqq,4dqr,4dqs,4ds4,4ds5,4dse,4dsf,4dsi,4dsj,4dsk,4dwi,4e0d,4ez6,4ez9,4f2r,4f2s,4f3o,4f4k,4f8r,4uqg,4yfu (redundant pocketome entry); 1nk0,1nk4,1nk5,1nk6,1nk7,1nk8,1nk9,1nkb,1nkc,3eyz,3tap,3taq,3tar,4dsl,4o0i (unprocessed)

Contact map

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ligand
A1 Me
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4
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[1]4uqg.a AGGGAsayGGTC,GACCt0tTCCCT 411 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4b9l.a AGAGTCAGGC,GCCTGACTCT 410 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]2hhw.a 23t,6ogCGAGTCAGG,CCTGACTCddg 416 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[3]1xc9.a bap,CGCACCATCCC,GGATGGTGC 427 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]2xo7.a AGGAATGGTC,GACCAT47cCCT 407 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[3]4b9s.a ACCTGACTCT,AGAGTCAGGT 410 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]2xy5.a AGGGAsayGGTC,GACCsayTCCCT 404 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2hhu.a 6ogGGCTGATCG,CGATCAGCCC 411 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]1lv5.a dcp,GGATCAGCGA,GTCGCTGATCC 456 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[2]3thv.a CCTGACTC2da,dds,TGAGTCAGG 394 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]2hvh.a CCTGACTCddg,CGAGTCAGG,dct 392 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[2]3ez5.a CCTGACTCG,CGAGTCAGG,dad 394 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]3px4.a CCTGACTCdoc,GGAGTCAGG 365 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - - - Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]2hvi.a CCTGACTCddg,dct,GCGAGTCAGG 414 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]3ti0.a CCTGACTCddg,CGAGTCAGG,dg3 395 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]2y1i.a AGGGpbt.thmGGTC,GACCAACCCT 401 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2hhq.a CCTGACTCGT,CGAGTCAGG 389 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4dwi.a CTGGATCCA,TGGATCCA 339 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]3hp6.a CGATCACGddg,d3t,GCCGTGATCG,mg 416 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1ua0.a CACCATCCCT,GGGATGGTG 386 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3bdp.a AGCATCATGC,GCATGATGC2dt 403 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4yfu.a AGCATCATG,CATGATGC-2dt,ttp 394 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4dsj.a ca,CCGAGTCAGG,CCTGACTCGG,dgt 439 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]3hpo.a CGATCACGdoc,GGCGTGATCG,mg,ttp 417 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . S . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1njy.a CGATCACGTT,TACGTGATCG,ttp 422 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1l3s.a CGTGATCGCA,GCGATCACG 387 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[4]1xwl.a none . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[3]4b9m.a CTGACTCTT,faxAGAGTCAGG 392 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[3]4b9t.a CTGACTCGC,foxCGAGTCAGG 392 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1nke.a CGATCAGCCC,GTGCTGATCG 405 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]3px6.a AGGAGTCAGG,CCTGACTCdoc,dct 413 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[2]4ez6.a CCTGACTCddg,dg3,GCGAGTCAGG 417 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2y1j.a AGGGqbt.thmGGTC,GACCAACCCT 401 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2hhs.a CCTGACTCGC,CGAGTCAGG 385 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[3]1u47.a 8ogCGAGTCAGG,CTGACTCGC 389 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4f8r.a CCTGACTCddg,CGAGTCAGG 364 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[3]1ua1.a GCACCATCCC,GGGATGGTGC 410 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]3pv8.a AGAGTCAGG,CCTGACTC2dt,d3t 393 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]4dqr.a CCTGACTCdoc,ctp,GGGAGTCAGG 416 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[1]1l3t.a ACGTGATCGC,GCGATCACGT 407 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]2bdp.a GCATCATGC,GCATGATGC 366 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[3]4b9n.a AAfaxAGAGTCA,TGACTCTTTT 411 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[3]4b9u.a CCTGACTCGA,foxCGAGTCAGG 413 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]2xy7.a CCTGACTCG,CGAGTCAGGC 388 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]3ht3.a CGATCACGdoc,dcp,GGCGTGATCG,mg 416 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . P . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]4dqp.a CCTGACTCdoc,dct,GGGAGTCAGG 414 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]2hht.a C6ogAGCTGATC,GATCAGCTCG 411 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1u48.a CTGACTCGCA,T8ogCGAGTCAG 408 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4ez9.a AGAGTCAGG,CCTGACTC2dt 365 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ds4.a CCTGACTCdoc,GGAGTCAGG 365 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1l3u.a CGATCACGTA,TACGTGATCG 410 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4bdp.a CATCATGCAA,TTGCATGATG 410 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[3]4b9v.a CTGACTCTAA,TfoxAGAGTCAG 413 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]3px0.a AGGAGTCAGG,CCTGACTCdoc,dcp 414 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[1]2hhv.a ATCAGCTTG,C6ogAGCTGATC 390 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1u49.a 8ogCGAGTCAGG,CCTGACTCGA 407 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]4f3o.a CCTGACTC2dt,GAGAGTCAGG 387 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[1]1l3v.a CACGTACGTC,GACGTACGTG 407 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4dqs.a GATCACGTAC,GTACGTGATC 411 . . . . . . . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3tan.a ACGTGATCGC,GCGATCACGC 403 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2hhx.a CCTGACTCG,CGAGTCAGG 366 . . . . . . . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1u4b.a TA8ogCGAGTCA,TGACTCGATA 410 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1l5u.a ATCACGTAC,GTACGTGATC 388 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4ds5.a CCTGACTCC,GGAGTCAGG 365 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]4dqi.a CCTGACTCdoc,dcp,GGGAGTCAGG 415 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]2hw3.a 6ogAGCTGATCG,CGATCAGCTT 412 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4f2r.a CCTGACTCdoc,ctp,GGAGTCAGG 394 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[3]1njw.a CGATCAGCGG,TCGCTGATCG 411 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4dsi.a CCTGACTCG,CGAGTCAGG 366 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[3]4e0d.a CCTGACTCdoc,GGAGTCAGG 365 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[3]1njx.a CATGATGCTT,GAGCATCATG 411 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4dsk.a ACAGGACTCG,ca,CGAGTCCTGT 411 . . . . . . . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1njz.a GCGATCAGCC,TGCTGATCGC 405 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)
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