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DPO1_BACCA_292_877

DNA polymerase I [DNA polymerase type-A family]

Composition of the binding site

Protein chains monomer [domain annotation]
A1 (DPO1_BACCA):D: 3'-5' exonuclease (431:434)
R: Polymerase (527, 529:533, 548, 550:559, 575, 579:581, 583, 584, 586:588, 590, 591, 594, 608, 611:614, 616, 618:623, 625:631, 654:659, 681, 683, 684, 703:705, 707:709, 711, 712, 714:725, 772, 787, 790, 791, 794, 798, 829:832)
431:434, 527, 529:533, 548, 550:559, 575, 579:581, 583, 584, 586:588, 590, 591, 594, 608, 611:614, 616, 618:623, 625:631, 654:659, 681, 683, 684, 703:705, 707:709, 711, 712, 714:725, 772, 787, 790, 791, 794, 798, 829:832
Metals (Me):Mg/Mn/Zn

Full PDB list

1l3s, 1l3t, 1l3u, 1l3v, 1l5u, 1lv5, 1njw, 1njx, 1njy, 1njz, 1nke, 1u45, 1u47, 1u48, 1u49, 1u4b, 1ua0, 1ua1, 1xc9, 1xwl, 2bdp, 2hhq, 2hhs, 2hht, 2hhu, 2hhv, 2hhw, 2hhx, 2hvh, 2hvi, 2hw3, 2xo7, 2xy5, 2xy6, 2xy7, 2y1i, 2y1j, 3bdp, 3ez5, 3hp6, 3hpo, 3ht3, 3pv8, 3px0, 3px4, 3px6, 3tan, 3thv, 3ti0, 4b9l, 4b9m, 4b9n, 4b9s, 4b9t, 4b9u, 4b9v, 4bdp, 4dqi, 4dqp, 4dqq, 4dqr, 4dqs, 4ds4, 4ds5, 4dse, 4dsf, 4dsi, 4dsj, 4dsk, 4dwi, 4e0d, 4ez6, 4ez9, 4f2r, 4f2s, 4f3o, 4f4k, 4f8r, 4uqg, 4yfu (redundant Pocketome entry); 1nk0, 1nk4, 1nk5, 1nk6, 1nk7, 1nk8, 1nk9, 1nkb, 1nkc, 3eyz, 3tap, 3taq, 3tar, 4dsl, 4o0i (unprocessed)

Pocket contact map

[download in TSV format]
   
PDB.ch
   
ligand
A1 Me
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[1]1l3s.a CGTGATCGCA,GCGATCACG387 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1l3t.a ACGTGATCGC,GCGATCACGT407 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1l3u.a CGATCACGTA,TACGTGATCG410 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1l3v.a CACGTACGTC,GACGTACGTG407 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1l5u.a ATCACGTAC,GTACGTGATC388 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1njy.a CGATCACGTT,TACGTGATCG,ttp422 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1njz.a GCGATCAGCC,TGCTGATCGC405 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1nke.a CGATCAGCCC,GTGCTGATCG405 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1u48.a CTGACTCGCA,T8ogCGAGTCAG408 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1u49.a 8ogCGAGTCAGG,CCTGACTCGA407 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1u4b.a TA8ogCGAGTCA,TGACTCGATA410 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]1ua0.a CACCATCCCT,GGGATGGTG386 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2bdp.a GCATCATGC,GCATGATGC366 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]2hhq.a CCTGACTCGT,CGAGTCAGG389 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]2hhs.a CCTGACTCGC,CGAGTCAGG385 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]2hht.a C6ogAGCTGATC,GATCAGCTCG411 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]2hhu.a 6ogGGCTGATCG,CGATCAGCCC411 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]2hhv.a ATCAGCTTG,C6ogAGCTGATC390 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]2hhx.a CCTGACTCG,CGAGTCAGG366 . . . . . . . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2hw3.a 6ogAGCTGATCG,CGATCAGCTT412 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]2xo7.a AGGAATGGTC,GACCAT47cCCT407 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2xy5.a AGGGAsayGGTC,GACCsayTCCCT404 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2xy7.a CCTGACTCG,CGAGTCAGGC388 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2y1i.a AGGGpbt.thmGGTC,GACCAACCCT401 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2y1j.a AGGGqbt.thmGGTC,GACCAACCCT401 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3bdp.a AGCATCATGC,GCATGATGC2dt403 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3px4.a CCTGACTCdoc,GGAGTCAGG365 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - - - Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3tan.a ACGTGATCGC,GCGATCACGC403 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4b9l.a AGAGTCAGGC,GCCTGACTCT410 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4bdp.a CATCATGCAA,TTGCATGATG410 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[1]4dqs.a GATCACGTAC,GTACGTGATC411 . . . . . . . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ds4.a CCTGACTCdoc,GGAGTCAGG365 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ds5.a CCTGACTCC,GGAGTCAGG365 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4dsi.a CCTGACTCG,CGAGTCAGG366 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4dsj.a ca,CCGAGTCAGG,CCTGACTCGG,dgt439 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4dsk.a ACAGGACTCG,ca,CGAGTCCTGT411 . . . . . . . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4dwi.a CTGGATCCA,TGGATCCA339 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ez9.a AGAGTCAGG,CCTGACTC2dt365 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4f2r.a CCTGACTCdoc,ctp,GGAGTCAGG394 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4f8r.a CCTGACTCddg,CGAGTCAGG364 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4uqg.a AGGGAsayGGTC,GACCt0tTCCCT411 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4yfu.a AGCATCATG,CATGATGC-2dt,ttp394 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]1lv5.a dcp,GGATCAGCGA,GTCGCTGATCC456 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[2]2hhw.a 23t,6ogCGAGTCAGG,CCTGACTCddg416 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[2]2hvh.a CCTGACTCddg,CGAGTCAGG,dct392 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[2]2hvi.a CCTGACTCddg,dct,GCGAGTCAGG414 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]3ez5.a CCTGACTCG,CGAGTCAGG,dad394 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[2]3hp6.a CGATCACGddg,d3t,GCCGTGATCG,mg416 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]3hpo.a CGATCACGdoc,GGCGTGATCG,mg,ttp417 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . S . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]3ht3.a CGATCACGdoc,dcp,GGCGTGATCG,mg416 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . P . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]3pv8.a AGAGTCAGG,CCTGACTC2dt,d3t393 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]3px0.a AGGAGTCAGG,CCTGACTCdoc,dcp414 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[2]3px6.a AGGAGTCAGG,CCTGACTCdoc,dct413 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[2]3thv.a CCTGACTC2da,dds,TGAGTCAGG394 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]3ti0.a CCTGACTCddg,CGAGTCAGG,dg3395 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]4dqi.a CCTGACTCdoc,dcp,GGGAGTCAGG415 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]4dqp.a CCTGACTCdoc,dct,GGGAGTCAGG414 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]4dqr.a CCTGACTCdoc,ctp,GGGAGTCAGG416 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[2]4ez6.a CCTGACTCddg,dg3,GCGAGTCAGG417 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]4f3o.a CCTGACTC2dt,GAGAGTCAGG387 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[3]1njw.a CGATCAGCGG,TCGCTGATCG411 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[3]1njx.a CATGATGCTT,GAGCATCATG411 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[3]1u47.a 8ogCGAGTCAGG,CTGACTCGC389 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[3]1ua1.a GCACCATCCC,GGGATGGTGC410 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[3]1xc9.a bap,CGCACCATCCC,GGATGGTGC427 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[3]4b9m.a CTGACTCTT,faxAGAGTCAGG392 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[3]4b9n.a AAfaxAGAGTCA,TGACTCTTTT411 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[3]4b9s.a ACCTGACTCT,AGAGTCAGGT410 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[3]4b9t.a CTGACTCGC,foxCGAGTCAGG392 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[3]4b9u.a CCTGACTCGA,foxCGAGTCAGG413 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[3]4b9v.a CTGACTCTAA,TfoxAGAGTCAG413 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[3]4e0d.a CCTGACTCdoc,GGAGTCAGG365 . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[4]1xwl.a none . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Site contact map

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[1]1l3u.a . . . . . . . . . . . T . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . * . * . . . . . . . . . * . . * . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . Mg
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[1]1njz.a . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . * . . * . . . . * * . . . . . . . . . . . . . . Mg
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[1]4b9l.a . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . * . . * . . . . * * . . . . . . . . . . . . . . Mg
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[1]4dsj.a . . . . . . * . * . . T . . . . . * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . * . . . . . . . . . * . . * . . * . . * . . . . . . . . . . . . . .
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[1]4ez9.a . . . . . . . . . . . T * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . * . . Y . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4f2r.a . . . . . . . * . . . T * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . Y . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4f8r.a . . . . . . . * . . . T * * . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . * . . . . . . . . . Y . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4uqg.a . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . * . . * . . . . . * . . . . . . . . . . . . . .
[1]4yfu.a . . . . . . . . . . . T * * . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . * . . . . . . . . . Y . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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[2]3ht3.a . . . . . . . * . . . T . * . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . P . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]3pv8.a . . . . . . . . . . . T * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . * * . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]3px0.a . . . . . . . . . . . T * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - * . . * * . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[2]3px6.a . . . . . . . . . . . T * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . * * . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[2]3thv.a . . . . . . . . . . . T * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . * . * . . * * . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]3ti0.a . . . . . . . . . . . T * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . * . * . . * * . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]4dqi.a . . . . . . . . * . . T * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]4dqp.a . . . . . . . . * . . T * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mg
[2]4dqr.a . . . . . . . . * . . T * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . A . * . * . . * * . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[2]4ez6.a . . . . . . . . . . . T * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . * - - - * . . * * . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]4f3o.a . . . . . . . . . . . T * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . * . . * * . Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mn
[3]1njw.a . . . . . . * . . . . T * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . * . * . . . . . . . . . * . * * * * * * * * . . . . . . . * . . . . . . Mg
[3]1njx.a . . . . . . * . * . . T * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . * . * * * * * * * * . . . . . . . * . . . . . . Mg
[3]1u47.a . . . . . . * . . . . T . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . * . . * . * * * * * . . . . . . . * . . . . . . Mg
[3]1ua1.a . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . * . . * * * * * * * . . . . . . * . . . . . . .
[3]1xc9.a . . . . . . * . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . * . * . . . . . . . . . . . . * * * . . * * . . . . . . . . . . . * . . Mg
[3]4b9m.a . . . . . * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . * . * * * * * * * * . . . . . . * * . . . . . . Mg
[3]4b9n.a . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . * . . * * * * * * * . . . . . . . . . . . . . . Mg
[3]4b9s.a . . . . . . * . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . * . * * . * * * * * . . . . . . . . . . . . . . Mg
[3]4b9t.a . . . . . . * . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . * . * * * * * * * * . . . . . . * * . . . . . . Mg
[3]4b9u.a . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . * . * . . . . . . . . . * . * * * * * * * * . . . . . . . * . . . . . . Mg
[3]4b9v.a . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . * . * * * * * * * * . . . . . . . * . . . . . . Mg
[3]4e0d.a . . . . . . * . . . . T * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . * . A . . . . . . . . . * . * * * * * * * * . . . . . . . . . . . . . .
[4]1xwl.a . . . . . . . . . . . T . . . . . * * * . . . * . * . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . * * * * . * . . . . . * . . . . . . . . . . . . * . * . . . * . . . . . . * * . . . * * .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Pocket-ligand steric compatibility

Ligands (x) vs pockets (y) colored by number of steric clashes

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketligand
≥10
9
8
7
6
5
4
3
2
1
0
1l3s.a:CGTGATCGCA,GCGATCACG
1l3t.a:ACGTGATCGC,GCGATCACGT
1l3u.a:CGATCACGTA,TACGTGATCG
1l3v.a:CACGTACGTC,GACGTACGTG
1l5u.a:ATCACGTAC,GTACGTGATC
1njy.a:CGATCACGTT,TACGTGATCG,ttp
1njz.a:GCGATCAGCC,TGCTGATCGC
1nke.a:CGATCAGCCC,GTGCTGATCG
1u48.a:CTGACTCGCA,T8ogCGAGTCAG
1u49.a:8ogCGAGTCAGG,CCTGACTCGA
1u4b.a:TA8ogCGAGTCA,TGACTCGATA
1ua0.a:CACCATCCCT,GGGATGGTG
2bdp.a:GCATCATGC,GCATGATGC
2hhq.a:CCTGACTCGT,CGAGTCAGG
2hhs.a:CCTGACTCGC,CGAGTCAGG
2hht.a:C6ogAGCTGATC,GATCAGCTCG
2hhu.a:6ogGGCTGATCG,CGATCAGCCC
2hhv.a:ATCAGCTTG,C6ogAGCTGATC
2hhx.a:CCTGACTCG,CGAGTCAGG
2hw3.a:6ogAGCTGATCG,CGATCAGCTT
2xo7.a:AGGAATGGTC,GACCAT47cCCT
2xy5.a:AGGGAsayGGTC,GACCsayTCCCT
2xy7.a:CCTGACTCG,CGAGTCAGGC
2y1i.a:AGGGpbt.thmGGTC,GACCAACCCT
2y1j.a:AGGGqbt.thmGGTC,GACCAACCCT
3bdp.a:AGCATCATGC,GCATGATGC2dt
3px4.a:CCTGACTCdoc,GGAGTCAGG
3tan.a:ACGTGATCGC,GCGATCACGC
4b9l.a:AGAGTCAGGC,GCCTGACTCT
4bdp.a:CATCATGCAA,TTGCATGATG
4dqs.a:GATCACGTAC,GTACGTGATC
4ds4.a:CCTGACTCdoc,GGAGTCAGG
4ds5.a:CCTGACTCC,GGAGTCAGG
4dsi.a:CCTGACTCG,CGAGTCAGG
4dsj.a:CCGAGTCAGG,CCTGACTCGG,ca,dgt
4dsk.a:ACAGGACTCG,CGAGTCCTGT,ca
4dwi.a:CTGGATCCA,TGGATCCA
4ez9.a:AGAGTCAGG,CCTGACTC2dt
4f2r.a:CCTGACTCdoc,GGAGTCAGG,ctp
4f8r.a:CCTGACTCddg,CGAGTCAGG
4uqg.a:AGGGAsayGGTC,GACCt0tTCCCT
4yfu.a:AGCATCATG,CATGATGC-2dt,ttp
1lv5.a:GGATCAGCGA,GTCGCTGATCC,dcp
2hhw.a:23t,6ogCGAGTCAGG,CCTGACTCddg
2hvh.a:CCTGACTCddg,CGAGTCAGG,dct
2hvi.a:CCTGACTCddg,GCGAGTCAGG,dct
3ez5.a:CCTGACTCG,CGAGTCAGG,dad
3hp6.a:CGATCACGddg,GCCGTGATCG,d3t,mg
3hpo.a:CGATCACGdoc,GGCGTGATCG,mg,ttp
3ht3.a:CGATCACGdoc,GGCGTGATCG,dcp,mg
3pv8.a:AGAGTCAGG,CCTGACTC2dt,d3t
3px0.a:AGGAGTCAGG,CCTGACTCdoc,dcp
3px6.a:AGGAGTCAGG,CCTGACTCdoc,dct
3thv.a:CCTGACTC2da,TGAGTCAGG,dds
3ti0.a:CCTGACTCddg,CGAGTCAGG,dg3
4dqi.a:CCTGACTCdoc,GGGAGTCAGG,dcp
4dqp.a:CCTGACTCdoc,GGGAGTCAGG,dct
4dqr.a:CCTGACTCdoc,GGGAGTCAGG,ctp
4ez6.a:CCTGACTCddg,GCGAGTCAGG,dg3
4f3o.a:CCTGACTC2dt,GAGAGTCAGG
1njw.a:CGATCAGCGG,TCGCTGATCG
1njx.a:CATGATGCTT,GAGCATCATG
1u47.a:8ogCGAGTCAGG,CTGACTCGC
1ua1.a:GCACCATCCC,GGGATGGTGC
1xc9.a:CGCACCATCCC,GGATGGTGC,bap
4b9m.a:CTGACTCTT,faxAGAGTCAGG
4b9n.a:AAfaxAGAGTCA,TGACTCTTTT
4b9s.a:ACCTGACTCT,AGAGTCAGGT
4b9t.a:CTGACTCGC,foxCGAGTCAGG
4b9u.a:CCTGACTCGA,foxCGAGTCAGG
4b9v.a:CTGACTCTAA,TfoxAGAGTCAG
4e0d.a:CCTGACTCdoc,GGAGTCAGG
1xwl.a is apo
[1] 1l3s.a
0.1
1.4 0.4 0.4 0.3 2.1 0.6 0.5 0 0.3 0.5 0.4 0.6 0.1 0.2 0.5 0.4 1.0 0.7 1.7 1.0 1.1 0.5 2.3 1.1 1.7 0.7 0.8 1.5 0.1 0.2 0.7 0.8 0.4 0.6 1.1 0.5 1.2 3.4 0.9 0.7 3.3 10 9.3 3.0 8.7 4.0 10 8.7 8.0 3.2 8.3 7.7 4.4 4.7 8.9 9.0 10 8.2 7.8 0.6 2.0 0.5 0.7 3.3 1.7 1.4 1.6 0.7 0.3 0.8 0.3 -
[1] 1l3t.a 0.5
0.2
0.8 0.4 0.4 1.0 0.9 1.2 0.3 0.4 0.3 0.4 0.3 0.6 0.8 1.4 0.8 1.3 1.1 1.3 0.9 0.3 0.5 1.6 0.6 0.9 0.5 0.2 1.3 0.3 0.1 0.9 0.8 0.4 1.0 0.9 0.3 0.4 2.2 0.8 0.4 1.1 8.4 7.8 2.7 8.3 4.4 7.9 7.7 6.1 2.9 7.2 7.1 5.0 5.0 8.2 8.5 9.9 7.0 6.3 1.0 1.5 0.3 0.8 3.8 1.4 0.9 0.5 1.1 0.6 0.7 0.3 -
[1] 1l3u.a 0.2 1.6
0.2
0.2 0.2 1.8 0.4 0.7 0.3 0.2 0.4 0.4 0.4 0.1 0.2 1.1 0.1 1.3 0.9 1.7 1.2 0.8 0.7 1.8 1.0 1.2 1.1 0.5 1.5 0.1 0.3 1.4 1.4 0.5 0.9 1.0 0.4 1.4 3.4 1.3 0.9 4.0 9.6 8.4 3.1 9.5 4.5 9.4 8.1 7.1 3.7 8.3 7.7 4.8 5.5 8.5 8.2 9.2 8.3 7.9 0.6 2.2 0.5 0.5 3.6 1.7 1.5 1.7 0.6 0.4 0.6 0.4 -
[1] 1l3v.a 0.3 0.4 0.5
0
0.1 1.0 0.4 0.5 0.3 0.2 0.1 0.4 0.5 0.3 0.2 1.0 0.2 1.2 1.3 0.6 0.3 0.1 0.5 0.7 0.3 0.6 0.9 0.1 0.8 0.3 0.1 1.4 1.3 0.3 0.9 1.4 0.2 0.9 3.0 1.3 0.1 3.1 10 9.9 3.7 10 4.4 9.8 8.9 8.5 2.7 8.9 8.8 4.7 5.5 10 9.7 11 9.9 8.0 0.7 0.7 0.1 0.3 2.6 0.6 0.6 0.4 0.7 0.5 0.4 0.1 -
[1] 1l5u.a 0.3 0.8 0.3 0.2
0
0.8 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.6 0.5 0.2 0 0.5 0.2 1.0 1.4 0.3 0.4 0.3 0.5 0.6 0.2 0.4 1.2 0.2 0.7 0.2 0 1.4 1.6 0.4 1.1 0.9 0.3 1.2 4.1 1.2 0.1 3.4 10 9.6 4.1 9.6 4.9 9.9 9.1 7.6 3.2 8.8 9.0 5.3 5.8 9.2 8.5 9.4 9.5 7.5 0.1 0.3 0.1 0.1 2.7 0.2 0.2 0.1 0.3 0 0.2 0 -
[1] 1njy.a 0.7 0.8 0.6 0.3 0.2
0.1
0.3 0.3 0.4 0.5 0.5 1.0 0.6 0.2 0 0.8 0.2 1.1 1.4 0.5 0.6 0.2 0.4 1.0 0.3 0.6 1.4 0.2 0.7 0.3 0.1 1.5 1.4 0.5 1.4 1.1 0.5 1.3 3.1 1.3 0.4 2.3 9.5 8.8 3.7 9.4 4.8 8.6 8.5 6.7 3.3 7.8 8.4 5.2 6.2 8.4 8.7 10 8.2 7.5 0.2 0.5 0.1 0.1 3.4 0.5 0.4 0.4 0.5 0.3 0.4 0.3 -
[1] 1njz.a 0.9 0.7 0.6 0.3 0.1 0.8
0.1
0.5 0.9 0.5 0.4 0.8 0.4 0.4 0.1 1.3 0.5 1.6 2.0 0.3 0.7 0 0.6 0.8 0.4 0.7 1.8 0.2 0.8 0.4 0.1 1.8 1.8 0.3 1.4 1.1 0.4 1.5 3.9 2.2 0.2 2.8 10 10 4.2 10 5.5 10 8.9 8.2 2.8 9.4 9.0 5.3 6.1 9.6 9.5 10 10 8.2 0.3 0.2 0.3 0 2.5 0.5 0.4 0.3 0.4 0.2 0.4 0.2 -
[1] 1nke.a 0.5 0.7 0.9 0.4 0.3 0.9 0.1
0
0.3 0.2 0.5 1.2 0.9 0.3 0.1 0.6 0.1 1.2 1.3 0 0.7 0.2 0.2 1.1 0.3 0.6 2.1 0.6 0.9 0.3 0.3 2.4 2.4 0.6 0.7 1.5 0.3 1.9 4.5 2.4 0.3 4.0 10 9.7 5.0 10 5.8 9.2 8.3 6.5 3.9 8.5 8.6 6.2 6.9 9.6 9.4 11 8.8 6.7 0.2 0.2 0.2 0.2 3.8 0.2 0 0.1 0 0 0.1 0.2 -
[1] 1u48.a 0.5 1.4 0.7 0.7 0.5 2.6 0.8 1.3
0.1
0.6 0.5 0.7 1.2 0.6 0.6 1.9 0.8 1.4 1.9 2.3 1.6 1.0 0.7 2.4 1.4 1.5 1.5 0.5 2.0 0.4 0.4 1.5 1.6 0.6 0.9 1.6 0.8 1.8 4.4 1.7 1.2 4.6 11 9.5 3.8 9.8 4.7 10 10 8.8 3.6 8.6 8.6 5.1 6.0 9.4 9.5 10 9.5 8.4 0.9 2.8 0.7 1.0 4.5 2.3 1.9 1.8 1.3 0.9 1.1 0.4 -
[1] 1u49.a 0.3 1.0 0.3 0.2 0.3 1.9 0.3 0.7 0.1
0.2
0.8 0.5 0.3 0.2 0.2 0.8 0.3 0.9 0.9 1.2 1.2 0.9 0.3 1.5 0.9 1.1 1.0 0.5 1.3 0.4 0.3 0.8 0.9 0.3 1.7 0.8 0.3 1.2 2.9 1.0 0.8 3.4 10 8.6 3.4 8.9 4.8 9.3 8.0 7.6 3.7 7.6 7.9 5.3 6.3 8.2 8.4 9.6 9.0 7.4 0.5 1.6 0.6 0.4 3.6 1.5 1.7 1.2 0.9 0.4 0.6 0.4 -
[1] 1u4b.a 0.5 0.5 0.7 0.2 0.3 0.9 0.3 0.7 0.5 0.5
0
0.9 0.6 0.6 0.3 1.2 0.6 1.8 1.7 0.9 0.7 0.2 0.5 0.8 0.2 0.9 1.3 0.1 1.2 0.6 0.2 1.6 1.8 0.4 1.3 1.5 0.4 1.0 3.7 1.2 0.2 3.1 9.6 9.1 3.5 10 4.9 9.3 8.3 7.4 3.0 9.0 8.4 5.2 6.0 8.3 8.5 9.8 8.4 7.9 0.8 0.7 0.3 0.2 2.9 0.5 0.6 0.7 0.3 0.6 0.4 0.3 -
[1] 1ua0.a 0.2 1.5 0.9 0.3 1.1 2.4 1.5 1.3 0.6 0.9 1.1
0.1
1.0 1.3 0.8 2.0 0.6 2.2 1.7 1.8 1.6 0.9 1.0 2.3 0.7 1.6 1.4 1.0 1.8 1.0 0.4 1.8 1.8 0.9 0.8 1.7 0.4 1.4 3.3 1.8 0.6 3.5 12 11 4.1 9.8 5.6 10 11 9.6 3.5 8.6 8.6 5.9 6.1 9.6 10 11 9.6 7.9 1.3 2.6 0.8 1.2 4.7 2.0 1.9 1.7 1.5 1.0 1.1 0.7 -
[1] 2bdp.a 0.7 1.1 1.2 0.6 1.0 2.3 1.6 1.9 1.0 1.1 1.5 0.9
0.2
1.5 1.3 1.7 1.3 1.4 1.5 2.3 1.7 1.5 1.2 2.5 0.9 1.8 0.7 1.0 1.7 1.3 0.6 0.8 0.9 1.0 1.9 1.5 0.7 0.7 3.3 0.8 1.2 3.1 10 9.0 3.4 9.1 4.4 9.8 8.3 7.6 3.1 8.8 8.5 4.9 5.5 9.0 8.4 9.1 8.5 7.8 1.8 3.0 1.0 1.5 5.3 2.2 2.0 2.4 1.9 1.3 1.7 0.9 -
[1] 2hhq.a 0.3 1.5 0.4 0.5 0.2 1.8 0.5 0.7 0.1 0.3 0.6 0.8 0.7
0
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[1] 2hhs.a 1.4 2.5 1.1 1.5 0.8 1.9 1.0 1.5 0.7 1.1 1.4 1.6 2.0 1.0
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[1] 2hht.a 0.5 1.0 0.3 0 0.4 1.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.7 0.6 0.3 0.2 0.2
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[1] 2hhu.a 0.3 0.6 0.3 0.1 0 0.9 0.2 0.4 0.2 0.3 0.2 0.4 0.5 0.1 0.1 0.8
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[1] 2hhv.a 0.3 1.3 0.3 0.4 0.4 1.9 0.6 0.5 0.2 0.2 0.5 0.5 0.4 0.1 0 0.3 0.4
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[1] 2hhx.a 0.1 1.0 0.3 0.3 0.3 1.5 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.5 0.1
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[1] 2hw3.a 0.5 1.4 0.7 0.2 0.1 1.0 0.1 0.2 0.4 0.3 0.5 0.7 0.7 0.1 0.1 0.4 0.3 1.0 1.1
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[1] 2xo7.a 0.3 1.2 1.1 0.4 0.3 1.4 0.3 0.5 0.6 0.5 1.0 0.4 0.9 0.4 0.3 1.1 0.5 1.4 1.2 0.7
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[1] 2xy5.a 0.6 0.6 1.1 0.4 0.2 1.0 0.3 0.3 0.6 0.8 0.6 0.4 0.8 0.6 0.1 0.7 0.3 1.3 1.5 0.6 0.5
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[1] 2xy7.a 0.4 1.6 1.3 0.7 0.7 3.2 0.8 1.0 0.4 0.6 0.9 0.8 0.5 0.6 0.3 1.1 0.7 1.1 1.0 2.2 1.1 1.0
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[1] 2y1i.a 1.0 0.6 1.4 0.4 0.5 1.1 0.1 0.2 0.9 0.3 0.7 0.8 0.5 0.6 0.3 0.6 0.9 1.0 0.9 0.5 0.2 0.2 0.4
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[1] 2y1j.a 0.5 0.3 1.0 0.3 0.1 1.0 0 0.4 0.5 0.2 0.2 0.7 0.2 0.3 0.1 0.5 0.4 0.5 0.8 0.6 0.4 0 0.3 0.3
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[1] 3bdp.a 1.4 1.7 1.5 1.6 1.5 1.9 1.9 1.8 1.3 1.0 1.9 1.8 1.3 1.5 0.8 1.8 1.7 1.6 2.3 1.7 1.5 1.3 1.2 2.7 1.3
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[1] 3px4.a 0.6 1.8 1.2 1.1 1.6 1.9 2.0 2.5 0.6 1.4 1.5 0.7 0.9 1.7 1.8 2.3 1.5 1.8 1.9 2.8 1.7 1.2 1.5 3.1 1.2 1.0
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[1] 3tan.a 0.4 0.5 0.5 0.5 0.4 1.2 0.7 1.2 0.2 0.6 0.2 0.8 0.7 0.6 0.7 1.8 0.4 1.2 1.9 1.5 0.8 0.6 0.5 1.7 0.4 1.1 1.5
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[1] 4b9l.a 0.2 1.1 0.6 0.4 0.6 1.6 0.6 0.7 0.6 0.5 1.3 0.7 0.6 0.2 0.1 1.3 0.2 0.9 0.9 0.5 0.5 0.5 1.0 1.3 0.7 0.6 1.3 0.6
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[1] 4bdp.a 0.7 2.2 0.5 1.2 0.4 2.0 0.6 1.0 0.9 0.7 1.5 0.8 0.9 0.4 0.4 0.8 0.5 0.9 1.3 1.5 0.9 1.3 0.4 1.6 1.6 1.3 1.5 0.7 1.2
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[1] 4dqs.a 0.9 1.3 1.2 0.5 0.2 1.4 0.5 0.5 0.7 1.2 0.8 1.0 1.0 0.7 0.6 1.3 0.4 1.6 2.3 0.8 1.1 0.7 0.9 1.9 1.1 1.7 1.6 0.6 1.6 0.8
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[1] 4ds4.a 0.9 2.7 1.7 1.3 1.7 3.8 2.1 2.6 0.7 1.4 1.1 0.9 1.2 1.7 1.5 2.3 1.7 1.7 1.8 2.8 1.8 1.6 1.4 3.2 1.7 1.4 0 1.2 2.3 1.6 0.5
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[1] 4ds5.a 0.9 2.7 1.7 1.5 1.8 3.6 1.9 2.6 0.9 1.5 1.2 0.9 1.1 1.8 1.5 2.6 1.8 1.9 2.1 3.4 1.8 1.6 1.4 3.2 1.7 1.2 0 1.0 2.6 1.6 0.4 0.1
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[1] 4dsj.a 2.0 3.3 2.3 1.9 2.0 4.1 2.1 2.0 1.5 2.5 2.6 1.8 3.0 2.2 1.8 2.9 1.9 3.2 4.2 3.0 2.8 2.5 1.8 4.9 2.3 2.9 3.4 1.5 4.0 1.8 2.0 3.5 3.4 0.8
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[1] 4dsk.a 0.4 0.8 0.2 0.3 0.5 1.4 0.4 0.6 0.4 0.3 0.2 0.5 0.2 0.3 0.2 0.2 0.5 0.2 0.6 1.5 1.1 0.7 0.3 1.2 0.9 0.9 0.4 0.8 0.8 0.3 0.6 0.5 0.5 0.5 1.1
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[1] 4dwi.a 1.5 1.7 1.9 0.9 0.5 2.4 0.6 0.8 0.8 1.2 1.5 1.0 1.3 1.0 0.5 1.7 0.7 2.3 2.4 1.8 1.4 0.8 1.0 2.3 1.2 2.1 3.2 0.8 2.4 0.8 0.6 3.5 3.5 0.9 1.7 2.6
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[1] 4ez9.a 0.4 1.6 0.8 1.0 1.2 1.9 1.9 2.5 0.4 1.0 0.9 0.6 0.6 1.3 1.5 2.2 0.9 1.6 1.7 2.5 1.4 0.7 1.1 3.0 0.8 0.7 0.1 1.0 1.9 0.9 0.5 0.3 0.2 0.4 0.6 1.0 0.6
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[1] 4f2r.a 0.7 2.1 1.6 1.0 1.3 2.2 1.8 2.4 0.8 1.1 1.2 1.0 0.8 1.2 1.2 2.2 1.5 1.6 1.6 2.4 1.7 1.2 0.9 2.5 1.2 0.6 0.2 1.1 1.7 1.2 0.3 0.3 0.2 0.8 0.6 1.6 0.8 0.2
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[1] 4f8r.a 1.0 2.8 2.1 1.7 1.7 3.5 2.5 2.7 1.2 1.7 1.8 1.2 1.5 1.8 1.7 2.5 2.3 2.2 1.7 3.4 3.0 2.8 1.4 3.9 1.8 2.4 0.3 1.7 2.8 1.9 1.1 0.5 0.5 1.4 0.9 2.3 1.0 1.3 0.8
0.1
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0.1
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[1] 4yfu.a 1.1 2.1 1.5 1.1 1.3 1.9 1.3 2.1 0.9 1.0 0.9 1.1 0.9 1.2 1.1 1.8 1.5 1.7 2.1 2.3 1.3 0.7 1.7 2.5 1.0 1.2 0.7 0.8 2.2 1.3 0.4 0.9 0.9 0.9 1.2 1.6 1.3 0.7 0.7 0.4 1.3
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[2] 2hhw.a 0.2 2.3 0.8 0.8 1.1 7.9 1.7 2.0 0.2 0.8 0.9 0.3 0.9 1.0 1.1 1.7 1.1 1.4 0.8 2.9 1.5 1.1 0.7 2.7 1.1 1.3 0.3 1.3 1.6 0.6 0.4 0.3 0.3 0.5 4.5 0.8 0.3 0.8 10 0.1 1.3 8.7 3.2
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[2] 2hvh.a 0.3 2.2 0.8 0.8 1.3 7.9 1.0 1.9 0.4 0.6 1.1 0.4 0.8 1.0 1.2 1.4 1.3 1.0 1.3 2.5 1.7 1.7 1.0 2.7 1.0 1.7 0.4 1.1 2.0 0.7 0.3 0.5 0.4 0.8 4.9 1.0 0.7 1.0 9.8 0.2 1.3 8.3 5.0 1.5
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[3] 4b9n.a 3.3 3.9 3.5 3.4 2.3 3.3 2.0 2.3 2.4 2.9 3.4 4.1 3.7 2.6 0.9 3.1 2.6 3.8 5.2 2.0 3.7 3.2 2.9 4.9 3.2 2.2 4.9 2.8 3.5 2.0 2.1 5.0 5.1 3.1 4.1 4.8 2.4 5.3 9.7 5.0 3.2 7.0 23 22 8.7 21 11 20 20 18 8.8 20 19 11 13 21 21 20 21 17 0.2 0.6 0.4 1.1 7.0 0.1
0.1
0.3 0.1 0.2 0.3 0.5 -
[3] 4b9s.a 2.8 3.5 3.1 2.3 1.9 2.8 1.9 2.4 1.9 2.0 3.1 3.5 2.5 1.9 0.5 2.7 2.7 3.4 3.5 2.2 2.9 2.6 2.1 3.7 2.9 1.2 4.9 1.8 2.9 1.9 2.1 4.6 4.6 2.9 4.6 3.4 2.3 4.3 9.4 4.2 2.6 6.3 23 21 8.5 20 11 20 21 20 8.8 20 19 11 12 22 20 21 21 15 0.5 0.7 0.1 0.6 9.2 0.7 0.2
0.2
0.7 0.1 0.2 0 -
[3] 4b9t.a 4.5 4.5 3.6 3.6 3.1 4.5 3.2 3.7 3.7 3.0 4.2 4.2 4.6 3.5 0.8 5.2 4.0 5.5 6.4 3.2 3.7 3.1 3.4 4.3 3.0 2.4 6.1 2.4 4.2 3.1 3.0 6.6 6.4 3.4 5.4 6.0 3.3 5.6 12 6.3 3.4 9.1 26 25 11 25 13 24 22 21 11 24 23 14 15 25 26 25 24 19 0.3 0.8 1.1 1.1 6.8 0.7 1.3 0.7
0.5
0.3 0.4 0.5 -
[3] 4b9u.a 4.2 5.7 3.9 3.9 2.9 4.8 3.0 3.7 3.3 3.2 4.2 4.5 4.7 3.2 0.8 4.2 3.5 4.4 6.5 2.9 4.8 3.8 3.3 5.9 3.8 2.6 6.2 3.5 3.8 2.7 3.0 6.1 6.3 3.7 4.9 5.5 3.5 6.2 11 6.4 3.7 8.5 26 25 10 23 12 23 23 21 10 23 22 13 14 24 24 24 23 17 0.6 1.7 0.5 1.0 9.0 1.3 1.0 0.9 1.0
0.5
0.4 0.7 -
[3] 4b9v.a 3.8 5.0 3.6 3.4 2.5 4.3 2.7 3.3 2.9 2.8 3.9 4.4 4.1 3.2 0.5 3.6 3.6 4.2 5.8 2.4 4.2 3.3 2.7 5.6 3.5 2.3 6.4 2.8 3.5 2.7 2.6 5.8 5.8 3.5 5.0 5.1 3.0 5.7 11 5.8 3.8 8.9 26 24 11 23 12 24 23 22 9.7 24 22 13 14 24 24 24 23 18 0.2 0.5 0.6 1.0 8.0 0.4 0.6 0.4 0.4 0.3
0
0.5 -
[3] 4e0d.a 3.4 5.7 3.3 3.0 2.4 4.4 2.8 2.4 2.0 2.3 4.0 3.6 4.0 2.4 0.6 3.2 3.1 3.7 4.2 2.6 3.8 3.6 2.1 5.3 3.6 1.9 4.8 3.1 3.6 2.5 2.1 5.4 5.5 3.0 5.2 4.7 2.5 4.9 10 4.7 3.4 7.9 26 23 8.8 22 9.6 22 24 21 8.5 20 20 10 11 21 23 24 22 18 0.4 1.9 0.4 1.3 9.0 1.3 1.1 1.0 0.8 0.7 1.0
0.1
-
[4] 1xwl.a 18 20 19 19 18 17 17 19 18 19 17 20 19 18 16 19 20 20 21 19 17 18 18 21 18 18 22 16 20 18 17 21 21 17 16 20 20 20 21 18 18 21 28 27 21 27 21 26 26 25 22 27 25 22 23 25 26 27 26 24 17 16 18 16 12 15 15 16 15 15 14 16
-
[Pocket-ligand steric clashes matrix]

Pocket clash dissimilarity (4 clusters)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by ligand clash profile difference

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥1.
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
.0
1l3s.a
1l3t.a
1l3u.a
1l3v.a
1l5u.a
1njy.a
1njz.a
1nke.a
1u48.a
1u49.a
1u4b.a
1ua0.a
2bdp.a
2hhq.a
2hhs.a
2hht.a
2hhu.a
2hhv.a
2hhx.a
2hw3.a
2xo7.a
2xy5.a
2xy7.a
2y1i.a
2y1j.a
3bdp.a
3px4.a
3tan.a
4b9l.a
4bdp.a
4dqs.a
4ds4.a
4ds5.a
4dsi.a
4dsj.a
4dsk.a
4dwi.a
4ez9.a
4f2r.a
4f8r.a
4uqg.a
4yfu.a
1lv5.a
2hhw.a
2hvh.a
2hvi.a
3ez5.a
3hp6.a
3hpo.a
3ht3.a
3pv8.a
3px0.a
3px6.a
3thv.a
3ti0.a
4dqi.a
4dqp.a
4dqr.a
4ez6.a
4f3o.a
1njw.a
1njx.a
1u47.a
1ua1.a
1xc9.a
4b9m.a
4b9n.a
4b9s.a
4b9t.a
4b9u.a
4b9v.a
4e0d.a
1xwl.a
[1] 1l3s.a
0
.10 .05 .08 .05 .08 .09 .09 .05 .06 .07 .09 .08 .07 .13 .06 .08 .05 .06 .09 .11 .11 .09 .11 .12 .14 .16 .08 .09 .07 .07