If you see this message after the page is completely loaded, then JavaScript is not supported or disabled in your browser. Please consider enabling JavaScript for this site.

COAA_MYCTU_1_312

Pantothenate kinase [Prokaryotic pantothenate kinase family]

Composition of the binding site

Protein chains monomer
A1 (COAA_MYCTU):39:43, 98:105, 108, 127:129, 132, 144, 145, 147, 148, 153, 177, 179, 180, 182, 201:203, 235, 238, 239, 242, 246, 247, 254, 257, 272, 276, 27739:43, 98:105, 108, 127:129, 132, 144, 145, 147, 148, 153, 177, 179, 180, 182, 201:203, 235, 238, 239, 242, 246, 247, 254, 257, 272, 276, 277

Full PDB list

2ges, 2get, 2geu, 2gev, 2zs7, 2zs8, 2zs9, 2zsa, 2zsb, 2zsd, 2zse, 2zsf, 3aez, 3af0, 3af1, 3af2, 3af3, 3af4, 3avo, 3avp, 3avq, 4bfs, 4bft, 4bfu, 4bfv, 4bfw, 4bfx, 4bfy, 4bfz (redundant Pocketome entry)

Pocket contact map

[download in TSV format]
   
PDB.ch
   
ligand
A1
G
3
9
L
4
0
E
4
2
V
9
9
A
1
0
0
V
1
0
1
G
1
0
2
K
1
0
3
S
1
0
4
T
1
0
5
R
1
0
8
T
1
2
8
D
1
2
9
L
1
3
2
M
1
4
4
H
1
4
5
K
1
4
7
G
1
4
8
Y
1
5
3
Y
1
7
7
H
1
7
9
Y
1
8
2
G
2
0
2
L
2
0
3
Y
2
3
5
R
2
3
8
F
2
3
9
M
2
4
2
A
2
4
6
F
2
4
7
F
2
5
4
Y
2
5
7
I
2
7
2
I
2
7
6
N
2
7
7
[1]2get.a cok52 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2zs7.a na,na2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2zs9.a adp,pau42 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2zsa.a adp,paz46 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2zsb.a adp27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2zsd.a coa48 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2zse.a acp,pau46 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2zsf.a adp,atp58 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3aez.a gdp,paz47 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3af0.a gdp,pau43 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3af1.a gdp28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3af2.a acp31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3af3.a gcp,pau47 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3af4.a gcp32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3avo.a pau15 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3avp.a mv2,na15 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3avq.a mv124 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4bfs.a zvs32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4bft.a zvt29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4bfu.a zvu30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4bfv.a zvv32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4bfw.a zvw39 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4bfx.b zvx30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4bfy.b zvy32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4bfz.b zvz33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Site contact map

[download in TSV format]
   
PDB.ch
A1
G
3
9
L
4
0
G
4
1
E
4
2
Q
4
3
S
9
8
V
9
9
A
1
0
0
V
1
0
1
G
1
0
2
K
1
0
3
S
1
0
4
T
1
0
5
R
1
0
8
T
1
2
7
T
1
2
8
D
1
2
9
L
1
3
2
M
1
4
4
H
1
4
5
K
1
4
7
G
1
4
8
Y
1
5
3
Y
1
7
7
H
1
7
9
L
1
8
0
Y
1
8
2
E
2
0
1
G
2
0
2
L
2
0
3
Y
2
3
5
R
2
3
8
F
2
3
9
M
2
4
2
A
2
4
6
F
2
4
7
F
2
5
4
Y
2
5
7
I
2
7
2
I
2
7
6
N
2
7
7
[1]2get.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . .
[1]2zs7.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . .
[1]2zs9.a . . . . . . . . . . . * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . .
[1]2zsa.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . * . . . .
[1]2zsb.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . .
[1]2zsd.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . * . . . . * . . . . . . . . .
[1]2zse.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2zsf.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . .
[1]3aez.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . .
[1]3af0.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . .
[1]3af1.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . .
[1]3af2.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . .
[1]3af3.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . .
[1]3af4.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . .
[1]3avo.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . .
[1]3avp.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . .
[1]3avq.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . .
[1]4bfs.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4bft.a . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . .
[1]4bfu.a . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . * . * . . . . * . . . . . . . . .
[1]4bfv.a . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4bfw.a . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4bfx.b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . .
[1]4bfy.b . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . * . . . . * . . . . . . . . .
[1]4bfz.b . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Pocket-ligand steric compatibility

Ligands (x) vs pockets (y) colored by number of steric clashes

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketligand
≥10
9
8
7
6
5
4
3
2
1
0
2get.a:cok
2zs7.a:na
2zs9.a:adp,pau
2zsa.a:adp,paz
2zsb.a:adp
2zsd.a:coa
2zse.a:acp,pau
2zsf.a:adp,atp
3aez.a:gdp,paz
3af0.a:gdp,pau
3af1.a:gdp
3af2.a:acp
3af3.a:gcp,pau
3af4.a:gcp
3avo.a:pau
3avp.a:mv2,na
3avq.a:mv1
4bfs.a:zvs
4bft.a:zvt
4bfu.a:zvu
4bfv.a:zvv
4bfw.a:zvw
4bfx.b:zvx
4bfy.b:zvy
4bfz.b:zvz
[1] 2get.a
0.1
0 0.6 0.9 0.6 0.5 3.5 0.8 1.1 0.8 0.7 0.6 3.0 0.6 0.2 0.1 0.6 1.5 1.4 1.5 2.2 1.7 1.2 0.3 0
[1] 2zs7.a 0.4
0
1.0 1.2 0.9 0.8 1.3 0.4 1.4 1.4 1.0 0.4 1.3 0.6 0.1 0 0.3 0.5 0.3 0.3 0.6 0.3 0.3 0.1 0.1
[1] 2zs9.a 1.1 0
0.1
0.7 0.2 0.6 3.0 1.0 0.8 0.4 0.1 1.0 3.1 0.7 0.1 0 0.9 1.4 1.7 1.2 1.9 1.6 1.2 2.6 3.0
[1] 2zsa.a 1.1 0 0.1
0.4
0.3 1.0 3.2 0.6 0.5 0.4 0.4 0.7 2.8 0.8 0 0 1.4 1.9 2.0 1.5 2.1 1.9 1.4 3.2 3.8
[1] 2zsb.a 0.5 0 0 0.7
0
0.2 2.6 0.7 0.6 0.3 0.2 0.7 2.2 0.7 0.1 0 0.5 1.3 1.4 1.1 1.5 1.4 1.2 2.2 2.5
[1] 2zsd.a 0.4 0 0.5 1.1 0.3
0.2
2.5 0.9 1.4 0.8 0.5 0.6 1.8 0.9 0.3 0 0.2 1.5 0.9 1.0 1.5 1.1 0.9 1.6 2.3
[1] 2zse.a 0.2 0 0.9 1.1 0.7 0.6
0.6
0.2 1.1 0.5 0.5 0.3 0.5 0.3 0 0 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1 0.3 0.3 2.3 2.6
[1] 2zsf.a 0.2 0 0.6 0.9 0.8 0.2 2.4
0.2
1.1 1.0 0.7 0.8 2.3 0.7 0.1 0 0.8 1.9 1.0 0.6 1.4 1.4 1.3 0.1 0.1
[1] 3aez.a 0.8 0 0.2 0.6 0.2 0.2 2.9 0.9
0.1
0.4 0.2 1.4 2.7 0.6 0.1 0.1 0.6 1.7 1.3 1.6 2.1 1.3 1.4 3.0 3.0
[1] 3af0.a 0.3 0 0.3 0.9 0.2 0.1 2.6 0.5 0.4
0.4
0.1 0.9 2.8 0.5 0.1 0.1 0.6 1.4 1.3 1.2 1.8 1.4 1.3 2.0 2.7
[1] 3af1.a 0.4 0 0.2 0.9 0.3 0.4 2.6 0.6 0.8 0.4
0.1
0.6 2.9 0.6 0.2 0 0.6 1.2 1.4 1.2 1.7 1.4 1.3 2.5 2.6
[1] 3af2.a 0.1 0 0.3 0.4 0.2 0.1 2.2 0.2 0.4 0.2 0.1
0.1
1.9 0.2 0 0 0.4 1.5 1.4 0.8 1.4 1.4 1.0 2.6 3.4
[1] 3af3.a 0.5 0 0.9 1.2 0.8 1.0 0.9 0.2 1.1 1.1 0.6 0.1
0.6
0.3 0 0 0.1 0.1 0.4 0.1 0.3 0.4 0.3 2.4 2.8
[1] 3af4.a 0.1 0 0.1 0.5 0.1 0.2 2.5 0.4 0.5 0.2 0.1 0.2 2.0
0.1
0.1 0 0.6 1.6 1.4 1.1 1.5 1.2 1.2 2.6 2.6
[1] 3avo.a 0.2 0 0.5 0.7 0.5 0.2 1.8 0.3 0.6 0.5 0.4 0.5 1.5 0.5
0
0 0.3 1.0 0.8 0.6 1.1 0.7 0.6 2.6 3.0
[1] 3avp.a 0.2 0 0.6 1.0 0.5 0.5 1.8 0.3 1.2 0.7 0.4 0.3 1.4 0.5 0.1
0
0.3 1.0 0.6 0.4 1.1 0.7 0.6 2.6 3.0
[1] 3avq.a 0.6 0 1.0 1.7 0.8 0.8 1.4 0.5 1.5 0.9 0.7 0.7 1.2 0.6 0.2 0.1
0.1
0.6 0.4 0.4 0.6 0.4 0.3 2.1 2.6
[1] 4bfs.a 0.3 0 0.5 0.8 0.5 0.4 1.3 0.7 0.9 1.0 0.4 0.7 1.5 0.5 0.1 0 0.1
0
0.2 0.1 0 0 0.1 0.1 0.2
[1] 4bft.a 0.5 0.1 0.6 2.1 0.5 0.5 2.0 0.7 1.8 1.2 0.7 0.9 1.7 0.8 0.7 0.1 0.1 0.4
0.1
0.5 0.4 0.2 0 0.2 0.1
[1] 4bfu.a 5.6 0.4 3.1 5.6 3.0 3.8 4.2 4.7 4.7 3.4 3.7 2.9 3.4 4.9 0 0.1 0.3 0.3 0.1
0.1
0.4 0.5 0.2 0.5 2.2
[1] 4bfv.a 0.7 0.1 0.4 1.7 0.4 0.1 1.7 1.0 1.6 1.1 0.6 0.8 1.3 1.2 0.1 0 0.2 0.1 0.1 0.1
0.1
0.2 0.1 0.1 0.2
[1] 4bfw.a 0.2 0.1 0.5 1.6 0.5 0.2 1.9 0.5 1.3 1.2 0.5 0.5 1.4 0.3 0.4 0.1 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3
0.1
0.1 0 0.1
[1] 4bfx.b 0.3 0.1 0.8 1.8 0.7 0.6 2.9 1.2 1.8 1.8 1.1 0.9 2.1 1.1 0.2 0.2 0.4 0.7 0.1 0.3 0.2 0.3
0.1
0.1 0
[1] 4bfy.b 1.9 0.1 1.2 2.5 1.3 1.1 4.3 0.8 1.5 0.8 1.0 1.8 4.1 1.2 0 0 1.6 3.4 2.3 1.9 3.1 2.7 2.5
0
1.9
[1] 4bfz.b 1.0 0 1.7 2.5 1.5 0.8 4.8 1.5 2.0 1.5 1.5 1.6 3.4 1.8 0.1 0.1 0.4 1.8 0.7 0.6 1.6 0.8 0.5 0
0
[Pocket-ligand steric clashes matrix]

Pocket clash dissimilarity (1 cluster)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by ligand clash profile difference

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥1.
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
.0
2get.a
2zs7.a
2zs9.a
2zsa.a
2zsb.a
2zsd.a
2zse.a
2zsf.a
3aez.a
3af0.a
3af1.a
3af2.a
3af3.a
3af4.a
3avo.a
3avp.a
3avq.a
4bfs.a
4bft.a
4bfu.a
4bfv.a
4bfw.a
4bfx.b
4bfy.b
4bfz.b
[1] 2get.a
0
.08 .13 .13 .12 .12 .16 .06 .13 .13 .11 .16 .14 .12 .14 .15 .15 .08 .10 .24 .12 .11 .10 .13 .12
[1] 2zs7.a .08
0
.13 .14 .11 .10 .09 .04 .15 .13 .12 .13 .09 .11 .10 .10 .09 .04 .09 .23 .08 .07 .10 .16 .15
[1] 2zs9.a .13 .13
0
.04 .05 .07 .11 .10 .05 .05 .04 .10 .08 .07 .08 .08 .09 .16 .18 .27 .18 .17 .16 .20 .18
[1] 2zsa.a .13 .14 .04
0
.07 .09 .10 .12 .05 .05 .05 .08 .08 .06 .08 .08 .10 .17 .20 .29 .20 .19 .17 .21 .18
[1] 2zsb.a .12 .11 .05 .07
0
.04 .09 .09 .05 .04 .04 .08 .06 .05 .06 .07 .06 .13 .15 .25 .14 .13 .12 .18 .16
[1] 2zsd.a .12 .10 .07 .09 .04
0
.10 .10 .08 .07 .06 .10 .07 .08 .08 .08 .08 .12 .12 .22 .12 .11 .12 .17 .17
[1] 2zse.a .16 .09 .11 .10 .09 .10
0
.12 .10 .08 .08 .07 .03 .06 .05 .05 .04 .11 .16 .29 .14 .14 .17 .23 .21
[1] 2zsf.a .06 .04 .10 .12 .09 .10 .12
0
.11 .11 .10 .12 .10 .09 .11 .11 .11 .07 .11 .22 .10 .10 .09 .13 .12
[1] 3aez.a .13 .15 .05 .05 .05 .08 .10 .11
0
.05 .05 .09 .07 .05 .08 .10 .10 .17 .18 .26 .18 .17 .17 .21 .19
[1] 3af0.a .13 .13 .05 .05 .04 .07 .08 .11 .05
0
.03 .07 .06 .03 .07 .07 .07 .15 .16 .28 .15 .15 .13 .17 .15
[1] 3af1.a .11 .12 .04 .05 .04 .06 .08 .10 .05 .03
0
.08 .06 .04 .06 .07 .07 .15 .17 .28 .17 .16 .14 .18 .16
[1] 3af2.a .16 .13 .10 .08 .08 .10 .07 .12 .09 .07 .08
0
.05 .05 .05 .05 .09 .14 .18 .29 .17 .16 .16 .22 .20
[1] 3af3.a .14 .09 .08 .08 .06 .07 .03 .10 .07 .06 .06 .05
0
.04 .02 .03 .04 .11 .14 .28 .14 .13 .15 .22 .20
[1] 3af4.a .12 .11 .07 .06 .05 .08 .06 .09 .05 .03 .04 .05 .04
0
.05 .06 .07 .14 .15 .28 .16 .15 .14 .19 .17
[1] 3avo.a .14 .10 .08 .08 .06 .08 .05 .11 .08 .07 .06 .05 .02 .05
0
.03 .05 .12 .14 .27 .14 .14 .15 .22 .20
[1] 3avp.a .15 .10 .08 .08 .07 .08 .05 .11 .10 .07 .07 .05 .03 .06 .03
0
.05 .11 .14 .28 .14 .13 .15 .22 .20
[1] 3avq.a .15 .09 .09 .10 .06 .08 .04 .11 .10 .07 .07 .09 .04 .07 .05 .05
0
.09 .14 .28 .12 .12 .16 .22 .21
[1] 4bfs.a .08 .04 .16 .17 .13 .12 .11 .07 .17 .15 .15 .14 .11 .14 .12 .11 .09
0
.08 .24 .06 .06 .10 .15 .14
[1] 4bft.a .10 .09 .18 .20 .15 .12 .16 .11 .18 .16 .17 .18 .14 .15 .14 .14 .14 .08
0
.17 .05 .03 .08 .13 .13
[1] 4bfu.a .24 .23 .27 .29 .25 .22 .29 .22 .26 .28 .28 .29 .28 .28 .27 .28 .28 .24 .17
0
.19 .19 .20 .19 .26
[1] 4bfv.a .12 .08 .18 .20 .14 .12 .14 .10 .18 .15 .17 .17 .14 .16 .14 .14 .12 .06 .05 .19
0
.02 .07 .13 .12
[1] 4bfw.a .11 .07 .17 .19 .13 .11 .14 .10 .17 .15 .16 .16 .13 .15 .14 .13 .12 .06 .03 .19 .02
0
.07 .11 .11
[1] 4bfx.b .10 .10 .16 .17 .12 .12 .17 .09 .17 .13 .14 .16 .15 .14 .15 .15 .16 .10 .08 .20 .07 .07
0
.12 .08
[1] 4bfy.b .13 .16 .20 .21 .18 .17 .23 .13 .21 .17 .18 .22 .22 .19 .22 .22 .22 .15 .13 .19 .13 .11 .12
0
.09
[1] 4bfz.b .12 .15 .18 .18 .16 .17 .21 .12 .19 .15 .16 .20 .20 .17 .20 .20 .21 .14 .13 .26 .12 .11 .08 .09
0
[Pocket clash dissimilarity matrix]

Site backbone RMSD (median 1.1 Å)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by RMSD of site residue backbone atoms

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥10 Å
9 Å
8 Å
7 Å
6 Å
5 Å
4 Å
3 Å
2 Å
1 Å
0 Å
2get.a
2zs7.a
2zs9.a
2zsa.a
2zsb.a
2zsd.a
2zse.a
2zsf.a
3aez.a
3af0.a
3af1.a
3af2.a
3af3.a
3af4.a
3avo.a
3avp.a
3avq.a
4bfs.a
4bft.a
4bfu.a
4bfv.a
4bfw.a
4bfx.b
4bfy.b
4bfz.b
[1] 2get.a
0
0.4 0.5 0.5 0.4 0.4 0.6 0.4 0.5 0.5 0.4 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 2.9 3.0 2.7 3.0 2.5 2.5 2.4
[1] 2zs7.a 0.4
0
0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.2 0.4 0.4 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.4 3.0 3.1 2.8 3.1 2.6 2.5 2.5
[1] 2zs9.a 0.5 0.3
0
0.2 0.2 0.3 0.4 0.3 0.3 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.5 2.9 3.0 2.8 3.0 2.5 2.5 2.4
[1] 2zsa.a 0.5 0.4 0.2
0
0.3 0.4 0.4 0.4 0.3 0.3 0.3 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.5 2.9 3.0 2.7 3.0 2.5 2.4 2.4
[1] 2zsb.a 0.4 0.3 0.2 0.3
0
0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.4 0.4 0.3 0.3 0.4 0.4 2.9 3.1 2.8 3.1 2.5 2.5 2.4
[1] 2zsd.a 0.4 0.3 0.3 0.4 0.3
0
0.4 0.3 0.4 0.4 0.3 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 2.9 3.0 2.7 3.0 2.5 2.5 2.4
[1] 2zse.a 0.6 0.3 0.4 0.4 0.4 0.4
0
0.3 0.4 0.4 0.4 0.3 0.2 0.3 0.2 0.3 0.2 0.3 3.0 3.1 2.8 3.1 2.6 2.6 2.5
[1] 2zsf.a 0.4 0.2 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3
0
0.4 0.4 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.4 3.0 3.1 2.8 3.1 2.6 2.5 2.5
[1] 3aez.a 0.5 0.4 0.3 0.3 0.3 0.4 0.4 0.4
0
0.2 0.2 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.5 2.9 3.0 2.7 3.0 2.5 2.5 2.4
[1] 3af0.a 0.5 0.4 0.2 0.3 0.3 0.4 0.4 0.4 0.2
0
0.1 0.4 0.3 0.3 0.3 0.4 0.4 0.5 2.9 3.0 2.7 3.0 2.5 2.4 2.4
[1] 3af1.a 0.4 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.2 0.1
0
0.4 0.4 0.3 0.3 0.4 0.4 0.5 2.8 3.0 2.7 3.0 2.5 2.4 2.3
[1] 3af2.a 0.5 0.3 0.3 0.4 0.4 0.4 0.3 0.3 0.4 0.4 0.4
0
0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.4 3.0 3.1 2.8 3.1 2.6 2.6 2.5
[1] 3af3.a 0.5 0.3 0.3 0.4 0.4 0.4 0.2 0.2 0.4 0.3 0.4 0.2
0
0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 3.0 3.1 2.8 3.1 2.6 2.6 2.5
[1] 3af4.a 0.5 0.2 0.3 0.4 0.4 0.4 0.3 0.2 0.4 0.3 0.3 0.2 0.2
0
0.2 0.2 0.3 0.4 2.9 3.1 2.8 3.1 2.6 2.5 2.4
[1] 3avo.a 0.5 0.2 0.3 0.4 0.3 0.4 0.2 0.2 0.4 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2
0
0.1 0.2 0.3 3.0 3.1 2.8 3.1 2.6 2.6 2.5
[1] 3avp.a 0.5 0.2 0.3 0.4 0.3 0.4 0.3 0.2 0.4 0.4 0.4 0.2 0.2 0.2 0.1
0
0.3 0.3 3.0 3.1 2.8 3.1 2.6 2.6 2.5
[1] 3avq.a 0.5 0.3 0.4 0.4 0.4 0.4 0.2 0.3 0.4 0.4 0.4 0.3 0.2 0.3 0.2 0.3
0
0.3 3.0 3.1 2.8 3.1 2.6 2.5 2.4
[1] 4bfs.a 0.5 0.4 0.5 0.5 0.4 0.4 0.3 0.4 0.5 0.5 0.5 0.4 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3
0
3.0 3.1 2.8 3.1 2.6 2.6 2.5
[1] 4bft.a 2.9 3.0 2.9 2.9 2.9 2.9 3.0 3.0 2.9 2.9 2.8 3.0 3.0 2.9 3.0 3.0 3.0 3.0
0
0.6 0.5 0.5 1.1 1.0 1.4
[1] 4bfu.a 3.0 3.1 3.0 3.0 3.1 3.0 3.1 3.1 3.0 3.0 3.0 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 0.6
0
0.7 0.8 1.3 1.2 1.5
[1] 4bfv.a 2.7 2.8 2.8 2.7 2.8 2.7 2.8 2.8 2.7 2.7 2.7 2.8 2.8 2.8 2.8 2.8 2.8 2.8 0.5 0.7
0
0.4 1.0 1.1 1.3
[1] 4bfw.a 3.0 3.1 3.0 3.0 3.1 3.0 3.1 3.1 3.0 3.0 3.0 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 0.5 0.8 0.4
0
1.2 1.3 1.6
[1] 4bfx.b 2.5 2.6 2.5 2.5 2.5 2.5 2.6 2.6 2.5 2.5 2.5 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 1.1 1.3 1.0 1.2
0
1.1 0.6
[1] 4bfy.b 2.5 2.5 2.5 2.4 2.5 2.5 2.6 2.5 2.5 2.4 2.4 2.6 2.6 2.5 2.6 2.6 2.5 2.6 1.0 1.2 1.1 1.3 1.1
0
1.1
[1] 4bfz.b 2.4 2.5 2.4 2.4 2.4 2.4 2.5 2.5 2.4 2.4 2.3 2.5 2.5 2.4 2.5 2.5 2.4 2.5 1.4 1.5 1.3 1.6 0.6 1.1
0
[Binding site backbone RMSD matrix]

Site full-atom RMSD (median 0.5 Å)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by RMSD of all site residue atoms

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥10 Å
9 Å
8 Å
7 Å
6 Å
5 Å
4 Å
3 Å
2 Å
1 Å
0 Å
2get.a
2zs7.a
2zs9.a
2zsa.a
2zsb.a
2zsd.a
2zse.a
2zsf.a
3aez.a
3af0.a
3af1.a
3af2.a
3af3.a
3af4.a
3avo.a
3avp.a
3avq.a
4bfs.a
4bft.a
4bfu.a
4bfv.a
4bfw.a
4bfx.b
4bfy.b
4bfz.b
[1] 2get.a
0
0.8 1.0 1.1 1.1 1.0 1.2 0.8 1.1 1.1 1.0 1.2 1.2 1.0 1.1 1.0 1.1 0.9 2.9 3.1 2.8 3.1 2.9 2.9 2.8
[1] 2zs7.a 0.8
0
0.9 1.1 0.9 0.9 0.9 0.5 1.0 1.1 0.9 1.0 0.9 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 2.9 3.1 2.8 3.1 2.9 2.9 2.9
[1] 2zs9.a 1.0 0.9
0
0.7 0.6 0.7 0.8 0.9 0.7 0.7 0.6 0.8 0.8 0.6 0.6 0.7 0.7 1.1 3.0 3.2 2.9 3.2 3.0 3.0 2.9
[1] 2zsa.a 1.1 1.1 0.7
0
0.8 0.9 0.7 1.0 0.6 0.6 0.7 0.7 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 1.1 3.0 3.2 2.9 3.1 2.9 2.9 2.9
[1] 2zsb.a 1.1 0.9 0.6 0.8
0
0.5 0.9 0.9 0.8 0.8 0.7 0.9 1.0 0.7 0.7 0.7 0.8 1.2 3.0 3.2 2.9 3.1 2.9 2.9 2.9
[1] 2zsd.a 1.0 0.9 0.7 0.9 0.5
0
0.9 0.9 0.8 0.9 0.7 0.9 1.0 0.8 0.8 0.7 0.8 1.2 2.9 3.1 2.8 3.1 2.9 2.8 2.8
[1] 2zse.a 1.2 0.9 0.8 0.7 0.9 0.9
0
0.8 0.8 0.7 0.8 0.7 0.5 0.7 0.6 0.7 0.6 1.0 3.0 3.3 2.9 3.2 3.0 3.0 3.0
[1] 2zsf.a 0.8 0.5 0.9 1.0 0.9 0.9 0.8
0
0.9 0.9 0.9 0.9 0.9 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 2.9 3.2 2.8 3.1 2.9 2.9 2.8
[1] 3aez.a 1.1 1.0 0.7 0.6 0.8 0.8 0.8 0.9
0
0.6 0.5 0.8 0.9 0.7 0.7 0.7 0.7 1.1 3.0 3.2 2.9 3.1 2.9 3.0 2.9
[1] 3af0.a 1.1 1.1 0.7 0.6 0.8 0.9 0.7 0.9 0.6
0
0.6 0.7 0.7 0.8 0.8 0.8 0.8 1.0 3.0 3.2 2.9 3.1 2.9 3.0 2.9
[1] 3af1.a 1.0 0.9 0.6 0.7 0.7 0.7 0.8 0.9 0.5 0.6
0
0.8 0.8 0.6 0.6 0.6 0.6 1.1 2.9 3.2 2.9 3.1 2.9 2.9 2.8
[1] 3af2.a 1.2 1.0 0.8 0.7 0.9 0.9 0.7 0.9 0.8 0.7 0.8
0
0.6 0.7 0.7 0.6 0.8 1.0 3.0 3.3 3.0 3.2 3.0 3.0 3.0
[1] 3af3.a 1.2 0.9 0.8 0.8 1.0 1.0 0.5 0.9 0.9 0.7 0.8 0.6
0
0.7 0.6 0.7 0.6 1.0 3.0 3.3 3.0 3.2 3.0 3.0 3.0
[1] 3af4.a 1.0 0.8 0.6 0.8 0.7 0.8 0.7 0.8 0.7 0.8 0.6 0.7 0.7
0
0.4 0.4 0.5 1.1 3.0 3.3 3.0 3.2 3.0 3.0 2.9
[1] 3avo.a 1.1 0.8 0.6 0.8 0.7 0.8 0.6 0.8 0.7 0.8 0.6 0.7 0.6 0.4
0
0.3 0.5 1.1 3.1 3.3 3.0 3.2 3.0 3.0 3.0
[1] 3avp.a 1.0 0.8 0.7 0.8 0.7 0.7 0.7 0.8 0.7 0.8 0.6 0.6 0.7 0.4 0.3
0
0.5 1.1 3.1 3.3 3.0 3.2 3.0 3.0 3.0
[1] 3avq.a 1.1 0.8 0.7 0.8 0.8 0.8 0.6 0.8 0.7 0.8 0.6 0.8 0.6 0.5 0.5 0.5
0
1.1 3.0 3.2 3.0 3.2 3.0 3.0 2.9
[1] 4bfs.a 0.9 0.8 1.1 1.1 1.2 1.2 1.0 0.8 1.1 1.0 1.1 1.0 1.0 1.1 1.1 1.1 1.1
0
2.9 3.2 2.9 3.1 2.9 3.0 2.9
[1] 4bft.a 2.9 2.9 3.0 3.0 3.0 2.9 3.0 2.9 3.0 3.0 2.9 3.0 3.0 3.0 3.1 3.1 3.0 2.9
0
1.2 0.8 0.9 1.5 1.4 1.6
[1] 4bfu.a 3.1 3.1 3.2 3.2 3.2 3.1 3.3 3.2 3.2 3.2 3.2 3.3 3.3 3.3 3.3 3.3 3.2 3.2 1.2
0
1.3 1.3 2.0 1.4 2.1
[1] 4bfv.a 2.8 2.8 2.9 2.9 2.9 2.8 2.9 2.8 2.9 2.9 2.9 3.0 3.0 3.0 3.0 3.0 3.0 2.9 0.8 1.3
0
0.6 1.6 1.4 1.8
[1] 4bfw.a 3.1 3.1 3.2 3.1 3.1 3.1 3.2 3.1 3.1 3.1 3.1 3.2 3.2 3.2 3.2 3.2 3.2 3.1 0.9 1.3 0.6
0
1.7 1.5 1.9
[1] 4bfx.b 2.9 2.9 3.0 2.9 2.9 2.9 3.0 2.9 2.9 2.9 2.9 3.0 3.0 3.0 3.0 3.0 3.0 2.9 1.5 2.0 1.6 1.7
0
1.7 0.8
[1] 4bfy.b 2.9 2.9 3.0 2.9 2.9 2.8 3.0 2.9 3.0 3.0 2.9 3.0 3.0 3.0 3.0 3.0 3.0 3.0 1.4 1.4 1.4 1.5 1.7
0
1.6
[1] 4bfz.b 2.8 2.9 2.9 2.9 2.9 2.8 3.0 2.8 2.9 2.9 2.8 3.0 3.0 2.9 3.0 3.0 2.9 2.9 1.6 2.1 1.8 1.9 0.8 1.6
0
[Binding site full-atom RMSD matrix]







[show 3D visualization]

[ENTRY 2D visualization]

L C X E | Background Color: | Anaglyph Stereo:

loading...