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CHK1_HUMAN_1_283_ATPsite

Serine/threonine-protein kinase Chk1 [Protein kinase superfamily. CAMK Ser/Thr protein kinase family. NIM1 subfamily]

Composition of the binding site

Protein chains monomer [domain annotation]
A1 (CHK1_HUMAN):R: Interaction with CLSPN (13:23, 25, 36, 38, 50, 55, 59, 68, 82, 84:91, 94, 134, 135, 137, 147:150)
D: Protein kinase (13:23, 25, 36, 38, 50, 55, 59, 68, 82, 84:91, 94, 134, 135, 137, 147:150)
13:23, 25, 36, 38, 50, 55, 59, 68, 82, 84:91, 94, 134, 135, 137, 147:150

Full PDB list

1nvs, 1zys, 2ayp, 2br1, 2brb, 2brg, 2brh, 2brm, 2brn, 2bro, 2c3k, 2cgu, 2e9n, 2e9o, 2e9p, 2e9u, 2e9v, 2gdo, 2ghg, 2hog, 2hxl, 2hxq, 2hy0, 2qhn, 2r0u, 2ydi, 2ydj, 2ydk, 2ym4, 2ym5, 2ym8, 2ywp, 3f9n, 3jvr, 3jvs, 3nlb, 3ot3, 3ot8, 3pa3, 3pa4, 3pa5, 3tkh, 3tki, 3u9n, 4fsq, 4fsr, 4fst, 4fsu, 4fsy, 4ft0, 4ft5, 4ft7, 4fta, 4ftc, 4fti, 4ftj, 4ftk, 4ftl, 4ftm, 4ftn, 4fto, 4ftq, 4ftr, 4ftt, 4ftu, 4gh2, 4hyh, 4hyi, 4jik, 4qyf, 4qyg, 4qyh, 4rvk, 4rvm, 5f4n, 5op4, 5op7, 5opb, 5opr, 5opv (redundant Pocketome entry); 1ia8, 1nvq, 1nvr, 1zlt, 2c3j, 2c3l, 2cgv, 2cgw, 2cgx, 2qhm, 2wmq, 2wmr, 2wms, 2wmt, 2wmu, 2wmv, 2wmw, 2wmx, 2x8d, 2x8e, 2x8i, 2xey, 2xez, 2xf0, 2yer, 2yex, 2ym3, 2ym6, 2ym7, 4fsm, 4fsn, 4fsw, 4fsz, 4ft3, 4ft9, 4qye, 4rvl, 5dls, 5oop, 5oor, 5oot, 5op2, 5op5, 5ops, 5opu, 5oq5, 5oq6, 5oq7, 5oq8 (unprocessed)

Pocket contact map

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ligand
A1
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[1]1nvs.a ucm30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1zys.a 19931 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2ayp.a 43a25 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2br1.a pfp29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2brb.a pfq25 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2brg.a dfy26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2brh.a dfw26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2brm.a dfz25 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2brn.a df126 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2bro.a df227 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2c3k.a abo27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2cgu.a 3a325 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2e9n.a 76a35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2e9o.a a5830 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2e9p.a 77a26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2e9u.a a2524 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2e9v.a 85a34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2gdo.a 12c30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2ghg.a a5336 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2hog.a 71032 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2hxl.a 42229 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2hxq.a 37329 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2hy0.a 30632 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2qhn.a 58217 . . . . - - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2r0u.a m5431 . . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2ydi.a ydi24 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2ydj.a ydj25 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2ydk.a ydk24 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2ym4.a 4ym30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2ym5.a ym525 . . . . - - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2ym8.a ym827 . . . . - - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2ywp.a a4223 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3jvr.a none . . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3nlb.a 5be28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3ot3.a 22k24 . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3ot8.a mi528 . . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3pa3.a c7026 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3pa4.a c7226 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3pa5.a c7325 . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3tkh.a 07s33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3tki.a s2530 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3u9n.a 09h29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4fsq.a hk329 . . . . - - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4fsr.a hkc27 . . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4fst.a hk427 . . . . - - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4fsu.a hk528 . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4fsy.a hk725 . . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ft0.a hk927 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ft5.a h2k25 . . . . - - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ft7.a h3k26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4fta.a h5k25 . . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ftc.a h6k23 . . . . - - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4fti.a h7k30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ftj.a h8k26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ftk.a h9k26 . . . . - - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ftl.a h0k27 . . . . - - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ftm.a 1hk23 . . . . - - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ftn.a 2hk36 . . . . - - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4fto.a 3hk32 . . . . - - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ftq.a 4hk28 . . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ftr.a 5hk33 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ftt.a 6hk27 . . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ftu.a 7hk28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4gh2.a hk036 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4hyh.a 1am32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4hyi.a 1ao29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4jik.a 1ko26 . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4qyf.a 3dv23 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4qyg.a 3dw29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4qyh.a 3dx28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4rvk.a 3xk25 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4rvm.a 3x728 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5f4n.a 5uy27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5op4.a a0t31 . . . . . . . . . . . . L I M . L A . . . S . H . . A . Y
[1]5op7.a a1k29 . . . . . . . . . . . . L I M . L A . . . S . H . . A . Y
[1]5opr.a a3e28 . . . . . . . . . . . . L I M . L A . . . S . H . . A . Y
[1]5opv.a a3h25 . . . . . . . . . . . . L I M . L A . . . S . H . . A . Y
[2]5opb.a a1n28 . . . . . . . . . . . . L I M . L A . . . S . H . . A . Y

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Site contact map

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[1]1nvs.a * . . . . . . * . . . . . . - . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]1zys.a . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]2ayp.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]2br1.a . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]2brb.a . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]2brg.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]2brh.a . . . . . * . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2brm.a . . . . . * * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2brn.a . . . . . * * . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . * . .
[1]2bro.a . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]2c3k.a . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]2cgu.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]2e9n.a . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]2e9o.a . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]2e9p.a . . . . . . . * . . . . . . . * . . . * . . . . . . . . . . . . * . .
[1]2e9u.a . . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2e9v.a * . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2gdo.a * . . . * * * . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]2ghg.a * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]2hog.a . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]2hxl.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]2hxq.a . . . . . * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2hy0.a . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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[1]2ywp.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
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[1]3nlb.a . . . . * * . . . . . . . * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
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[1]4ftt.a . . * . . - - - . . . . . . - . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4ftu.a . . * . . . . * . . . . . . - . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4gh2.a * . * . . . . . . . . . . . - . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4hyh.a . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4hyi.a . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4jik.a . . . . * * * - . . . . . . - . . . . . . . . . . . . . . . . . * . .
[1]4qyf.a * . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4qyg.a * . . . * * . . . . . . . * - . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4qyh.a * . * * * * . . . . . . . . - . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4rvk.a * . * . . * . * . . . . . . - . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4rvm.a . . * . . . . * . . . . . . - . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]5f4n.a . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . * . . . . . . . . . . * . .
[1]5op4.a . . . . . * . . . . . . . . - . L I . M . L A . . . S . H . . A . Y S
[1]5op7.a . . . . . * . . . . . . . . . . L I . M . L A . . . S . H . . A . Y S
[1]5opr.a . . . * . . * . . . . . . . - . L I . M . L A . . . S . H . . A . Y S
[1]5opv.a . . . . * * . . . . . . . . . . L I . M . L A . . . S . H . . A . Y S
[2]5opb.a * . * * * * . . . . . . . . . . L I . M . L A . . . S . H . . A . Y S

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Pocket-ligand steric compatibility

Ligands (x) vs pockets (y) colored by number of steric clashes

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketligand
≥10
9
8
7
6
5
4
3
2
1
0
1nvs.a:ucm
1zys.a:199
2ayp.a:43a
2br1.a:pfp
2brb.a:pfq
2brg.a:dfy
2brh.a:dfw
2brm.a:dfz
2brn.a:df1
2bro.a:df2
2c3k.a:abo
2cgu.a:3a3
2e9n.a:76a
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2e9u.a:a25
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2hog.a:710
2hxl.a:422
2hxq.a:373
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2qhn.a:582
2r0u.a:m54
2ydi.a:ydi
2ydj.a:ydj
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2ym4.a:4ym
2ym5.a:ym5
2ym8.a:ym8
2ywp.a:a42
3jvr.a is apo
3nlb.a:5be
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3ot8.a:mi5
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4ftk.a:h9k
4ftl.a:h0k
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4fto.a:3hk
4ftq.a:4hk
4ftr.a:5hk
4ftt.a:6hk
4ftu.a:7hk
4gh2.a:hk0
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4hyi.a:1ao
4jik.a:1ko
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4qyh.a:3dx
4rvk.a:3xk
4rvm.a:3x7
5f4n.a:5uy
5op4.a:a0t
5op7.a:a1k
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5opv.a:a3h
5opb.a:a1n
[1] 1nvs.a
0.1
0.5 0.1 0.6 0.8 1.0 0.9 0.7 0.6 1.3 0.3 0.3 0.1 0 0.2 0 0 0.4 2.3 0.3 0 0 0.3 0.2 0.4 0.1 0.2 0.1 0.4 0.1 0.1 0 - 0 0.1 0 0.1 0.1 0.1 0 0 0.2 0.5 0.2 0.2 0.1 0.6 0.1 0 0.2 0 0 0 0 0.1 0.1 0.3 0.9 0.2 0 0.3 0 0.8 0.1 0.4 0.3 0.1 0.3 0 0 0.1 0 0.1 0.9 1.2 0 0.1 0.6
[1] 1zys.a 0.2
0
0.2 0.9 1.2 1.7 1.5 1.2 0.6 1.5 0.3 0 0.2 0.1 0.5 0.1 0.1 0.4 2.8 0.4 0 0.3 0.4 0.4 0.5 0 0.1 0.1 0.8 0.3 0.1 0 - 0.1 0.2 0.1 0 0 0.1 0 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 1.0 0.6 0 0.4 0 0 0.1 0 0.1 0.1 0 1.0 0.2 0 0.9 0 0.7 0.6 0 0.2 0 0.1 0 0 0.2 0 0.2 0.9 1.2 0 0 0.5
[1] 2ayp.a 0.4 0.3
0
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[1] 2br1.a 0.3 0.4 0.3
0
0 0 0 0 0.1 0.2 0.3 0.2 0.3 0.2 0 0 0 0.4 1.9 0.1 0 0 0.3 0.1 0.5 0 0.1 0.1 0.3 0.1 0.1 0 - 0 0.1 0.1 0 0 0 0.1 0.1 0.5 0.8 0.5 0.2 0.3 0 0.8 0.1 0 0 0 0.1 0.2 0.2 0.3 0.1 0.7 0.2 0.1 0.5 0 0.4 0.7 0.8 0.7 0 0.2 0.1 0.2 0.3 0.2 0.1 0.6 1.2 0 0 0.6
[1] 2brb.a 0.9 0.7 0.3 0
0
0 0 0 0.1 0.1 0.5 0.2 0.3 0.5 0 0 0.1 0.6 1.4 0.4 0 0 0.6 0.1 0.4 0 0.1 0.1 0.6 0 0.2 0.3 - 0.1 0.1 0.2 0 0 0 0.1 0.1 0.7 0.5 1.0 0.3 0.4 0.1 1.3 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0 0.2 0.4 0.2 0.9 0.3 0.2 1.3 0 0.7 1.2 0.9 1.0 0 0.4 0.1 0.2 0.3 0.2 0.2 0.6 1.1 0 0 0.6
[1] 2brg.a 0.4 0.4 0.2 0 0
0.1
0 0 0.2 0.2 0.4 0.3 0.2 0.1 0 0 0.2 0.3 1.0 0.2 0.1 0.1 0.4 0.1 0.7 0 0.2 0.2 0.3 0.1 0.1 0 - 0.1 0 0 0.1 0 0.2 0 0 0.5 0.5 0.5 0.2 0.2 0.2 0.6 0.1 0 0.1 0 0 0 0.1 0.1 0.1 0.7 0.1 0.1 0.8 0 0.6 0.5 0.6 0.9 0.2 0.2 0 0 0 0 0.1 0.6 1.2 0 0.1 0.5
[1] 2brh.a 0.5 0.8 0.3 0.1 0.1 0.1
0
0.2 0.2 0.2 0.6 0.2 0.2 0.4 0 0 0.2 0.5 2.4 0.5 0.2 0 0.5 0.2 0.5 0.1 0.2 0.1 0.6 0.2 0.1 0.2 - 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.8 0.7 0.7 0.4 0.6 0.3 0.5 0 0 0 0 0.1 0.2 0.3 0.5 0.4 1.2 0.3 0.2 0.5 0 0.5 0.5 0.7 1.0 0.2 0.5 0.1 0.1 0.1 0.4 0.1 0.4 1.0 0.2 0.2 0.3
[1] 2brm.a 0.5 1.0 0.2 0 0 0 0
0
0.2 0 0.2 0.4 0.2 0.3 0 0 0 0.4 2.9 0.3 0.2 0 0.5 0.1 0.6 0 0 0 0.4 0.1 0.1 0.1 - 0.1 0 0.2 0 0 0 0 0.2 0.5 0.6 0.7 0.3 0.6 0.2 1.7 0.1 0 0 0.1 0.2 0.1 0.2 0.5 0.2 0.8 0.2 0.1 1.6 0 0.9 1.8 1.1 0.9 0 0.2 0.1 0.1 0 0.4 0.1 0.6 0.8 0.1 0 0.3
[1] 2brn.a 0.3 0.6 0.1 0 0 0.1 0.1 0.1
0.1
0.1 0.1 0.5 0.4 0.1 0 0 0 0.4 2.9 0.1 0.1 0 0.2 0.1 0.4 0 0 0 0.1 0.1 0.1 0 - 0.1 0.1 0.1 0 0 0 0 0 0.5 0.5 0.3 0.1 0.2 0.1 0.3 0 0 0 0 0.1 0 0.2 0.3 0.1 0.7 0.1 0 0.3 0.1 0.3 0.2 0.6 0.8 0 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.5 1.0 0 0 0.6
[1] 2bro.a 0.1 0.3 0.2 0.4 0 0 0 0 0.1
0
0.1 0.2 0.4 0.1 0 0 0 0.3 2.3 0.2 0.1 0 0 0.1 0.4 0 0 0 0.1 0.1 0.1 0 - 0.1 0 0 0 0 0 0.1 0 0.3 0.7 0.5 0.1 0.3 0.1 0.8 0 0 0 0.1 0 0.1 0.5 0.4 0.1 0.6 0.2 0.1 0.9 0 0.5 0.7 0.6 0.4 0 0 0.1 0.1 0 0.1 0.1 0.6 1.0 0 0.1 0.5
[1] 2c3k.a 0.2 0.2 0 0.7 1.0 1.0 1.0 0.7 0.7 1.2
0.1
0 0.1 0.1 0.3 0 0.1 0.6 1.1 0.1 0 0 0 0.3 0.2 0 0.1 0.1 0.5 0.2 0.2 0 - 0.1 0.2 0.4 0 0 0 0 0 0.1 0.2 0.1 0 0 0.3 1.3 0 0.2 0 0 0 0 0 0.1 0 0.3 0 0 0.9 0.1 0.2 1.2 0.4 0.2 0 0 0 0 0.1 0 0.2 0.9 1.1 0 0 0.7
[1] 2cgu.a 0.5 0.4 0.3 0.8 0.9 1.3 1.0 0.9 0.7 1.3 0.3
0
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[1] 2e9n.a 0.5 0.4 0 0.5 0.5 0.6 0.4 0.5 0.5 0.9 0.2 0.1
0
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[1] 2e9o.a 0.4 0.5 0.1 0.6 1.0 1.0 1.2 0.8 0.9 1.5 0.4 0.1 0.2
0
0.2 0 0.2 0.3 3.1 0.4 0.1 0.3 0.5 0.4 0.7 0.1 0.2 0.3 0.9 0.2 0 0 - 0.2 0.2 0.3 0.1 0.1 0.1 0 0.1 0.7 0.2 0.2 0.1 0 0.7 0.4 0 0.2 0 0 0 0 0.1 0.2 0.2 0.6 0 0 0.5 0 0.9 0.2 0.8 0.8 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 1.0 1.2 0.1 0.1 0.7
[1] 2e9p.a 0.7 0.7 0.5 0.4 0.3 0.3 0.1 0.3 0.4 0.5 0.5 0.1 0.7 0.2
0
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[1] 2e9u.a 0.3 0.3 0.1 1.0 1.0 1.2 1.0 1.0 0.8 1.9 0.4 0.2 0.1 0 0.3
0
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[1] 2e9v.a 0.6 0.9 0.4 0.9 0.6 1.0 1.0 0.6 0.7 1.4 0.3 0.1 0.5 0.1 0.3 0
0
0.5 2.7 0.4 0 0 0.4 0.3 0.5 0.1 0.1 0.2 1.0 0.3 0.3 0.1 - 0.1 0.4 0.1 0.1 0.1 0.1 0 0.1 0.9 0.7 0.5 0.4 0.1 0.9 1.0 0 0 0 0 0 0 0.3 0.6 0.3 0.9 0 0.1 1.0 0.1 1.2 0.7 1.1 0.9 0.1 0.4 0.1 0.1 0.1 0.2 0 0.4 0.6 0.1 0.1 0.1
[1] 2gdo.a 0.6 1.7 0.2 2.0 0.9 1.1 0.7 0.7 0.6 1.2 0.4 0.7 0.5 0.2 0.9 0 0.2
0
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[1] 2ghg.a 0.1 0 0.4 0.6 0.7 1.1 0.5 0.6 0.5 1.2 0.7 0.1 0.2 0.1 0.4 0.2 0.2 0.3
0
0.8 0.1 0.4 0.5 0.3 0.4 0 0.3 0.2 0.1 0.1 0.1 0 - 0 0.2 0.2 0.1 0.1 0.1 0 0 0.1 0.5 0.1 0.4 0.1 0 0 0 0.2 0 0 0 0 0.1 0.2 0.5 1.0 0.1 0.1 0.1 0 0.6 0 0 0 0.1 0 0 0 0.1 0 0.2 0.9 1.2 0.1 0.1 0.4
[1] 2hog.a 0.4 0.1 0.2 0.4 0.5 0.8 0.5 0.6 0.4 1.1 0.1 0 0.3 0 0.2 0 0 0.3 0.6
0
0 0.1 0.1 0.1 0.4 0 0.2 0.1 0.7 0.1 0.1 0 - 0.1 0.1 0.1 0.1 0 0.2 0 0 0.5 0.3 0.4 0 0.1 0 0.1 0 0 0 0 0 0 0.2 0.2 0 0.4 0.1 0 0.2 0 0.6 0 0.6 0.6 0.1 0.2 0 0 0.1 0 0 0.9 1.2 0 0.1 0.5
[1] 2hxl.a 0.5 0.3 0.2 0.4 0.5 0.6 0.5 0.5 0.2 0.9 0.3 0 0.2 0.1 0 0 0 0.3 1.0 0.1
0
0.1 0.2 0 0.5 0.1 0.2 0.1 0.5 0.2 0 0 - 0.1 0.1 0.1 0.1 0 0.1 0 0 0.6 0.3 0.2 0.3 0.3 0.1 0.2 0 0 0 0 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.7 0.2 0.1 0.2 0 0.7 0.2 0.6 0.6 0.1 0.2 0 0 0.2 0.1 0 1.0 1.2 0 0.1 0.6
[1] 2hxq.a 0.4 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.4 0.6 0.4 0.5 0.4 0.1 0.2 0 0 0.1 0.1 0.4 2.1 0.1 0
0
0.2 0.1 0.7 0.1 0.1 0.1 0.4 0.1 0.1 0 - 0.2 0.1 0.3 0.1 0.1 0.1 0 0 0.5 0.3 0.4 0.3 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0 0 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.7 0.1 0.1 0.2 0 0.6 0 0.4 0.6 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.6 1.0 0.1 0.1 0.6
[1] 2hy0.a 0.2 0.1 0.2 0.2 0.5 0.6 0.6 0.5 0.6 0.6 0.3 0.1 0.2 0 0.1 0 0.1 0.3 0.9 0.1 0 0
0
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[1] 4fta.a 0.8 0.8 0.3 1.1 1.3 1.4 1.5 1.4 0.9 1.5 0.7 0.3 0.2 0.1 0.3 0.1 0.1 0.9 1.9 0.4 0.1 0 0.5 0.5 0.6 0.1 0.1 0.3 1.4 0.4 0.1 0.1 - 0.2 0.2 0.3 0.1 0.1 0.1 0 0.1 0.8 0.6 0.5 0.3 0.1 0.3 0.3 0.1 0.3
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[1] 4ftc.a 0.5 0.8 0.3 0.8 1.0 1.5 1.2 1.1 0.9 1.7 0.6 0.1 0.2 0.1 0.3 0 0 0.7 0.4 0.4 0.1 0.1 0.5 0.5 0.5 0.1 0.2 0.3 1.0 0.4 0.1 0 - 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.9 0.6 0.4 0.3 0 0.2 0.2 0 0.1 0
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[1] 4fti.a 0.7 0.5 0.4 0.5 0.7 1.0 0.9 0.7 0.6 1.2 0.4 0.3 0.5 0.1 0.2 0 0 0.4 1.0 0.3 0 0 0.5 0.3 0.5 0.1 0.2 0.3 0.9 0.2 0.1 0.1 - 0.2 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0 0.1 0.8 0.8 0.5 0.3 0.2 0.2 0.1 0.1 0.1 0 0.1
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[1] 5opv.a 0.1 0 0.3 0.5 0.5 0.9 0.6 0.5 0.5 1.0 0.3 0 0.4 0.2 0.4 0 0 0.5 4.0 0.2 0 0.1 0.2 0.2 0.8 0 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0 - 0 0.2 0.2 0 0 0 0 0.3 0.1 0.2 0.3 0.4 0.3 0.9 0.9 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.4 0.2 0.1 1.1 0 0.3 1.0 0.2 0.1 0 0.4 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0 0
0
0.1
[2] 5opb.a 1.3 0.4 0.3 3.8 2.9 3.0 4.0 3.0 3.0 3.7 0.6 0.5 0.3 0.5 2.3 0.4 0.7 1.7 4.1 1.2 0.9 1.0 1.2 1.4 1.7 0.4 1.0 1.2 3.1 1.6 0.5 0.9 - 1.2 1.9 1.7 1.2 1.2 1.2 0.1 0.5 0.4 0.2 0.6 0.5 0.6 1.4 2.1 1.5 1.8 0.5 0.5 0.4 0.2 0.2 0.3 0.5 0.4 0.2 0.3 2.0 0.3 0.6 2.3 0.6 0.5 1.2 0.3 0.2 0.2 0.3 0.4 1.4 0.6 0.6 0.3 0.6
0
[Pocket-ligand steric clashes matrix]

Pocket clash dissimilarity (2 clusters)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by ligand clash profile difference

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥1.
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
.0
1nvs.a
1zys.a
2ayp.a
2br1.a
2brb.a
2brg.a
2brh.a
2brm.a
2brn.a
2bro.a
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2e9v.a
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4ftr.a
4ftt.a
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5opv.a
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[1] 1nvs.a
0
.07 .13 .16 .13 .12 .19 .15 .20 .19 .11 .13 .09 .08 .17 .11 .09 .25 .11 .12 .15 .17 .14 .11 .13 .10 .18 .27 .15 .12 .13 .14 .10 .24 .19 .17 .25 .24 .31 .14 .06 .17 .13 .18 .10 .15 .17 .18 .11 .12 .15 .11 .15 .18 .12 .12 .08 .14 .13 .13 .10 .11 .07 .11 .11 .14 .27 .14 .26 .21 .10 .08 .20 .22 .21 .26 .27 .34
[1] 1zys.a .07
0
.14 .18 .16 .16 .23 .18 .23 .21 .12 .15 .13 .06 .17 .12 .10 .27 .13 .13 .14 .20 .15 .13 .15 .13 .18 .28 .19 .15 .16 .17 .14 .27 .23 .21 .26 .25 .32 .16 .09 .14 .13 .17 .14 .17 .19 .18 .15 .14 .17 .13 .15 .17 .13 .13 .12 .15 .16 .15 .13 .15 .10 .13 .08 .12 .29 .16 .24 .20 .11 .09 .23 .23 .23 .26 .29 .33
[1] 2ayp.a .13 .14
0
.14 .15 .11 .19 .21 .16 .15 .11 .10 .16 .13 .25 .16 .15 .21 .09 .06 .09 .14 .11 .07 .11 .06 .26 .21 .12 .08 .09 .11 .07 .20 .14 .14 .19 .18 .26 .13 .15 .23 .07 .09 .07 .08 .12 .10 .07 .18 .08 .07 .10 .11 .07 .07 .07 .09 .08 .10 .13 .09 .13 .15 .19 .20 .21 .09 .19 .17 .17 .17 .16 .15 .15 .23 .22 .30
[1] 2br1.a .16 .18 .14
0
.05 .06 .08 .10 .08 .06 .11 .09 .11 .17 .21 .18 .17 .24 .17 .10 .08 .10 .10 .12 .14 .12 .22 .20 .09 .10 .15 .10 .10 .20 .13 .15 .18 .18 .26 .13 .17 .21 .16 .17 .15 .13 .17 .16 .14 .13 .17 .13 .13 .14 .15 .14 .14 .18 .16 .13 .15 .12 .14 .19 .22 .18 .17 .11 .24 .21 .15 .15 .11 .19 .17 .24 .22 .37
[1] 2brb.a .13 .16 .15 .05
0
.06 .11 .12 .14 .11 .11 .10 .11 .16 .20 .19 .14 .29 .15 .11 .10 .13 .11 .10 .12 .11 .18 .22 .13 .09 .14 .12 .09 .22 .18 .18 .23 .21 .27 .16 .15 .20 .15 .18 .14 .17 .17 .17 .12 .10 .17 .11 .10 .15 .14 .13 .12 .17 .14 .15 .13 .11 .13 .17 .19 .17 .22 .15 .25 .24 .17 .15 .15 .23 .22 .23 .27 .39
[1] 2brg.a .12 .16 .11 .06 .06
0
.09 .14 .11 .11 .11 .08 .11 .15 .19 .17 .14 .25 .11 .07 .08 .11 .08 .08 .10 .08 .19 .20 .08 .06 .10 .10 .06 .20 .13 .13 .19 .17 .25 .13 .14 .21 .12 .16 .11 .13 .14 .15 .09 .10 .13 .09 .09 .14 .12 .11 .10 .15 .11 .12 .13 .08 .11 .17 .20 .17 .18 .13 .24 .21 .17 .16 .11 .19 .18 .20 .23 .35
[1] 2brh.a .19 .23 .19 .08 .11 .09
0
.07 .06 .08 .15 .11 .15 .22 .20 .19 .18 .23 .18 .14 .11 .07 .11 .13 .15 .14 .25 .21 .12 .12 .15 .11 .11 .21 .13 .17 .16 .19 .24 .12 .21 .21 .18 .19 .17 .16 .21 .18 .13 .16 .19 .14 .15 .16 .17 .16 .16 .19 .17 .15 .18 .14 .18 .23 .25 .22 .15 .15 .25 .23 .19 .20 .11 .16 .15 .19 .20 .34
[1] 2brm.a .15 .18 .21 .10 .12 .14 .07
0
.11 .08 .14 .14 .11 .18 .17 .16 .13 .24 .21 .17 .15 .09 .14 .16 .18 .17 .23 .23 .16 .17 .19 .14 .15 .23 .15 .21 .19 .22 .27 .17 .18 .18 .21 .22 .20 .19 .24 .21 .17 .15 .23 .17 .18 .17 .21 .19 .19 .22 .20 .19 .17 .18 .14 .21 .20 .17 .17 .19 .27 .25 .14 .15 .17 .18 .17 .23 .22 .37
[1] 2brn.a .20 .23 .16 .08 .14 .11 .06 .11
0
.07 .17 .12 .17 .23 .22 .19 .21 .20 .19 .13 .11 .07 .11 .15 .15 .14 .25 .17 .10 .13 .13 .13 .13 .19 .09 .15 .12 .15 .22 .13 .24 .22 .18 .18 .17 .14 .19 .17 .14 .17 .19 .15 .16 .15 .18 .17 .16 .19 .17 .16 .18 .15 .18 .23 .27 .23 .13 .16 .24 .21 .19 .22 .09 .17 .16 .23 .21 .36
[1] 2bro.a .19 .21 .15 .06 .11 .11 .08 .08 .07
0
.15 .13 .16 .22 .23 .19 .21 .19 .19 .14 .12 .08 .11 .16 .16 .16 .26 .19 .11 .13 .18 .13 .14 .20 .10 .17 .16 .17 .24 .16 .23 .22 .19 .18 .17 .15 .20 .17 .17 .17 .20 .17 .17 .14 .18 .18 .17 .20 .20 .17 .17 .17 .17 .22 .25 .21 .14 .14 .24 .21 .17 .20 .13 .16 .15 .24 .19 .35
[1] 2c3k.a .11 .12 .11 .11 .11 .11 .15 .14 .17 .15
0
.08 .09 .12 .21 .14 .13 .23 .12 .11 .11 .15 .12 .11 .13 .09 .23 .22 .12 .11 .13 .11 .12 .22 .18 .17 .22 .21 .29 .13 .11 .18 .09 .11 .10 .11 .18 .13 .13 .15 .15 .10 .11 .14 .10 .11 .10 .11 .12 .13 .11 .13 .11 .14 .14 .15 .23 .13 .21 .18 .13 .10 .17 .17 .16 .22 .22 .32
[1] 2cgu.a .13 .15 .10 .09 .10 .08 .11 .14 .12 .13 .08
0
.10 .15 .22 .16 .14 .25 .10 .06 .04 .09 .07 .05 .09 .05 .23 .15 .08 .07 .07 .10 .06 .17 .13 .13 .15 .14 .22 .09 .15 .21 .08 .09 .07 .07 .13 .11 .07 .16 .11 .05 .06 .09 .08 .07 .06 .09 .09 .08 .12 .08 .12 .16 .19 .19 .17 .07 .18 .14 .14 .11 .11 .14 .13 .19 .20 .30
[1] 2e9n.a .09 .13 .16 .11 .11 .11 .15 .11 .17 .16 .09 .10
0
.11 .18 .13 .12 .28 .16 .12 .12 .15 .13 .13 .15 .11 .19 .22 .13 .11 .14 .12 .12 .22 .19 .19 .24 .23 .31 .13 .10 .18 .15 .17 .12 .17 .18 .15 .14 .11 .18 .13 .15 .18 .15 .13 .15 .16 .17 .15 .10 .11 .06 .14 .15 .14 .24 .15 .25 .21 .13 .11 .16 .21 .19 .25 .26 .38
[1] 2e9o.a .08 .06 .13 .17 .16 .15 .22 .18 .23 .22 .12 .15 .11
0
.17 .13 .10 .29 .16 .12 .15 .19 .17 .12 .18 .11 .18 .28 .20 .16 .14 .13 .13 .27 .23 .21 .26 .25 .32 .17 .07 .15 .14 .17 .15 .17 .18 .19 .12 .11 .14 .11 .13 .17 .15 .13 .13 .16 .14 .14 .14 .14 .11 .13 .11 .13 .29 .15 .25 .23 .11 .09 .21 .23 .23 .29 .30 .36
[1] 2e9p.a .17 .17 .25 .21 .20 .19 .20 .17 .22 .23 .21 .22 .18 .17
0
.17 .15 .35 .26 .22 .23 .22 .22 .21 .22 .23 .12 .27 .24 .22 .19 .19 .21 .33 .25 .26 .26 .27 .33 .24 .17 .17 .25 .27 .25 .25 .27 .27 .21 .13 .26 .21 .23 .28 .25 .23 .24 .27 .22 .27 .21 .23 .19 .21 .17 .14 .25 .28 .36 .35 .23 .21 .23 .28 .27 .27 .29 .43
[1] 2e9u.a .11 .12 .16 .18 .19 .17 .19 .16 .19 .19 .14 .16 .13 .13 .17
0
.11 .26 .20 .17 .15 .19 .16 .15 .20 .15 .21 .22 .17 .20 .18 .16 .16 .24 .19 .17 .20 .20 .25 .18 .14 .19 .19 .18 .18 .13 .21 .18 .15 .13 .17 .16 .17 .16 .16 .17 .16 .21 .19 .16 .17 .19 .14 .19 .17 .18 .23 .16 .25 .21 .13 .13 .17 .19 .18 .26 .26 .32
[1] 2e9v.a .09 .10 .15 .17 .14 .14 .18 .13 .21 .21 .13 .14 .12 .10 .15 .11
0
.28 .16 .13 .14 .19 .16 .11 .17 .13 .18 .26 .19 .16 .16 .13 .13 .26 .22 .19 .24 .23 .27 .18 .09 .17 .16 .19 .16 .15 .19 .22 .11 .12 .18 .13 .13 .18 .16 .15 .14 .17 .13 .17 .15 .16 .13 .16 .15 .17 .23 .18 .25 .24 .12 .11 .21 .21 .20 .24 .28 .35
[1] 2gdo.a .25 .27 .21 .24 .29 .25 .23 .24 .20 .19 .23 .25 .28 .29 .35 .26 .28
0
.24 .24 .25 .21 .24 .26 .27 .23 .39 .22 .22 .25 .25 .24 .25 .20 .17 .17 .19 .20 .24 .23 .28 .31 .23 .22 .25 .21 .25 .25 .24 .32 .22 .26 .27 .22 .25 .25 .24 .25 .24 .20 .27 .26 .26 .30 .31 .33 .19 .20 .21 .21 .24 .27 .23 .19 .22 .32 .18 .33
[1] 2ghg.a .11 .13 .09 .17 .15 .11 .18 .21 .19 .19 .12 .10 .16 .16 .26 .20 .16 .24
0
.08 .11 .14 .11 .07 .07 .08 .27 .24 .13 .08 .09 .14 .07 .21 .16 .13 .23 .22 .28 .11 .13 .24 .07 .13 .06 .11 .14 .14 .10 .20 .12 .08 .10 .14 .09 .09 .06 .09 .08 .10 .13 .08 .13 .15 .17 .21 .25 .13 .21 .17 .19 .15 .18 .18 .17 .21 .24 .28
[1] 2hog.a .12 .13 .06 .10 .11 .07 .14 .17 .13 .14 .11 .06 .12 .12 .22 .17 .13 .24 .08
0
.05 .10 .07 .04 .07 .04 .22 .18 .10 .05 .08 .10 .03 .17 .13 .13 .16 .15 .23 .11 .13 .22 .06 .11 .07 .09 .11 .12 .06 .16 .09 .05 .05 .09 .07 .05 .06 .09 .08 .07 .12 .06 .12 .15 .17 .19 .19 .08 .19 .15 .15 .14 .13 .15 .15 .20 .21 .30
[1] 2hxl.a .15 .14 .09 .08 .10 .08 .11 .15 .11 .12 .11 .04 .12 .15 .23 .15 .14 .25 .11 .05
0
.08 .05 .05 .07 .06 .22 .16 .08 .08 .11 .10 .06 .17 .12 .11 .13 .12 .20 .11 .16 .20 .09 .11 .09 .07 .13 .11 .07 .16 .10 .06 .05 .07 .09 .08 .08 .11 .09 .07 .14 .09 .14 .18 .19 .18 .16 .08 .17 .15 .13 .12 .09 .15 .14 .21 .21 .31
[1] 2hxq.a .17 .20 .14 .10 .13 .11 .07 .09 .07 .08 .15 .09 .15 .19 .22 .19 .19 .21 .14 .10 .08
0
.07 .09 .11 .11 .26 .19 .11 .10 .13 .10 .09 .17 .09 .14 .13 .15 .22 .10 .19 .19 .14 .16 .13 .13 .16 .16 .10 .17 .15 .11 .11 .10 .14 .12 .12 .16 .13 .13 .18 .11 .18 .20 .21 .19 .14 .11 .19 .18 .16 .18 .11 .15 .14 .21 .19 .32
[1] 2hy0.a .14 .15 .11 .10 .11 .08 .11 .14 .11 .11 .12 .07 .13 .17 .22 .16 .16 .24 .11 .07 .05 .07
0
.07 .07 .07 .23 .20 .08 .06 .11 .11 .06 .19 .11 .11 .17 .15 .22 .10 .17 .19 .09 .11 .10 .09 .15 .13 .07 .14 .11 .07 .07 .10 .10 .10 .09 .12 .11 .09 .15 .09 .14 .19 .19 .16 .17 .11 .21 .18 .17 .17 .10 .15 .13 .20 .18 .29
[1] 2qhn.a .11 .13 .07 .12 .10 .08 .13 .16 .15 .16 .11 .05 .13 .12 .21 .15 .11 .26 .07 .04 .05 .09 .07
0
.07 .03 .21 .18 .11 .07 .07 .09 .03 .18 .14 .12 .16 .15 .23 .09 .12 .20 .06 .11 .06 .09 .12 .11 .03 .16 .07 .02 .04 .08 .06 .04 .05 .07 .06 .08 .11 .05 .12 .15 .16 .18 .19 .09 .19 .16 .15 .13 .12 .16 .14 .19 .22 .30
[1] 2r0u.a .13 .15 .11 .14 .12 .10 .15 .18 .15 .16 .13 .09 .15 .18 .22 .20 .17 .27 .07 .07 .07 .11 .07 .07
0
.08 .20 .20 .11 .06 .10 .13 .07 .23 .15 .14 .19 .17 .25 .13 .16 .21 .08 .14 .07 .12 .16 .12 .09 .17 .13 .08 .08 .14 .09 .09 .07 .09 .09 .13 .12 .10 .15 .15 .19 .17 .22 .14 .22 .19 .20 .17 .14 .19 .17 .22 .23 .33
[1] 2ydi.a .10 .13 .06 .12 .11 .08 .14 .17 .14 .16 .09 .05 .11 .11 .23 .15 .13 .23 .08 .04 .06 .11 .07 .03 .08
0
.23 .19 .11 .05 .09 .09 .03 .18 .13 .11 .17 .16 .23 .09 .13 .21 .06 .10 .06 .09 .13 .11 .04 .17 .08 .04 .05 .10 .05 .04 .04 .07 .09 .08 .12 .06 .11 .15 .17 .18 .20 .07 .20 .15 .15 .14 .13 .15 .13 .18 .21 .28
[1] 2ydj.a .18 .18 .26 .22 .18 .19 .25 .23 .25 .26 .23 .23 .19 .18 .12 .21 .18 .39 .27 .22 .22 .26 .23 .21 .20 .23
0
.24 .24 .21 .21 .23 .21 .33 .27 .26 .26 .24 .30 .27 .18 .19 .26 .29 .26 .26 .26 .28 .22 .15 .27 .22 .21 .26 .25 .24 .24 .27 .23 .27 .22 .23 .20 .23 .17 .14 .27 .29 .35 .35 .23 .21 .24 .35 .33 .36 .38 .49
[1] 2ydk.a .27 .28 .21 .20 .22 .20 .21 .23 .17 .19 .22 .15 .22 .28 .27 .22 .26 .22 .24 .18 .16 .19 .20 .18 .20 .19 .24
0
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