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CARM1_HUMAN_130_485

Histone-arginine methyltransferase CARM1 [Class I-like SAM-binding methyltransferase superfamily. Protein arginine N- methyltransferase family]

Composition of the binding site

Protein chains monomer [domain annotation]
A1 (CARM1_HUMAN):D: SAM-dependent MTase PRMT-type (148:153, 155, 157:159, 161, 162, 164:166, 168, 191:198, 213:216, 218, 240:243, 257:261, 265, 266, 268, 271, 309, 334, 337, 340, 412:416, 445:447)
137, 145, 470:477
137, 145, 148:153, 155, 157:159, 161, 162, 164:166, 168, 191:198, 213:216, 218, 240:243, 257:261, 265, 266, 268, 271, 309, 334, 337, 340, 412:416, 445:447, 470:477

Full PDB list

2v74, 2v7e, 2y1w, 2y1x, 3b3f, 3b3g, 3b3j, 4ikp, 5dwq, 5dx0, 5dx1, 5dx8, 5dxa, 5dxj, 5ih3, 5is6, 5is7, 5is8, 5is9, 5isa, 5isb, 5isc, 5isd, 5ise, 5isf, 5isg, 5ish, 5isi, 5k8v, 5k8w, 5k8x, 5lgp, 5lgq, 5lgr, 5lgs, 5lkj, 5lv2, 5lv3, 5tbh, 5tbi, 5tbj, 5u4x (redundant Pocketome entry)

Pocket contact map

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PDB.ch
   
ligand
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[1]2y1w.a 849,sfg55 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2y1x.a 845,sah62 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ikp.c 4ik28 - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5dwq.a aceGKAPnmmKQLA,sfg98 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5dwq.c aceGKAPnmmKQL,sfg93 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5dx0.d aceGKAPRKQL,aceGKAPRKQLA,sfg162 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5dx1.a GAIRPAAPnmm,GAIRPAAPnmmP,sfg162 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5dx1.b GAIRPAAPnmmP,sfg98 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5dx1.c GAIRPAAP,GAIRPAAPnmmPP,sfg157 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5dx1.d GAIRPAAPnmmPP,sfg105 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5dx8.a GAInmmPAAPnmm,sfg92 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5dx8.b AInmmPAAPnmmP,sfg95 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5dx8.c InmmPAAP,sfg71 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5dx8.d InmmPAAPnmmP,sfg90 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5dxa.b APnmmPPF,sfg76 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5dxa.d APnmmPPFS,sfg82 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5dxj.a sfg27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5ih3.a sah26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5ih3.b dxe,sah32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5is6.a dxe,pg4,sfg46 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5is6.b dxe,sfg33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5is6.c pg4,sfg40 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5is7.b dsh23 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5is8.c 6d129 - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5is9.b 6d340 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5isa.b 6d532 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5isa.c 6d5,dxe38 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5isb.c 6cx32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5isc.b 6d031 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5isd.b 6cz34 - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5ise.a 6d2,pge43 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5ise.b 6d2,dxe39 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5ise.d 6d233 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -
[1]5isf.a 6d4,pg444 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5isf.b 6d4,dxe,pg450 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5isf.d 6d431 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5isg.b 6d6,dxe36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5isg.c 6d630 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5ish.b 76528 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5ish.d 765,dxe34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -
[1]5isi.c 5n5,dxe25 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5isi.d 5n519 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5k8v.a 6re,dxe29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5k8v.c 6re23 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5k8w.b gjv24 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5k8w.c dxe,gjv30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5k8x.a 6zh,pg437 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5k8x.b 6zh,dxe30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5k8x.c 6zh,dxe,m2m39 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5k8x.d 6zh,dxe,dxe36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -
[1]5lgp.a aceFQNMPGAIRPAA,lpd,QNMPGAIRPAA,qvr196 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5lgq.d PAAPRPPFS,qvr86 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5lgr.a FQNMPGAIRPAA,lpd,QNMPGAIRPAA,qvr193 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5lgr.c FQNMPGAIRPAA,lpd,PGAIRPAA,qvr168 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5lgr.d FQNMPGAIRPAA,lpd,qvr116 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5lgs.a AAPRPPFS,PAAPRPPFS,qvr145 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5lgs.c AAPRPPFS,qvr79 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5lkj.a 6yb,dxe,dxe,dxe50 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5lkj.b 6yb,dxe,dxe44 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5lkj.d 6yb32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5lv2.a sao26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5lv2.b lhb31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5lv2.c dxe,m2m,sao41 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5lv3.b lhf39 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5tbh.a m2m,sao35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5tbh.b 78k38 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5tbi.b 78v32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5tbj.c lhd32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5u4x.a 7vm,sah60 - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]2v7e.b none - - - - - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Site contact map

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[1]2y1w.a . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2y1x.a . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . .
[1]4ikp.c - . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . -
[1]5dwq.a . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . -
[1]5dwq.c . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . .
[1]5dx0.d . . . . . . . * . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5dx1.a . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . .
[1]5dx1.b . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . .
[1]5dx1.c . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . .
[1]5dx1.d . . * . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . .
[1]5dx8.a . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . .
[1]5dx8.b . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . .
[1]5dx8.c . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . -
[1]5dx8.d . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . -
[1]5dxa.b . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . .
[1]5dxa.d . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . .
[1]5dxj.a . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . .
[1]5ih3.a . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . .
[1]5ih3.b . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . -
[1]5is6.a . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . .
[1]5is6.b . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . .
[1]5is6.c . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -
[1]5is7.b . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . -
[1]5is8.c - . * . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . * . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . .
[1]5is9.b . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . .
[1]5isa.b . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . .
[1]5isa.c . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5isb.c . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5isc.b . . . . . . . . . . * . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . -
[1]5isd.b - . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . .
[1]5ise.a . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . .
[1]5ise.b . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . .
[1]5ise.d . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . - -
[1]5isf.a . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . .
[1]5isf.b . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . .
[1]5isf.d . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . .
[1]5isg.b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . -
[1]5isg.c . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . .
[1]5ish.b . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . .
[1]5ish.d . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . - -
[1]5isi.c . . . . . . . . . . * . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . .
[1]5isi.d . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . .
[1]5k8v.a . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . .
[1]5k8v.c . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5k8w.b . . . . . . . . . . * . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . .
[1]5k8w.c . . . . . . . . . . * . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5k8x.a . . . . . . . . . . * . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . .
[1]5k8x.b . . * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . -
[1]5k8x.c . . . . . . . . . . * . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . -
[1]5k8x.d . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . - -
[1]5lgp.a . . . . . . . . . . * . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . .
[1]5lgq.d . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . -
[1]5lgr.a . . . . . . . . . . * . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . .
[1]5lgr.c . . . . . . . . . . * . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . .
[1]5lgr.d . . . . . . . . . . * . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . -
[1]5lgs.a . . . . . . . . . . * . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . .
[1]5lgs.c . . . . . . . . . . * . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . .
[1]5lkj.a . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . .
[1]5lkj.b . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . .
[1]5lkj.d . . * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . .
[1]5lv2.a . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . .
[1]5lv2.b . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . -
[1]5lv2.c . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . .
[1]5lv3.b . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . * . . . . . * . . . * . . -
[1]5tbh.a . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . .
[1]5tbh.b . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . -
[1]5tbi.b . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . -
[1]5tbj.c . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . * . . . . . * . . . * . . .
[1]5u4x.a - . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . -
[2]2v7e.b - - - - - - - - . . . . . * . . . * . . * * * * . . . . . . . . . . . * . . . * . . * . . . . . . . * . . . . . . . . . * . - -

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Pocket-ligand steric compatibility

Ligands (x) vs pockets (y) colored by number of steric clashes

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketligand
≥10
9
8
7
6
5
4
3
2
1
0
2y1w.a:849,sfg
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[1] 2y1x.a 1.0
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[1] 4ikp.c 0.7 0.5
0
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[1] 5dwq.a 1.1 1.0 0.2
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0
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[1] 5dx0.d 0.2 1.3 0.2 0 0.2
0
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[1] 5dx1.a 0.9 1.2 0.2 0 0.1 3.5
0
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[1] 5isg.b 1.1 1.0 0 0 0 4.2 1.3 1.3 1.3 1.3 1.5 1.4 1.5 1.5 1.6 1.2 0 0 0 0 0 0.1 0.1 0.3 0.2 0 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0 0.2
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[1] 5isg.c 0.5 0.6 0 0 0 4.2 1.3 1.3 1.3 1.3 1.2 1.5 1.3 1.2 1.7 1.2 0 0 0 0 0 0.1 0.1 0.3 0.3 0 0.2 0.3 0.1 0.3 0.1 0.1 0.1 0 0 0.1 0.1
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[1] 5ish.b 0.9 1.1 0.1 0 0 4.2 1.6 1.4 1.3 1.5 1.4 1.7 1.4 1.3 1.7 1.2 0 0 0 0 0 0.1 0.2 0.4 0.3 0 0.3 0.4 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0 0 0.3 0.1 0.1
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[1] 5ish.d 0.5 1.0 0.2 0 0 3.3 1.3 1.2 1.2 1.2 1.1 1.2 1.1 1.1 1.6 0.9 0 0 0 0 0 0.1 0.1 0.3 0.4 0 0.3 0.3 0.1 0.2 0.1 0 0.2 0 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1
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[1] 5isi.c 1.3 1.2 0.3 0.4 0.3 3.8 1.7 1.5 1.6 1.6 1.7 2.1 1.5 1.7 1.8 1.7 0.3 0.3 0.3 0.4 0.3 0.5 0.1 1.5 0.3 0.3 0.4 1.1 0.2 0.6 0.7 0.3 0.4 0.4 0.3 0.7 0.3 0.4 0.3 0.3
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[1] 5isi.d 1.4 1.2 0.4 0.2 0.1 4.4 1.8 1.8 1.8 1.8 1.8 1.6 1.6 1.6 1.9 1.5 0.1 0.1 0.3 0.2 0.2 0.5 0.4 0.9 0.5 0.4 0.6 0.6 0.5 0.6 0.5 0.2 0.4 0.4 0.2 0.5 0.4 0.6 0.3 0.3 0
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[1] 5k8v.a 0.7 1.3 0.1 0.2 0.3 2.4 1.9 1.8 1.7 1.6 1.6 1.9 1.7 1.8 1.9 1.5 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.3 0.2 1.0 0.2 0.3 0.5 0.2 0.1 0.3 0.2 0.2 0.1 0.3 0.2 0.5 0.4 0.5 0.3 0.3 0.2 0.1
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[1] 5k8v.c 0.9 1.7 0.3 0.1 0.3 2.0 2.0 1.9 1.6 1.6 1.5 1.7 1.4 1.8 1.8 1.6 0.2 0.3 0.4 0.2 0.2 0.2 0.2 1.1 0.1 0.3 0.4 0.3 0.1 0.2 0.5 0.2 0 0.5 0.3 0.5 0.3 0.4 0.2 0.3 0.1 0.1 0.2
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[1] 5k8w.c 0.8 1.5 0.6 0.5 0.5 2.5 1.8 2.0 1.8 1.9 1.9 1.8 1.7 2.0 1.7 1.6 0.5 0.6 0.6 0.4 0.5 0.5 0.2 1.3 0.2 0.5 0.9 0.7 0.2 0.7 0.5 0.2 0.2 0.7 0.4 1.1 0.6 0.8 0.9 0.9 0.1 0 0.1 0.2 0.1
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[1] 5k8x.a 0.8 1.2 0.3 0.2 0.2 2.5 1.8 1.8 1.6 1.7 2.0 1.9 1.6 1.6 1.8 1.6 0.2 0.4 0.5 0.1 0.1 0.4 0.2 1.0 0.2 0.4 0.5 0.4 0.1 0.3 0.3 0.3 0.2 0.4 0.1 0.7 0.6 0.5 0.4 0.4 0.2 0.1 0.2 0.2 0.4 0.3
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[1] 5k8x.b 1.4 1.1 0.1 1.0 1.1 2.5 1.9 2.0 1.7 1.9 1.9 2.2 2.0 1.7 2.1 1.5 0.2 0.2 0.3 0.1 0.2 0.3 0.2 0.5 0.1 0.2 0.4 0.6 0.1 0.2 0.4 0.2 0 0.6 0.3 0.6 0.3 0.2 0.2 0.3 0.2 0.1 0.2 0.2 0 0.3 0
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[1] 5k8x.d 1.0 0.9 0.1 0.2 0.1 3.5 1.8 1.9 1.9 1.7 1.8 2.2 1.7 2.0 2.1 1.7 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.6 0 0.4 0.4 0.3 0.1 0.2 0.4 0.3 0.1 0.3 0.2 0.5 0.5 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1
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[1] 5lgp.a 1.6 1.3 0.3 0.4 0.2 1.5 0.6 0.5 0.3 0.8 0.5 0.7 0.4 0.3 0.5 0.7 0.5 0.4 0.6 0.2 0.3 0.7 0.3 1.4 0.2 0.4 0.7 1.3 0.5 0.8 0.3 0.6 0.3 0.4 0.3 0.7 0.6 0.4 0.3 0.3 0.4 0.1 0.4 0.8 0.4 0.7 0.6 0.4 2.2 0.2
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[1] 5lgq.d 0.8 0.8 0.2 0.5 0.2 3.7 0.4 0.4 0.3 0.3 0.3 0.5 0.3 0.3 0.4 0.4 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.3 0.3 1.0 0.3 0.4 0.4 0.6 0.2 0.4 0.3 0.3 0.2 0.3 0.1 0.4 0.5 0.3 0.3 0.3 0.3 0.1 0.4 0.6 0.2 0.7 0.2 0.1 2.2 0.2 3.5
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[1] 5lgr.c 1.2 1.1 0.5 0.2 0.2 3.7 1.0 0.6 0.4 0.6 0.6 0.7 0.7 0.5 0.3 0.9 0.5 0.5 0.5 0.2 0.3 0.6 0.2 1.3 0.2 0.4 0.3 0.9 0.3 0.6 0.3 0.3 0.4 0.5 0.2 0.7 0.5 0.6 0.3 0.3 0.1 0.1 0.4 0.5 0.4 0.6 0.3 0.3 1.9 0.3 4.7 0.2 3.9
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[1] 5lgr.d 1.3 0.8 0.2 0.4 0.2 4.0 0.9 0.3 0.4 0.7 0.3 0.5 0.4 0.3 0.3 0.6 0.4 0.4 0.5 0.2 0.4 0.7 0.3 1.0 0.2 0.4 0.4 0.9 0.3 0.7 0.3 0.4 0.3 0.3 0.1 0.7 0.6 0.3 0.3 0.3 0.2 0.1 0.4 0.8 0.3 0.7 0.3 0.3 2.2 0.2 3.8 0.1 3.6 0.1
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[1] 5lv2.b 2.0 0.9 0.1 0.4 0.1 5.4 2.1 2.0 2.0 2.2 1.7 1.8 1.8 2.1 1.9 2.1 0.2 0.1 0.2 0.3 0 0.4 0.2 0.3 0.3 0.1 0.2 0.4 0.3 0.3 0.6 0.1 0.2 0.4 0.4 0.4 0.1 0.4 0.2 0.4 0.2 0.1 0.2 0.3 0.2 0.2 0 0.2 0.2 0.1 6.1 1.8 5.1 1.9 2.2 1.6 1.6 0.3 0.3 0.4 0.1
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[1] 5lv2.c 0.6 0.4 0.2 0 0 2.1 1.5 1.3 1.3 1.4 1.3 1.6 1.4 1.6 1.6 1.2 0 0 0 0 0 0.1 0.1 0.4 0.1 0 0.4 0.4 0.1 0.2 0.3 0 0.2 0.1 0.2 0.3 0 0.3 0.2 0.3 0 0.1 0.3 0.3 0.1 0.3 0.5 0.2 1.7 0.4 2.0 1.7 1.8 1.7 1.9 1.7 1.6 0.2 0.1 0.4 0.1 0.4
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[1] 5lv3.b 1.2 1.0 0.2 0.4 0.2 6.4 3.9 3.5 3.7 3.9 3.6 3.9 4.1 4.1 3.6 3.9 0.4 0.4 3.3 2.7 0.3 0.6 0.2 0.7 0.2 0.4 0.2 0.8 0.2 0.3 0.7 0.3 0.2 0.4 2.8 0.6 3.0 0.3 0.2 0.2 0.2 0.1 0.4 0.3 0.2 0.2 0 0.1 0.2 2.8 7.0 3.4 7.1 3.6 3.7 3.5 3.7 2.7 0.4 0.4 0.4 0.3 0.4
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0.1
0.3 0.4 1.3 0.6 -
[1] 5tbh.b 1.4 0.6 0.1 0.1 0.1 4.2 1.5 1.4 1.4 1.5 1.2 1.7 1.6 1.7 1.6 1.3 0.1 0.1 0.1 0.1 0 0.3 0.2 0.6 0.2 0.1 0.3 0.5 0.2 0.2 0.3 0.1 0.1 0.3 0.3 0.3 0.2 0.4 0.1 0.2 0.1 0.1 0.3 0.2 0.4 0.2 0 0.1 0.3 0.1 5.8 1.6 5.2 1.6 1.8 1.2 1.2 0.1 0.2 0.4 0.1 0.2 0.2 0.5 0.3
0.2
0.3 0.5 1.2 -
[1] 5tbi.b 1.0 1.3 0 0 0.1 4.8 1.9 1.9 1.5 1.7 1.7 1.9 1.7 1.6 1.6 1.5 0.2 0.1 0.2 0 0 0.1 0.3 0.4 0.1 0.1 0.4 0.4 0.2 0.3 0.3 0.1 0.1 0.3 0.3 0.4 0.1 0.2 0.2 0.3 0.1 0.1 0.4 0.4 0.2 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 6.1 2.1 5.5 2.3 2.3 1.5 1.5 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.4 1.0 0.4 0.3
0.3
0.9 1.1 -
[1] 5tbj.c 1.1 2.3 0.3 0.2 0.2 5.7 4.3 3.8 4.0 4.0 4.2 4.3 4.0 4.2 3.5 3.1 0.2 0.2 1.9 1.4 0.1 0.2 0.2 0.7 0.2 0.5 0.7 0.6 0.2 0.3 0.5 0.3 0.3 0.2 1.4 0.5 2.0 0.4 0.2 0.2 0.2 0.1 0.4 0.4 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 1.8 8.3 3.2 7.5 3.5 4.6 3.2 3.1 1.8 0.5 0.4 0.4 0.2 0.5 0.7 0.3 0.4 0.6
0
1.0 -
[1] 5u4x.a 0.3 1.2 0.2 0 0.1 3.1 1.5 1.5 1.5 1.5 1.2 1.5 1.3 1.6 1.8 1.2 0 0 0.1 0 0 0 0.4 0.2 0.4 0 0.2 0.2 0.4 0.3 0.3 0.1 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0 0 0.2 0.3 0.4 0.1 0.6 0.3 2.3 0.4 5.4 1.8 4.5 2.2 2.1 1.5 1.5 0.2 0.2 0.5 0 0.6 0.1 1.3 0.2 0.3 0.6 1.4
0.1
-
[2] 2v7e.b 8.0 8.2 6.0 6.7 7.2 12 11 11 11 11 12 12 11 12 11 11 7.0 6.9 8.9 8.7 7.2 7.2 0.3 6.1 5.6 5.7 7.8 7.2 6.2 7.1 7.5 5.9 6.0 7.2 7.8 7.0 7.5 7.2 6.6 6.8 0.2 0.2 0.6 0.8 1.2 0.7 1.1 1.0 1.2 3.6 8.3 4.1 8.0 5.3 6.0 4.4 4.0 8.3 6.8 7.3 6.8 1.2 7.0 2.1 7.0 6.6 0.6 1.3 7.4
-
[Pocket-ligand steric clashes matrix]

Pocket clash dissimilarity (2 clusters)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by ligand clash profile difference

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥1.
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
.0
2y1w.a
2y1x.a
4ikp.c
5dwq.a
5dwq.c
5dx0.d
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5isf.d
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5isi.d
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5k8x.d
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5lkj.d
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2v7e.b
[1] 2y1w.a
0
.10 .10 .09 .10 .05 .11 .10 .11 .12 .10 .11 .10 .11 .10 .12 .08 .04 .10 .03 .09 .03 .13 .08 .08 .11 .04 .05 .11 .12 .05 .12 .11 .03 .12 .13 .12 .10 .11 .10 .09 .12 .07 .07 .13 .05 .07 .08 .07 .12 .08 .11 .07 .13 .13 .07 .08 .05 .09 .11 .04 .13 .04 .15 .03 .13 .12 .17 .07 .28
[1] 2y1x.a .10
0
.07 .05 .06 .12 .08 .09 .09 .09 .08 .08 .08 .08 .07 .07 .06 .10 .07 .12 .07 .11 .08 .14 .12 .08 .09 .11 .08 .07 .10 .08 .07 .10 .08 .08 .08 .06 .07 .06 .05 .09 .12 .12 .09 .12 .12 .13 .11 .09 .14 .10 .14 .09 .09 .13 .13 .11 .06 .08 .11 .08 .10 .10 .11 .08 .07 .13 .06 .25
[1] 4ikp.c .10 .07
0
.05 .05 .12 .08 .08 .06 .09 .08 .08 .06 .08 .08 .09 .06 .10 .07 .10 .05 .11 .07 .14 .11 .07 .09 .10 .08 .07 .10 .08 .06 .09 .07 .08 .07 .04 .07 .06 .06 .08 .12 .13 .08 .13 .13 .13 .13 .08 .13 .08 .13 .09 .07 .13 .13 .09 .05 .06 .11 .08 .11 .11 .10 .09 .07 .13 .04 .24
[1] 5dwq.a .09 .05 .05
0
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[1] 5dwq.c .10 .06 .05 .02
0
.12 .06 .07 .06 .07 .08 .07 .07 .06 .05 .08 .03 .08 .05 .09 .03 .10 .07 .13 .10 .05 .08 .12 .09 .06 .08 .05 .07 .08 .05 .07 .06 .03 .04 .06 .06 .07 .11 .10 .05 .10 .11 .12 .12 .07 .11 .07 .11 .07 .07 .10 .11 .09 .04 .07 .09 .07 .08 .08 .08 .06 .05 .12 .05 .26
[1] 5dx0.d .05 .12 .12 .11 .12
0
.10 .09 .10 .10 .09 .10 .09 .10 .08 .10 .10 .07 .13 .07 .12 .05 .16 .12 .12 .15 .06 .07 .13 .15 .09 .16 .15 .08 .15 .16 .15 .12 .15 .13 .12 .15 .11 .10 .16 .07 .11 .12 .10 .14 .08 .10 .07 .12 .11 .07 .07 .08 .12 .14 .07 .16 .09 .18 .07 .16 .15 .17 .09 .31
[1] 5dx1.a .11 .08 .08 .06 .06 .10
0
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[1] 5dx1.b .10 .09 .08 .07 .07 .09 .03
0
.03 .03 .03 .04 .05 .04 .04 .06 .06 .10 .09 .08 .07 .09 .10 .13 .13 .10 .10 .10 .10 .08 .10 .10 .11 .10 .10 .11 .10 .08 .10 .10 .09 .09 .13 .14 .10 .12 .14 .14 .13 .10 .10 .05 .09 .07 .07 .09 .09 .11 .08 .08 .09 .10 .10 .13 .10 .12 .10 .15 .07 .28
[1] 5dx1.c .11 .09 .06 .05 .06 .10 .02 .03
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0
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0
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[1] 5dx8.d .11 .08 .08 .06 .06 .10 .03 .04 .03 .02 .04 .03 .04
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[1] 5dxa.b .10 .07 .08 .04 .05 .08 .03 .04 .03 .05 .03 .03 .03 .03
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[1] 5dxa.d .12 .07 .09 .06 .08 .10 .04 .06 .05 .03 .05 .04 .05 .03 .04
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0
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[1] 5ih3.a .04 .10 .10 .07 .08 .07 .10 .10 .10 .11 .10 .09 .11 .10 .08 .10 .08
0
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[1] 5is6.c .03 .11 .11 .09 .10 .05 .11 .09 .10 .12 .09 .09 .10 .10 .09 .11 .08 .04 .11 .03 .09
0
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[1] 5is7.b .13 .08 .07 .06 .07 .16 .09 .10 .09 .11 .11 .10 .10 .10 .09 .11 .08 .11 .04 .11 .06 .12
0
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[1] 5is8.c .08 .14 .14 .13 .13 .12 .14 .13 .14 .14 .14 .13 .15 .13 .14 .14 .15 .08 .13 .08 .13 .09 .13
0
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[1] 5is9.b .08 .12 .11 .10 .10 .12 .14 .13 .13 .15 .13 .13 .14 .14 .12 .15 .11 .07 .07 .08 .10 .09 .09 .10
0
.07 .07 .09 .09 .08 .07 .07 .07 .06 .07 .07 .07 .09 .07 .07 .10 .08 .04 .05 .08 .09 .04 .05 .05 .07 .10 .12 .09 .13 .11 .08 .09 .06 .08 .10 .08 .09 .06 .10 .07 .07 .07 .12 .10 .26
[1] 5isa.b .11 .08 .07 .05 .05 .15 .09 .10 .08 .10 .10 .09 .09 .08 .07 .10 .06 .10 .03 .11 .05 .12 .04 .13 .07
0
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[1] 5isa.c .04 .09 .09 .07 .08 .06 .11 .10 .11 .12 .10 .10 .10 .11 .10 .12 .09 .04 .10 .05 .09 .04 .12 .08 .07 .10
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[1] 5lv3.b .15 .10 .11 .09 .08 .18 .12 .13 .11 .13 .13 .12 .12 .13 .10 .13 .09 .14 .07 .15 .09 .16 .08 .18 .10 .07 .15 .17 .10 .08 .14 .06 .08 .14 .07 .07 .07 .09 .07 .08 .10 .09 .12 .13 .07 .17 .12 .13 .12 .09 .17 .12 .16 .11 .11 .15 .16 .14 .08 .12 .15 .08 .14
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[1] 5tbh.a .03 .11 .10 .08 .08 .07 .10 .10 .10 .12 .10 .10 .12 .11 .10 .12 .08 .02 .09 .03 .08 .04 .10 .07 .07 .10 .04 .06 .11 .10 .03 .11 .10 .01 .10 .11 .10 .08 .09 .09 .09 .11 .05 .06 .12 .05 .06 .07 .07 .10 .07 .11 .06 .12 .12 .05 .07 .04 .08 .09 .03 .12 .03 .15
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.11 .10 .17 .08 .29
[1] 5tbh.b .13 .08 .09 .06 .06