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BTK_HUMAN_387_659

Tyrosine-protein kinase BTK [Protein kinase superfamily. Tyr protein kinase family. TEC subfamily]

Composition of the binding site

Protein chains monomer [domain annotation]
A1 (BTK_HUMAN):D: Protein kinase (406:416, 428:432, 437, 442, 444:446, 448:450, 452, 457, 458, 460, 472, 474:481, 483, 484, 488:490, 492, 512, 517, 519, 521, 524:528, 537:555)
R: Inhibitor-binding (474:479)
406:416, 428:432, 437, 442, 444:446, 448:450, 452, 457, 458, 460, 472, 474:481, 483, 484, 488:490, 492, 512, 517, 519, 521, 524:528, 537:555

Full PDB list

1k2p, 3gen, 3k54, 3ocs, 3oct, 3p08, 3pix, 3piy, 3piz, 3pj1, 3pj2, 3pj3, 4nwm, 4ot5, 4ot6, 4otf, 4otq, 4otr, 4rfy, 4rfz, 4rg0, 4rx5, 4xi2, 4y93, 4y95, 4yhf, 4z3v, 4zly, 4zlz, 5bpy, 5bq0, 5fbn, 5fbo, 5j87, 5jrs, 5kup, 5p9f, 5p9g, 5p9h, 5p9i, 5p9j, 5p9k, 5p9l, 5p9m, 5t18, 5u9d, 5vgo (redundant Pocketome entry)

Pocket contact map

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PDB.ch
   
ligand
A1
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Y
5
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1
[1]3gen.a b4328 . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3ocs.a 74643 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3piz.a 03c31 . . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - -
[1]3pj1.a lhl35 . . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - -
[1]3pj2.a 04k35 . . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - - -
[1]3pj3.a 04l36 . . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - - - -
[1]4nwm.a 2p538 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ot5.a 48144 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4ot6.a 2v143 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4otf.a 2vl43 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4otq.a 2v235 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4otr.a 2v346 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4rfy.a 3ou45 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4rfz.a 3ov46 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4rg0.a 3p047 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4rx5.a 3yo38 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4y93.a 746,ca44 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . M T . . .
[1]4y95.a 74643 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . M T . . .
[1]4yhf.a 4c939 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4yhf.b 4c9,na40 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4z3v.a 4l624 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4zly.a 4ru14 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4zlz.a 4rv21 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5bpy.a 4uq43 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5bq0.a 4us62 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5fbn.c 5wf42 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -
[1]5fbo.a 5wh42 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - -
[1]5j87.a n4248 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5jrs.a 6mv38 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5kup.a 6xl39 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5p9f.a 2vl43 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5p9g.a 7g645 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5p9h.a 7g746 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5p9i.a 1e833 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5p9j.a 8e833 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5p9k.a 7g837 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5p9l.a 7g931 . . . . - - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -
[1]5p9m.a 7gb34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5t18.a 73t42 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5u9d.a 83p36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5vgo.a 9b1,pg046 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]3pix.a 02728 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[3]3piy.a 58534 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[4]3p08.b none . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[5]3oct.a 1n133 . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - -

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Site contact map

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A1
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[1]3gen.a . . . . - - - . . . . . . * . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3ocs.a . . . . * * . . . . . . . * . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]3piz.a . . . . . - - - . . . . . * . . - . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . * - - - - - - - - - - - - -
[1]3pj1.a . . . . . - - - . . . . . * . . - . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . * * . * - - - - - - - - - - - - -
[1]3pj2.a . . . . . - - - . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * - - - - - - - - - - - - - - -
[1]3pj3.a . . . . . - - - . . . . . * . . - . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * - - - - - - - - - - - - - - - -
[1]4nwm.a . . . . * * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ocs . * . - . . . . . . . . . . . . . * * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4ot5.a . . . . * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . A . A . . . . . . . . . . . * * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4ot6.a . . . . * * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . A . A . . . . . . . . . . . * * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4otf.a . . . . * * . . . . . . . * . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . ocs . * . . . . . . . . . . . . . . . * * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4otq.a . . . . * * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . A . A . . . . . . . . . . . * * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4otr.a . . . . * * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . A . A . . . . . . . . . . . * * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4rfy.a . . . . * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . A . A . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4rfz.a . . . . * * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . A . A . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4rg0.a . . . . * * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . A . A . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4rx5.a . . . . * * . . . . . . . * . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4y93.a . . * . * * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . M T . . . . . . . . . . . T
[1]4y95.a . . . . * * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * * . M T . F . . . . . . . . . T
[1]4yhf.a . . . . . * * * . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4yhf.b . . . . * * * * * . . . . * . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4z3v.a . . * * * * * * * . . . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4zly.a . . * . * * * * . . . . . * . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4zlz.a . . * * * * * * . . . . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]5bpy.a . . . . * * * . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]5bq0.a . . . . . * * * . . . . . * . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . - - - -
[1]5fbn.c . . . . * * * * * . . . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . - - - - - - -
[1]5fbo.a . . . . * * * . . . . . . * . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . - - - - - - - - - - - -
[1]5j87.a . . . . * * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]5jrs.a . . . . * * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . - - - . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]5kup.a . . . . * * . . . . . . . * . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]5p9f.a . . . . * * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]5p9g.a . . . . * * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]5p9h.a . . * . * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]5p9i.a . . . . * * * . * . . . . * . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5p9j.a . . . . . * * * . . . . . * . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . - - -
[1]5p9k.a . . . . . * * * . . . . . * . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . . . . . . . * * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]5p9l.a . . . . - - - - * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * * . . . . . . . - - - - - - - -
[1]5p9m.a . . . . * * * * * . . . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * .
[1]5t18.a . . . . . * * * . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . - - - . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]5u9d.a . . . . . . . * . . . . . * . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . . . . .
[1]5vgo.a . . . . * * . . . . . . . * . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * * . * . . . . . . . . . . . . .
[2]3pix.a . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * * * * * * * * * * * . . . . . .
[3]3piy.a . . . . . . . . . . . . . * . . - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * . * * * * . * . . . . . . . . .
[4]3p08.b . . . * * * * . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . * . * * . . * . * . . . . - - -
[5]3oct.a . . . - - * * * * . . . . * . . . . . . . . * . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * * . . . . - - - - - - - - - - -

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Pocket-ligand steric compatibility

Ligands (x) vs pockets (y) colored by number of steric clashes

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketligand
≥10
9
8
7
6
5
4
3
2
1
0
3gen.a:b43
3ocs.a:746
3piz.a:03c
3pj1.a:lhl
3pj2.a:04k
3pj3.a:04l
4nwm.a:2p5
4ot5.a:481
4ot6.a:2v1
4otf.a:2vl
4otq.a:2v2
4otr.a:2v3
4rfy.a:3ou
4rfz.a:3ov
4rg0.a:3p0
4rx5.a:3yo
4y93.a:746,ca
4y95.a:746
4yhf.a:4c9
4yhf.b:4c9,na
4z3v.a:4l6
4zly.a:4ru
4zlz.a:4rv
5bpy.a:4uq
5bq0.a:4us
5fbn.c:5wf
5fbo.a:5wh
5j87.a:n42
5jrs.a:6mv
5kup.a:6xl
5p9f.a:2vl
5p9g.a:7g6
5p9h.a:7g7
5p9i.a:1e8
5p9j.a:8e8
5p9k.a:7g8
5p9l.a:7g9
5p9m.a:7gb
5t18.a:73t
5u9d.a:83p
5vgo.a:9b1,pg0
3pix.a:027
3piy.a:585
3p08.b is apo
3oct.a:1n1
[1] 3gen.a
0
2.4 0.5 1.3 0.5 4.9 1.3 1.8 0.5 1.9 1.6 2.7 1.7 2.9 2.1 2.0 1.5 1.3 1.4 1.5 0.5 0.1 0.1 0.3 0.6 1.5 2.4 2.7 1.4 2.6 1.7 1.8 2.6 0.3 0.2 0.4 0.5 0.5 0.5 2.1 2.3 0.3 0.6 - 0.9
[1] 3ocs.a 1.7
0
0.8 2.1 2.2 6.6 0.1 0.1 0 0 0 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.3 0 2.8 3.1 0.2 0 0.1 0.1 0.5 5.0 6.2 0 1.1 0 0 0.1 0 2.2 2.3 0.4 0.4 2.3 0 2.8 0 0.1 1.2 - 2.5
[1] 3piz.a 0.9 2.2
0
0.1 0.5 4.7 1.5 1.4 0.2 2.0 1.8 2.1 1.6 2.4 2.1 1.9 1.2 1.3 2.4 2.5 0.1 0.1 0.1 0.5 0.4 4.0 4.9 2.3 1.3 2.8 1.8 1.9 2.6 0.9 1.2 0.4 0.5 1.3 0.2 2.5 2.0 0.1 0.1 - 0.8
[1] 3pj1.a 0.9 2.4 0.1
0.1
0.2 4.2 2.0 1.8 0.4 2.5 2.0 3.1 1.8 2.4 2.6 2.1 1.8 1.5 2.1 2.5 0 0.1 0.1 0.8 1.1 3.4 5.1 1.8 1.1 2.3 1.8 2.4 2.6 1.1 0.6 0.8 0.8 1.4 1.0 2.4 2.3 0.1 0.1 - 1.1
[1] 3pj2.a 0.2 1.2 0.3 0.1
0
4.2 0.9 0.8 0.4 1.2 0.8 1.2 0.7 1.2 1.5 0.8 0.7 0.5 2.0 1.9 0 0.1 0.1 0.5 1.4 0.9 0.1 0.8 1.3 1.7 0.8 0.6 1.4 0.4 0.3 0.5 0.7 1.1 1.2 2.2 1.3 0.1 0 - 0.6
[1] 3pj3.a 0.6 1.1 0.1 0.1 0.2
0
0.7 0.7 0.2 1.3 0.5 1.1 0.8 1.5 1.8 1.0 0.8 0.5 1.7 1.8 0 0.1 0.1 0.6 1.0 3.0 3.8 0.9 1.1 1.5 1.0 1.3 1.4 0.7 0.7 0.4 0.4 1.1 0.7 2.2 1.3 0.1 0 - 0.4
[1] 4nwm.a 0.8 0.2 0.4 1.4 1.5 5.5
0
0.2 0 0.4 0.1 0.5 0.2 0.3 0.4 0.2 0.2 0.1 2.3 2.3 0.2 0 0 0.3 0.2 2.7 4.5 0.8 1.5 0.5 0.4 0.2 0.5 0.9 1.6 1.3 1.3 1.5 0.3 3.1 0.5 0 1.5 - 1.8
[1] 4ot5.a 1.3 0.1 0.5 1.7 1.7 5.6 0
0
0 0.1 0 0.3 0 0.1 0.2 0.2 0.1 0 1.8 1.9 0.1 0 0 0.2 0.2 3.0 4.4 0.2 1.1 0.3 0.1 0.1 0.2 1.4 1.2 0.6 0.6 1.2 0 2.9 0 0 1.4 - 1.5
[1] 4ot6.a 1.0 0.2 1.5 2.1 1.9 6.2 0.2 0
0
0.3 0 0.2 0.3 0.2 0.5 0.3 0.3 0.3 2.6 2.4 0.2 0 0.1 0.4 0.5 3.3 5.2 0.4 1.0 0.2 0.2 0.3 0.3 1.5 1.7 0.6 0.7 1.8 0.1 2.7 0.3 0.2 1.3 - 2.7
[1] 4otf.a 1.9 0 0.9 2.1 2.0 6.2 0.3 0.2 0
0
0 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.5 0.2 3.4 3.5 0.4 0 0 0.1 0.3 4.8 6.1 0.3 1.5 0.1 0 0.2 0.2 2.3 3.1 1.2 1.2 2.4 0.1 2.8 0.1 0.1 1.4 - 2.3
[1] 4otq.a 1.1 0 0.7 1.3 1.2 5.1 0 0 0 0.1
0
0.1 0 0 0.1 0.2 0.2 0 1.9 2.0 0.2 0 0 0.2 0.3 2.6 4.2 0.1 1.3 0.2 0 0 0.1 1.7 1.3 0.4 0.4 1.4 0 3.4 0 0 1.4 - 1.7
[1] 4otr.a 1.5 0 0.8 2.1 2.2 6.4 0.3 0 0 0 0.2
0
0 0 0 0.3 0.4 0.3 2.4 2.4 0.7 0 0 0.2 0.3 3.9 5.4 0.1 1.1 0 0 0.1 0.2 1.8 1.8 0.6 0.3 1.8 0.2 3.2 0.1 0 1.6 - 2.1
[1] 4rfy.a 0.7 0.1 0.5 1.6 1.5 5.3 0.1 0 0 0.2 0 0.3
0
0 0.1 0.1 0.3 0.1 1.8 1.9 0.4 0 0 0.3 0.3 2.7 3.9 0.2 1.2 0.2 0 0.1 0.3 1.3 1.1 0.4 0.5 1.3 0.1 3.2 0 0 1.6 - 1.6
[1] 4rfz.a 1.1 0.5 0.5 1.7 1.6 5.4 0.9 0.8 0 0 0.8 0.3 0
0
0.5 0 0.7 0.4 2.0 2.3 0.2 0 0 0.2 0.3 2.7 4.4 0.7 1.1 0.7 0 0 0.3 1.1 1.0 0.6 0.6 1.2 0.1 3.1 0.5 0 1.3 - 1.8
[1] 4rg0.a 1.3 0.1 0.9 2.1 2.0 5.7 0 0.1 0 0 0 0.1 0 0
0.1
0.3 0.1 0 2.1 2.7 0.6 0 0 0.2 0.3 3.2 4.7 0.1 1.1 0.1 0 0 0.1 1.4 1.9 0.6 0.6 1.3 0.1 3.2 0 0 1.6 - 2.0
[1] 4rx5.a 1.6 0.1 0.7 1.9 1.6 5.4 0.1 0.2 0 0.1 0 0.1 0.1 0.1 0.1
0
0.4 0 2.8 2.8 0.1 0 0 0.2 0.5 4.4 5.4 0.2 1.4 0.1 0 0.1 0.2 1.8 1.9 0.4 0.4 2.0 0.1 2.8 0.1 0.1 1.1 - 1.9
[1] 4y93.a 0.6 0.3 0.4 0.7 1.3 5.0 0 0.2 0 0.4 0 0.6 0.1 0.3 0.2 0.6
0.1
0 1.9 1.5 0.1 0 0 0.4 0.9 2.4 3.9 0.5 1.2 0.5 0.2 0.1 0.4 1.1 1.0 0.6 0.6 0.9 0.3 4.7 0.4 0 2.4 - 1.3
[1] 4y95.a 1.0 0 0.5 1.5 1.4 5.4 0 0 0 0.3 0 0.4 0 0.2 0.1 0.5 0.1
0
2.0 2.0 0.1 0 0 0.3 0.5 3.4 4.6 0.3 1.2 0.4 0.2 0.1 0.2 1.3 1.0 0.5 0.5 0.7 0.2 3.9 0.2 0 2.0 - 2.1
[1] 4yhf.a 0 3.6 0.3 1.5 0.8 4.6 3.3 3.0 0.1 3.1 3.4 3.6 3.5 2.7 3.5 3.3 3.0 3.1
0.5
0.4 2.2 0 0.6 0.1 0.3 0.8 1.9 3.8 0.1 3.3 3.4 2.5 2.8 0.1 0.6 0.3 0.3 0.7 0.2 5.7 3.2 0 2.6 - 0.8
[1] 4yhf.b 0 5.1 1.0 1.0 0.6 4.9 4.6 4.9 0.5 4.6 4.9 5.1 5.2 4.9 4.7 5.5 4.3 4.6 0.5
0.5
2.8 0 1.4 0.2 0.5 1.3 1.7 5.6 0.4 4.9 4.3 4.4 4.3 0.1 0.6 0.3 0.3 0.7 0.7 7.0 5.1 0 4.5 - 0.6
[1] 4z3v.a 1.3 4.1 3.8 2.5 2.3 6.5 4.2 4.5 1.9 3.5 3.7 2.5 2.3 2.0 2.7 2.8 2.8 3.4 3.3 3.2
0
0.1 0 0.8 2.9 3.8 5.1 3.8 3.1 3.5 2.7 2.1 2.7 2.5 1.8 1.2 1.3 2.4 3.0 5.7 4.3 0.5 4.1 - 3.4
[1] 4zly.a 0.7 2.5 3.1 2.8 2.2 6.3 2.4 2.3 1.3 2.7 2.2 1.9 1.8 1.9 2.0 3.0 1.6 2.3 2.6 2.5 0.1
0
0 0.2 1.6 2.9 4.1 3.1 2.1 2.9 1.9 1.1 1.9 1.3 1.3 0.5 0.6 1.3 1.5 5.0 3.2 0.2 4.0 - 2.1
[1] 4zlz.a 1.2 4.1 4.0 2.6 2.4 6.2 4.2 4.3 2.0 3.2 3.6 2.7 2.5 2.2 2.3 3.1 2.6 2.8 3.1 2.9 0 0.1
0
0.8 2.5 3.5 4.9 3.8 2.8 4.1 2.7 2.3 2.8 2.2 1.5 0.9 1.3 2.0 3.0 5.6 3.9 0.6 4.3 - 3.0
[1] 5bpy.a 2.1 3.3 2.8 3.6 2.4 7.2 3.6 3.1 0.5 3.3 3.0 3.0 3.1 3.1 3.0 4.0 2.7 2.8 2.4 2.2 1.9 0 0.2
0
0.8 3.1 4.7 3.5 0.5 3.1 3.4 3.0 2.5 2.0 1.9 0.6 0.3 2.3 0.9 3.8 3.8 0 3.0 - 2.8
[1] 5bq0.a 1.6 2.4 2.5 3.4 2.5 7.5 1.9 1.8 0.3 1.7 2.3 1.9 1.8 2.2 2.1 2.3 1.4 1.6 3.3 2.7 0.1 0 0 0.4
0
3.4 4.0 2.9 1.3 2.7 1.6 1.5 2.1 1.5 1.7 0.6 0.6 1.5 0.2 2.8 2.7 0.1 2.1 - 2.5
[1] 5fbn.c 0.1 6.3 1.7 1.5 1.1 5.3 7.8 7.1 0.7 6.8 6.7 8.5 7.1 7.1 7.0 8.0 6.4 6.4 0.9 0.9 2.7 0.1 0.8 0.3 0.5
0
1.5 7.5 0.6 8.0 6.5 6.8 7.0 0.1 0.2 0.4 0.5 0.6 1.0 6.9 6.8 0.3 5.3 - 0.7
[1] 5fbo.a 0.1 5.1 1.2 1.0 0.8 4.8 5.0 4.9 1.0 5.2 5.0 5.5 4.5 5.0 5.6 5.6 4.8 5.1 1.8 1.8 1.7 0.1 0.4 0.3 0.2 1.4
0
5.0 1.3 5.7 5.0 4.4 4.5 0.1 0.3 0.6 0.6 0.5 0.9 6.9 4.6 0.3 4.9 - 0.8
[1] 5j87.a 0.8 0 0.4 0.8 1.4 5.7 0 0.1 0 0 0 0.1 0 0 0.2 0 0.1 0.1 1.2 1.4 0.2 0 0.2 0.2 0.5 3.3 5.2
0.4
0.5 0.2 0 0 0.1 1.2 1.2 0.1 0.1 1.3 0.1 3.1 0.3 0 1.0 - 1.4
[1] 5jrs.a 2.0 0.2 2.1 3.2 2.7 7.0 0.3 0.3 0.1 0.4 0.3 0.7 0.6 0.6 0.6 0.4 0.7 0.4 2.0 2.0 0.1 0 0 0.2 0.5 3.7 5.1 0.5
0
0.7 0.4 0.6 0.6 1.6 2.0 0.6 0.6 2.2 0.2 2.5 0.4 0 1.8 - 3.1
[1] 5kup.a 2.0 0 1.2 1.8 2.0 6.1 0.1 0.1 0 0 0 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0 3.1 3.1 0.5 0 0 0.3 0.5 5.0 5.6 0.1 1.3
0
0 0.1 0 2.3 2.2 0.4 0.4 2.1 0.1 2.6 0 0 1.3 - 2.2
[1] 5p9f.a 0.9 0 0.6 1.3 1.5 5.2 0 0 0 0.1 0 0.4 0 0.1 0 0.3 0.2 0.1 1.9 2.0 0.6 0 0 0.3 0.7 2.9 4.5 0.3 1.2 0.5
0
0.1 0.2 1.5 1.4 0.5 0.5 1.5 0.2 4.5 0.2 0 2.4 - 1.9
[1] 5p9g.a 1.2 0 0.8 1.8 1.9 6.3 0.1 0.2 0 0.1 0 0.1 0 0 0 0.5 0.1 0 2.3 2.5 0.3 0 0 0.2 0.4 3.4 4.4 0.2 1.4 0.1 0
0
0 1.5 1.7 0.4 0.4 1.7 0.2 3.5 0 0 2.2 - 2.1
[1] 5p9h.a 1.1 0 0.6 1.1 1.4 5.4 0.4 0.3 0 0.1 0 0.3 0 0 0 0.5 0 0 2.4 2.4 0.5 0 0 0.3 0.9 3.0 4.4 0 1.4 0.3 0 0
0
1.3 1.5 0.5 0.5 1.1 0.5 3.4 0.2 0 2.4 - 1.1
[1] 5p9i.a 0 4.2 1.6 1.7 0.6 5.1 4.2 3.8 0.7 3.6 4.1 4.5 3.7 4.3 3.5 4.2 3.7 3.6 1.6 1.6 2.4 0 0.6 0.3 0.5 1.6 2.2 4.3 1.5 4.6 3.5 3.7 3.7
0
0.1 0.4 0.4 0.4 1.2 6.4 3.9 0.2 5.0 - 0.9
[1] 5p9j.a 0 2.9 0.3 0.8 0.4 4.6 1.7 1.8 0.2 2.5 2.0 2.5 1.6 2.0 2.4 2.3 1.6 1.5 1.6 1.5 0.2 0.1 0.2 0.3 0.3 1.2 2.2 2.8 1.1 2.6 1.8 1.5 2.3 0.2
0.4
0.2 0.3 0.4 0.3 4.2 2.5 0.2 1.8 - 0.9
[1] 5p9k.a 2.3 1.2 2.1 3.1 3.0 7.1 0.9 1.0 0 0.7 1.0 0.6 0.6 0.5 0.8 1.1 0.6 0.6 3.2 3.6 0 0 0 0.2 0.2 4.8 6.5 1.6 1.6 1.0 0.8 0.4 0.6 3.0 2.6
0.4
0.4 2.7 0.1 1.9 1.3 0 1.3 - 3.0
[1] 5p9l.a 0.3 0.1 0.2 0.8 1.1 5.1 0.1 0.1 0 0.1 0 0.2 0.2 0.3 0.2 0.1 0.1 0.1 2.1 2.0 0 0 0 0.4 0.3 2.3 2.2 0.4 1.5 0.2 0.1 0.1 0.1 0.6 0.8 0.4
0.4
0.6 0.1 0.7 0.4 0 0.1 - 0.2
[1] 5p9m.a 0.3 6.7 1.6 1.1 0.8 5.2 7.6 7.3 0.7 6.4 7.1 6.5 6.1 5.5 6.7 7.0 6.0 6.6 2.0 1.7 3.2 0 1.9 0.4 0.7 1.5 2.8 7.5 1.9 7.8 6.3 5.3 5.8 0.4 0.5 0.4 0.5
0.6
0.6 7.4 7.7 0.1 4.5 - 0.7
[1] 5t18.a 1.3 1.6 1.1 2.2 2.3 6.3 1.2 1.6 0.1 1.7 1.7 1.5 1.2 1.2 1.8 1.7 0.7 1.0 2.5 2.5 0.1 0 0 0.2 0 2.5 4.5 1.9 1.1 2.2 1.1 1.0 1.3 1.5 1.3 0.4 0.5 1.9
0
3.2 2.6 0 1.7 - 1.6
[1] 5u9d.a 2.2 2.9 2.3 3.3 2.2 7.6 3.1 2.3 0.4 2.1 2.5 2.8 2.1 2.4 2.8 2.5 1.9 2.2 3.1 2.9 0.5 0 0.1 0.3 0.4 3.5 4.5 3.1 1.3 3.2 2.1 2.2 2.8 2.3 2.0 0.4 0.4 2.3 0.5
0
2.8 0.2 0.7 - 2.7
[1] 5vgo.a 1.9 0 0.6 1.9 2.1 6.0 0.1 0.1 0 0 0 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0 2.8 3.0 0.5 0 0.1 0.1 0.5 4.8 5.7 0 1.1 0.1 0 0.1 0.1 2.0 2.0 0.4 0.4 1.9 0 2.8
0
0 1.0 - 2.3
[2] 3pix.a 4.1 9.5 1.2 2.3 3.9 7.8 9.0 8.7 0 8.1 9.6 9.8 8.1 9.3 11 8.0 10 9.5 5.6 5.9 5.1 0.1 3.3 0.4 0 8.1 9.4 9.0 1.2 12 8.7 9.4 12 4.3 4.0 0.5 0.5 4.3 0.3 8.9 10
0.1
1.8 - 2.5
[3] 3piy.a 0.3 7.8 0.1 0.2 0.1 3.5 7.1 7.7 0.1 6.7 7.9 7.4 7.7 7.7 9.3 7.4 7.5 8.0 1.7 1.6 3.7 0.1 3.2 0.4 0.7 1.4 0.8 7.3 1.2 8.2 7.8 7.5 8.9 0.4 0.4 0.5 0.5 1.0 0.5 4.2 7.7 0.1
0
- 0.6
[4] 3p08.b 1.5 6.2 2.3 9.7 8.2 8.5 5.5 4.9 5.6 9.4 2.5 8.0 5.5 7.5 7.4 5.9 6.0 5.1 3.3 3.4 0.2 0.2 0.3 7.6 2.9 6.1 7.0 6.1 3.6 4.7 8.4 6.3 6.1 1.7 1.7 8.5 5.7 1.9 4.0 3.5 5.1 3.3 2.6
-
4.4
[5] 3oct.a 1.3 4.1 3.2 0.7 1.0 4.5 4.7 3.9 0.8 4.1 4.8 5.4 4.1 4.9 4.9 4.5 3.9 3.9 3.4 3.9 6.7 0.6 6.2 2.7 1.4 5.0 4.9 4.1 2.9 4.9 4.1 4.6 4.7 1.4 2.2 3.8 3.5 3.8 6.7 11 5.8 1.2 6.3 -
0
[Pocket-ligand steric clashes matrix]

Pocket clash dissimilarity (5 clusters)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by ligand clash profile difference

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥1.
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
.0
3gen.a
3ocs.a
3piz.a
3pj1.a
3pj2.a
3pj3.a
4nwm.a
4ot5.a
4ot6.a
4otf.a
4otq.a
4otr.a
4rfy.a
4rfz.a
4rg0.a
4rx5.a
4y93.a
4y95.a
4yhf.a
4yhf.b
4z3v.a
4zly.a
4zlz.a
5bpy.a
5bq0.a
5fbn.c
5fbo.a
5j87.a
5jrs.a
5kup.a
5p9f.a
5p9g.a
5p9h.a
5p9i.a
5p9j.a
5p9k.a
5p9l.a
5p9m.a
5t18.a
5u9d.a
5vgo.a
3pix.a
3piy.a
3p08.b
3oct.a
[1] 3gen.a
0
.17 .15 .16 .07 .17 .16 .16 .16 .19 .15 .17 .16 .16 .16 .17 .14 .15 .15 .19 .18 .14 .16 .20 .11 .23 .18 .18 .16 .16 .16 .15 .18 .10 .08 .12 .09 .19 .15 .07 .17 .37 .29 .35 .39
[1] 3ocs.a .17
0
.21 .20 .16 .25 .08 .07 .07 .03 .06 .05 .08 .07 .06 .03 .10 .08 .18 .19 .21 .18 .20 .16 .15 .28 .19 .05 .11 .02 .09 .07 .10 .18 .14 .12 .16 .23 .11 .18 .02 .34 .26 .31 .35
[1] 3piz.a .15 .21
0
.05 .12 .13 .20 .19 .20 .23 .19 .22 .19 .20 .20 .21 .20 .20 .22 .27 .27 .25 .26 .24 .21 .31 .23 .21 .19 .20 .21 .20 .23 .22 .19 .18 .18 .29 .20 .15 .21 .38 .31 .41 .41
[1] 3pj1.a .16 .20 .05
0
.12 .11 .18 .19 .19 .22 .18 .21 .19 .20 .20 .21 .18 .19 .23 .27 .25 .25 .25 .23 .22 .34 .25 .21 .19 .19 .20 .19 .21 .24 .20 .19 .18 .30 .21 .18 .20 .38 .29 .39 .42
[1] 3pj2.a .07 .16 .12 .12
0
.12 .16 .14 .15 .18 .14 .16 .15 .15 .15 .17 .13 .15 .16 .20 .19 .18 .19 .19 .14 .26 .18 .16 .15 .15 .15 .15 .17 .15 .12 .14 .10 .23 .16 .10 .16 .34 .26 .34 .36
[1] 3pj3.a .17 .25 .13 .11 .12
0
.24 .23 .24 .27 .23 .26 .23 .25 .25 .25 .23 .24 .26 .29 .30 .28 .29 .28 .24 .36 .29 .26 .23 .24 .24 .24 .26 .26 .22 .23 .19 .33 .25 .21 .25 .44 .26 .45 .36
[1] 4nwm.a .16 .08 .20 .18 .16 .24
0
.03 .04 .06 .04 .06 .04 .06 .06 .07 .09 .06 .15 .18 .19 .16 .18 .14 .14 .25 .19 .07 .09 .07 .07 .06 .10 .16 .12 .10 .14 .21 .08 .16 .06 .36 .30 .33 .36
[1] 4ot5.a .16 .07 .19 .19 .14 .23 .03
0
.05 .08 .03 .05 .02 .03 .04 .07 .08 .04 .15 .17 .17 .15 .17 .13 .13 .24 .17 .07 .09 .07 .06 .05 .07 .15 .12 .09 .12 .19 .08 .15 .05 .34 .28 .32 .36
[1] 4ot6.a .16 .07 .20 .19 .15 .24 .04 .05
0
.07 .04 .05 .05 .06 .06 .07 .09 .07 .14 .17 .18 .17 .18 .12 .14 .24 .18 .06 .08 .07 .07 .06 .10 .15 .12 .10 .15 .20 .09 .16 .06 .35 .27 .33 .34
[1] 4otf.a .19 .03 .23 .22 .18 .27 .06 .08 .07
0
.07 .06 .08 .07 .07 .04 .12 .10 .19 .21 .23 .19 .22 .18 .17 .29 .21 .06 .11 .03 .10 .09 .11 .20 .16 .13 .17 .24 .12 .20 .04 .36 .28 .34 .36
[1] 4otq.a .15 .06 .19 .18 .14 .23 .04 .03 .04 .07
0
.05 .02 .03 .04 .05 .07 .04 .14 .17 .18 .16 .17 .12 .14 .24 .17 .06 .08 .05 .05 .05 .07 .15 .12 .09 .13 .20 .08 .15 .04 .34 .28 .32 .36
[1] 4otr.a .17 .05 .22 .21 .16 .26 .06 .05 .05 .06 .05
0
.05 .04 .03 .05 .09 .06 .15 .17 .19 .16 .18 .14 .16 .25 .18 .07 .09 .04 .06 .06 .08 .17 .14 .11 .16 .21 .10 .17 .04 .35 .28 .30 .37
[1] 4rfy.a .16 .08 .19 .19 .15 .23 .04 .02 .05 .08 .02 .05
0
.03 .04 .07 .07 .04 .14 .16 .17 .15 .16 .13 .13 .23 .17 .07 .08 .07 .04 .05 .07 .15 .12 .09 .12 .19 .08 .15 .06 .35 .29 .32 .37
[1] 4rfz.a .16 .07 .20 .20 .15 .25 .06 .03 .06 .07 .03 .04 .03
0
.03 .06 .08 .05 .14 .17 .17 .15 .17 .13 .13 .23 .17 .06 .10 .07 .07 .06 .07 .15 .12 .09 .13 .19 .08 .16 .05 .35 .28 .30 .37
[1] 4rg0.a .16 .06 .20 .20 .15 .25 .06 .04 .06 .07 .04 .03 .04 .03
0
.05 .07 .04 .15 .17 .18 .15 .17 .13 .14 .23 .17 .06 .09 .05 .06 .05 .06 .16 .13 .10 .13 .19 .08 .17 .05 .34 .27 .30 .37
[1] 4rx5.a .17 .03 .21 .21 .17 .25 .07 .07 .07 .04 .05 .05 .07 .06 .05
0
.10 .07 .18 .19 .21 .18 .20 .16 .16 .27 .19 .05 .10 .03 .09 .07 .08 .18 .15 .11 .15 .23 .11 .18 .02 .35 .27 .32 .36
[1] 4y93.a .14 .10 .20 .18 .13 .23 .09 .08 .09 .12 .07 .09 .07 .08 .07 .10
0
.04 .15 .15 .12 .10 .11 .12 .12 .20 .15 .10 .10 .09 .04 .04 .06 .12 .11 .09 .14 .17 .08 .15 .10 .37 .29 .28 .39
[1] 4y95.a .15 .08 .20 .19 .15 .24 .06 .04 .07 .10 .04 .06 .04 .05 .04 .07 .04
0
.15 .16 .14 .12 .14 .12 .12 .21 .15 .08 .09 .07 .04 .04 .05 .13 .11 .09 .13 .18 .08 .14 .06 .36 .28 .29 .38
[1] 4yhf.a .15 .18 .22 .23 .16 .26 .15 .15 .14 .19 .14 .15 .14 .14 .15 .18 .15 .15
0
.07 .13 .13 .13 .11 .13 .14 .12 .16 .13 .17 .14 .14 .18 .10 .09 .12 .16 .13 .12 .15 .17 .44 .36 .32 .27
[1] 4yhf.b .19 .19 .27 .27 .20 .29 .18 .17 .17 .21 .17 .17 .16 .17 .17 .19 .15 .16 .07
0
.14 .14 .13 .10 .15 .13 .10 .18 .14 .19 .14 .15 .18 .10 .12 .16 .21 .13 .15 .20 .19 .48 .40 .29 .29
[1] 4z3v.a .18 .21 .27 .25 .19 .30 .19 .17 .18 .23 .18 .19 .17 .17 .18 .21 .12 .14 .13 .14
0
.09 .03 .14 .12 .15 .12 .21 .18 .20 .14 .15 .16 .10 .11 .13 .21 .13 .13 .16 .20 .46 .39 .25 .38
[1] 4zly.a .14 .18 .25 .25 .18 .28 .16 .15 .17 .19 .16 .16 .15 .15 .15 .18 .10 .12 .13 .14 .09
0
.07 .16 .07 .16 .11 .19 .17 .17 .12 .13 .14 .09 .09 .12 .17 .12 .10 .13 .17 .44 .38 .29 .38
[1] 4zlz.a .16 .20 .26 .25 .19 .29 .18 .17 .18 .22 .17 .18 .16 .17 .17 .20 .11 .14 .13 .13 .03 .07
0
.14 .12 .15 .11 .20 .18 .19 .13 .14 .15 .10 .11 .13 .20 .13 .13 .15 .19 .46 .38 .27 .38
[1] 5bpy.a .20 .16 .24 .23 .19 .28 .14 .13 .12 .18 .12 .14 .13 .13 .13 .16 .12 .12 .11 .10 .14 .16 .14
0
.18 .16 .13 .15 .09 .16 .11 .11 .15 .14 .16 .14 .21 .16 .13 .20 .16 .44 .36 .30 .32
[1] 5bq0.a .11 .15 .21 .22 .14 .24 .14 .13 .14 .17 .14 .16 .13 .13 .14 .16 .12 .12 .13 .15 .12 .07 .12 .18
0
.18 .13 .16 .15 .15 .14 .13 .16 .09 .05 .08 .15 .13 .08 .09 .14 .40 .34 .32 .34
[1] 5fbn.c .23 .28 .31 .34 .26 .36 .25 .24 .24 .29 .24 .25 .23 .23 .23 .27 .20 .21 .14 .13 .15 .16 .15 .16 .18
0
.12 .25 .21 .27 .22 .22 .24 .14 .16 .20 .26 .10 .19 .21 .26 .53 .46 .35 .29
[1] 5fbo.a .18 .19 .23 .25 .18 .29 .19 .17 .18 .21 .17 .18 .17 .17 .17 .19 .15 .15 .12 .10 .12 .11 .11 .13 .13 .12
0
.20 .17 .19 .16 .16 .18 .10 .11 .14 .22 .12 .14 .16 .18 .45 .38 .29 .32
[1] 5j87.a .18 .05 .21 .21 .16 .26 .07 .07 .06 .06 .06 .07 .07 .06 .06 .05 .10 .08 .16 .18 .21 .19 .20 .15 .16 .25 .20
0
.09 .04 .09 .08 .11 .17 .14 .13 .16 .23 .11 .18 .05 .35 .29 .33 .34
[1] 5jrs.a .16 .11 .19 .19 .15 .23 .09 .09 .08 .11 .08 .09 .08 .10 .09 .10 .10 .09 .13 .14 .18 .17 .18 .09 .15 .21 .17 .09
0
.10 .09 .08 .12 .16 .12 .10 .17 .22 .11 .15 .10 .38 .30 .33 .34
[1] 5kup.a .16 .02 .20 .19 .15 .24 .07 .07 .07 .03 .05 .04 .07 .07 .05 .03 .09 .07 .17 .19 .20 .17 .19 .16 .15 .27 .19 .04 .10
0
.08 .07 .09 .17 .14 .11 .15 .22 .11 .17 .02 .34 .25 .31 .35
[1] 5p9f.a .16 .09 .21 .20 .15 .24 .07 .06 .07 .10 .05 .06 .04 .07 .06 .09 .04 .04 .14 .14 .14 .12 .13 .11 .14 .22 .16 .09 .09 .08
0
.04 .06 .14 .12 .10 .14 .19 .08 .16 .08 .38 .30 .30 .38
[1] 5p9g.a .15 .07 .20 .19 .15 .24 .06 .05 .06 .09 .05 .06 .05 .06 .05 .07 .04 .04 .14 .15 .15 .13 .14 .11 .13 .22 .16 .08 .08 .07 .04
0
.06 .14 .12 .09 .13 .19 .08 .16 .07 .35 .28 .29 .37
[1] 5p9h.a .18 .10 .23 .21 .17 .26 .10 .07 .10 .11 .07 .08 .07 .07 .06 .08 .06 .05 .18 .18 .16 .14 .15 .15 .16 .24 .18 .11 .12 .09 .06 .06
0
.17 .15 .12 .13 .21 .12 .19 .08 .38 .30 .31 .41
[1] 5p9i.a .10 .18 .22 .24 .15 .26 .16 .15 .15 .20 .15 .17 .15 .15 .16 .18 .12 .13 .10 .10 .10 .09 .10 .14 .09 .14 .10 .17 .16 .17 .14 .14 .17
0
.06 .12 .16 .10 .12 .14 .17 .44 .37 .27 .35
[1] 5p9j.a .08 .14 .19 .20 .12 .22 .12 .12 .12 .16 .12 .14 .12 .12 .13 .15 .11 .11 .09 .12 .11 .09 .11 .16 .05 .16 .11 .14 .12 .14 .12 .12 .15 .06
0
.06 .13 .12 .08 .09 .14 .40 .33 .31 .34
[1] 5p9k.a .12 .12 .18 .19 .14 .23 .10 .09 .10 .13 .09 .11 .09 .09 .10 .11 .09 .09 .12 .16 .13 .12 .13 .14 .08 .20 .14 .13 .10 .11 .10 .09 .12 .12 .06
0
.13 .15 .06 .10 .11 .37 .30 .32 .34
[1] 5p9l.a .09 .16 .18 .18 .10 .19 .14 .12 .15 .17 .13 .16 .12 .13 .13 .15 .14 .13 .16 .21 .21 .17 .20 .21 .15 .26 .22 .16 .17 .15 .14 .13 .13 .16 .13 .13
0
.20 .13 .13 .15 .35 .29 .38 .37
[1] 5p9m.a .19 .23 .29 .30 .23 .33 .21 .19 .20 .24 .20 .21 .19 .19 .19 .23 .17 .18 .13 .13 .13 .12 .13 .16 .13 .10 .12 .23 .22 .22 .19 .19 .21 .10 .12 .15 .20
0
.14 .17 .22 .48 .42 .35 .30
[1] 5t18.a .15 .11 .20 .21 .16 .25 .08 .08 .09 .12 .08 .10 .08 .08 .08 .11 .08 .08 .12 .15 .13 .10 .13 .13 .08 .19 .14 .11 .11 .11 .08 .08 .12 .12 .08 .06 .13 .14
0
.12 .10 .36 .32 .32 .35
[1] 5u9d.a .07 .18 .15 .18 .10 .21 .16 .15 .16 .20 .15 .17 .15 .16 .17 .18 .15 .14 .15 .20 .16 .13 .15 .20 .09 .21 .16 .18 .15 .17 .16 .16 .19 .14 .09 .10 .13 .17 .12
0
.17 .37 .30 .36 .36
[1] 5vgo.a .17 .02 .21 .20 .16 .25 .06 .05 .06 .04 .04 .04 .06 .05 .05 .02 .10 .06 .17 .19 .20 .17 .19 .16 .14 .26 .18 .05 .10 .02 .08 .07 .08 .17 .14 .11 .15 .22 .10 .17
0
.34 .27 .31 .37
[2] 3pix.a .37 .34 .38 .38 .34 .44 .36 .34 .35 .36 .34 .35 .35 .35 .34 .35 .37 .36 .44 .48 .46 .44 .46 .44 .40 .53 .45 .35 .38 .34 .38 .35 .38 .44 .40 .37 .35 .48 .36 .37 .34
0
.29 .42 .62
[3] 3piy.a .29 .26 .31 .29 .26 .26 .30 .28 .27 .28 .28 .28 .29 .28 .27 .27 .29 .28 .36 .40 .39 .38 .38 .36 .34 .46 .38 .29 .30 .25 .30 .28 .30 .37 .33 .30 .29 .42 .32 .30 .27 .29
0
.40 .44
[4] 3p08.b .35 .31 .41 .39 .34 .45 .33 .32 .33 .34 .32 .30 .32 .30 .30 .32 .28 .29 .32 .29 .25 .29 .27 .30 .32 .35 .29 .33 .33 .31 .30 .29 .31 .27 .31 .32 .38 .35 .32 .36 .31 .42 .40
0
.54
[5] 3oct.a .39 .35 .41 .42 .36 .36 .36 .36 .34 .36 .36 .37 .37 .37 .37 .36 .39 .38 .27 .29 .38 .38 .38 .32 .34 .29 .32 .34 .34 .35 .38 .37 .41 .35 .34 .34 .37 .30 .35 .36 .37 .62 .44 .54
0
[Pocket clash dissimilarity matrix]

Site backbone RMSD (median 1.9 Å)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by RMSD of site residue backbone atoms

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥10 Å
9 Å
8 Å
7 Å
6 Å
5 Å
4 Å
3 Å
2 Å
1 Å
0 Å
3gen.a
3ocs.a
3piz.a
3pj1.a
3pj2.a
3pj3.a
4nwm.a
4ot5.a
4ot6.a
4otf.a
4otq.a
4otr.a
4rfy.a
4rfz.a
4rg0.a
4rx5.a
4y93.a
4y95.a
4yhf.a
4yhf.b
4z3v.a
4zly.a
4zlz.a
5bpy.a
5bq0.a
5fbn.c
5fbo.a
5j87.a
5jrs.a
5kup.a
5p9f.a
5p9g.a
5p9h.a
5p9i.a
5p9j.a
5p9k.a
5p9l.a
5p9m.a
5t18.a
5u9d.a
5vgo.a
3pix.a
3piy.a
3p08.b
3oct.a
[1] 3gen.a
0
1.9 2.0 1.9 1.8 2.0 1.3 1.4 1.6 1.9 1.5 1.5 1.4 1.5 1.4 1.9 1.0 1.5 1.0 1.5 0.8 0.5 0.8 1.2 0.6 0.7 1.2 1.6 1.7 1.9 1.2 1.2 1.3 0.4 0.3 0.9 0.9 3.4 1.1 0.6 1.9 4.6 3.9 5.3 3.2
[1] 3ocs.a 1.9
0
2.4 2.2 2.2 2.3 1.0 1.0 1.0 0.1 1.0 0.9 1.1 1.0 1.0 0.2 1.3 0.7 1.8 1.7 1.6 1.8 1.6 1.3 1.7 2.0 2.3 1.1 0.8 0.2 1.1 1.1 1.1 2.0 1.7 1.4 1.3 3.2 0.9 1.7 0.2 4.2 3.9 5.7 3.3
[1] 3piz.a 2.0 2.4
0
0.6 0.9 0.7 2.2 2.2 2.3 2.4 2.3 2.3 2.2 2.3 2.4 2.4 2.2 2.1 2.3 2.0 2.3 2.2 2.3 2.3 2.1 2.0 1.8 2.5 2.1 2.4 2.2 2.2 2.3 2.1 2.0 2.1 2.2 2.1 1.9 2.0 2.4 1.9 2.0 3.8 2.6
[1] 3pj1.a 1.9 2.2 0.6
0
1.0 0.8 2.1 2.1 2.2 2.3 2.1 2.2 2.1 2.1 2.2 2.2 2.0 1.9 2.2 1.9 2.1 2.0 2.1 2.2 2.0 1.9 1.6 2.3 2.0 2.2 2.1 2.1 2.1 1.9 1.9 2.0 2.1 2.0 1.9 1.9 2.2 1.7 1.9 3.7 2.5
[1] 3pj2.a 1.8 2.2 0.9 1.0
0
1.0 2.0 2.0 2.1 2.2 2.1 2.1 2.0 2.1 2.1 2.1 1.9 1.9 2.0 1.7 2.1 2.0 2.1 2.1 1.9 1.8 1.6 2.2 1.8 2.1 2.0 2.0 2.0 1.9 1.8 1.9 2.0 2.0 1.7 1.9 2.2 1.5 1.5 3.7 2.7
[1] 3pj3.a 2.0 2.3 0.7 0.8 1.0
0
2.1 2.2 2.2 2.3 2.2 2.2 2.1 2.2 2.3 2.3 2.2 2.1 2.2 1.8 2.2 2.2 2.2 2.3 2.2 2.0 1.8 2.4 2.0 2.3 2.2 2.2 2.2 2.1 2.0 2.1 2.2 2.2 2.0 2.0 2.3 1.7 1.6 3.9 2.2
[1] 4nwm.a 1.3 1.0 2.2 2.1 2.0 2.1
0
0.4 0.6 1.0 0.5 0.6 0.5 0.6 0.5 1.0 0.7 0.9 1.3 1.4 1.0 1.2 1.0 0.7 1.2 1.5 1.9 0.6 0.8 0.9 0.5 0.5 0.6 1.5 1.1 0.9 0.8 3.1 0.7 1.1 0.9 4.3 3.8 5.8 3.2
[1] 4ot5.a 1.4 1.0 2.2 2.1 2.0 2.2 0.4
0
0.5 1.0 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 1.0 0.7 0.9 1.4 1.5 1.0 1.3 1.0 0.7 1.2 1.5 1.9 0.6 0.7 1.0 0.4 0.4 0.5 1.5 1.1 0.9 0.7 3.1 0.7 1.1 1.0 4.2 3.7 5.7 3.2
[1] 4ot6.a 1.6 1.0 2.3 2.2 2.1 2.2 0.6 0.5
0
1.0 0.3 0.4 0.4 0.5 0.5 1.0 0.9 1.1 1.5 1.6 1.2 1.5 1.2 0.8 1.4 1.6 2.0 0.6 0.7 1.0 0.6 0.6 0.6 1.7 1.3 1.1 0.8 3.1 0.9 1.4 1.0 4.2 3.7 5.7 3.3
[1] 4otf.a 1.9 0.1 2.4 2.3 2.2 2.3 1.0 1.0 1.0
0
1.0 0.9 1.1 1.0 1.0 0.2 1.3 0.7 1.8 1.7 1.6 1.8 1.6 1.3 1.7 2.0 2.3 1.1 0.8 0.2 1.1 1.1 1.1 2.0 1.7 1.4 1.3 3.2 0.9 1.7 0.2 4.2 3.8 5.7 3.3
[1] 4otq.a 1.5 1.0 2.3 2.1 2.1 2.2 0.5 0.3 0.3 1.0
0
0.3 0.2 0.4 0.4 1.0 0.8 1.0 1.4 1.5 1.1 1.4 1.1 0.7 1.4 1.6 1.9 0.6 0.7 1.0 0.4 0.5 0.6 1.6 1.2 1.0 0.8 3.0 0.8 1.3 1.0 4.2 3.7 5.7 3.2
[1] 4otr.a 1.5 0.9 2.3 2.2 2.1 2.2 0.6 0.4 0.4 0.9 0.3
0
0.3 0.3 0.3 1.0 0.8 1.0 1.4 1.5 1.2 1.4 1.1 0.7 1.4 1.6 2.0 0.5 0.6 0.9 0.5 0.4 0.5 1.6 1.2 1.0 0.8 3.0 0.8 1.4 0.9 4.1 3.7 5.7 3.3
[1] 4rfy.a 1.4 1.1 2.2 2.1 2.0 2.1 0.5 0.3 0.4 1.1 0.2 0.3
0
0.3 0.4 1.0 0.7 1.0 1.4 1.5 1.0 1.3 1.0 0.6 1.3 1.5 1.9 0.6 0.7 1.0 0.3 0.4 0.5 1.5 1.1 0.9 0.7 3.1 0.7 1.2 1.0 4.2 3.7 5.7 3.2
[1] 4rfz.a 1.5 1.0 2.3 2.1 2.1 2.2 0.6 0.3 0.5 1.0 0.4 0.3 0.3
0
0.3 1.0 0.8 0.9 1.5 1.6 1.1 1.4 1.1 0.7 1.3 1.6 2.0 0.6 0.7 0.9 0.5 0.4 0.5 1.6 1.2 0.9 0.8 3.1 0.8 1.2 0.9 4.1 3.7 5.7 3.3
[1] 4rg0.a 1.4 1.0 2.4 2.2 2.1 2.3 0.5 0.3 0.5 1.0 0.4 0.3 0.4 0.3
0
1.0 0.8 0.9 1.4 1.5 1.1 1.3 1.1 0.6 1.3 1.6 2.0 0.5 0.7 0.9 0.5 0.4 0.5 1.5 1.2 0.9 0.7 3.1 0.7 1.3 0.9 4.2 3.8 5.8 3.3
[1] 4rx5.a 1.9 0.2 2.4 2.2 2.1 2.3 1.0 1.0 1.0 0.2 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0
0
1.3 0.8 1.8 1.8 1.6 1.8 1.6 1.3 1.8 2.0 2.4 1.1 0.8 0.3 1.1 1.1 1.1 2.0 1.7 1.4 1.4 3.2 1.0 1.7 0.3 4.2 3.8 5.7 3.3
[1] 4y93.a 1.0 1.3 2.2 2.0 1.9 2.2 0.7 0.7 0.9 1.3 0.8 0.8 0.7 0.8 0.8 1.3
0
1.0 1.1 1.4 0.7 0.9 0.7 0.7 0.9 1.2 1.6 0.9 1.1 1.2 0.5 0.5 0.6 1.2 0.8 0.8 0.7 3.0 0.7 0.9 1.2 4.2 3.8 5.7 3.3
[1] 4y95.a 1.5 0.7 2.1 1.9 1.9 2.1 0.9 0.9 1.1 0.7 1.0 1.0 1.0 0.9 0.9 0.8 1.0
0
1.6 1.6 1.2 1.4 1.2 1.1 1.4 1.7 2.0 1.2 0.8 0.7 0.9 0.9 1.0 1.6 1.3 1.1 1.1 3.2 0.6 1.3 0.7 4.3 3.8 5.7 3.2
[1] 4yhf.a 1.0 1.8 2.3 2.2 2.0 2.2 1.3 1.4 1.5 1.8 1.4 1.4 1.4 1.5 1.4 1.8 1.1 1.6
0
1.1 1.2 1.2 1.2 1.2 1.3 0.9 1.5 1.4 1.5 1.8 1.3 1.2 1.4 1.1 1.1 1.3 1.2 3.3 1.3 1.2 1.8 4.7 4.2 6.0 3.1
[1] 4yhf.b 1.5 1.7 2.0 1.9 1.7 1.8 1.4 1.5 1.6 1.7 1.5 1.5 1.5 1.6 1.5 1.8 1.4 1.6 1.1
0
1.5 1.6 1.5 1.4 1.6 1.1 1.6 1.6 1.4 1.7 1.4 1.4 1.5 1.5 1.4 1.6 1.4 3.2 1.4 1.7 1.7 4.8 4.2 6.0 2.9
[1] 4z3v.a 0.8 1.6 2.3 2.1 2.1 2.2 1.0 1.0 1.2 1.6 1.1 1.2 1.0 1.1 1.1 1.6 0.7 1.2 1.2 1.5
0
0.5 0.1 0.8 0.8 1.1 1.5 1.3 1.3 1.5 0.8 0.8 0.9 0.9 0.7 0.9 0.7 3.2 0.9 0.8 1.6 4.4 3.9 5.7 3.2
[1] 4zly.a 0.5 1.8 2.2 2.0 2.0 2.2 1.2 1.3 1.5 1.8 1.4 1.4 1.3 1.4 1.3 1.8 0.9 1.4 1.2 1.6 0.5
0
0.5 1.1 0.5 1.0 1.3 1.5 1.6 1.7 1.1 1.1 1.1 0.6 0.5 0.8 0.8 3.3 1.0 0.7 1.7 4.5 4.0 5.8 3.2
[1] 4zlz.a 0.8 1.6 2.3 2.1 2.1 2.2 1.0 1.0 1.2 1.6 1.1 1.1 1.0 1.1 1.1 1.6 0.7 1.2 1.2 1.5 0.1 0.5
0
0.8 0.9 1.1 1.6 1.3 1.3 1.5 0.8 0.8 0.9 1.0 0.7 0.9 0.7 3.2 0.9 0.8 1.5 4.4 3.9 5.7 3.2
[1] 5bpy.a 1.2 1.3 2.3 2.2 2.1 2.3 0.7 0.7 0.8 1.3 0.7 0.7 0.6 0.7 0.6 1.3 0.7 1.1 1.2 1.4 0.8 1.1 0.8
0
1.1 1.3 1.8 0.8 0.6 1.2 0.6 0.5 0.5 1.3 1.0 0.8 0.6 3.1 0.7 1.1 1.2 4.3 3.9 5.8 3.4
[1] 5bq0.a 0.6 1.7 2.1 2.0 1.9 2.2 1.2 1.2 1.4 1.7 1.4 1.4 1.3 1.3 1.3 1.8 0.9 1.4 1.3 1.6 0.8 0.5 0.9 1.1
0
1.1 1.4 1.4 1.5 1.7 1.1 1.0 1.1 0.8 0.5 0.7 0.8 1.6 0.8 0.8 1.7 3.9 3.7 5.5 3.3
[1] 5fbn.c 0.7 2.0 2.0 1.9 1.8 2.0 1.5 1.5 1.6 2.0 1.6 1.6 1.5 1.6 1.6 2.0 1.2 1.7 0.9 1.1 1.1 1.0 1.1 1.3 1.1
0
1.1 1.7 1.7 1.9 1.4 1.4 1.4 0.6 1.0 1.3 1.1 0.8 1.4 1.2 2.0 4.0 3.8 5.1 3.1
[1] 5fbo.a 1.2 2.3 1.8 1.6 1.6 1.8 1.9 1.9 2.0 2.3 1.9 2.0 1.9 2.0 2.0 2.4 1.6 2.0 1.5 1.6 1.5 1.3 1.6 1.8 1.4 1.1
0
2.1 2.0 2.3 1.8 1.8 1.8 1.1 1.3 1.6 1.6 1.3 1.7 1.6 2.3 2.2 2.7 4.7 3.1
[1] 5j87.a 1.6 1.1 2.5 2.3 2.2 2.4 0.6 0.6 0.6 1.1 0.6 0.5 0.6 0.6 0.5 1.1 0.9 1.2 1.4 1.6 1.3 1.5 1.3 0.8 1.4 1.7 2.1
0
0.8 1.0 0.7 0.7 0.7 1.7 1.3 1.1 1.0 3.1 0.9 1.4 1.0 4.2 3.7 5.8 3.4
[1] 5jrs.a 1.7 0.8 2.1 2.0 1.8 2.0 0.8 0.7 0.7 0.8 0.7 0.6 0.7 0.7 0.7 0.8 1.1 0.8 1.5 1.4 1.3 1.6 1.3 0.6 1.5 1.7 2.0 0.8
0
0.8 0.8 0.8 0.8 1.8 1.3 1.0 0.8 3.3 1.0 1.5 0.8 4.4 3.9 6.0 3.4
[1] 5kup.a 1.9 0.2 2.4 2.2 2.1 2.3 0.9 1.0 1.0 0.2 1.0 0.9 1.0 0.9 0.9 0.3 1.2 0.7 1.8 1.7 1.5 1.7 1.5 1.2 1.7 1.9 2.3 1.0 0.8
0
1.1 1.0 1.1 1.9 1.6 1.4 1.3 3.2 0.9 1.6 0.1 4.2 3.9 5.7 3.3
[1] 5p9f.a 1.2 1.1 2.2 2.1 2.0 2.2 0.5 0.4 0.6 1.1 0.4 0.5 0.3 0.5 0.5 1.1 0.5 0.9 1.3 1.4 0.8 1.1 0.8 0.6 1.1 1.4 1.8 0.7 0.8 1.1
0
0.3 0.4 1.4 1.0 0.8 0.6 3.0 0.6 1.1 1.1 4.2 3.8 5.7 3.3
[1] 5p9g.a 1.2 1.1 2.2 2.1 2.0 2.2 0.5 0.4 0.6 1.1 0.5 0.4 0.4 0.4 0.4 1.1 0.5 0.9 1.2 1.4 0.8 1.1 0.8 0.5 1.0 1.4 1.8 0.7 0.8 1.0 0.3
0
0.3 1.3 0.9 0.7 0.5 3.0 0.6 1.0 1.1 4.2 3.8 5.7 3.3
[1] 5p9h.a 1.3 1.1 2.3 2.1 2.0 2.2 0.6 0.5 0.6 1.1 0.6 0.5 0.5 0.5 0.5 1.1 0.6 1.0 1.4 1.5 0.9 1.1 0.9 0.5 1.1 1.4 1.8 0.7 0.8 1.1 0.4 0.3
0
1.4 1.0 0.8 0.5 3.0 0.6 1.2 1.1 4.2 3.7 5.7 3.4
[1] 5p9i.a 0.4 2.0 2.1 1.9 1.9 2.1 1.5 1.5 1.7 2.0 1.6 1.6 1.5 1.6 1.5 2.0 1.2 1.6 1.1 1.5 0.9 0.6 1.0 1.3 0.8 0.6 1.1 1.7 1.8 1.9 1.4 1.3 1.4
0
0.7 1.1 0.8 3.4 1.2 1.0 1.9 4.6 4.1 5.8 3.1
[1] 5p9j.a 0.3 1.7 2.0 1.9 1.8 2.0 1.1 1.1 1.3 1.7 1.2 1.2 1.1 1.2 1.2 1.7 0.8 1.3 1.1 1.4 0.7 0.5 0.7 1.0 0.5 1.0 1.3 1.3 1.3 1.6 1.0 0.9 1.0 0.7
0
0.6 0.7 1.9 0.8 0.6 1.6 4.0 3.7 5.9 3.2
[1] 5p9k.a 0.9 1.4 2.1 2.0 1.9 2.1 0.9 0.9 1.1 1.4 1.0 1.0 0.9 0.9 0.9 1.4 0.8 1.1 1.3 1.6 0.9 0.8 0.9 0.8 0.7 1.3 1.6 1.1 1.0 1.4 0.8 0.7 0.8 1.1 0.6
0
0.4 3.3 0.7 0.8 1.4 4.3 3.8 5.8 3.4
[1] 5p9l.a 0.9 1.3 2.2 2.1 2.0 2.2 0.8 0.7 0.8 1.3 0.8 0.8 0.7 0.8 0.7 1.4 0.7 1.1 1.2 1.4 0.7 0.8 0.7 0.6 0.8 1.1 1.6 1.0 0.8 1.3 0.6 0.5 0.5 0.8 0.7 0.4
0
0.6 0.5 0.7 1.3 3.4 3.3 3.2 3.2
[1] 5p9m.a 3.4 3.2 2.1 2.0 2.0 2.2 3.1 3.1 3.1 3.2 3.0 3.0 3.1 3.1 3.1 3.2 3.0 3.2 3.3 3.2 3.2 3.3 3.2 3.1 1.6 0.8 1.3 3.1 3.3 3.2 3.0 3.0 3.0 3.4 1.9 3.3 0.6
0
3.1 3.4 3.2 4.3 4.2 5.1 3.2
[1] 5t18.a 1.1 0.9 1.9 1.9 1.7 2.0 0.7 0.7 0.9 0.9 0.8 0.8 0.7 0.8 0.7 1.0 0.7 0.6 1.3 1.4 0.9 1.0 0.9 0.7 0.8 1.4 1.7 0.9 1.0 0.9 0.6 0.6 0.6 1.2 0.8 0.7 0.5 3.1
0
1.0 0.9 4.3 3.9 5.7 3.3
[1] 5u9d.a 0.6 1.7 2.0 1.9 1.9 2.0 1.1 1.1 1.4 1.7 1.3 1.4 1.2 1.2 1.3 1.7 0.9 1.3 1.2 1.7 0.8 0.7 0.8 1.1 0.8 1.2 1.6 1.4 1.5 1.6 1.1 1.0 1.2 1.0 0.6 0.8 0.7 3.4 1.0
0
1.6 4.3 3.7 5.8 3.2
[1] 5vgo.a 1.9 0.2 2.4 2.2 2.2 2.3 0.9 1.0 1.0 0.2 1.0 0.9 1.0 0.9 0.9 0.3 1.2 0.7 1.8 1.7 1.6 1.7 1.5 1.2 1.7 2.0 2.3 1.0 0.8 0.1 1.1 1.1 1.1 1.9 1.6 1.4 1.3 3.2 0.9 1.6
0
4.2 3.8 5.7 3.3
[2] 3pix.a 4.6 4.2 1.9 1.7 1.5 1.7 4.3 4.2 4.2 4.2 4.2 4.1 4.2 4.1 4.2 4.2 4.2 4.3 4.7 4.8 4.4 4.5 4.4 4.3 3.9 4.0 2.2 4.2 4.4 4.2 4.2 4.2 4.2 4.6 4.0 4.3 3.4 4.3 4.3 4.3 4.2
0
3.1 5.4 4.1
[3] 3piy.a 3.9 3.9 2.0 1.9 1.5 1.6 3.8 3.7 3.7 3.8 3.7 3.7 3.7 3.7 3.8 3.8 3.8 3.8 4.2 4.2 3.9 4.0 3.9 3.9 3.7 3.8 2.7 3.7 3.9 3.9 3.8 3.8 3.7 4.1 3.7 3.8 3.3 4.2 3.9 3.7 3.8 3.1
0
6.2 4.3
[4] 3p08.b 5.3 5.7 3.8 3.7 3.7 3.9 5.8 5.7 5.7 5.7 5.7 5.7 5.7 5.7 5.8 5.7 5.7 5.7 6.0 6.0 5.7 5.8 5.7 5.8 5.5 5.1 4.7 5.8 6.0 5.7 5.7 5.7 5.7 5.8 5.9 5.8 3.2 5.1 5.7 5.8 5.7 5.4 6.2
0
5.0
[5] 3oct.a 3.2 3.3 2.6 2.5 2.7 2.2 3.2 3.2 3.3 3.3 3.2 3.3 3.2 3.3 3.3 3.3 3.3 3.2 3.1 2.9 3.2 3.2 3.2 3.4 3.3 3.1 3.1 3.4 3.4 3.3 3.3 3.3 3.4 3.1 3.2 3.4 3.2 3.2 3.3 3.2 3.3 4.1 4.3 5.0
0
[Binding site backbone RMSD matrix]

Site full-atom RMSD (median 1.4 Å)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by RMSD of all site residue atoms

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥10 Å
9 Å
8 Å
7 Å
6 Å
5 Å
4 Å
3 Å
2 Å
1 Å
0 Å
3gen.a
3ocs.a
3piz.a
3pj1.a
3pj2.a
3pj3.a
4nwm.a
4ot5.a
4ot6.a
4otf.a
4otq.a
4otr.a
4rfy.a
4rfz.a
4rg0.a
4rx5.a
4y93.a
4y95.a
4yhf.a
4yhf.b
4z3v.a
4zly.a
4zlz.a
5bpy.a
5bq0.a
5fbn.c
5fbo.a
5j87.a
5jrs.a
5kup.a
5p9f.a
5p9g.a
5p9h.a
5p9i.a
5p9j.a
5p9k.a
5p9l.a
5p9m.a
5t18.a
5u9d.a
5vgo.a
3pix.a
3piy.a
3p08.b
3oct.a
[1] 3gen.a
0
2.6 3.3 2.6 3.1 3.3 1.4 1.5 2.0 2.7 1.7 1.8 1.6 1.6 1.7 2.7 1.4 2.3 1.4 1.9 1.2 1.0 1.2 1.6 0.9 1.1 1.9 1.9 2.0 2.5 1.6 1.4 1.4 0.9 0.8 1.3 1.1 3.1 1.2 1.0 2.6 4.9 4.6 5.5 4.1
[1] 3ocs.a 2.6
0
2.9 2.7 2.8 2.8 1.2 1.8 1.9 0.7 1.8 1.8 1.8 1.8 1.7 0.7 2.3 1.1 2.6 2.2 2.5 2.6 2.4 2.0 2.5 2.8 3.4 1.6 1.3 0.8 2.1 2.0 2.1 2.7 2.5 2.3 2.3 3.6 1.1 2.6 0.8 4.9 4.8 6.5 4.1
[1] 3piz.a 3.3 2.9
0
1.3 1.3 0.8 2.4 2.9 3.1 3.0 2.9 3.0 2.9 2.9 3.0 3.0 3.5 2.8 3.4 3.1 3.4 3.3 3.4 3.3 3.4 3.3 3.2 3.5 2.7 3.0 3.5 3.3 3.3 3.3 3.2 3.3 3.4 3.3 2.4 3.3 3.0 3.0 3.1 4.1 3.4
[1] 3pj1.a 2.6 2.7 1.3
0
1.8 1.4 2.3 2.6 2.7 2.9 2.6 2.7 2.6 2.6 2.7 2.8 2.9 2.6 2.6 2.7 2.8 2.7 2.8 2.8 2.8 2.7 2.6 3.1 2.7 2.9 2.9 2.7 2.7 2.7 2.6 2.7 2.8 2.8 2.4 2.6 2.9 2.4 2.5 4.0 3.2
[1] 3pj2.a 3.1 2.8 1.3 1.8
0
1.3 2.1 2.7 2.8 2.8 2.8 2.8 2.7 2.8 2.8 2.8 3.4 2.6 3.2 3.0 3.3 3.2 3.3 3.2 3.2 3.2 3.0 3.4 2.5 2.8 3.4 3.1 3.3 3.1 3.1 3.2 3.3 3.2 2.1 3.2 2.8 2.6 2.9 3.9 3.5
[1] 3pj3.a 3.3 2.8 0.8 1.4 1.3
0
2.4 2.9 3.0 3.0 2.9 3.0 2.9 2.9 3.0 2.9 3.6 2.8 3.4 3.1 3.4 3.4 3.4 3.4 3.4 3.4 3.2 3.5 2.7 3.0 3.5 3.3 3.4 3.3 3.3 3.4 3.5 3.4 2.5 3.3 3.0 2.9 2.7 4.2 2.7
[1] 4nwm.a 1.4 1.2 2.4 2.3 2.1 2.4
0
0.7 1.1 1.2 0.8 0.8 0.8 0.9 0.8 1.2 0.9 1.0 1.4 1.8 1.4 1.5 1.4 1.2 1.4 1.7 2.4 0.9 1.2 1.1 0.7 0.7 0.7 1.6 1.3 1.2 1.0 3.2 0.9 1.4 1.1 4.7 4.6 6.5 3.9
[1] 4ot5.a 1.5 1.8 2.9 2.6 2.7 2.9 0.7
0
1.0 1.9 0.6 0.8 0.5 0.7 0.7 1.8 1.1 1.6 1.5 1.9 1.4 1.5 1.4 1.3 1.4 1.8 2.5 0.8 1.3 1.7 0.8 0.6 0.7 1.7 1.4 1.2 0.9 3.1 0.9 1.4 1.7 4.6 4.5 6.4 4.2
[1] 4ot6.a 2.0 1.9 3.1 2.7 2.8 3.0 1.1 1.0
0
2.0 0.9 0.8 1.0 1.1 0.9 1.9 1.4 1.9 1.6 2.1 1.5 1.8 1.5 1.3 1.7 2.0 2.7 1.2 1.1 1.8 1.2 1.1 1.2 1.9 1.6 1.4 1.2 3.2 1.2 1.7 1.8 4.8 4.6 6.2 4.2
[1] 4otf.a 2.7 0.7 3.0 2.9 2.8 3.0 1.2 1.9 2.0
0
1.9 1.8 1.9 1.9 1.8 0.6 2.3 1.1 2.7 2.3 2.5 2.6 2.5 2.1 2.6 2.8 3.4 1.8 1.3 0.6 2.2 2.1 2.1 2.8 2.6 2.4 2.5 3.6 1.2 2.6 0.6 5.0 4.9 6.5 4.2
[1] 4otq.a 1.7 1.8 2.9 2.6 2.8 2.9 0.8 0.6 0.9 1.9
0
0.7 0.4 0.6 0.8 1.8 1.1 1.6 1.6 1.9 1.4 1.6 1.4 1.3 1.6 1.9 2.6 0.8 1.2 1.7 0.8 0.8 0.8 1.8 1.5 1.4 1.0 3.1 1.0 1.6 1.7 4.7 4.5 6.4 4.2
[1] 4otr.a 1.8 1.8 3.0 2.7 2.8 3.0 0.8 0.8 0.8 1.8 0.7
0
0.8 0.8 0.4 1.8 1.1 1.7 1.6 2.0 1.6 1.8 1.5 1.3 1.7 2.0 2.7 0.9 1.3 1.6 0.9 0.8 0.9 1.9 1.6 1.4 1.2 3.2 1.1 1.7 1.6 4.7 4.5 6.4 4.2
[1] 4rfy.a 1.6 1.8 2.9 2.6 2.7 2.9 0.8 0.5 1.0 1.9 0.4 0.8
0
0.5 0.8 1.9 1.1 1.6 1.5 1.9 1.3 1.5 1.3 1.2 1.5 1.8 2.6 0.7 1.2 1.7 0.7 0.7 0.8 1.7 1.4 1.2 0.9 3.1 0.9 1.5 1.8 4.6 4.5 6.4 4.2
[1] 4rfz.a 1.6 1.8 2.9 2.6 2.8 2.9 0.9 0.7 1.1 1.9 0.6 0.8 0.5
0
0.8 1.9 1.2 1.6 1.6 2.0 1.4 1.6 1.4 1.2 1.5 1.9 2.6 0.8 1.2 1.7 0.9 0.8 0.8 1.8 1.5 1.3 0.9 3.1 1.0 1.6 1.7 4.6 4.5 6.4 4.2
[1] 4rg0.a 1.7 1.7 3.0 2.7 2.8 3.0 0.8 0.7 0.9 1.8 0.8 0.4 0.8 0.8
0
1.7 1.1 1.6 1.6 2.0 1.5 1.7 1.5 1.4 1.6 1.9 2.6 0.9 1.3 1.6 1.0 0.8 0.8 1.8 1.6 1.4 1.2 3.2 1.1 1.7 1.6 4.7 4.6 6.5 4.2
[1] 4rx5.a 2.7 0.7 3.0 2.8 2.8 2.9 1.2 1.8 1.9 0.6 1.8 1.8 1.9 1.9 1.7
0
2.3 1.2 2.6 2.3 2.5 2.7 2.5 2.1 2.6 2.8 3.4 1.8 1.3 0.6 2.1 2.1 2.1 2.8 2.6 2.4 2.4 3.7 1.2 2.6 0.6 5.0 4.9 6.5 4.2
[1] 4y93.a 1.4 2.3 3.5 2.9 3.4 3.6 0.9 1.1 1.4 2.3 1.1 1.1 1.1 1.2 1.1 2.3
0
2.0 1.4 1.9 1.4 1.5 1.4 1.4 1.4 1.7 2.5 1.3 1.5 2.1 0.9 1.0 0.9 1.5 1.3 1.4 1.2 3.0 1.0 1.5 2.1 4.7 4.6 6.5 4.4
[1] 4y95.a 2.3 1.1 2.8 2.6 2.6 2.8 1.0 1.6 1.9 1.1 1.6 1.7 1.6 1.6 1.6 1.2 2.0
0
2.4 2.2 2.1 2.2 2.1 1.9 2.2 2.5 3.2 1.7 1.3 1.1 1.9 1.8 1.9 2.3 2.2 2.1 2.1 3.5 0.8 2.2 1.1 4.9 4.8 6.5 4.1
[1] 4yhf.a 1.4 2.6 3.4 2.6 3.2 3.4 1.4 1.5 1.6 2.7 1.6 1.6 1.5 1.6 1.6 2.6 1.4 2.4
0
1.5 1.5 1.5 1.5 1.4 1.6 1.3 2.1 1.6 1.6 2.5 1.5 1.5 1.6 1.4 1.4 1.5 1.5 2.9 1.4 1.6 2.5 4.4 4.1 5.5 3.9
[1] 4yhf.b 1.9 2.2 3.1 2.7 3.0 3.1 1.8 1.9 2.1 2.3 1.9 2.0 1.9 2.0 2.0 2.3 1.9 2.2 1.5
0
2.0 2.0 2.0 1.9 2.0 1.6 2.4 2.0 1.9 2.3 1.8 1.9 2.0 1.9 1.9 2.0 1.9 3.2 1.6 2.0 2.3 5.1 5.0 6.3 3.9
[1] 4z3v.a 1.2 2.5 3.4 2.8 3.3 3.4 1.4 1.4 1.5 2.5 1.4 1.6 1.3 1.4 1.5 2.5 1.4 2.1 1.5 2.0
0
0.6 0.3 1.2 1.0 1.4 2.3 1.7 1.5 2.4 1.4 1.2 1.3 1.1 0.9 1.1 0.9 3.2 1.0 1.1 2.4 4.9 4.7 6.3 4.3
[1] 4zly.a 1.0 2.6 3.3 2.7 3.2 3.4 1.5 1.5 1.8 2.6 1.6 1.8 1.5 1.6 1.7 2.7 1.5 2.2 1.5 2.0 0.6
0
0.6 1.4 0.8 1.3 2.1 1.8 1.7 2.5 1.5 1.3 1.4 0.8 0.7 1.0 0.9 3.2 1.1 1.0 2.5 4.9 4.8 6.4 4.3
[1] 4zlz.a 1.2 2.4 3.4 2.8 3.3 3.4 1.4 1.4 1.5 2.5 1.4 1.5 1.3 1.4 1.5 2.5 1.4 2.1 1.5 2.0 0.3 0.6
0
1.2 1.1 1.5 2.3 1.6 1.5 2.4 1.3 1.2 1.3 1.1 0.9 1.1 0.9 3.1 1.0 1.1 2.4 4.9 4.7 6.3 4.3
[1] 5bpy.a 1.6 2.0 3.3 2.8 3.2 3.4 1.2 1.3 1.3 2.1 1.3 1.3 1.2 1.2 1.4 2.1 1.4 1.9 1.4 1.9 1.2 1.4 1.2
0
1.4 1.7 2.6 1.4 0.7 2.0 1.2 1.2 1.2 1.5 1.3 1.1 0.9 3.2 0.9 1.5 2.0 4.9 4.8 6.3 4.3
[1] 5bq0.a 0.9 2.5 3.4 2.8 3.2 3.4 1.4 1.4 1.7 2.6 1.6 1.7 1.5 1.5 1.6 2.6 1.4 2.2 1.6 2.0 1.0 0.8 1.1 1.4
0
1.3 2.1 1.8 1.7 2.5 1.4 1.2 1.3 0.8 0.7 0.8 0.9 1.6 0.9 0.9 2.5 4.3 4.4 6.0 4.4
[1] 5fbn.c 1.1 2.8 3.3 2.7 3.2 3.4 1.7 1.8 2.0 2.8 1.9 2.0 1.8 1.9 1.9 2.8 1.7 2.5 1.3 1.6 1.4 1.3 1.5 1.7 1.3
0
1.9 2.1 1.9 2.7 1.8 1.6 1.7 1.0 1.2 1.5 1.4 1.2 1.5 1.4 2.7 4.2 4.2 5.3 4.1
[1] 5fbo.a 1.9 3.4 3.2 2.6 3.0 3.2 2.4 2.5 2.7 3.4 2.6 2.7 2.6 2.6 2.6 3.4 2.5 3.2 2.1 2.4 2.3 2.1 2.3 2.6 2.1 1.9
0
2.9 2.8 3.3 2.6 2.3 2.5 2.0 2.0 2.3 2.3 2.2 2.2 2.2 3.3 2.7 3.4 5.5 4.3
[1] 5j87.a 1.9 1.6 3.5 3.1 3.4 3.5 0.9 0.8 1.2 1.8 0.8 0.9 0.7 0.8 0.9 1.8 1.3 1.7 1.6 2.0 1.7 1.8 1.6 1.4 1.8 2.1 2.9
0
1.2 1.7 1.0 1.0 1.1 2.0 1.7 1.5 1.2 3.2 1.1 1.8 1.7 4.7 4.6 6.6 4.4
[1] 5jrs.a 2.0 1.3 2.7 2.7 2.5 2.7 1.2 1.3 1.1 1.3 1.2 1.3 1.2 1.2 1.3 1.3 1.5 1.3 1.6 1.9 1.5 1.7 1.5 0.7 1.7 1.9 2.8 1.2
0
1.3 1.2 1.2 1.2 1.8 1.5 1.2 1.0 3.3 1.1 1.7 1.3 4.8 4.5 6.1 4.2
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