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BRD4_HUMAN_42_168

Bromodomain-containing protein 4

Composition of the binding site

Protein chains monomer [domain annotation]
A1 (BRD4_HUMAN):D: Bromo 1 (78, 79, 81:88, 90:97, 132, 135, 136, 139:141, 144:146)
40, 41, 148, 149
40, 41, 78, 79, 81:88, 90:97, 132, 135, 136, 139:141, 144:146, 148, 149

Full PDB list

3zyu, 4bw1, 4bw2, 4bw3, 4bw4, 4clb, 4e96, 4f3i, 4hxl, 4hxm, 4lrg, 4lys, 4lyw, 4mep, 4nr8, 4nuc, 4nud, 4nue, 4o72, 4o77, 4o78, 4o7b, 4o7c, 4o7e, 4o7f, 4qr5, 4uix, 4uiy, 4uiz, 4wiv, 4yh3, 4yh4, 4z1q, 4zw1, 5a5s, 5a85, 5acy, 5ad2, 5cfw, 5coi, 5cp5, 5cpe, 5cqt, 5crz, 5cs8, 5ctl, 5d0c, 5d24, 5d25, 5d26, 5d3h, 5d3j, 5d3l, 5d3n, 5d3p, 5d3r, 5d3s, 5d3t, 5dlx, 5dlz, 5dw2, 5dx4, 5e0r, 5egu, 5ei4, 5f5z, 5fbx, 5hls, 5kdh, 5khm, 5ku3, 5lj2, 5n2m, 5ti7, 5u28, 5u2e, 5u2f, 5ula, 5uvw, 5vom (Pocketome entry); 2oss, 2yel, 3jvj, 3jvk, 3muk, 3mul, 3mxf, 3p5o, 3svf, 3svg, 3u5j, 3u5k, 3u5l, 3uvw, 3uvx, 3uvy, 3uw9, 4a9l, 4c66, 4c67, 4cfk, 4cfl, 4cl9, 4don, 4gpj, 4hbv, 4hbw, 4hbx, 4hby, 4hxk, 4hxn, 4hxo, 4hxp, 4hxr, 4hxs, 4ioo, 4ioq, 4ior, 4j0r, 4j0s, 4j3i, 4kv1, 4lr6, 4lyi, 4lzr, 4lzs, 4men, 4meo, 4meq, 4mr3, 4mr4, 4nqm, 4o70, 4o71, 4o74, 4o75, 4o76, 4o7a, 4ogi, 4ogj, 4pce, 4pci, 4ps5, 4qb3, 4qr3, 4qr4, 4qzs, 4uyd, 4whw, 4x2i, 4xy9, 4xya, 4z1s, 4zc9, 5ad3, 5bt4, 5crm, 5cy9, 5eis, 5f60, 5f61, 5f62, 5f63, 5h21, 5hcl, 5hm0, 5hq5, 5hq6, 5hq7, 5i80, 5i88, 5igk, 5kj0, 5lj1, 5lrq, 5luu, 5m39, 5m3a, 5mkz, 5mli, 5ti2, 5ti3, 5ti4, 5ti5, 5ti6, 5v67, 5wuu, 5y1y (unprocessed)

Pocket contact map

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PDB.ch
   
ligand
A1
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[1]3zyu.a 1gh31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4bw1.a s5b31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4bw2.a uth31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4bw3.a 9bm33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4bw4.a 9b634 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4clb.a 83t30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4e96.a 0ns24 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4f3i.a 0s628 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4hxl.a 1a932 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4hxm.a 1a827 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4lrg.a 1xb27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4lys.a 2sj28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4lyw.a 21q29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4mep.a 24y26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4nr8.a 2ll32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4nuc.a 43527 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4nud.a nud27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4nue.a nue28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4o72.a 2r430 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4o77.a 2re25 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4o78.a pge,sav40 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4o7b.a 2rj33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4o7c.a 2rk28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4o7e.a 2rn,2rn,2rn,2rn96 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4o7f.a 2rq33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4qr5.a bnm27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4uix.a ca,tvu33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4uiy.a 5v232 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4uiz.a n1d33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4wiv.a 3p227 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4yh3.a y8029 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4yh4.a y8125 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4z1q.a 55830 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4zw1.a 4v124 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5a5s.a np827 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5a85.a 78j27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5acy.a 9s334 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5ad2.a etu34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5cfw.a 53w34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5coi.a 55k28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5cp5.a eb026 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5cpe.a eb226 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5cqt.a eb325 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5crz.a eb727 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5cs8.a eb829 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5ctl.a eb925 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5d0c.a e0b29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5d24.a l2625 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5d25.a 56m28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5d26.a l2829 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5d3h.a 57g30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5d3j.a l3328 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5d3l.a 57f30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5d3n.a l4026 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5d3p.a 57e27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5d3r.a 57c31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5d3s.a 57930 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5d3t.a 56y25 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5dlx.a 5d235 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5dlz.a 5d134 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5dw2.a 5gd31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5dx4.a e0c28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5e0r.a 5j527 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5egu.a 5nq34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5ei4.a 5nv29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5f5z.a 5vy36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5fbx.a 5w424 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5hls.a 62g26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5kdh.a 6rx25 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5khm.a xnh35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5ku3.a 6xh31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5lj2.a 6xw36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5n2m.a 8j231 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5ti7.a 7cq25 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5u28.a 82v26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5u2e.a 83727 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5u2f.a 82y26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5ula.a 5mj26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5uvw.a 8ng,8ng64 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5vom.a 9gy31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Site contact map

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[1]3zyu.a - - . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4bw1.a - - . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . .
[1]4bw2.a - - . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . .
[1]4bw3.a - - . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4bw4.a - - . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4clb.a - - . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4e96.a - - . . * . . . * . . . . * * . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4f3i.a - - . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4hxl.a - - . . . . . . * . . . . * * * . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4hxm.a - - . . . . . . * . . . . * * * . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4lrg.a - G . . * . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4lys.a - - . . . . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4lyw.a - - . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . .
[1]4mep.a - - . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . .
[1]4nr8.a - - . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4nuc.a - - . . * . . . * . . . . * . . . . . . . . . . * . . . . . .
[1]4nud.a - - . . . . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4nue.a - - . . * . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4o72.a - - . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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[1]4o78.a - - . . . . . . * . . . . . * . . . . . . . . . . . * * . . .
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[1]4qr5.a - - . . * . . . * . . . . * * * . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4uix.a - - K . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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[1]4wiv.a - - . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . .
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[1]4yh4.a - - . . . . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . * . . . . .
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[1]4zw1.a - - . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . .
[1]5a5s.a - - K . * . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5a85.a - - . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5acy.a - - . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5ad2.a - - . . . . . . * . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . .
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[1]5cpe.a P R . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * .
[1]5cqt.a P R . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * .
[1]5crz.a P R . . . . . . * . . . . * * * . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5cs8.a P R . . * . . . * . . . . * * . . . . . . . . . . . . . . . .
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[1]5dlz.a - - . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5dw2.a - - . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5dx4.a - - . . * . . . * . . . . * * . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5e0r.a - - . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5egu.a - - . . * . . . * . . . . . * . * . . . . . . . . . . . . . .
[1]5ei4.a - - . . * . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5f5z.a - - . . * . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5fbx.a - - . . * . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5hls.a - - . . * . . . * . . . . * . * . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5kdh.a - - . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5khm.a - - . . * . . . * . . . . * * . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5ku3.a - - . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5lj2.a - - . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5n2m.a - - . . . . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . * . . .
[1]5ti7.a - - . . * . . . * . . . . * * . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5u28.a - - . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . *
[1]5u2e.a - - . . . . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . *
[1]5u2f.a - - . . . . . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . *
[1]5ula.a - - . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * * . * . . .
[1]5uvw.a - - . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . * . . . .
[1]5vom.a - - . . * . . . * . . . . . . . . . . . . . . . * . . * . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Pocket-ligand steric compatibility

Ligands (x) vs pockets (y) colored by number of steric clashes

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketligand
≥10
9
8
7
6
5
4
3
2
1
0
3zyu.a:1gh
4bw1.a:s5b
4bw2.a:uth
4bw3.a:9bm
4bw4.a:9b6
4clb.a:83t
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4hxl.a:1a9
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4lrg.a:1xb
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4nr8.a:2ll
4nuc.a:435
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4o77.a:2re
4o78.a:pge,sav
4o7b.a:2rj
4o7c.a:2rk
4o7e.a:2rn
4o7f.a:2rq
4qr5.a:bnm
4uix.a:ca,tvu
4uiy.a:5v2
4uiz.a:n1d
4wiv.a:3p2
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5a85.a:78j
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5cp5.a:eb0
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5cqt.a:eb3
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5d24.a:l26
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5d3h.a:57g
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5e0r.a:5j5
5egu.a:5nq
5ei4.a:5nv
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5fbx.a:5w4
5hls.a:62g
5kdh.a:6rx
5khm.a:xnh
5ku3.a:6xh
5lj2.a:6xw
5n2m.a:8j2
5ti7.a:7cq
5u28.a:82v
5u2e.a:837
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5ula.a:5mj
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5vom.a:9gy
[1] 3zyu.a
0
0 0 0 0 0 0 0.1 0 0 0.1 0.4 0.1 0 0.1 1.4 0 1.4 0.1 0.2 0 0.1 0.1 0.2 0 0.1 0.5 0 0.2 0 0 0 0.1 0 0 0 0 0 0.2 0 0.2 0.2 0 0.1 0.1 0 0 0.3 0 0 0.1 0 0 0 0 0.4 0.1 0.1 0 0.1 0 0.3 0.1 0.2 0.2 0.5 0 0 0.1 0 0 0 0 0.3 0.2 0.3 0.2 0 1.0 0
[1] 4bw1.a 0
0
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[1] 4bw2.a 0 0
0
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[1] 4bw3.a 0.2 0.1 0.1
0
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[1] 4bw4.a 0.2 0 0.1 0
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0
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[1] 4f3i.a 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0
0
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0
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[1] 4lyw.a 0.1 0.1 0 0.1 0.1 0 0 0.1 0 0 0.1 0.5
0
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[1] 4mep.a 0.1 0.1 0.1 0.2 0.3 0.2 0.1 0 0.1 0.1 0.1 0.9 0.1
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[1] 4nr8.a 0 0.1 0 0.1 0.2 0.5 0 0 3.6 0.1 0.1 0.5 0.7 1.1
0
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[1] 4nuc.a 0.8 0.8 0.6 0.6 0.9 0.6 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.9 1.3 0 1.2
0
0.2 0 0.3 1.0 0.7 0.4 0.1 0.9 0.5 0.1 0.5 0.1 0.4 0.6 0.6 0.8 0.2 0 0.6 0.5 1.8 0.8 1.5 0.4 0.5 0.7 0.3 0.5 0.7 0.6 0.4 0.1 0.4 0.7 0.8 0.7 1.4 0.7 0.6 2.0 0 0.9 0.5 0.2 0.3 0.2 0.3 0.4 0.3 0.7 0.3 0.2 0.2 0.8 0 0.5 0.6 0.2 0.4 0.8 0.5 0.3 1.2 0.4
[1] 4nud.a 0.2 0 0 0.1 0.1 0.3 0 0.1 0 0 0.3 0.5 1.4 0 1.0 0.9
0
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[1] 4nue.a 0.5 0.4 0.5 0.3 0.5 0.2 0.1 0.1 0 0 0.1 0.5 1.3 0 1.0 0 0
0
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[1] 4o72.a 0.3 0.3 0.1 0.2 0.1 0.2 0 0 0.2 0.2 0 0.2 0.2 0.2 0.7 0.6 0.1 0.6
0
1.2 0.3 0.1 0.1 0.6 0.1 0.2 0.5 0.1 0.3 0.1 0 0.2 0 0.1 0.7 0.1 0.1 0.1 0.7 0.3 0.5 0.4 0.2 0.5 0.3 0.4 0.4 0.3 0.1 0 0.1 0 0.2 0 0 0.9 0.6 0.2 0.3 0 0 0.7 0.2 0.1 0.2 0.5 0 0 0.1 0 0.1 0.4 0.1 0.4 0.5 0.3 0.5 0 1.1 0
[1] 4o77.a 0.1 0.2 0.1 0.4 0.3 0.3 0.1 0.1 2.8 0.5 0.4 0.4 0.4 1.1 0.2 0.8 0.1 0.7 0.3
0
0.2 0.4 1.4 0.4 0.3 0.4 0.3 0.1 0.2 0.1 0.1 0 0.3 1.5 0 0.1 0.9 0 0.6 0.4 0.5 0.2 0.2 0.4 0.4 0.4 0.4 3.0 1.8 1.6 1.4 1.3 0.9 0.3 0.2 1.7 1.5 0.6 0 0 0.1 1.0 0.4 0.6 0.2 0.8 0.1 0.1 0.4 0.1 0.2 0.1 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 1.3 1.5
[1] 4o78.a 0.4 0.4 0.5 0.4 0.6 0.4 0.2 0.7 0.5 0.5 0.8 1.3 0.1 0.2 1.0 0.6 0 0.6 0.3 0.8
0
1.0 0 0.6 0.2 1.0 1.4 0.2 0.1 0.4 0.6 1.3 1.7 0.1 0.2 0.8 0.6 1.0 1.4 0.8 0.9 0.7 0.7 0.4 0.3 0.2 0.2 0.4 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.7 0.6 0 0.3 0.3 2.3 0.2 0.3 0.8 0.2 0.9 0.9 0.5 0.1 0.3 0.8 0.7 0.2 0 0.2 0 1.4 0.6
[1] 4o7b.a 0.4 0.1 0.1 0.2 0.1 0.3 0 0 0.1 0.1 0 0.4 0 0.1 0.5 0.6 0 0.6 0.1 0.9 0.4
0
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[1] 5ti7.a 0.7 0.6 0.2 0.4 0.5 1.0 0 0.1 0.2 0 0.2 0.4 1.9 0.1 1.4 0.7 0 0.3 1.0 0.9 0.9 0.4 0.4 0.4 0.3 0 0.5 0.1 0.3 0.1 0.3 0.3 0.2 0.3 0.6 0.2 2.4 0.2 1.7 0.3 0.2 0.7 0.3 0.4 0.3 0.4 0.4 0.4 1.1 1.1 1.2 0.8 2.9 1.1 0.8 2.5 0.6 1.2 0.1 0.1 0 0.2 1.1 0.7 0.4 1.1 0.3 0.1 0.1 0.3 0.3 0.2 0.7
0.1
0.3 0.6 0.3 0.8 1.3 0.6
[1] 5u28.a 0.6 0.4 0.3 0.4 0.6 0.8 0.1 0.6 0.5 0.5 0.6 0.2 0.3 0.2 0.2 0.7 0.1 0.5 0.3 0.2 0.3 0.6 0.2 0.3 0.4 0.3 0.6 0.3 0.3 0.3 0.6 0.4 0.4 0.3 0.2 0.3 0.6 0.2 0.2 0.5 0.6 0.7 0.4 0.6 0.5 0.3 0.5 0.3 0.5 0.2 0.4 0.2 0.5 0.5 0.2 0.4 0.2 0.4 0 0.1 0.2 1.3 0.6 0.4 0.5 0.9 0.4 0.3 0.4 0.5 0.4 0.3 0.6 0.7
0
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[1] 5u2e.a 0.3 0.1 0 0.3 0.4 0.6 0.1 0.2 0.1 0.3 0.2 0.1 0.5 0.1 0.5 1.1 0 0.8 0.2 0.4 0.2 0.4 0.1 0.4 0.3 0.1 0.1 0 0.2 0.2 0.1 0.1 0.3 0.2 0.1 0.2 0.4 0.1 0.7 0.5 0.6 0.6 0.3 0.5 0.5 0.4 0.7 0.3 0.1 0 0 0.1 1.2 0.3 0.2 1.1 0.2 0.2 0.1 0 0 0.8 0.3 0.2 0.2 0.7 0.3 0.2 0.1 0.1 0.2 0 0.2 0.6 0
0
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[1] 5u2f.a 0.3 0.2 0.1 0.4 0.4 0.4 0.1 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.6 0.2 0.8 0.6 0 0.5 0.1 0 0.5 0.3 0.1 0.5 0.3 0.3 0.2 0.1 0.3 0.2 0.1 0.2 0.3 0.1 0 0.1 0.8 0.1 1.3 0.5 0.4 0.5 0.4 0.5 0.5 0.4 0.9 0.4 0.3 0.2 0.2 0.5 1.5 0.6 0.2 1.7 0.3 0.3 0.2 0 0 1.0 0.2 0.2 0.2 0.7 0.3 0.2 0.2 0.3 0.2 0 0.3 0.6 0.1 0.1
0
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[1] 5ula.a 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.1 1.0 0.2 0.1 0.7 1.2 0.3 0.7 0.5 1.4 0.2 0.6 0.4 1.3 0.4 0.2 1.2 1.5 0.4 0.1 0.3 0.5 0.3 0.2 0.8 0.2 0.1 0.6 1.0 0.3 0.4 0.5 0.3 0.2 0.4 0.4 0.3 0.1 0.2 0.3 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.4 0.5 0.5 0.9 0.2 0.5 0.3 0.2 0.5 0.4 0.4 0.1 0.2 0.2 0.7 0.1 0.6 0.1 0.4 0.9 0.9 1.2
0
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0
[Pocket-ligand steric clashes matrix]

Pocket clash dissimilarity (1 cluster)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by ligand clash profile difference

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥1.
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
.0
3zyu.a
4bw1.a
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0
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[1] 4bw1.a .06
0
.04 .05 .05 .05 .15 .05 .15 .16 .11 .08 .08 .07 .11 .13 .14 .12 .06 .16 .14 .07 .05 .16 .12 .15 .08 .10 .08 .04 .06 .10 .11 .08 .19 .08 .06 .06 .16 .15 .13 .14 .15 .16 .16 .19 .16 .13 .12 .11 .09 .10 .05 .10 .08 .08 .08 .06 .10 .07 .06 .13 .09 .17 .13 .13 .12 .16 .09 .21 .13 .06 .14 .16 .13 .11 .16 .15 .15 .10
[1] 4bw2.a .05 .04
0
.05 .04 .07 .14 .04 .13 .14 .11 .10 .06 .07 .11 .13 .13 .10 .06 .14 .12 .06 .04 .16 .12 .13 .07 .09 .06 .03 .04 .08 .10 .07 .16 .05 .06 .05 .15 .14 .15 .14 .15 .15 .15 .18 .15 .12 .10 .10 .08 .09 .05 .09 .08 .08 .07 .05 .09 .05 .05 .14 .06 .15 .12 .12 .13 .16 .08 .18 .13 .05 .13 .14 .11 .12 .15 .15 .13 .10
[1] 4bw3.a .05 .05 .05
0
.02 .06 .13 .05 .11 .12 .11 .11 .04 .07 .13 .12 .13 .11 .08 .15 .14 .06 .04 .15 .11 .11 .07 .09 .06 .06 .05 .10 .07 .07 .18 .06 .04 .05 .19 .13 .13 .13 .14 .14 .13 .16 .15 .14 .09 .09 .08 .09 .04 .09 .09 .05 .06 .06 .10 .06 .05 .11 .06 .14 .11 .14 .13 .16 .07 .18 .12 .05 .13 .14 .12 .12 .15 .14 .15 .10
[1] 4bw4.a .05 .05 .04 .02
0
.06 .14 .04 .14 .15 .10 .11 .06 .07 .12 .11 .14 .09 .07 .13 .14 .07 .04 .13 .11 .14 .07 .09 .06 .05 .05 .09 .07 .06 .17 .06 .05 .05 .16 .14 .14 .14 .14 .16 .15 .19 .15 .13 .09 .10 .09 .08 .03 .10 .08 .06 .06 .06 .11 .06 .05 .12 .07 .16 .12 .13 .13 .16 .07 .17 .12 .05 .13 .14 .13 .12 .15 .13 .15 .10
[1] 4clb.a .06 .05 .07 .06 .06
0
.14 .05 .12 .13 .12 .07 .07 .07 .13 .12 .12 .11 .08 .15 .14 .07 .05 .15 .10 .12 .06 .09 .07 .07 .05 .10 .09 .10 .19 .09 .06 .05 .16 .15 .13 .14 .14 .15 .14 .17 .17 .16 .12 .12 .11 .11 .06 .12 .10 .07 .08 .07 .09 .07 .05 .13 .10 .16 .12 .13 .11 .17 .09 .21 .13 .05 .13 .15 .11 .09 .13 .15 .16 .09
[1] 4e96.a .14 .15 .14 .13 .14 .14
0
.14 .12 .11 .09 .14 .14 .15 .22 .08 .08 .05 .13 .14 .19 .10 .14 .09 .07 .11 .11 .08 .13 .14 .12 .12 .13 .16 .22 .16 .15 .14 .25 .20 .07 .21 .20 .10 .06 .12 .24 .11 .09 .13 .10 .13 .14 .11 .10 .14 .13 .12 .14 .15 .14 .12 .15 .16 .05 .09 .06 .13 .17 .17 .22 .12 .10 .05 .15 .15 .13 .25 .11 .17
[1] 4f3i.a .05 .05 .04 .05 .04 .05 .14
0
.12 .13 .08 .10 .06 .06 .13 .12 .11 .10 .07 .14 .14 .05 .04 .15 .10 .12 .06 .09 .06 .05 .05 .08 .08 .08 .17 .06 .05 .04 .16 .15 .15 .14 .15 .15 .14 .17 .16 .13 .10 .08 .08 .07 .03 .10 .08 .06 .07 .07 .10 .04 .03 .13 .07 .16 .12 .11 .11 .15 .07 .19 .12 .05 .12 .14 .12 .11 .16 .14 .15 .09
[1] 4hxl.a .12 .15 .13 .11 .14 .12 .12 .12
0
.01 .12 .08 .12 .13 .21 .12 .11 .10 .12 .14 .17 .08 .12 .13 .10 .01 .09 .07 .13 .15 .10 .10 .10 .16 .21 .14 .13 .12 .25 .16 .11 .15 .17 .06 .10 .09 .16 .15 .10 .11 .10 .13 .14 .11 .11 .11 .11 .13 .11 .13 .13 .09 .15 .15 .09 .13 .13 .10 .15 .15 .16 .10 .12 .12 .14 .13 .13 .23 .16 .16
[1] 4hxm.a .13 .16 .14 .12 .15 .13 .11 .13 .01
0
.12 .09 .13 .14 .22 .11 .11 .10 .13 .15 .18 .09 .13 .13 .10 .02 .10 .07 .14 .15 .11 .11 .11 .17 .22 .15 .14 .12 .26 .17 .10 .16 .18 .05 .09 .08 .17 .15 .10 .12 .10 .14 .15 .11 .11 .12 .12 .14 .11 .14 .14 .09 .15 .15 .09 .13 .13 .10 .15 .14 .17 .11 .11 .11 .15 .14 .13 .24 .15 .17
[1] 4lrg.a .08 .11 .11 .11 .10 .12 .09 .08 .12 .12
0
.10 .13 .12 .19 .08 .08 .05 .08 .12 .21 .09 .12 .08 .05 .12 .10 .08 .12 .12 .12 .09 .10 .14 .21 .14 .12 .12 .23 .21 .10 .21 .21 .10 .10 .13 .22 .08 .05 .10 .06 .08 .10 .08 .06 .13 .11 .10 .14 .11 .12 .10 .12 .18 .08 .07 .07 .09 .15 .16 .18 .12 .06 .10 .17 .09 .09 .21 .11 .15
[1] 4lys.a .08 .08 .10 .11 .11 .07 .14 .10 .08 .09 .10
0
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[1] 4lyw.a .08 .08 .06 .04 .06 .07 .14 .06 .12 .13 .13 .12
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[1] 4mep.a .09 .07 .07 .07 .07 .07 .15 .06 .13 .14 .12 .10 .08
0
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[1] 4nr8.a .13 .11 .11 .13 .12 .13 .22 .13 .21 .22 .19 .15 .15 .15
0
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[1] 4nuc.a .11 .13 .13 .12 .11 .12 .08 .12 .12 .11 .08 .10 .12 .12 .19
0
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[1] 4nud.a .12 .14 .13 .13 .14 .12 .08 .11 .11 .11 .08 .10 .14 .14 .20 .07
0
.05 .11 .15 .18 .08 .12 .11 .07 .11 .10 .06 .12 .13 .10 .09 .13 .16 .19 .14 .14 .12 .24 .20 .09 .19 .19 .09 .07 .11 .22 .09 .07 .11 .08 .10 .13 .11 .09 .13 .10 .12 .12 .12 .11 .12 .16 .17 .06 .07 .07 .11 .15 .18 .21 .10 .08 .08 .15 .12 .11 .23 .10 .16
[1] 4nue.a .10 .12 .10 .11 .09 .11 .05 .10 .10 .10 .05 .09 .12 .12 .18 .04 .05
0
.09 .12 .18 .06 .11 .06 .04 .10 .08 .05 .10 .12 .09 .08 .09 .13 .19 .12 .11 .11 .21 .19 .06 .18 .18 .09 .07 .12 .21 .08 .06 .11 .07 .10 .11 .09 .07 .11 .10 .09 .13 .11 .10 .10 .14 .18 .04 .07 .05 .09 .13 .15 .19 .09 .07 .05 .16 .12 .11 .20 .10 .14
[1] 4o72.a .05 .06 .06 .08 .07 .08 .13 .07 .12 .13 .08 .06 .11 .10 .14 .11 .11 .09
0
.13 .16 .05 .06 .15 .10 .12 .07 .08 .10 .06 .07 .07 .09 .11 .17 .10 .09 .07 .18 .17 .12 .17 .18 .14 .14 .16 .19 .12 .08 .08 .08 .07 .08 .10 .08 .11 .09 .06 .09 .08 .07 .11 .10 .15 .11 .10 .11 .14 .11 .18 .15 .08 .13 .13 .11 .07 .10 .18 .13 .12
[1] 4o77.a .12 .16 .14 .15 .13 .15 .14 .14 .14 .15 .12 .14 .17 .16 .13 .14 .15 .12 .13
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