BIOA_MYCTU_2_437

Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase [Class-III pyridoxal-phosphate-dependent aminotransferase family. BioA subfamily]

ActiveICM:

L C E

Composition of the binding pockets

Protein chains homodimer[show domain annotation]
 • A1 (BIOA_MYCTU):R: Pyridoxal phosphate binding (124,125)
24,25,64,65,123,156:159,165,168,169,172:174,178,220,225:227,229,254,256,257,283,400:402,407,409
24,25,64,65,123:125,156:159,165,168,169,172:174,178,220,225:227,229,254,256,257,283,400:402,407,409
 • A2 (BIOA_MYCTU):R: Pyridoxal phosphate binding (317,318)
91:93,133,314,316
91:93,133,314,316:318

Full PDB list

3bv0,3lv2,3tft,3tfu,4cxq,4cxr,4mqp,4mqq,4mqr,4w1v,4w1w,4w1x,4wya,4wyc,4wyd,4wye,4wyf,4wyg,4xew,4xjl,4xjm,4xjo,4xjp (redundant pocketome entry)

Contact map

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ligand
A1 A2
P
2
4
Y
2
5
W
6
4
W
6
5
S
1
2
3
G
1
2
4
S
1
2
5
G
1
5
6
Y
1
5
7
H
1
5
8
G
1
5
9
M
1
6
5
C
1
6
8
D
1
6
9
G
1
7
2
G
1
7
3
M
1
7
4
W
1
7
8
E
2
2
0
G
2
2
5
A
2
2
6
G
2
2
7
M
2
2
9
D
2
5
4
I
2
5
6
A
2
5
7
K
2
8
3
R
4
0
0
P
4
0
1
F
4
0
2
Y
4
0
7
M
4
0
9
M
9
1
F
9
2
G
9
3
K
1
3
3
M
3
1
4
G
3
1
6
P
3
1
7
T
3
1
8
[1]4mqp.a 2b1 26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4mqq.a 2b6 28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4xjm.a 41e,plp 44 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4xjp.a 41n,plp 41 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]3tfu.a pl8 27 . . . . . . . . . . . . . . - - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4mqr.b 2b9 25 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4xjo.a 41o,plp 40 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4w1x.a 3g9,plp 39 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4w1v.b 3gs,plp 39 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4xjl.b 41f,plp 39 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4w1w.a 3g8,plp 38 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4xew.b 40n,plp 36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4wyd.a 3vr,plp 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4wyg.a 3w1,plp 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4wya.a 3vq,plp 29 . . . . . . . . . . . . . . . . - - . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4wyc.b 3vs,plp 29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4wye.a 3vw,plp 29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4wyf.b 3vx,plp 29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4cxr.a 2bg,plp 26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4cxr.b plp 15 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4cxq.a kap,plp 28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]3lv2.a plp,sfg 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]3lv2.b plp 15 . - . . . . . . . . . . . . . . - - . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)
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