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BIOA_MYCTU_2_437

Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase [Class-III pyridoxal-phosphate-dependent aminotransferase family. BioA subfamily]

Composition of the binding site

Protein chains homodimer [domain annotation]
A1 (BIOA_MYCTU):R: Pyridoxal phosphate binding (124, 125)
24, 25, 64, 65, 123, 156:160, 165, 168, 169, 172:178, 220, 225:227, 229, 254, 256, 257, 283, 385, 400:403, 407, 409
24, 25, 64, 65, 123:125, 156:160, 165, 168, 169, 172:178, 220, 225:227, 229, 254, 256, 257, 283, 385, 400:403, 407, 409
A2 (BIOA_MYCTU):R: Pyridoxal phosphate binding (317, 318)
91:93, 133, 312, 314:316
91:93, 133, 312, 314:318

Full PDB list

3bv0, 3lv2, 3tft, 3tfu, 4cxq, 4cxr, 4mqp, 4mqq, 4mqr, 4w1v, 4w1w, 4w1x, 4wya, 4wyc, 4wyd, 4wye, 4wyf, 4wyg, 4xew, 4xjl, 4xjm, 4xjo, 4xjp, 5kgs, 5kgt, 5te2 (redundant Pocketome entry)

Pocket contact map

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PDB.ch
   
ligand
A1 A2
P
2
4
Y
2
5
W
6
4
W
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1
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G
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0
G
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6
G
2
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7
M
2
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0
0
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0
1
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0
2
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0
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4
0
9
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1
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9
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3
M
3
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4
G
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1
6
P
3
1
7
T
3
1
8
[1]3lv2.a plp,sfg33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]3lv2.b plp15 . - . . . . . . . . . . . . . . - - . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]3tfu.a pl827 . . . . . . . . . . . . . . - - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4cxq.a kap,plp28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4cxr.a 2bg,plp26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4cxr.b plp15 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4mqp.a 2b126 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4mqq.a 2b628 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4mqr.b 2b925 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4w1v.a 3gs,plp39 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4w1w.a 3g8,plp38 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4w1x.a 3g9,plp39 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4wya.a 3vq,plp29 . . . . . . . . . . . . . . . . - - . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4wyc.b 3vs,plp29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4wyd.a 3vr,plp30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4wye.a 3vw,plp29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4wyf.b 3vx,plp29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4wyg.a 3w1,plp30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]4xew.b 40n,plp36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4xjl.b 41f,plp39 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4xjm.a 41e,plp44 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4xjo.a 41o,plp40 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4xjp.a 41n,plp41 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]5kgs.b 6sr,plp42 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]5kgt.b 6sq,plp39 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . .
[1]5te2.b 7b924 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Site contact map

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PDB.ch
A1 A2
P
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2
5
W
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4
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3
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0
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D
1
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1
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2
G
1
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3
M
1
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4
H
1
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1
7
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W
1
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0
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2
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A
2
2
6
G
2
2
7
M
2
2
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2
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4
I
2
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A
2
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K
2
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3
L
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0
0
P
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0
1
F
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0
2
R
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0
3
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0
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0
9
M
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1
F
9
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9
3
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3
1
2
M
3
1
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1
5
G
3
1
6
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3
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8
[1]3lv2.a . . * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . R . . .
[1]3lv2.b . - * * . . . . . . . . . . . . . - - - - - . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . - . R . . .
[1]3tfu.a . . * . . . . . . . . . . . . - - - - - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4cxq.a . * * * . . . . . . . . . . . . . * * . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4cxr.a . . * * . . . . . . . . . . . . . * * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4cxr.b . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4mqp.a . . * . . . . . . . . . . . . . * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4mqq.a . . * * . . . . . . . . . . . . . * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4mqr.b . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4w1v.a . . * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4w1w.a . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4w1x.a . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4wya.a . . * . . . . . . . . . . . . . * - - - - - . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4wyc.b . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4wyd.a . . * * . . . . . . . . . . . . . * * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4wye.a . . * . . . . . . . . . . . . . . * * . . . . . . . . . . . * . . . . . * . . . . . . . . . . .
[1]4wyf.b . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4wyg.a . . * * . . . . . . . . . . . . . * * . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4xew.b . . * * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4xjl.b . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4xjm.a . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4xjo.a . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4xjp.a . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5kgs.b . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5kgt.b . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5te2.b . . * . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Pocket-ligand steric compatibility

Ligands (x) vs pockets (y) colored by number of steric clashes

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketligand
≥10
9
8
7
6
5
4
3
2
1
0
3lv2.a:plp,sfg
3lv2.b:plp
3tfu.a:pl8
4cxq.a:kap,plp
4cxr.a:2bg,plp
4cxr.b:plp
4mqp.a:2b1
4mqq.a:2b6
4mqr.b:2b9
4w1v.a:3gs,plp
4w1w.a:3g8,plp
4w1x.a:3g9,plp
4wya.a:3vq,plp
4wyc.b:3vs,plp
4wyd.a:3vr,plp
4wye.a:3vw,plp
4wyf.b:3vx,plp
4wyg.a:3w1,plp
4xew.b:40n,plp
4xjl.b:41f,plp
4xjm.a:41e,plp
4xjo.a:41o,plp
4xjp.a:41n,plp
5kgs.b:6sr,plp
5kgt.b:6sq,plp
5te2.b:7b9
[1] 3lv2.a
0.7
0.4 3.3 0.6 0.4 0.5 2.5 1.0 0.8 7.1 6.8 7.4 4.7 6.0 0.6 2.0 4.6 0.6 7.1 7.9 7.2 7.7 7.7 7.2 8.4 0.8
[1] 3lv2.b 2.2
0.4
3.0 0.4 0.5 0.3 2.2 0.5 0.5 7.5 6.7 7.2 4.3 4.9 0.6 2.0 4.2 1.0 6.8 7.4 7.1 7.5 6.6 6.4 7.5 0.5
[1] 3tfu.a 1.7 0.5
0
0.6 0.4 0.3 1.5 0.1 0 0.9 1.0 0.7 0.8 0.6 0.7 0.4 0.3 0.7 0.4 1.2 0.6 0.6 0.9 0.9 0.9 0
[1] 4cxq.a 2.7 0.6 3.3
0.6
0.6 0.6 2.3 1.0 0.9 6.7 8.0 7.2 4.4 5.4 0.9 2.8 5.1 1.2 6.6 6.9 12 7.4 7.4 7.6 8.0 0.9
[1] 4cxr.a 0.8 0.6 3.1 0.6
0.6
0.6 2.3 1.0 0.8 5.9 7.5 6.4 4.5 4.8 0.7 2.4 4.7 0.6 5.8 6.7 11 6.9 7.6 7.3 7.6 0.8
[1] 4cxr.b 1.1 0.6 3.1 0.6 0.6
0.6
1.1 0.7 0.6 4.0 3.9 3.6 4.0 3.4 0.9 0.8 3.7 0.6 3.7 3.8 4.6 3.7 3.9 3.8 4.0 0.5
[1] 4mqp.a 0.3 0.2 2.0 0.1 0.1 0.1
0
0.1 0 3.2 3.7 3.6 2.6 3.7 0.3 0.3 3.2 0.1 3.2 4.0 5.1 3.6 3.7 4.2 3.8 0.2
[1] 4mqq.a 0.6 0.1 2.6 0.2 0.2 0.2 2.3
0.1
0.2 4.8 5.5 6.3 3.4 3.7 0.1 1.7 3.4 0.2 5.1 5.9 10 6.1 5.8 6.0 6.0 0.3
[1] 4mqr.b 0.9 0.2 2.0 0.3 0.2 0.2 0.4 0
0
3.2 3.0 3.2 2.7 2.7 0.4 0.4 2.8 0.4 2.5 3.5 3.2 3.1 3.2 3.2 3.4 0.2
[1] 4w1v.a 4.4 0.4 1.1 1.9 3.1 0.4 3.6 1.8 1.6
0.4
0.3 1.0 2.0 0.4 2.8 2.4 0.1 3.2 0.3 0.6 0.8 0.8 0.8 0.7 1.1 1.1
[1] 4w1w.a 5.6 0.6 2.1 2.7 4.4 0.6 4.1 3.2 2.7 1.3
0.4
0.3 1.3 0.6 3.0 4.1 0.4 3.5 0.5 0.3 0.7 0.3 0.4 0.6 0.4 1.9
[1] 4w1x.a 3.9 0.6 1.9 2.7 4.0 0.6 4.0 2.9 2.8 1.1 0.5
0.3
1.1 0.6 2.6 3.7 0.4 3.3 0.5 0.5 0.9 0.3 0.4 0.6 0.7 1.7
[1] 4wya.a 5.9 0.8 1.4 2.8 4.2 0.6 4.3 2.3 1.6 2.2 2.8 3.1
0.6
1.2 3.2 3.3 0.6 3.2 2.1 2.8 2.8 2.9 2.5 2.7 2.9 1.5
[1] 4wyc.b 4.4 0.6 2.3 2.7 4.5 0.6 3.8 3.3 2.9 1.1 0.4 0.4 1.1
0.6
3.2 4.1 0.4 3.6 0.4 0.6 1.0 0.4 0.6 0.6 0.6 2.0
[1] 4wyd.a 1.2 0.6 3.4 0.6 0.7 0.6 2.4 1.2 0.9 5.6 7.1 6.8 4.7 5.2
0.6
2.9 4.7 0.6 5.5 6.4 11 6.7 6.8 6.6 7.3 1.1
[1] 4wye.a 1.1 0.8 2.8 0.8 0.8 0.6 1.3 0.7 0.8 5.1 6.2 6.2 4.2 3.9 0.9
0.6
3.8 0.9 4.9 6.3 10 6.1 6.4 6.6 6.6 0.6
[1] 4wyf.b 4.4 0.6 2.1 2.9 4.0 0.6 3.9 2.8 2.3 0.8 0.4 0.4 1.4 0.6 3.2 3.5
0.3
3.8 0.4 0.5 1.0 0.4 0.6 0.6 0.6 2.0
[1] 4wyg.a 1.0 0.6 3.5 0.7 0.6 0.6 2.5 1.4 1.3 6.0 7.5 7.1 4.7 5.2 0.7 2.8 4.8
0.6
6.0 6.6 12 6.7 7.4 7.0 7.6 1.0
[1] 4xew.b 5.2 0.6 2.5 3.1 4.5 0.4 5.1 3.5 3.1 0.9 0.8 0.6 1.9 0.6 3.4 5.1 0.4 3.6
0.4
1.0 1.4 1.1 0.8 0.9 1.1 2.1
[1] 4xjl.b 4.7 0.7 2.4 3.1 4.8 0.6 4.0 3.4 3.0 0.9 0.4 0.4 1.4 0.6 3.3 4.1 0.4 3.7 0.5
0.4
1.2 0.4 0.6 0.6 0.6 2.0
[1] 4xjm.a 3.5 0.6 1.8 2.6 3.6 0.6 3.5 2.9 2.6 1.0 0.4 0.4 1.3 0.6 2.5 3.5 0.3 3.3 0.5 0.3
0.4
0.4 0.4 0.6 0.6 1.7
[1] 4xjo.a 3.7 0.6 2.0 2.6 3.7 0.6 3.8 3.0 2.5 0.8 0.4 0.4 1.2 0.6 2.5 3.5 0.4 3.4 0.4 0.5 0.8
0.4
0.4 0.6 0.6 1.6
[1] 4xjp.a 3.5 0.8 1.9 2.4 3.9 0.6 3.6 2.5 2.4 0.8 0.6 0.5 1.4 0.6 2.5 3.3 0.4 3.5 0.4 0.5 0.9 0.7
0.6
0.6 1.0 1.8
[1] 5kgs.b 3.7 0.6 1.9 2.0 3.6 0.6 3.7 2.3 2.0 0.8 0.6 0.5 1.2 0.6 2.5 2.3 0.4 2.8 0.4 0.5 1.1 0.5 0.6
0.6
0.7 1.6
[1] 5kgt.b 4.6 0.7 1.9 3.1 4.3 0.6 3.6 3.0 2.5 1.1 0.6 0.6 1.5 0.6 3.2 3.4 0.4 3.7 0.6 0.4 1.3 0.6 0.6 0.6
0.6
2.1
[1] 5te2.b 0.8 0.3 2.0 0.3 0.3 0.2 0.8 0.2 0 2.9 2.8 2.7 2.9 2.7 0.5 0.3 2.6 0.5 2.7 3.5 4.3 2.6 3.3 3.1 3.1
0.1
[Pocket-ligand steric clashes matrix]

Pocket clash dissimilarity (1 cluster)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by ligand clash profile difference

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥1.
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
.0
3lv2.a
3lv2.b
3tfu.a
4cxq.a
4cxr.a
4cxr.b
4mqp.a
4mqq.a
4mqr.b
4w1v.a
4w1w.a
4w1x.a
4wya.a
4wyc.b
4wyd.a
4wye.a
4wyf.b
4wyg.a
4xew.b
4xjl.b
4xjm.a
4xjo.a
4xjp.a
5kgs.b
5kgt.b
5te2.b
[1] 3lv2.a
0
.05 .20 .30 .26 .15 .22 .27 .18 .16 .15 .15 .23 .14 .27 .30 .14 .28 .14 .15 .15 .16 .16 .16 .17 .19
[1] 3lv2.b .05
0
.24 .28 .30 .18 .25 .31 .22 .17 .14 .18 .20 .18 .30 .34 .18 .31 .16 .18 .19 .20 .20 .20 .18 .22
[1] 3tfu.a .20 .24
0
.31 .27 .11 .11 .25 .06 .11 .12 .10 .19 .12 .29 .23 .09 .28 .16 .11 .08 .08 .09 .08 .11 .09
[1] 4cxq.a .30 .28 .31
0
.05 .26 .24 .09 .28 .23 .22 .24 .27 .24 .07 .11 .27 .06 .21 .26 .25 .25 .26 .26 .26 .26
[1] 4cxr.a .26 .30 .27 .05
0
.22 .20 .04 .25 .22 .23 .21 .28 .20 .04 .07 .22 .03 .19 .21 .22 .22 .22 .22 .24 .21
[1] 4cxr.b .15 .18 .11 .26 .22
0
.10 .22 .08 .09 .06 .04 .11 .04 .23 .18 .03 .24 .10 .03 .05 .04 .04 .04 .04 .06
[1] 4mqp.a .22 .25 .11 .24 .20 .10
0
.19 .07 .12 .13 .09 .15 .11 .21 .17 .09 .21 .15 .11 .09 .08 .08 .07 .11 .05
[1] 4mqq.a .27 .31 .25 .09 .04 .22 .19
0
.22 .21 .24 .21 .30 .23 .07 .06 .23 .06 .22 .23 .22 .22 .23 .22 .24 .19
[1] 4mqr.b .18 .22 .06 .28 .25 .08 .07 .22
0
.09 .10 .08 .13 .10 .25 .20 .06 .26 .13 .09 .07 .07 .07 .07 .08 .06
[1] 4w1v.a .16 .17 .11 .23 .22 .09 .12 .21 .09
0
.07 .08 .16 .09 .21 .23 .09 .22 .08 .09 .07 .06 .07 .08 .08 .09
[1] 4w1w.a .15 .14 .12 .22 .23 .06 .13 .24 .10 .07
0
.05 .11 .06 .22 .21 .05 .23 .08 .05 .05 .06 .07 .08 .06 .10
[1] 4w1x.a .15 .18 .10 .24 .21 .04 .09 .21 .08 .08 .05
0
.14 .03 .21 .18 .04 .21 .08 .05 .03 .02 .04 .04 .05 .06
[1] 4wya.a .23 .20 .19 .27 .28 .11 .15 .30 .13 .16 .11 .14
0
.12 .29 .26 .10 .30 .17 .10 .14 .14 .13 .13 .10 .16
[1] 4wyc.b .14 .18 .12 .24 .20 .04 .11 .23 .10 .09 .06 .03 .12
0
.22 .19 .05 .21 .07 .04 .05 .04 .04 .04 .05 .09
[1] 4wyd.a .27 .30 .29 .07 .04 .23 .21 .07 .25 .21 .22 .21 .29 .22
0
.09 .23 .02 .19 .23 .22 .22 .23 .23 .24 .22
[1] 4wye.a .30 .34 .23 .11 .07 .18 .17 .06 .20 .23 .21 .18 .26 .19 .09
0
.19 .09 .24 .20 .19 .19 .18 .18 .19 .17
[1] 4wyf.b .14 .18 .09 .27 .22 .03 .09 .23 .06 .09 .05 .04 .10 .05 .23 .19
0
.24 .09 .03 .05 .04 .04 .04 .04 .06
[1] 4wyg.a .28 .31 .28 .06 .03 .24 .21 .06 .26 .22 .23 .21 .30 .21 .02 .09 .24
0
.20 .22 .22 .23 .23 .23 .25 .23
[1] 4xew.b .14 .16 .16 .21 .19 .10 .15 .22 .13 .08 .08 .08 .17 .07 .19 .24 .09 .20
0
.08 .10 .09 .10 .11 .10 .12
[1] 4xjl.b .15 .18 .11 .26 .21 .03 .11 .23 .09 .09 .05 .05 .10 .04 .23 .20 .03 .22 .08
0
.05 .05 .06 .05 .05 .08
[1] 4xjm.a .15 .19 .08 .25 .22 .05 .09 .22 .07 .07 .05 .03 .14 .05 .22 .19 .05 .22 .10 .05
0
.01 .03 .03 .06 .07
[1] 4xjo.a .16 .20 .08 .25 .22 .04 .08 .22 .07 .06 .06 .02 .14 .04 .22 .19 .04 .23 .09 .05 .01
0
.02 .02 .05 .06
[1] 4xjp.a .16 .20 .09 .26 .22 .04 .08 .23 .07 .07 .07 .04 .13 .04 .23 .18 .04 .23 .10 .06 .03 .02
0
.02 .05 .07
[1] 5kgs.b .16 .20 .08 .26 .22 .04 .07 .22 .07 .08 .08 .04 .13 .04 .23 .18 .04 .23 .11 .05 .03 .02 .02
0
.04 .06
[1] 5kgt.b .17 .18 .11 .26 .24 .04 .11 .24 .08 .08 .06 .05 .10 .05 .24 .19 .04 .25 .10 .05 .06 .05 .05 .04
0
.09
[1] 5te2.b .19 .22 .09 .26 .21 .06 .05 .19 .06 .09 .10 .06 .16 .09 .22 .17 .06 .23 .12 .08 .07 .06 .07 .06 .09
0
[Pocket clash dissimilarity matrix]

Site backbone RMSD (median 1.3 Å)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by RMSD of site residue backbone atoms

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥10 Å
9 Å
8 Å
7 Å
6 Å
5 Å
4 Å
3 Å
2 Å
1 Å
0 Å
3lv2.a
3lv2.b
3tfu.a
4cxq.a
4cxr.a
4cxr.b
4mqp.a
4mqq.a
4mqr.b
4w1v.a
4w1w.a
4w1x.a
4wya.a
4wyc.b
4wyd.a
4wye.a
4wyf.b
4wyg.a
4xew.b
4xjl.b
4xjm.a
4xjo.a
4xjp.a
5kgs.b
5kgt.b
5te2.b
[1] 3lv2.a
0
0.4 1.4 1.8 1.8 1.1 1.5 1.8 1.5 1.2 1.2 1.1 1.5 1.2 1.7 1.8 1.2 1.8 1.2 1.2 1.1 1.2 1.2 1.2 1.2 1.3
[1] 3lv2.b 0.4
0
1.2 1.1 1.2 1.0 1.2 1.2 1.1 1.0 1.0 1.1 1.4 1.0 1.1 1.2 1.1 1.1 1.1 1.1 1.0 1.0 1.0 1.0 1.1 1.1
[1] 3tfu.a 1.4 1.2
0
0.9 0.8 0.5 0.7 0.8 0.3 0.6 0.6 0.6 0.5 0.5 0.9 0.9 0.4 0.9 0.6 0.5 0.6 0.6 0.6 0.6 0.5 0.3
[1] 4cxq.a 1.8 1.1 0.9
0
0.2 1.5 1.1 0.4 1.9 1.4 1.5 1.5 1.2 1.5 0.2 0.4 1.6 0.2 1.5 1.6 1.5 1.4 1.4 1.4 1.5 1.5
[1] 4cxr.a 1.8 1.2 0.8 0.2
0
1.5 1.0 0.3 1.8 1.4 1.4 1.4 1.2 1.4 0.2 0.3 1.5 0.2 1.4 1.5 1.4 1.4 1.3 1.3 1.5 1.4
[1] 4cxr.b 1.1 1.0 0.5 1.5 1.5
0
1.0 1.4 0.8 0.5 0.4 0.3 0.9 0.2 1.4 1.5 0.2 1.5 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3
[1] 4mqp.a 1.5 1.2 0.7 1.1 1.0 1.0
0
0.9 1.2 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.1 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 0.9 0.9 0.9 1.0 1.0
[1] 4mqq.a 1.8 1.2 0.8 0.4 0.3 1.4 0.9
0
1.8 1.4 1.4 1.4 1.2 1.4 0.3 0.3 1.4 0.3 1.4 1.5 1.4 1.3 1.3 1.3 1.4 1.4
[1] 4mqr.b 1.5 1.1 0.3 1.9 1.8 0.8 1.2 1.8
0
0.9 1.0 0.9 1.0 0.8 1.8 1.8 0.8 1.8 0.9 0.8 0.9 0.9 0.9 0.9 0.8 0.8
[1] 4w1v.a 1.2 1.0 0.6 1.4 1.4 0.5 1.0 1.4 0.9
0
0.5 0.4 0.9 0.4 1.4 1.4 0.5 1.4 0.4 0.5 0.5 0.4 0.4 0.4 0.5 0.5
[1] 4w1w.a 1.2 1.0 0.6 1.5 1.4 0.4 1.0 1.4 1.0 0.5
0
0.4 0.9 0.4 1.4 1.5 0.4 1.5 0.5 0.4 0.4 0.4 0.4 0.3 0.4 0.5
[1] 4w1x.a 1.1 1.1 0.6 1.5 1.4 0.3 1.0 1.4 0.9 0.4 0.4
0
0.9 0.3 1.4 1.4 0.3 1.4 0.3 0.4 0.3 0.2 0.3 0.2 0.3 0.4
[1] 4wya.a 1.5 1.4 0.5 1.2 1.2 0.9 1.0 1.2 1.0 0.9 0.9 0.9
0
0.9 1.2 1.3 0.9 1.2 0.9 0.9 1.0 0.9 0.9 0.9 0.9 0.9
[1] 4wyc.b 1.2 1.0 0.5 1.5 1.4 0.2 1.0 1.4 0.8 0.4 0.4 0.3 0.9
0
1.4 1.4 0.2 1.4 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3
[1] 4wyd.a 1.7 1.1 0.9 0.2 0.2 1.4 1.1 0.3 1.8 1.4 1.4 1.4 1.2 1.4
0
0.4 1.5 0.1 1.4 1.5 1.4 1.4 1.3 1.3 1.4 1.4
[1] 4wye.a 1.8 1.2 0.9 0.4 0.3 1.5 1.0 0.3 1.8 1.4 1.5 1.4 1.3 1.4 0.4
0
1.5 0.4 1.5 1.5 1.5 1.4 1.3 1.4 1.5 1.5
[1] 4wyf.b 1.2 1.1 0.4 1.6 1.5 0.2 1.0 1.4 0.8 0.5 0.4 0.3 0.9 0.2 1.5 1.5
0
1.5 0.3 0.2 0.4 0.2 0.3 0.3 0.2 0.3
[1] 4wyg.a 1.8 1.1 0.9 0.2 0.2 1.5 1.0 0.3 1.8 1.4 1.5 1.4 1.2 1.4 0.1 0.4 1.5
0
1.4 1.5 1.4 1.4 1.3 1.4 1.5 1.5
[1] 4xew.b 1.2 1.1 0.6 1.5 1.4 0.3 1.0 1.4 0.9 0.4 0.5 0.3 0.9 0.2 1.4 1.5 0.3 1.4
0
0.4 0.4 0.2 0.3 0.3 0.3 0.4
[1] 4xjl.b 1.2 1.1 0.5 1.6 1.5 0.3 1.0 1.5 0.8 0.5 0.4 0.4 0.9 0.3 1.5 1.5 0.2 1.5 0.4
0
0.4 0.3 0.3 0.3 0.2 0.4
[1] 4xjm.a 1.1 1.0 0.6 1.5 1.4 0.3 1.0 1.4 0.9 0.5 0.4 0.3 1.0 0.3 1.4 1.5 0.4 1.4 0.4 0.4
0
0.3 0.3 0.3 0.3 0.5
[1] 4xjo.a 1.2 1.0 0.6 1.4 1.4 0.3 0.9 1.3 0.9 0.4 0.4 0.2 0.9 0.2 1.4 1.4 0.2 1.4 0.2 0.3 0.3
0
0.1 0.1 0.2 0.3
[1] 4xjp.a 1.2 1.0 0.6 1.4 1.3 0.3 0.9 1.3 0.9 0.4 0.4 0.3 0.9 0.2 1.3 1.3 0.3 1.3 0.3 0.3 0.3 0.1
0
0.2 0.3 0.4
[1] 5kgs.b 1.2 1.0 0.6 1.4 1.3 0.3 0.9 1.3 0.9 0.4 0.3 0.2 0.9 0.2 1.3 1.4 0.3 1.4 0.3 0.3 0.3 0.1 0.2
0
0.3 0.4
[1] 5kgt.b 1.2 1.1 0.5 1.5 1.5 0.2 1.0 1.4 0.8 0.5 0.4 0.3 0.9 0.2 1.4 1.5 0.2 1.5 0.3 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3
0
0.3
[1] 5te2.b 1.3 1.1 0.3 1.5 1.4 0.3 1.0 1.4 0.8 0.5 0.5 0.4 0.9 0.3 1.4 1.5 0.3 1.5 0.4 0.4 0.5 0.3 0.4 0.4 0.3
0
[Binding site backbone RMSD matrix]

Site full-atom RMSD (median 0.9 Å)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by RMSD of all site residue atoms

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥10 Å
9 Å
8 Å
7 Å
6 Å
5 Å
4 Å
3 Å
2 Å
1 Å
0 Å
3lv2.a
3lv2.b
3tfu.a
4cxq.a
4cxr.a
4cxr.b
4mqp.a
4mqq.a
4mqr.b
4w1v.a
4w1w.a
4w1x.a
4wya.a
4wyc.b
4wyd.a
4wye.a
4wyf.b
4wyg.a
4xew.b
4xjl.b
4xjm.a
4xjo.a
4xjp.a
5kgs.b
5kgt.b
5te2.b
[1] 3lv2.a
0
0.8 2.3 2.5 2.5 1.9 2.1 2.4 2.5 2.0 2.0 2.0 2.4 2.0 2.4 2.5 2.1 2.4 2.0 2.1 2.0 2.0 2.1 2.1 2.0 2.0
[1] 3lv2.b 0.8
0
2.0 1.6 1.6 1.7 1.8 1.6 1.8 1.8 1.8 1.8 2.1 1.8 1.6 1.7 1.9 1.5 1.8 1.9 1.8 1.8 1.9 1.8 1.8 1.8
[1] 3tfu.a 2.3 2.0
0
1.6 1.5 1.1 1.1 1.4 0.9 1.2 1.0 0.9 1.2 1.0 1.6 1.4 0.8 1.6 1.3 0.9 0.9 0.9 1.0 0.9 0.9 0.8
[1] 4cxq.a 2.5 1.6 1.6
0
0.4 2.0 1.4 0.7 2.4 2.0 2.1 2.0 1.8 2.1 0.7 0.9 2.2 0.7 2.0 2.1 2.0 2.0 2.0 2.1 2.0 1.9
[1] 4cxr.a 2.5 1.6 1.5 0.4
0
1.9 1.2 0.6 2.3 2.0 2.0 1.9 1.8 2.0 0.6 0.8 2.1 0.6 2.0 2.0 2.0 1.9 1.9 2.0 2.0 1.8
[1] 4cxr.b 1.9 1.7 1.1 2.0 1.9
0
1.1 1.9 1.6 1.1 1.0 0.9 1.3 0.8 1.9 1.8 0.9 1.9 1.1 0.9 0.8 0.9 0.9 0.9 0.9 0.6
[1] 4mqp.a 2.1 1.8 1.1 1.4 1.2 1.1
0
1.1 1.2 1.4 1.3 1.2 1.5 1.2 1.2 1.1 1.2 1.2 1.4 1.2 1.2 1.2 1.2 1.2 1.3 1.0
[1] 4mqq.a 2.4 1.6 1.4 0.7 0.6 1.9 1.1
0
2.2 1.9 2.0 1.9 1.7 1.9 0.5 0.7 2.0 0.4 1.9 2.0 1.9 1.9 1.9 1.9 1.9 1.7
[1] 4mqr.b 2.5 1.8 0.9 2.4 2.3 1.6 1.2 2.2
0
1.8 1.8 1.7 1.3 1.7 2.2 2.2 1.6 2.2 1.8 1.7 1.7 1.7 1.7 1.7 1.7 1.5
[1] 4w1v.a 2.0 1.8 1.2 2.0 2.0 1.1 1.4 1.9 1.8
0
0.9 0.9 1.2 1.0 1.9 2.0 0.9 2.0 0.8 0.9 0.9 0.9 0.9 0.8 0.9 1.1
[1] 4w1w.a 2.0 1.8 1.0 2.1 2.0 1.0 1.3 2.0 1.8 0.9
0
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