If you see this message after the page is completely loaded, then JavaScript is not supported or disabled in your browser. Please consider enabling JavaScript for this site.

BGLA_THEMA_1_446

Beta-glucosidase A [Glycosyl hydrolase 1 family]

Composition of the binding site

Protein chains monomer
A1 (BGLA_THEMA):20, 121, 122, 165, 166, 168, 169, 173, 177, 179, 180, 222, 223, 246, 295, 296, 298, 312, 322, 324, 351, 398, 405:408, 41420, 121, 122, 165, 166, 168, 169, 173, 177, 179, 180, 222, 223, 246, 295, 296, 298, 312, 322, 324, 351, 398, 405:408, 414

Full PDB list

1od0, 1oif, 1oim, 1oin, 1uz1, 1w3j, 2cbu, 2cbv, 2ces, 2cet, 2j75, 2j77, 2j78, 2j79, 2j7b, 2j7c, 2j7d, 2j7e, 2j7f, 2j7g, 2j7h, 2jal, 2vrj, 2wbg, 2wc3, 2wc4, 5n6s, 5n6t (redundant Pocketome entry)

Pocket contact map

[download in TSV format]
   
PDB.ch
   
ligand
A1
Q
2
0
H
1
2
1
W
1
2
2
N
1
6
5
E
1
6
6
W
1
6
8
V
1
6
9
V
1
7
3
Y
1
7
7
H
1
8
0
N
2
2
2
N
2
4
6
Y
2
9
5
H
2
9
8
F
3
1
2
W
3
2
4
E
3
5
1
W
3
9
8
E
4
0
5
W
4
0
6
F
4
1
4
[1]1od0.b none . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1oif.a ifm10 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1oin.a g2f11 . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . .
[1]1uz1.a ifl11 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1w3j.a oxz10 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2cbu.b cts13 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2cbv.a cgb12 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2ces.a gim14 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2cet.a pgi22 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j75.b noy11 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j77.b noj11 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j78.a gox13 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j79.b gtl13 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j7b.a ntz14 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j7c.a ide22 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j7d.b gi118 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j7e.a gi219 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j7f.a gi317 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j7g.b gi418 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j7h.b azf10 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2jal.b yll12 . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . .
[1]2vrj.b ncw22 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2wbg.a lgs22 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2wc3.c am322 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2wc4.a amf22 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5n6s.a 8p522 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5n6t.a 8p212 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Site contact map

[download in TSV format]
   
PDB.ch
A1
Q
2
0
H
1
2
1
W
1
2
2
N
1
6
5
E
1
6
6
W
1
6
8
V
1
6
9
V
1
7
3
Y
1
7
7
V
1
7
9
H
1
8
0
N
2
2
2
N
2
2
3
N
2
4
6
Y
2
9
5
S
2
9
6
H
2
9
8
F
3
1
2
M
3
2
2
W
3
2
4
E
3
5
1
W
3
9
8
E
4
0
5
W
4
0
6
A
4
0
7
E
4
0
8
F
4
1
4
[1]1od0.b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1oif.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1oin.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . .
[1]1uz1.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]1w3j.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2cbu.b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2cbv.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2ces.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2cet.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j75.b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j77.b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j78.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j79.b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j7b.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j7c.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j7d.b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j7e.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j7f.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j7g.b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2j7h.b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2jal.b . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . * . . . . . .
[1]2vrj.b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2wbg.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2wc3.c . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2wc4.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5n6s.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5n6t.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Pocket-ligand steric compatibility

Ligands (x) vs pockets (y) colored by number of steric clashes

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketligand
≥10
9
8
7
6
5
4
3
2
1
0
1od0.b is apo
1oif.a:ifm
1oin.a:g2f
1uz1.a:ifl
1w3j.a:oxz
2cbu.b:cts
2cbv.a:cgb
2ces.a:gim
2cet.a:pgi
2j75.b:noy
2j77.b:noj
2j78.a:gox
2j79.b:gtl
2j7b.a:ntz
2j7c.a:ide
2j7d.b:gi1
2j7e.a:gi2
2j7f.a:gi3
2j7g.b:gi4
2j7h.b:azf
2jal.b:yll
2vrj.b:ncw
2wbg.a:lgs
2wc3.c:am3
2wc4.a:amf
5n6s.a:8p5
5n6t.a:8p2
[1] 1od0.b
-
0.2 0.5 0.2 0.2 0.4 0.2 0.5 0.7 0.2 0.1 0.5 0.3 0.4 0.5 0.7 0.7 0.5 1.0 0.2 0.5 0.2 0.7 0.6 0.6 0.4 0.3
[1] 1oif.a -
0.1
0.4 0 0.1 0.3 0.2 0.3 0.3 0 0 0.5 0.3 0.4 0.2 0.5 0.5 0.4 0.7 0.2 0.1 0.1 0.4 0.3 0.5 0.3 0.1
[1] 1oin.a - 0.4
0.9
0.3 0.4 0.7 0.6 0.6 0.7 0.3 0.1 0.5 0.3 0.4 0.5 0.7 0.7 0.6 0.8 0.4 0.6 0.3 0.7 0.6 0.6 0.2 0.3
[1] 1uz1.a - 0.1 0.4
0
0.1 0.3 0.2 0.3 0.3 0 0 0.5 0.3 0.3 0.3 0.5 0.4 0.3 0.5 0.1 0.2 0.1 0.3 0.3 0.4 0.3 0
[1] 1w3j.a - 0.1 0.4 0.2
0.1
0.4 0.2 0.6 0.6 0.1 0 0.5 0.2 0.5 0.5 0.6 0.6 0.5 1.0 0.1 0.3 0.1 0.5 0.4 0.4 0.4 0.1
[1] 2cbu.b - 0.1 0.5 0.1 0
0.1
0.4 0.2 0.4 0.1 0 0.3 0.2 0.2 0.2 0.5 0.5 0.3 0.4 0 0.2 0.1 0.5 0.4 0.4 0.2 0.1
[1] 2cbv.a - 0.1 0.5 0.2 0.2 0.4
0.1
0.7 0.7 0.1 0.1 0.5 0.5 0.7 0.5 0.7 0.7 0.5 0.9 0.2 0.5 0.2 0.8 0.7 0.5 0.6 0.2
[1] 2ces.a - 0.1 0.4 0 0 0.2 0.3
0.1
0 0 0 0.2 0.1 0.1 0 0 0.1 0 0.1 0.1 0.2 0.1 0.3 0.3 0.5 0.1 0.1
[1] 2cet.a - 0.1 0.4 0.1 0.1 0.4 0.3 0.2
0.1
0 0 0.3 0 0.2 0 0.1 0.1 0.1 0.3 0.1 0.2 0.1 0.4 0.4 0.4 0.2 0
[1] 2j75.b - 0.2 0.5 0.1 0.1 0.3 0.4 0.3 0.4
0.1
0.1 0.6 0.5 0.3 0.3 0.5 0.5 0.4 0.8 0.2 0.3 0.1 0.5 0.6 0.5 0.4 0.2
[1] 2j77.b - 0.2 0.5 0.2 0.1 0.4 0.1 0.5 0.6 0.2
0.1
0.4 0.4 0.4 0.4 0.7 0.7 0.4 0.8 0.2 0.4 0.1 0.6 0.5 0.6 0.3 0.3
[1] 2j78.a - 0.1 0.5 0.2 0.1 0.3 0.4 0.1 0 0 0
0
0 0.2 0.1 0.2 0.2 0.1 0.3 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.1
[1] 2j79.b - 0.2 0.5 0.2 0.2 0.5 0.4 0.3 0.3 0.2 0.1 0.5
0
0.3 0.3 0.4 0.5 0.2 0.5 0.3 0.5 0.2 0.6 0.3 0.4 0.4 0.2
[1] 2j7b.a - 0.1 0.6 0.1 0.2 0.3 0.3 0.1 0.1 0.1 0.1 0.3 0.2
0.1
0 0.1 0.2 0 0.3 0.2 0.3 0.1 0.4 0.3 0.4 0.2 0
[1] 2j7c.a - 0.1 0.4 0 0.1 0.4 0.2 0.2 0.1 0.1 0 0.3 0.1 0.2
0
0.1 0.2 0.1 0.4 0.2 0.2 0.1 0.5 0.4 0.4 0.2 0.1
[1] 2j7d.b - 0.1 0.4 0 0.1 0.5 0.2 0.2 0.1 0.1 0.1 0.4 0 0.1 0.1
0.2
0.2 0.2 0.4 0.2 0.2 0.1 0.3 0.3 0.3 0.2 0.1
[1] 2j7e.a - 0.1 0.5 0.1 0.1 0.4 0.4 0.2 0.1 0.1 0 0.3 0 0.2 0 0.1
0.1
0 0.3 0.1 0.2 0.1 0.4 0.3 0.4 0.2 0.1
[1] 2j7f.a - 0.1 0.4 0.1 0.1 0.4 0.2 0.3 0.3 0 0 0.3 0.2 0.4 0.2 0.4 0.5
0.3
0.6 0.1 0.3 0.1 0.4 0.3 0.5 0.3 0.2
[1] 2j7g.b - 0.1 0.4 0 0.2 0.4 0.2 0 0 0 0 0.1 0 0 0 0.1 0 0
0.1
0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.3 0.1 0.1
[1] 2j7h.b - 0 0.2 0.2 0.1 0.4 0.2 0.5 0.5 0.1 0.1 0.7 0.3 0.5 0.6 0.7 0.6 0.5 0.8
0.1
0.3 0.1 0.5 0.6 0.5 0.5 0.2
[1] 2jal.b - 0.4 0.9 0.3 0.5 0.5 0.7 0.9 1.1 0.4 0.4 0.9 0.6 0.9 1.9 2.4 1.4 1.9 2.9 0.5
0.9
0.5 2.4 2.0 2.4 0.9 0.2
[1] 2vrj.b - 0.1 0.4 0.1 0.1 0.4 0.3 0.4 0.4 0.1 0.1 0.4 0.4 0.3 0.3 0.4 0.5 0.3 0.7 0.1 0.2
0.1
0.8 0.5 0.8 0.2 0.2
[1] 2wbg.a - 0.1 0.5 0.2 0.2 0.6 0.3 0.5 0.2 0.2 0.1 0.5 0.1 0.5 0.2 0.4 0.4 0.3 0.7 0.2 0.4 0.2
0.1
0.1 0.1 0.4 0.1
[1] 2wc3.c - 0.2 0.6 0.2 0.2 0.6 0.4 0.5 0.1 0.2 0.1 0.5 0.2 0.5 0.2 0.2 0.4 0.3 0.6 0.2 0.3 0.3 0.2
0.1
0.1 0.5 0.2
[1] 2wc4.a - 0.2 0.6 0.3 0.2 0.4 0.3 0.4 0.3 0.3 0.2 0.6 0.2 0.3 0.3 0.3 0.4 0.2 0.5 0.2 0.5 0.1 0.2 0.2
0.2
0.3 0.1
[1] 5n6s.a - 0 0.1 0 0.1 0.3 0.1 0.5 0.2 0 0 0.2 0.1 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.5 0.1 0.1 0.1 0.5 0.4 0.6
0.1
0
[1] 5n6t.a - 0.1 0.5 0.3 0.1 0.4 0.3 0.3 0.4 0.1 0 0.2 0.2 0.3 0.2 0.4 0.4 0.3 0.5 0.2 0.5 0.1 0.3 0.3 0.3 0.4
0.1
[Pocket-ligand steric clashes matrix]

Pocket clash dissimilarity (1 cluster)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by ligand clash profile difference

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥1.
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
.0
1od0.b
1oif.a
1oin.a
1uz1.a
1w3j.a
2cbu.b
2cbv.a
2ces.a
2cet.a
2j75.b
2j77.b
2j78.a
2j79.b
2j7b.a
2j7c.a
2j7d.b
2j7e.a
2j7f.a
2j7g.b
2j7h.b
2jal.b
2vrj.b
2wbg.a
2wc3.c
2wc4.a
5n6s.a
5n6t.a
[1] 1od0.b
0
.01 .03 .02 .01 .03 .01 .03 .02 .02 .01 .04 .02 .02 .01 .02 .02 .01 .02 .02 .12 .02 .03 .03 .03 .02 .02
[1] 1oif.a .01
0
.04 .01 .01 .03 .02 .02 .02 0 .02 .03 .02 .01 .02 .03 .02 .01 .02 .02 .12 .02 .03 .04 .03 .03 .02
[1] 1oin.a .03 .04
0
.04 .03 .04 .04 .04 .03 .04 .03 .04 .03 .03 .03 .03 .03 .03 .03 .05 .09 .05 .03 .03 .04 .05 .03
[1] 1uz1.a .02 .01 .04
0
.01 .03 .02 .02 .01 0 .02 .02 .01 .02 .02 .02 .01 .02 .02 .02 .11 .02 .03 .04 .03 .04 .02
[1] 1w3j.a .01 .01 .03 .01
0
.03 .01 .03 .01 .01 .01 .03 .02 .03 .01 .02 .02 .01 .02 .02 .11 .03 .02 .03 .03 .03 .02
[1] 2cbu.b .03 .03 .04 .03 .03
0
.02 .02 .02 .03 .01 .03 .02 .03 .02 .03 .02 .02 .03 .03 .11 .03 .03 .03 .03 .04 .02
[1] 2cbv.a .01 .02 .04 .02 .01 .02
0
.03 .02 .01 .01 .03 .02 .03 .01 .03 .03 .01 .03 .02 .12 .03 .03 .03 .03 .03 .02
[1] 2ces.a .03 .02 .04 .02 .03 .02 .03
0
.01 .02 .02 .02 .01 .01 .02 .03 .02 .01 .02 .04 .11 .02 .04 .04 .03 .03 .03
[1] 2cet.a .02 .02 .03 .01 .01 .02 .02 .01
0
.01 .01 .02 .01 .02 .01 .01 0 .01 .01 .03 .10 .02 .02 .03 .02 .03 .02
[1] 2j75.b .02 0 .04 0 .01 .03 .01 .02 .01
0
.01 .03 .02 .02 .01 .03 .02 .01 .02 .02 .11 .03 .03 .03 .02 .03 .02
[1] 2j77.b .01 .02 .03 .02 .01 .01 .01 .02 .01 .01
0
.03 .01 .02 .01 .02 .02 .01 .02 .02 .11 .02 .02 .03 .02 .03 .01
[1] 2j78.a .04 .03 .04 .02 .03 .03 .03 .02 .02 .03 .03
0
.01 .01 .03 .03 .01 .03 .01 .04 .11 .03 .03 .03 .02 .04 .01
[1] 2j79.b .02 .02 .03 .01 .02 .02 .02 .01 .01 .02 .01 .01
0
.01 .02 .01 .01 .01 .01 .03 .11 .02 .03 .03 .03 .03 .01
[1] 2j7b.a .02 .01 .03 .02 .03 .03 .03 .01 .02 .02 .02 .01 .01
0
.02 .03 .01 .01 .01 .04 .11 .02 .03 .03 .02 .02 .01
[1] 2j7c.a .01 .02 .03 .02 .01 .02 .01 .02 .01 .01 .01 .03 .02 .02
0
.02 .01 .01 .01 .03 .11 .02 .02 .03 .02 .02 .02
[1] 2j7d.b .02 .03 .03 .02 .02 .03 .03 .03 .01 .03 .02 .03 .01 .03 .02
0
.01 .02 .02 .03 .11 .02 .03 .03 .03 .03 .02
[1] 2j7e.a .02 .02 .03 .01 .02 .02 .03 .02 0 .02 .02 .01 .01 .01 .01 .01
0
.02 .01 .04 .10 .02 .02 .02 .02 .03 .01
[1] 2j7f.a .01 .01 .03 .02 .01 .02 .01 .01 .01 .01 .01 .03 .01 .01 .01 .02 .02
0
.02 .03 .11 .02 .02 .03 .02 .03 .01
[1] 2j7g.b .02 .02 .03 .02 .02 .03 .03 .02 .01 .02 .02 .01 .01 .01 .01 .02 .01 .02
0
.04 .11 .03 .03 .03 .03 .02 .02
[1] 2j7h.b .02 .02 .05 .02 .02 .03 .02 .04 .03 .02 .02 .04 .03 .04 .03 .03 .04 .03 .04
0
.13 .03 .04 .04 .04 .02 .03
[1] 2jal.b .12 .12 .09 .11 .11 .11 .12 .11 .10 .11 .11 .11 .11 .11 .11 .11 .10 .11 .11 .13
0
.12 .11 .12 .11 .13 .11
[1] 2vrj.b .02 .02 .05 .02 .03 .03 .03 .02 .02 .03 .02 .03 .02 .02 .02 .02 .02 .02 .03 .03 .12
0
.04 .04 .03 .02 .03
[1] 2wbg.a .03 .03 .03 .03 .02 .03 .03 .04 .02 .03 .02 .03 .03 .03 .02 .03 .02 .02 .03 .04 .11 .04
0
0 .01 .04 .01
[1] 2wc3.c .03 .04 .03 .04 .03 .03 .03 .04 .03 .03 .03 .03 .03 .03 .03 .03 .02 .03 .03 .04 .12 .04 0
0
.01 .04 .01
[1] 2wc4.a .03 .03 .04 .03 .03 .03 .03 .03 .02 .02 .02 .02 .03 .02 .02 .03 .02 .02 .03 .04 .11 .03 .01 .01
0
.04 .01
[1] 5n6s.a .02 .03 .05 .04 .03 .04 .03 .03 .03 .03 .03 .04 .03 .02 .02 .03 .03 .03 .02 .02 .13 .02 .04 .04 .04
0
.04
[1] 5n6t.a .02 .02 .03 .02 .02 .02 .02 .03 .02 .02 .01 .01 .01 .01 .02 .02 .01 .01 .02 .03 .11 .03 .01 .01 .01 .04
0
[Pocket clash dissimilarity matrix]

Site backbone RMSD (median 0.5 Å)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by RMSD of site residue backbone atoms

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥10 Å
9 Å
8 Å
7 Å
6 Å
5 Å
4 Å
3 Å
2 Å
1 Å
0 Å
1od0.b
1oif.a
1oin.a
1uz1.a
1w3j.a
2cbu.b
2cbv.a
2ces.a
2cet.a
2j75.b
2j77.b
2j78.a
2j79.b
2j7b.a
2j7c.a
2j7d.b
2j7e.a
2j7f.a
2j7g.b
2j7h.b
2jal.b
2vrj.b
2wbg.a
2wc3.c
2wc4.a
5n6s.a
5n6t.a
[1] 1od0.b
0
0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2
[1] 1oif.a 0.2
0
0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2
[1] 1oin.a 0.2 0.2
0
0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2
[1] 1uz1.a 0.2 0.1 0.2
0
0.1 0.2 0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
[1] 1w3j.a 0.1 0.1 0.2 0.1
0
0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2
[1] 2cbu.b 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
0
0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2
[1] 2cbv.a 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2
0
0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2
[1] 2ces.a 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
0
0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
[1] 2cet.a 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.1
0
0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
[1] 2j75.b 0.1 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2
0
0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2
[1] 2j77.b 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.1
0
0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2
[1] 2j78.a 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2
0
0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
[1] 2j79.b 0.1 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2
0
0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2
[1] 2j7b.a 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2
0
0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
[1] 2j7c.a 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1
0
0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
[1] 2j7d.b 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2
0
0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2
[1] 2j7e.a 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2
0
0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
[1] 2j7f.a 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1
0
0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
[1] 2j7g.b 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2
0
0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2
[1] 2j7h.b 0.1 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2
0
0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2
[1] 2jal.b 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2
0
0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2
[1] 2vrj.b 0.2 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.1 0.1 0.3 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2
0
0.3 0.3 0.4 0.2 0.3
[1] 2wbg.a 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3
0
0.2 0.2 0.3 0.2
[1] 2wc3.c 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.2
0
0.2 0.3 0.2
[1] 2wc4.a 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.3 0.3 0.2 0.3 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.4 0.2 0.2
0
0.3 0.2
[1] 5n6s.a 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3
0
0.3
[1] 5n6t.a 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3
0
[Binding site backbone RMSD matrix]

Site full-atom RMSD (median 0.2 Å)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by RMSD of all site residue atoms

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥10 Å
9 Å
8 Å
7 Å
6 Å
5 Å
4 Å
3 Å
2 Å
1 Å
0 Å
1od0.b
1oif.a
1oin.a
1uz1.a
1w3j.a
2cbu.b
2cbv.a
2ces.a
2cet.a
2j75.b
2j77.b
2j78.a
2j79.b
2j7b.a
2j7c.a
2j7d.b
2j7e.a
2j7f.a
2j7g.b
2j7h.b
2jal.b
2vrj.b
2wbg.a
2wc3.c
2wc4.a
5n6s.a
5n6t.a
[1] 1od0.b
0
0.4 0.4 0.5 0.4 0.3 0.4 0.6 0.5 0.3 0.3 0.5 0.3 0.5 0.5 0.3 0.5 0.5 0.4 0.3 0.8 0.4 0.5 0.4 0.6 0.5 0.4
[1] 1oif.a 0.4
0
0.5 0.4 0.5 0.4 0.6 0.6 0.4 0.4 0.5 0.6 0.4 0.4 0.3 0.4 0.4 0.3 0.5 0.4 0.8 0.5 0.4 0.4 0.5 0.6 0.3
[1] 1oin.a 0.4 0.5
0
0.6 0.4 0.5 0.5 0.6 0.5 0.5 0.4 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.4 0.5 0.8 0.4 0.5 0.5 0.6 0.6 0.5
[1] 1uz1.a 0.5 0.4 0.6
0
0.6 0.5 0.6 0.7 0.5 0.5 0.6 0.7 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.6 0.5 0.9 0.6 0.6 0.5 0.6 0.6 0.4
[1] 1w3j.a 0.4 0.5 0.4 0.6
0
0.4 0.4 0.6 0.5 0.4 0.3 0.5 0.4 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.4 0.4 0.9 0.3 0.5 0.5 0.6 0.5 0.5
[1] 2cbu.b 0.3 0.4 0.5 0.5 0.4
0
0.5 0.6 0.5 0.2 0.4 0.5 0.2 0.5 0.5 0.3 0.5 0.5 0.4 0.2 0.8 0.4 0.5 0.5 0.6 0.6 0.4
[1] 2cbv.a 0.4 0.6 0.5 0.6 0.4 0.5
0
0.5 0.5 0.5 0.4 0.3 0.5 0.6 0.5 0.5 0.5 0.5 0.4 0.5 0.9 0.4 0.6 0.6 0.7 0.6 0.6
[1] 2ces.a 0.6 0.6 0.6 0.7 0.6 0.6 0.5
0
0.5 0.7 0.6 0.5 0.6 0.4 0.5 0.6 0.5 0.5 0.6 0.7 0.9 0.6 0.5 0.6 0.6 0.7 0.6
[1] 2cet.a 0.5 0.4 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5
0
0.5 0.4 0.5 0.5 0.2 0.2 0.5 0.2 0.2 0.4 0.5 0.8 0.4 0.3 0.4 0.5 0.6 0.4
[1] 2j75.b 0.3 0.4 0.5 0.5 0.4 0.2 0.5 0.7 0.5
0
0.3 0.5 0.2 0.5 0.5 0.3 0.5 0.5 0.4 0.1 0.8 0.3 0.5 0.5 0.6 0.5 0.4
[1] 2j77.b 0.3 0.5 0.4 0.6 0.3 0.4 0.4 0.6 0.4 0.3
0
0.4 0.3 0.5 0.4 0.4 0.4 0.4 0.2 0.3 0.8 0.2 0.5 0.5 0.6 0.4 0.5
[1] 2j78.a 0.5 0.6 0.5 0.7 0.5 0.5 0.3 0.5 0.5 0.5 0.4
0
0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.4 0.5 0.9 0.5 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6
[1] 2j79.b 0.3 0.4 0.5 0.5 0.4 0.2 0.5 0.6 0.5 0.2 0.3 0.5
0
0.5 0.5 0.2 0.5 0.5 0.3 0.2 0.8 0.4 0.5 0.5 0.6 0.5 0.4
[1] 2j7b.a 0.5 0.4 0.5 0.5 0.5 0.5 0.6 0.4 0.2 0.5 0.5 0.5 0.5
0
0.2 0.5 0.2 0.2 0.4 0.5 0.9 0.5 0.3 0.4 0.5 0.6 0.4
[1] 2j7c.a 0.5 0.3 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.2 0.5 0.4 0.5 0.5 0.2
0
0.5 0.1 0.2 0.4 0.5 0.8 0.4 0.3 0.4 0.4 0.6 0.4
[1] 2j7d.b 0.3 0.4 0.5 0.5 0.5 0.3 0.5 0.6 0.5 0.3 0.4 0.5 0.2 0.5 0.5
0
0.5 0.5 0.3 0.3 0.8 0.4 0.5 0.5 0.6 0.5 0.4
[1] 2j7e.a 0.5 0.4 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.2 0.5 0.4 0.5 0.5 0.2 0.1 0.5
0
0.2 0.4 0.5 0.8 0.4 0.3 0.4 0.4 0.6 0.4
[1] 2j7f.a 0.5 0.3 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.2 0.5 0.4 0.5 0.5 0.2 0.2 0.5 0.2
0
0.4 0.5 0.9 0.5 0.3 0.4 0.5 0.6 0.4
[1] 2j7g.b 0.4 0.5 0.4 0.6 0.4 0.4 0.4 0.6 0.4 0.4 0.2 0.4 0.3 0.4 0.4 0.3 0.4 0.4
0
0.4 0.8 0.2 0.4 0.5 0.6 0.5 0.5
[1] 2j7h.b 0.3 0.4 0.5 0.5 0.4 0.2 0.5 0.7 0.5 0.1 0.3 0.5 0.2 0.5 0.5 0.3 0.5 0.5 0.4
0
0.8 0.4 0.5 0.5 0.6 0.5 0.4
[1] 2jal.b 0.8 0.8 0.8 0.9 0.9 0.8 0.9 0.9 0.8 0.8 0.8 0.9 0.8 0.9 0.8 0.8 0.8 0.9 0.8 0.8
0
0.8 0.8 0.8 0.9 0.9 0.8
[1] 2vrj.b 0.4 0.5 0.4 0.6 0.3 0.4 0.4 0.6 0.4 0.3 0.2 0.5 0.4 0.5 0.4 0.4 0.4 0.5 0.2 0.4 0.8
0
0.5 0.5 0.6 0.5 0.5
[1] 2wbg.a 0.5 0.4 0.5 0.6 0.5 0.5 0.6 0.5 0.3 0.5 0.5 0.6 0.5 0.3 0.3 0.5 0.3 0.3 0.4 0.5 0.8 0.5
0
0.4 0.4 0.6 0.4
[1] 2wc3.c 0.4 0.4 0.5 0.5 0.5 0.5 0.6 0.6 0.4 0.5 0.5 0.6 0.5 0.4 0.4 0.5 0.4 0.4 0.5 0.5 0.8 0.5 0.4
0
0.5 0.7 0.3
[1] 2wc4.a 0.6 0.5 0.6 0.6 0.6 0.6 0.7 0.6 0.5 0.6 0.6 0.6 0.6 0.5 0.4 0.6 0.4 0.5 0.6 0.6 0.9 0.6 0.4 0.5
0
0.7 0.5
[1] 5n6s.a 0.5 0.6 0.6 0.6 0.5 0.6 0.6 0.7 0.6 0.5 0.4 0.6 0.5 0.6 0.6 0.5 0.6 0.6 0.5 0.5 0.9 0.5 0.6 0.7 0.7
0
0.7
[1] 5n6t.a 0.4 0.3 0.5 0.4 0.5 0.4 0.6 0.6 0.4 0.4 0.5 0.6 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.5 0.4 0.8 0.5 0.4 0.3 0.5 0.7
0
[Binding site full-atom RMSD matrix]







[show 3D visualization]

[ENTRY 2D visualization]

L C X E | Background Color: | Anaglyph Stereo:

loading...