BACE1_HUMAN_49_451

Beta-secretase 1 [Peptidase A1 family]

ActiveICM:

L C E

Composition of the binding pockets

Protein chains monomer[show domain annotation]
 • A1 (BACE1_HUMAN):D: Peptidase A1 (75,91,93,95,96,98,100,130:137,167:171,176,179,187,189,259,285,287,289:294,296,386,390,393,396)
71:74
71:75,91,93,95,96,98,100,130:137,167:171,176,179,187,189,259,285,287,289:294,296,386,390,393,396

Full PDB list

2ph8,2qu3,2ze1,3in3,3inh,3ivh,3l3a,3pi5,3rsv,3s7l,3u6a,3udn,3udp,3udq,3udy,3ufl,3vf3,3vv7,4b05,4b72,4b77,4djv,4djw,4djy,4fm7,4fm8,4fse,4fsl,4h1e,4h3f,4h3g,4h3i,4h3j,4hzt,4i0d,4i0e,4i0f,4i0z,4i10,4i1c,4j0p,4j0z,4j17,4j1c,4j1e,4jp9,4jpc,4l7h,4l7j,4n00,4r8y,4r91,4r92,4r95,4rcd,4rce,4rcf,4rrn,4rro,4wtu,4x7i,4xkx,4zpg,5enk,5enm,5ezx,5ezz,5f00,5f01,5hd0,5hdu,5hdv,5hdx,5he4,5he5,5he7,5htz,5hu0,5hu1,5i3v1fkn,1m4h,1sgz,1tqf,1w50,1w51,1xn2,1xn3,1xs7,1ym2,1ym4,2b8l,2b8v,2f3e,2f3f,2fdp,2g94,2hiz,2hm1,2iqg,2irz,2is0,2ntr,2oah,2of0,2ohk,2ohl,2ohm,2ohn,2ohp,2ohq,2ohr,2ohs,2oht,2ohu,2p4j,2p83,2p8h,2ph6,2q11,2q15,2qk5,2qmd,2qmf,2qmg,2qp8,2qu2,2qzk,2qzl,2va5,2va6,2va7,2vie,2vij,2viy,2viz,2vj6,2vj7,2vj9,2vkm,2vnm,2vnn,2wez,2wf0,2wf1,2wf2,2wf3,2wf4,2wjo,2xfi,2xfj,2xfk,2zdz,2zhr,2zhs,2zht,2zhu,2zhv,2zjh,2zji,2zjj,2zjk,2zjl,2zjm,2zjn,3bra,3buf,3bug,3buh,3cib,3cic,3cid,3ckp,3ckr,3dm6,3duy,3dv1,3dv5,3exo,3fkt,3h0b,3hvg,3hw1,3i25,3igb,3in4,3ind,3ine,3inf,3ivi,3ixj,3ixk,3k5c,3k5d,3k5f,3k5g,3kmx,3kmy,3kn0,3kyr,3l38,3l58,3l59,3l5b,3l5c,3l5d,3l5e,3l5f,3lhg,3lnk,3lpi,3lpj,3lpk,3msj,3msk,3msl,3n4l,3nsh,3ohf,3ohh,3ooz,3qbh,3qi1,3r1g,3r2f,3rsx,3rth,3rtm,3rtn,3ru1,3rvi,3s2o,3s7m,3skf,3skg,3tpj,3tpl,3tpp,3tpr,3udh,3udj,3udk,3udm,3udr,3uqp,3uqr,3uqu,3uqw,3uqx,3veu,3vg1,3vv6,3vv8,3wb4,3wb5,3zmg,3zov,4acu,4acx,4azy,4b00,4b0q,4b1c,4b1d,4b1e,4b70,4b78,4bek,4bfd,4d83,4d85,4d88,4d89,4d8c,4dh6,4di2,4dju,4djx,4dpf,4dpi,4dus,4dv9,4dvf,4ewo,4exg,4fco,4fgx,4fri,4frj,4frk,4frs,4fs4,4gid,4gmi,4ha5,4i0g,4i0h,4i0i,4i0j,4i11,4i12,4ivs,4ivt,4j0t,4j0v,4j0y,4j1f,4j1h,4j1i,4j1k,4joo,4jpe,4k8s,4k9h,4ke0,4ke1,4l7g,4lc7,4lxa,4lxk,4lxm,4pzw,4pzx,4r5n,4r93,4rrs,4trw,4try,4trz,4wy1,4wy6,4x2l,4xxs,4ybi,4zpe,4zpf,4zsm,4zsp,4zsq,4zsr,5clm,5dqc,5hdz,5i3w,5i3x,5i3y,5ie1,5kqf,5kr8,5tol (unprocessed)

Contact map

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PDB.ch
   
ligand
A1
S
7
1
G
7
2
Q
7
3
G
7
4
Y
7
5
L
9
1
D
9
3
G
9
5
S
9
6
N
9
8
A
1
0
0
V
1
3
0
P
1
3
1
Y
1
3
2
T
1
3
3
Q
1
3
4
G
1
3
5
K
1
3
6
W
1
3
7
D
1
6
7
K
1
6
8
F
1
6
9
F
1
7
0
I
1
7
1
W
1
7
6
I
1
7
9
I
1
8
7
R
1
8
9
Y
2
5
9
K
2
8
5
I
2
8
7
D
2
8
9
S
2
9
0
G
2
9
1
T
2
9
2
T
2
9
3
N
2
9
4
R
2
9
6
S
3
8
6
T
3
9
0
V
3
9
3
A
3
9
6
[1]3udn.a 09b 26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3udp.a 09d 28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3udq.a 09e 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3udy.a 09g 27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3vv7.a 0b1 26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]3vf3.a 0gs 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4djv.a 0km 28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4djw.a 0kp 26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4djy.a 0kr 26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4fm7.a 0up 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4fm8.a 0uq 32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4fse.a 0va 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4fsl.a 0vb 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4hzt.a 0za 28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4h1e.a 10j 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4h3f.a 10o 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4h3g.a 10q 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4h3i.a 10v 33 . . . . . . . . . . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4h3j.a 10w 32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3u6a.a 18p 26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4i0d.a 1b7 27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4i0e.a 1b8 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4i0z.a 1bb 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4i1c.a 1be 32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4i0f.a 1bf 29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4i10.a 1bs 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4j0z.a 1h5 28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4j0p.a 1h8 26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4j1e.a 1hm 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4j1c.a 1ho 29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4j17.a 1hq 28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]3ivh.a 1li 34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4jp9.a 1m5 26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4jpc.a 1m6 27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4l7h.a 1w1 26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4l7j.a 1w2 26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4n00.a 2ex 28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4b72.a 2fb 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4b05.a 32d 32 . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]2ph8.a 35a 32 . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4r8y.a 3ko 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4r91.a 3kt 29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4r92.a 3ku 32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4r95.a 3kw 34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4rcd.a 3ll 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4rce.a 3ln 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4rcf.a 3lo 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]3pi5.a 3p5 29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3rsv.a 3rs 32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4wtu.a 3ut 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4rrn.a 3uw 28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4rro.a 3ux 29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4x7i.a 3ys 27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2ze1.a 411 34 - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4xkx.a 43k 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2qu3.a 462 29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3in3.a 472 26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4zpg.a 4qf 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3ufl.a 508 34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4b77.a 54m 26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3inh.a 569 32 . . . . . . . . . . . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3s7l.a 591 27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5enm.a 5qu 28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5enk.a 5qv 29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5ezx.a 5t5 28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5ezz.a 5t6 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5f01.a 5t7 27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5f00.a 5t8 26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5he5.a 60s 29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5he4.a 60t 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5hdx.a 60u 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5hdv.a 60v 29 . . . . . . . . . . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5hdu.a 60w 34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5he7.a 60x 30 . . . . . . . . . . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5hd0.a 60y 32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3l3a.a 625 32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5hu1.a 66f 28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5hu0.a 66h 28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5htz.a 66j 26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5i3v.a 68m 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)
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