AVID_CHICK_25_150

Avidin [Avidin/streptavidin family]

ActiveICM:

L C E

Composition of the binding pockets

Protein chains homodimer[show domain annotation]
 • A1 (AVID_CHICK):D: Avidin-like (36:38,40,57,59:64,66,94,96,97,99,101,103,121,123,125,135,138,141:143)36:38,40,57,59:64,66,94,96,97,99,101,103,121,123,125,135,138,141:143
 • A2 (AVID_CHICK):D: Avidin-like (63,134,135,138)63,134,135,138

Full PDB list

1avd,1ave,1ij8,1ldo,1ldq,1lel,1nqn,1rav,1vyo,2a5b,2a5c,2a8g,2avi,2cam,3fdc,3vgw,3vhh,3vhi,3vhm,4i60,4jhq,4u46,5chk,5iru,5irw (redundant pocketome entry); 2c4i (unprocessed)

Contact map

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ligand
A1 A2
N
3
6
D
3
7
L
3
8
S
4
0
Y
5
7
T
5
9
A
6
0
V
6
1
T
6
2
A
6
3
T
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N
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9
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9
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0
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1
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S
1
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5
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3
8
I
1
4
1
N
1
4
2
I
1
4
3
A
6
3
W
1
3
4
K
1
3
5
R
1
3
8
[1]5iru.c b9p 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]5irw.a d9p 16 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3vhm.d npk 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3vhi.a vhi 26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]2a5c.a 8da 19 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3vgw.a nvz 19 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]2a5b.a 8hg 20 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]1ij8.a bni 25 . . . . . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . - . . .
[2]5chk.a 55r 18 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]3vhh.b vhh 18 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]1lel.b bh7 24 . . . . . . . - - - - - . . . . . . . . . . . . . . - . . .
[2]1ldq.a shm 17 . . . . . . . - - - - - . . . . . . . . . . . . . . - . . .
[1]1ldo.a snr 15 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]2a8g.b gng 19 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]1nqn.a none . . . . . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . - K . .
[1]1vyo.a none . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]2avi.b btn 16 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]2cam.b none . . . . . . . A - - - - . . . . . . . . . . . . . . - . . .
[1]3fdc.a btf 23 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4i60.a b1r 26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[1]4jhq.a b6f 41 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[2]4jhq.b b6f,fe 42 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[3]4u46.a none . R M H . A T . - - - - . . . . . . . . . . . Y . . - . . .

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)
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