AMPN_ECOLI_3_870

Aminopeptidase N [Peptidase M1 family]

ActiveICM:

L C E

Composition of the binding pockets

Protein chains monomer[show domain annotation]
 • A1 (AMPN_ECOLI):R: Substrate binding (261:264)
119,121,258:260,274,275,281,293,294,297,298,301,319,320,327,373,376:378,381,382,452:454,461,527,528,550,638,641,642,686,690,704,705,707,710,713,721,722,728,729,732,738,739,753,756,764,783,821,825
119,121,258:264,274,275,281,293,294,297,298,301,319,320,327,373,376:378,381,382,452:454,461,527,528,550,638,641,642,686,690,704,705,707,710,713,721,722,728,729,732,738,739,753,756,764,783,821,825
Metals (Me):Na/Zn

Full PDB list

2dq6,2dqm,2hpo,2hpt,2zxg,3b2p,3b2x,3b34,3b37,3b3b,3ked,3puu,3qjx,4q4e,4q4i,4xmt,4xmu,4xmv,4xmw,4xmx,4xmz,4xn1,4xn2,4xn4,4xn5,4xn7,4xn8,4xn9,4xna,4xnb,4xnd,4xo3,4xo4,4xo5 (redundant pocketome entry)

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ligand
A1 Me
Q
1
1
9
E
1
2
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N
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0
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3
Q
8
2
1
R
8
2
5
[1]2zxg.a s23 29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]4q4e.a bb2 27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]4xnb.a 3fb,mli 20 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na,Zn
[1]2hpt.a bes 22 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]2hpo.a none . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]4xmx.a bes,mli 29 . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na,Zn
[1]3b2p.a R 12 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na,Zn
[1]3b2x.a K,mli 17 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na,Zn
[1]3b34.a F,mli 19 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na,Zn
[1]3b37.a Y 13 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]3b3b.a mli,W 22 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na,Zn
[1]3ked.a dab,mla 15 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na,Zn
[1]3puu.a none . Q . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]3qjx.a na,S 8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na,Zn
[1]4q4i.a l2oVVD 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na,Zn
[1]4xmt.a dpp,mli 14 . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na,Zn
[1]4xmu.a A 6 . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na,Zn
[1]4xmv.a R 12 . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na,Zn
[1]4xmw.a D,na,na 11 . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na,Zn
[1]4xmz.a dab 8 . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na,Zn
[1]4xn1.a E,na,na 12 . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na,Zn
[1]4xn2.a L 9 . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na,Zn
[1]4xn4.a MMMM 36 . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na,Zn
[1]4xn5.a F,mli 19 . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na,Zn
[1]4xn7.a dpp 7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na,Zn
[1]4xn8.a A,mli,mli 20 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na,Zn
[1]4xn9.a bal 6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Na,Zn
[1]4xna.a b3k,mli 18 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]4xnd.a ht7,mli,mli 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]4xo3.a L,mli 16 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]4xo4.a MMM 27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]4xo5.a EE 20 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)
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