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ADH1E_HORSE_2_375

Alcohol dehydrogenase E chain [Zinc-containing alcohol dehydrogenase family. Class-I subfamily]

Composition of the binding site

Protein chains homodimer
A1 (ADH1E_HORSE):47:49, 52, 58, 59, 68, 94, 111, 117, 120, 141, 142, 175, 176, 179, 199:205, 223:226, 229, 242, 244, 268:272, 275, 293:297, 318:320, 363, 37047:49, 52, 58, 59, 68, 94, 111, 117, 120, 141, 142, 175, 176, 179, 199:205, 223:226, 229, 242, 244, 268:272, 275, 293:297, 318:320, 363, 370
A2 (ADH1E_HORSE):307, 310, 311307, 310, 311
Metals (Me):Cd/Zn

Full PDB list

1a71, 1a72, 1adb, 1adc, 1adf, 1adg, 1axe, 1axg, 1bto, 1het, 1heu, 1hf3, 1hld, 1ju9, 1lde, 1ldy, 1mg0, 1mgo, 1n8k, 1n92, 1p1r, 1qlh, 1qlj, 1qv6, 1qv7, 1ye3, 2jhf, 2jhg, 2ohx, 2oxi, 3bto, 3oq6, 4dwv, 4dxh, 4nfh, 4nfs, 4ng5, 4xd2, 5adh, 5cdg, 5cds, 5cdt, 5cdu, 5kcp, 5kcz, 5kj1, 5kj6, 5kjc, 5kje, 5kjf, 5vj5, 5vjg, 5vkr, 5vl0, 5vn1, 6adh, 7adh, 8adh (redundant Pocketome entry)

Pocket contact map

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PDB.ch
   
ligand
A1 A2 Me
C
4
7
R
4
8
S
4
9
H
5
2
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5
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H
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M
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0
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1
0
S
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1
1
[1]1a71.a etf,nad50 . . . . . . W . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]1adb.b cnd44 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]1adc.b pad44 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]1axe.a etf,nad50 . . . . . . W . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]1axg.a etf,nad50 . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]1hf3.a mrd,nad52 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Cd
[1]1hld.a brb,nad,pfb66 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]1lde.a fpi,nad52 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]1ldy.a cxf,nad53 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]1mg0.c dfb,nad54 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]1mgo.a nad44 . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]1n8k.a naj.pzo49 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . Zn
[1]1n92.b naj.pyz50 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]1p1r.a nai,nmh54 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]1qv6.a 24b,nad54 . . . Q . . . . . . . . . . . . . . . . . R . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]1qv7.b dfb,nad54 . . . Q . . . . . . . . . . . . . . . . . R . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]2jhg.a nad.ibo50 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]2jhg.b ibo,nad50 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]2ohx.a nad44 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]3bto.b nad,ssb54 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]3oq6.a naj,pfb57 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . Zn
[1]4dwv.a naj,pfb57 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]4dxh.b etf,naj50 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]4nfs.a etf,naj50 . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]4ng5.a naj,pfb57 . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]4xd2.a nai44 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]5cdu.a naj.pzo49 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]5kcp.a naj,pfb57 . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]5kcz.b etf,naj50 . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]5kjc.a naj,pfb57 . . . . . . . . . . . . . . . . . I . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]5kjf.a etf,naj50 . . . . . . . . . . . . . . . . . I . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]5vl0.d bnf,nai54 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]5vn1.a nai,nwh54 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]5vn1.c nai,nmh,nwh64 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[2]1a72.a pad44 . . . . . . W . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - Zn
[2]1adf.a tad43 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - Zn
[2]1adg.a sad43 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - Zn
[2]1ju9.b nad27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . S . . . . . . . . . . . Zn
[2]1qlh.a nad43 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . T . . . . . - - - Zn
[2]1qlj.a none . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . T . . . . . - - - Zn
[2]1ye3.a none . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - Zn
[2]5vj5.a phn14 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[2]5vjg.a 0bp12 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - Zn
[2]5vkr.a apr36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - - - Zn
[2]7adh.a ntn8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . - - - Zn

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Site contact map

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PDB.ch
A1 A2 Me
C
4
7
R
4
8
S
4
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H
5
2
L
5
8
V
5
9
H
6
8
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9
4
F
1
1
1
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1
1
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P
1
2
0
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1
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1
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4
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C
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5
G
1
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1
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0
0
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0
1
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2
0
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0
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0
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V
2
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2
2
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2
2
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2
6
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2
2
9
V
2
4
2
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6
8
V
2
6
9
I
2
7
0
G
2
7
1
R
2
7
2
T
2
7
5
V
2
9
3
G
2
9
4
V
2
9
5
P
2
9
6
P
2
9
7
A
3
1
8
I
3
1
9
F
3
2
0
L
3
6
3
R
3
7
0
M
3
0
7
L
3
1
0
S
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1
1
[1]1a71.a . . . . . . . W . * . . . . . . . . . . . A . . * . . * . . . . * . . . . . * . . . . . . . . . . Zn
[1]1adb.b . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . * * . . * . . . * * . . . . . * . . . * . . . . . . Zn
[1]1adc.b . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . * * . . * . . . . * . . . . . * . . . * . . . . . . Zn
[1]1axe.a . . . . . . . W . * . . . . . . . . . . . * . * * . . * . . . . * . . . . . * . . . . . . . . . . Zn
[1]1axg.a . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . A . * * . . * . . . . * . . . . . * . . . * . . . . . . Zn
[1]1hf3.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * * . . * . . . * * . . . . . * . . . * . . . . . . Cd
[1]1hld.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * . . . . . . . * . . . . . * . . . * . . . . . . Zn
[1]1lde.a . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . * . . * . . . . * . . . . . * . . . . . . . . . . Zn
[1]1ldy.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * * . . * . . . . * . . . . . * . . . . . . . . . . Zn
[1]1mg0.c . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * * . . * . . . . * . . . . . * . . . . . . . . . . Zn
[1]1mgo.a . . . . . . . A . * . . . . . . . . . . . * . * * . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]1n8k.a . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . * . . * . . . . * . . . T . . . . . * . . . . . . Zn
[1]1n92.b . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . . * . . * . . . . * . . . . . . . . . * . . . . . . Zn
[1]1p1r.a . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . * . . * . . . . * . . . . . * . . . . . . . . . . Zn
[1]1qv6.a . . . Q . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . * . . R . . . . * . . . . . * . . . . . . . . . . Zn
[1]1qv7.b . . . Q . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . R . . . . * . . . . . * . . . . . . . . . . Zn
[1]2jhg.a . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . * . . * . . . . * . . . . . * . . . * . . . . . . Zn
[1]2jhg.b . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . * * . . * . . . . * . . . . . * . . . * . . . . . . Zn
[1]2ohx.a . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . * * . . * . . . * * . . . . . * . . . * . . . . . . Zn
[1]3bto.b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * . . . . * . . . . . * . . . * . . . . . . Zn
[1]3oq6.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * * . . * . . . . * . . . . . * . . C * . . . . . . Zn
[1]4dwv.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * * . . * . . . . * . . . . . * . . . * . . . . . . Zn
[1]4dxh.b . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . * * . . * . . . . * . . . . . * . . . * . . . . . . Zn
[1]4nfs.a . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . A . * * . . * . . . . * . . . . . . . . . * . . . . . . Zn
[1]4ng5.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . * * . . * . . . . * . . . . . . . . . * . . . . . . Zn
[1]4xd2.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * . . . . * . . . . . . . . . * . . . . . . Zn
[1]5cdu.a . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . * * . . * . . . . * . . . . . . . . . * . . . . . . Zn
[1]5kcp.a . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * * . . * . . . . * . . . . . * . . . * . . . . . . Zn
[1]5kcz.b . . T . . . . . . * . . . . . . . . . . . * . * * . . * . . . . * . . . . . * . . . * . . . . . . Zn
[1]5kjc.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . I * . . * . . . . * . . . . . . . . . * . . . . . . Zn
[1]5kjf.a . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . I * . . * . . . . * . . . . . . . . . * . . . . . . Zn
[1]5vl0.d . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . * * . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[1]5vn1.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * . . . . * . . . . . * . . . . . . . . . . Zn
[1]5vn1.c . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . * . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . Zn
[2]1a72.a . . . . . . . W . * . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . * . . . - - - Zn
[2]1adf.a . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . * . . . - - - Zn
[2]1adg.a . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . * . . . - - - Zn
[2]1ju9.b . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . S . . . . . . . . . . . . Zn
[2]1qlh.a . * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . A . T . . * . . . - - - Zn
[2]1qlj.a . * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . A . T . . * . . . - - - Zn
[2]1ye3.a . * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . . . . . . . . . * . . . - - - Zn
[2]5vj5.a . * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . * . . * . . . . . . . * . . . . . . Zn
[2]5vjg.a . * . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . * . . . - - - Zn
[2]5vkr.a . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . * . . . . . . . * . . . - - - Zn
[2]7adh.a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . * . . . . . . . * . . . - - - Zn

Legend

B backbone contact  S side chain contact  F BB + SCh
.
 no contact C covalent bond
X X X X X  clash
X mutation to X * complex cases - deletion
M contact with cofactors/metals (if any)

Pocket-ligand steric compatibility

Ligands (x) vs pockets (y) colored by number of steric clashes

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketligand
≥10
9
8
7
6
5
4
3
2
1
0
1a71.a:etf,nad
1adb.b:cnd
1adc.b:pad
1axe.a:etf,nad
1axg.a:etf,nad
1hf3.a:mrd,nad
1hld.a:brb,nad,pfb
1lde.a:fpi,nad
1ldy.a:cxf,nad
1mg0.c:dfb,nad
1mgo.a:nad
1n8k.a:naj.pzo
1n92.b:naj.pyz
1p1r.a:nai,nmh
1qv6.a:24b,nad
1qv7.b:dfb,nad
2jhg.a:nad.ibo
2jhg.b:ibo,nad
2ohx.a:nad
3bto.b:nad,ssb
3oq6.a:naj,pfb
4dwv.a:naj,pfb
4dxh.b:etf,naj
4nfs.a:etf,naj
4ng5.a:naj,pfb
4xd2.a:nai
5cdu.a:naj.pzo
5kcp.a:naj,pfb
5kcz.b:etf,naj
5kjc.a:naj,pfb
5kjf.a:etf,naj
5vl0.d:bnf,nai
5vn1.a:nai,nwh
5vn1.c:nai,nmh,nwh
1a72.a:pad
1adf.a:tad
1adg.a:sad
1ju9.b:nad
1qlh.a:nad
1qlj.a is apo
1ye3.a is apo
5vj5.a:phn
5vjg.a:0bp
5vkr.a:apr
7adh.a:ntn
[1] 1a71.a
0
0.5 0.4 0.1 0.3 1.3 0.6 0.6 0.4 0.6 0 0 0.3 0.8 0.3 0.3 0.4 0.6 0.1 0.2 0.5 0.5 0.2 0 0.5 0 0 0.7 0.2 0.4 0.1 0.5 1.0 1.4 6.0 8.0 7.8 4.0 3.3 - - 0.1 0 4.6 1.7
[1] 1adb.b 0.5
0
0.1 0.2 0.1 1.1 0.3 0.4 0.5 0.1 0.1 0.2 0.3 1.3 0.5 0.5 0.5 0.4 0 0.5 0.2 0.2 0.1 0.3 0.4 0.2 0.2 0.4 0.1 0.4 0.3 0.5 1.2 1.9 8.9 8.3 9.5 4.4 3.9 - - 0.2 0.1 5.2 1.4
[1] 1adc.b 0.4 0.2
0.3
0.3 0.3 1.3 0.7 0.7 0.7 0.5 0.3 0.2 0.8 1.3 0.9 0.8 0.4 0.4 0.1 0.8 0.8 0.6 0.3 0.3 0.8 0.3 0.3 0.8 0.3 0.9 0.4 0.9 1.5 2.5 9.0 8.2 9.9 4.9 4.7 - - 0.1 0.1 5.8 1.5
[1] 1axe.a 0.2 0.1 0.2
0
0.3 1.3 0.6 0.5 0.7 0.2 0 0 0.2 0.7 0.3 0.5 0.5 0.5 0 0.4 0.5 0.5 0.2 0.2 0.5 0.1 0 0.5 0.2 0.5 0.2 0.5 1.0 2.0 8.4 8.5 9.0 4.4 3.4 - - 0.1 0 5.3 1.3
[1] 1axg.a 0.3 0.5 0.5 0.3
0
1.4 0.8 0.5 0.4 0.4 0.1 0.1 0.5 1.0 0.4 0.4 0.4 0.3 0.2 0.4 0.7 0.7 0.2 0.2 0.7 0.1 0.1 0.5 0.2 0.7 0.1 0.8 0.9 1.9 7.1 8.5 9.2 4.5 3.5 - - 0.2 0.1 6.0 1.0
[1] 1hf3.a 0.4 0.2 0.3 0.3 0
0.3
0.1 0.3 0.4 0.2 0.3 0.3 0.3 1.0 0.5 0.5 0.3 0.4 0 0.4 0.3 0.3 0.2 0.2 0.4 0.2 0.2 0.3 0.1 0.4 0.2 0.1 0.6 0.9 8.5 8.2 9.5 4.8 4.2 - - 0.2 0.1 5.7 1.2
[1] 1hld.a 0.3 0.2 0.4 0.2 0.1 0.4
0
0.2 0.3 0.2 0 0 0.1 0.7 0.3 0.2 0.3 0.4 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0 0.1 0 0.1 0.2 0 0 0 0 0.1 0.9 7.3 6.5 8.2 3.8 3.0 - - 0.1 0 4.3 1.0
[1] 1lde.a 0.1 0.4 0.6 0.3 0 0.9 0.7
0.2
0 0.4 0.1 0.2 0.2 0.7 0.4 0.3 0.3 0.3 0.1 0.3 0.6 0.6 0.3 0.2 0.5 0 0.2 0.4 0.3 0.4 0.1 0.5 0.8 1.4 6.5 7.3 8.1 3.7 2.6 - - 0.1 0 4.5 1.4
[1] 1ldy.a 0.1 0.5 0.5 0.2 0 0.2 0.3 0.2
0
0.3 0.1 0.1 0.1 0.6 0.3 0.2 0.3 0.4 0.1 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.3 0 0.1 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.3 0.5 6.4 7.5 7.7 3.1 2.7 - - 0.2 0.1 4.4 1.3
[1] 1mg0.c 0.2 0.1 0.3 0 0.1 0.8 0.1 0.4 0.4
0.1
0.2 0.1 0.3 1.0 0.3 0.3 0.3 0.2 0 0.3 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.2 0.4 0.9 8.4 8.3 9.6 4.8 4.5 - - 0.1 0 5.5 1.2
[1] 1mgo.a 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 1.0 0.2 0.1 0.1 0.1
0
0 0 0.6 0.2 0.2 0 0 0 0.3 0.1 0.1 0 0 0.1 0 0 0.3 0 0.1 0 0.5 0.9 1.4 7.7 7.5 8.6 4.4 3.9 - - 0.1 0.1 5.6 1.2
[1] 1n8k.a 0.2 0.1 0.4 0.1 0.2 1.3 0.6 0.4 0.4 0.4 0
0
0.2 1.0 0.4 0.4 0.2 0.2 0 0.4 0.4 0.4 0 0 0.5 0 0 0.8 0 0.5 0 0.6 0.9 1.5 7.0 7.5 7.8 4.8 3.8 - - 0.1 0.1 5.6 1.4
[1] 1n92.b 0.1 0.1 0.4 0.1 0.3 1.1 0.3 0.1 0.5 0.1 0 0
0
0.9 0.3 0.3 0.3 0.2 0 0.3 0.2 0.2 0 0 0.2 0 0 0.3 0.1 0.2 0 0.6 0.9 1.5 7.0 7.5 8.3 4.6 3.7 - - 0.1 0 5.6 1.4
[1] 1p1r.a 0.1 0.5 0.4 0.1 0.1 1.2 0.3 0.1 0 0.3 0 0 0
0
0.2 0.2 0.1 0.3 0.1 0.2 0.3 0.3 0.2 0 0.3 0 0 0.5 0.1 0.3 0 0.3 0.7 0.7 7.0 7.2 7.5 3.3 2.7 - - 0.1 0 4.1 1.3
[1] 1qv6.a 0.2 0.4 1.0 0.3 0.2 1.0 0.4 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.7
0
0 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 0.2 0.3 0.2 0.2 0.6 0.2 0.3 0.2 0.6 0.4 1.2 6.2 7.1 7.7 2.8 2.6 - - 0.1 0 4.0 1.5
[1] 1qv7.b 0 0.2 0.7 0.1 0 0.8 0.2 0.3 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.6 0.1
0.1
0.2 0.3 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.7 6.6 7.4 7.6 3.4 2.6 - - 0.1 0 4.5 1.7
[1] 2jhg.a 0.1 0.3 0.4 0.2 0.1 1.3 0.5 0.1 0.4 0.3 0 0 0.1 0.8 0.3 0.3
0
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[1] 2jhg.b 0.2 0.3 0.4 0.1 0.1 1.3 0.4 0.1 0.4 0.1 0 0 0.1 0.6 0.3 0.3 0.1
0
0.1 0.2 0.3 0.3 0 0 0.3 0.1 0 0.6 0 0.4 0.1 0.5 0.9 1.5 7.8 8.4 8.3 4.5 3.2 - - 0.1 0 5.3 1.3
[1] 2ohx.a 0.3 0.2 0.2 0.1 0 1.0 0.5 0.3 0.3 0.2 0.2 0.1 0.5 1.0 0.3 0.6 0.3 0.3
0
0.4 0.5 0.5 0.1 0.2 0.6 0.2 0.1 0.4 0.1 0.6 0.2 0.6 1.1 1.7 8.6 8.1 8.8 4.4 4.1 - - 0.1 0 5.3 1.4
[1] 3bto.b 0.1 0.6 0.4 0.1 0.1 0.4 0.3 0.3 0.1 0.3 0.1 0 0.1 1.0 0.2 0.3 0.1 0.3 0.1
0
0.4 0.4 0.2 0.1 0.4 0 0 0.2 0.1 0.2 0 0.1 0.3 0.9 7.0 7.9 8.8 3.4 2.6 - - 0.1 0 4.6 1.3
[1] 3oq6.a 0.3 0.1 0.3 0.2 0.1 0.3 0 0.5 0.5 0 0 0 0.1 1.3 0.2 0.4 0.2 0.2 0.1 0.1
0
0 0 0 0 0 0 0 0 0.1 0 0.1 0.2 0.9 8.3 8.2 8.8 4.7 3.8 - - 0.1 0 6.0 1.4
[1] 4dwv.a 0.2 0.1 0.3 0 0.1 0.3 0 0.4 0.5 0 0 0.1 0.2 1.2 0.2 0.3 0.3 0.2 0 0.1 0
0.1
0 0.1 0.1 0.1 0 0.1 0 0.1 0.1 0.1 0.2 0.8 8.3 7.8 8.9 4.8 4.2 - - 0.1 0 6.0 1.6
[1] 4dxh.b 0.3 0.2 0.2 0.1 0.1 1.3 0.4 0.4 0.6 0.2 0 0 0.1 1.3 0.3 0.4 0.3 0.2 0 0.3 0.4 0.5
0
0 0.4 0.1 0 0.8 0 0.5 0.1 0.6 0.8 1.6 8.2 7.8 8.3 4.5 3.7 - - 0.1 0 6.0 1.2
[1] 4nfs.a 0.2 0.3 0.3 0 0.1 1.2 0.5 0.1 0.5 0.3 0 0 0.1 1.2 0.3 0.3 0.2 0.3 0 0.4 0.5 0.5 0.1
0
0.5 0 0 0.7 0 0.5 0 0.6 1.0 1.7 6.8 8.1 8.4 5.0 4.2 - - 0.1 0 6.0 1.4
[1] 4ng5.a 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0 0.3 0.2 0 0 0 0.1 1.4 0.3 0.3 0.2 0.2 0.1 0.1 0 0 0 0
0
0 0 0 0 0 0 0.1 0.3 0.9 7.1 7.6 8.4 4.7 4.2 - - 0.1 0 5.7 1.6
[1] 4xd2.a 0.1 0.1 0.4 0 0.1 0 0.1 0.2 0.2 0.2 0 0 0 0.9 0.2 0.2 0.2 0.3 0 0.1 0.1 0.2 0 0 0.1
0
0 0.1 0 0.1 0 0.1 0.2 0.9 6.8 7.6 7.9 4.5 3.2 - - 0.1 0 5.3 1.2
[1] 5cdu.a 0.4 0.1 0.3 0.1 0.2 1.3 0.7 0.5 0.5 0.4 0 0 0.4 1.1 0.4 0.4 0.3 0.2 0 0.5 0.4 0.4 0 0 0.4 0
0
0.6 0 0.5 0 0.6 0.9 1.7 7.8 7.9 8.3 5.1 4.2 - - 0.2 0.1 5.7 1.6
[1] 5kcp.a 0.3 0.2 0.2 0.2 0.1 0.3 0.1 0.3 0.5 0.1 0 0 0.1 1.3 0.3 0.5 0.4 0.3 0.1 0.1 0.2 0.3 0.1 0.2 0.2 0.1 0
0.1
0 0.3 0.2 0.2 0.4 0.9 8.3 7.6 9.0 4.9 4.3 - - 0.1 0 5.7 1.8
[1] 5kcz.b 0.5 0.1 0.2 0.1 0.2 1.2 0.5 0.4 0.7 0.3 0 0 0.3 1.4 0.6 0.5 0.3 0.3 0 0.5 0.6 0.6 0.2 0.2 0.6 0.1 0 0.9
0
0.6 0.2 0.7 1.0 2.1 8.3 7.9 8.8 4.9 3.8 - - 0.1 0 6.0 1.4
[1] 5kjc.a 0.1 0.1 0.4 0.1 0.1 0.2 0 0.3 0.2 0 0 0 0.1 1.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0
0 0.1 0.1 0.8 7.1 7.9 7.9 4.5 3.3 - - 0.1 0 5.1 1.4
[1] 5kjf.a 0.2 0.3 0.4 0 0.1 1.3 0.5 0.3 0.5 0.3 0 0 0.1 0.9 0.3 0.4 0.2 0.3 0 0.4 0.5 0.5 0.1 0 0.5 0 0 0.8 0 0.5
0
0.6 0.9 1.7 7.2 7.7 7.9 4.7 3.6 - - 0.1 0 5.7 1.4
[1] 5vl0.d 0.3 0.2 0.4 0 0.1 0 0 0.5 0.2 0.1 0.2 0.1 0.2 1.0 0.5 0.5 0.2 0.3 0 0.1 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 0.3 0.1 0.1 0.1
0
0.3 0.7 8.4 7.8 8.8 4.8 3.9 - - 0.1 0 5.9 1.2
[1] 5vn1.a 0.1 0.5 0.8 0.2 0.1 0.2 0.1 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.5 0.2 0.2 0.2 0.4 0.1 0.1 0.2 0.3 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1
0
0.4 6.0 6.9 7.4 2.9 2.4 - - 0.1 0 3.9 1.3
[1] 5vn1.c 0.2 0.4 0.8 0.2 0.1 0.4 0.1 0.3 0 0.3 0.1 0.1 0.2 0.5 0.2 0.2 0.2 0.3 0.1 0 0.3 0.3 0.2 0.1 0.3 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1
0.4
6.1 7.1 7.3 2.9 2.3 - - 0.1 0 4.2 1.3
[2] 1a72.a 1.8 1.4 1.2 1.7 1.8 2.3 1.7 2.5 2.1 2.0 1.7 2.2 2.0 2.2 1.6 1.8 2.4 1.8 1.3 2.0 1.9 2.4 2.1 2.6 2.7 1.4 2.4 2.6 2.3 1.7 1.9 2.4 2.6 3.6
0.1
0.6 0.7 0 0.2 - - 0.1 0 0.1 0.7
[2] 1adf.a 1.4 1.4 1.4 1.3 1.1 1.9 1.3 1.2 1.5 1.6 1.4 1.6 1.8 1.9 1.6 1.1 1.7 1.7 1.2 1.4 1.8 1.6 1.4 1.7 1.9 1.4 1.5 1.7 1.5 1.9 1.7 1.8 1.6 2.8 0.4
0
0.2 0.3 0.3 - - 0 0.1 0.1 0.8
[2] 1adg.a 1.3 0.5 0.4 0.9 1.0 1.8 0.8 1.3 1.5 1.4 1.5 1.6 1.8 2.0 1.3 1.3 1.2 1.0 0.6 1.1 1.8 1.7 1.5 1.7 2.0 1.3 1.6 1.8 1.6 1.8 1.6 1.2 2.1 2.8 0.2 0.2
0.1
0.1 0.3 - - 0.1 0 0 0.9
[2] 1ju9.b 1.1 1.4 1.4 1.0 0.9 2.2 1.0 0.8 0.9 1.3 1.3 1.3 1.4 1.6 1.1 0.9 1.3 1.4 1.1 0.9 1.4 1.5 1.0 1.2 1.4 1.0 1.3 1.7 1.2 1.2 1.1 1.6 2.0 2.3 0.6 1.2 1.0
0
0.1 - - 0 0 0.9 0.3
[2] 1qlh.a 1.0 0.7 0.8 0.9 1.0 1.8 0.5 0.8 0.9 1.1 1.2 1.3 1.4 1.4 1.0 0.5 1.3 1.2 0.6 1.0 1.4 1.6 1.0 1.5 1.5 1.0 1.4 1.7 1.2 1.4 1.2 1.7 1.7 2.7 0.7 2.9 2.6 0.1
0
- - 0 0 0.5 0.9
[2] 1qlj.a 1.3 0.7 0.6 1.1 1.1 1.8 0.9 1.2 1.4 1.2 1.2 1.3 1.4 1.6 1.2 1.0 1.3 1.1 0.7 1.4 1.3 1.3 1.2 1.2 1.3 1.2 1.4 1.6 1.2 1.3 1.2 1.5 2.3 3.0 1.3 3.3 3.5 0.3 0.5
-
- 0 0 1.2 1.3
[2] 1ye3.a 0.8 0.7 0.5 0.9 0.7 1.8 0.6 0.8 0.9 0.8 0.7 1.0 0.9 1.2 0.7 0.7 1.0 0.9 0.6 0.7 0.9 0.9 0.7 1.3 1.3 0.7 1.5 1.0 0.8 0.8 0.6 1.1 1.6 2.6 1.1 3.7 3.5 0.2 0.4 -
-
0 0 0.8 1.1
[2] 5vj5.a 2.3 2.0 1.6 2.2 2.0 2.8 1.9 1.9 2.0 2.2 2.2 2.5 2.6 2.9 2.2 1.9 2.2 2.2 1.8 2.1 2.8 2.8 2.4 2.6 3.0 2.5 2.4 2.6 2.4 2.8 2.6 2.7 2.8 3.9 1.7 3.2 3.6 1.0 1.0 - -
0
0 1.4 1.6
[2] 5vjg.a 2.1 2.3 2.0 2.6 2.0 2.8 2.3 1.7 2.1 2.5 2.4 2.2 2.5 2.4 2.4 2.2 2.5 2.5 1.9 2.1 2.7 2.7 2.2 2.3 2.8 2.1 2.1 2.6 2.2 2.4 2.2 2.7 3.1 3.9 1.5 1.9 2.1 0.7 0.7 - - 0
0
1.2 1.2
[2] 5vkr.a 2.1 1.9 2.2 1.8 2.0 2.9 1.6 2.0 1.6 2.0 2.3 2.5 2.2 2.2 1.8 1.4 2.1 2.0 1.9 2.0 2.1 2.3 2.1 2.4 2.2 1.8 2.4 2.4 2.1 2.0 2.0 2.4 1.6 2.8 0.8 0.5 0.6 0.2 0.1 - - 0 0
0.2
1.0
[2] 7adh.a 3.2 2.9 3.1 3.1 3.3 3.4 3.6 3.8 3.9 3.1 2.9 3.0 3.3 4.1 3.1 3.5 3.1 3.3 2.9 3.5 3.0 3.0 3.1 2.9 3.0 2.9 3.2 3.1 2.8 3.2 3.1 3.2 3.8 4.4 2.5 2.2 2.2 1.8 1.8 - - 0 0 2.3
0.8
[Pocket-ligand steric clashes matrix]

Pocket clash dissimilarity (2 clusters)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by ligand clash profile difference

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥1.
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
.0
1a71.a
1adb.b
1adc.b
1axe.a
1axg.a
1hf3.a
1hld.a
1lde.a
1ldy.a
1mg0.c
1mgo.a
1n8k.a
1n92.b
1p1r.a
1qv6.a
1qv7.b
2jhg.a
2jhg.b
2ohx.a
3bto.b
3oq6.a
4dwv.a
4dxh.b
4nfs.a
4ng5.a
4xd2.a
5cdu.a
5kcp.a
5kcz.b
5kjc.a
5kjf.a
5vl0.d
5vn1.a
5vn1.c
1a72.a
1adf.a
1adg.a
1ju9.b
1qlh.a
1qlj.a
1ye3.a
5vj5.a
5vjg.a
5vkr.a
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[1] 1a71.a
0
.11 .10 .08 .08 .10 .11 .06 .07 .09 .08 .06 .06 .07 .07 .07 .05 .07 .08 .10 .10 .10 .08 .08 .09 .07 .07 .09 .09 .08 .06 .10 .08 .08 .27 .27 .25 .25 .27 .25 .28 .22 .23 .27 .30
[1] 1adb.b .11
0
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[1] 1adc.b .10 .05
0
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[1] 1axe.a .08 .07 .06
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[1] 1axg.a .08 .08 .09 .11
0
.09 .11 .10 .10 .10 .10 .09 .09 .09 .11 .12 .08 .07 .09 .12 .10 .11 .09 .09 .11 .10 .10 .12 .10 .10 .08 .11 .11 .11 .29 .28 .27 .27 .28 .27 .30 .25 .26 .28 .31
[1] 1hf3.a .10 .07 .07 .06 .09
0
.05 .08 .06 .06 .06 .07 .06 .08 .11 .11 .08 .06 .04 .08 .06 .06 .06 .09 .07 .06 .08 .06 .06 .06 .07 .06 .09 .08 .32 .30 .29 .29 .31 .29 .32 .28 .27 .30 .31
[1] 1hld.a .11 .08 .10 .10 .11 .05
0
.08 .07 .08 .09 .10 .09 .10 .11 .10 .10 .09 .08 .08 .07 .07 .08 .11 .09 .07 .11 .08 .10 .08 .09 .09 .09 .09 .29 .26 .27 .27 .29 .28 .30 .25 .26 .28 .28
[1] 1lde.a .06 .10 .10 .08 .10 .08 .08
0
.04 .07 .07 .06 .05 .05 .06 .04 .05 .07 .07 .04 .09 .09 .08 .09 .09 .05 .09 .09 .08 .06 .06 .08 .06 .05 .28 .26 .26 .25 .28 .25 .28 .23 .23 .26 .29
[1] 1ldy.a .07 .11 .11 .10 .10 .06 .07 .04
0
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[1] 1mg0.c .09 .08 .09 .05 .10 .06 .08 .07 .08
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[1] 1mgo.a .08 .07 .06 .05 .10 .06 .09 .07 .08 .05
0
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0
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[1] 1n92.b .06 .07 .07 .06 .09 .06 .09 .05 .07 .06 .04 .02
0
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[1] 1p1r.a .07 .10 .10 .09 .09 .08 .10 .05 .06 .08 .06 .06 .05
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[1] 1qv6.a .07 .13 .13 .11 .11 .11 .11 .06 .07 .09 .09 .08 .08 .07
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[1] 1qv7.b .07 .11 .12 .10 .12 .11 .10 .04 .07 .08 .08 .06 .07 .07 .03
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[1] 2jhg.a .05 .10 .09 .08 .08 .08 .10 .05 .07 .08 .07 .04 .04 .06 .07 .08
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[1] 2jhg.b .07 .07 .07 .06 .07 .06 .09 .07 .08 .06 .04 .04 .04 .06 .08 .08 .03
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[1] 3bto.b .10 .12 .13 .12 .12 .08 .08 .04 .05 .10 .10 .09 .08 .08 .08 .07 .07 .09 .09
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.09 .09 .10 .11 .10 .06 .12 .10 .11 .07 .09 .09 .07 .06 .29 .27 .27 .27 .29 .26 .30 .24 .24 .27 .29
[1] 3oq6.a .10 .08 .08 .07 .10 .06 .07 .09 .09 .03 .06 .07 .06 .10 .11 .09 .08 .06 .06 .09
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[1] 4dwv.a .10 .08 .08 .07 .11 .06 .07 .09 .09 .03 .06 .07 .06 .10 .11 .09 .09 .07 .06 .09 .01
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.04 .07 .03 .06 .06 .02 .04 .03 .06 .04 .11 .10 .33 .31 .30 .31 .32 .31 .33 .27 .28 .31 .32
[1] 4dxh.b .08 .07 .07 .05 .09 .06 .08 .08 .09 .04 .05 .05 .05 .09 .11 .09 .08 .05 .05 .10 .04 .04
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.06 .07 .06 .06 .05 .02 .05 .03 .05 .11 .10 .30 .30 .27 .27 .29 .28 .30 .26 .26 .28 .32
[1] 4nfs.a .08 .10 .08 .09 .09 .09 .11 .09 .10 .09 .07 .07 .07 .10 .12 .10 .08 .08 .08 .11 .08 .07 .06
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.08 .06 .08 .02 .04 .05 .06 .06 .30 .28 .27 .28 .30 .28 .30 .26 .26 .27 .29
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.10 .08 .33 .31 .31 .30 .33 .31 .34 .29 .29 .31 .33
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[1] 5vn1.c .08 .12 .12 .11 .11 .08 .09 .05 .04 .09 .08 .07 .07 .04 .06 .05 .08 .08 .09 .06 .10 .10 .10 .11 .10 .06 .10 .10 .11 .06 .08 .08 .02
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.28 .24 .25 .24 .26 .24 .27 .23 .22 .24 .27
[2] 1a72.a .27 .32 .32 .30 .29 .32 .29 .28 .29 .33 .30 .28 .28 .27 .29 .29 .29 .30 .30 .29 .33 .33 .30 .30 .32 .30 .31 .33 .32 .31 .29 .33 .28 .28
0
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0
.04 .07 .07 .10 .10 .12 .09 .06 .09
[2] 1adg.a .25 .29 .29 .28 .27 .29 .27 .26 .27 .30 .28 .26 .26 .25 .27 .26 .27 .27 .28 .27 .31 .30 .27 .27 .29 .27 .28 .30 .29 .28 .26 .31 .26 .25 .05 .04
0
.06 .07 .09 .10 .13 .08 .07 .08
[2] 1ju9.b .25 .30 .30 .28 .27 .29 .27 .25 .26 .30 .28 .26 .26 .25 .25 .24 .27 .28 .29 .27 .31 .31 .27 .27 .30 .28 .29 .31 .29 .28 .26 .30 .24 .24 .08 .07 .06
0
.07 .08 .08 .11 .08 .08 .13
[2] 1qlh.a .27 .32 .31 .31 .28 .31 .29 .28 .28 .32 .30 .28 .28 .27 .27 .27 .29 .29 .30 .29 .33 .32 .29 .29 .31 .30 .31 .33 .31 .30 .28 .33 .26 .26 .09 .07 .07 .07
0
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[2] 1qlj.a .25 .28 .29 .29 .27 .29 .28 .25 .26 .30 .28 .26 .26 .25 .25 .25 .27 .27 .28 .26 .30 .31 .28 .28 .30 .28 .29 .31 .29 .28 .26 .31 .24 .24 .12 .10 .09 .08 .04
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[2] 1ye3.a .28 .32 .32 .32 .30 .32 .30 .28 .29 .33 .31 .29 .29 .28 .28 .28 .29 .30 .31 .30 .33 .33 .30 .30 .32 .30 .32 .34 .32 .31 .29 .34 .27 .27 .12 .10 .10 .08 .06 .06
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[2] 5vj5.a .22 .27 .26 .27 .25 .28 .25 .23 .24 .28 .26 .23 .23 .24 .23 .22 .24 .25 .26 .24 .28 .27 .26 .25 .26 .26 .25 .27 .26 .25 .23 .29 .23 .23 .13 .12 .13 .11 .10 .09 .12
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0
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0
.12
[2] 7adh.a .30 .32 .33 .33 .31 .31 .28 .29 .28 .32 .31 .30 .30 .29 .30 .29 .31 .32 .32 .29 .32 .32 .32 .31 .30 .29 .32 .32 .33 .30 .30 .33 .27 .27 .08 .09 .08 .13 .12 .15 .16 .14 .12 .12
0
[Pocket clash dissimilarity matrix]

Site backbone RMSD (median 0.6 Å)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by RMSD of site residue backbone atoms

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥10 Å
9 Å
8 Å
7 Å
6 Å
5 Å
4 Å
3 Å
2 Å
1 Å
0 Å
1a71.a
1adb.b
1adc.b
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1axg.a
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2jhg.b
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5vn1.c
1a72.a
1adf.a
1adg.a
1ju9.b
1qlh.a
1qlj.a
1ye3.a
5vj5.a
5vjg.a
5vkr.a
7adh.a
[1] 1a71.a
0
0.4 0.5 0.3 0.3 0.4 0.4 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.4 0.3 1.8 1.9 1.8 1.6 1.6 1.5 1.7 1.5 1.5 1.7 2.0
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[1] 1axe.a 0.3 0.3 0.3
0
0.4 0.3 0.3 0.4 0.5 0.3 0.3 0.3 0.3 0.5 0.5 0.4 0.4 0.3 0.2 0.4 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 0.5 0.5 1.9 2.0 1.9 1.7 1.7 1.6 1.8 1.6 1.6 1.8 2.1
[1] 1axg.a 0.3 0.4 0.4 0.4
0
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0
[Binding site backbone RMSD matrix]

Site full-atom RMSD (median 0.4 Å)

Pockets (x) vs pockets (y) colored by RMSD of all site residue atoms

zoom: [−] [+]; [view as image]; [download as text]

pocketpocket
≥10 Å
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